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消化系统疾病主要应用超声显像诊断法即B型超声诊断法。本法直观，检出率高，对患者基本无伤害，而且应用范围广泛，尤其对肝、胆、胰疾病的检查现已列为首选方法，对胃癌与胃肠道某些病变的诊断亦可提供极为可靠的信息。其次为脉冲多普勒和彩色多普勒在消化系统疾病中的应用，近年来日益增多。
1.肝囊肿
肝内见单个或多个近圆形液性暗区，与周围肝组织分界清楚，边缘整齐、光滑，囊内呈无回声液性暗区，多为单房性。横、纵切面皆呈圆形或椭圆形。多可检出0.5～1.0cm直径大小的囊性肿物。
2.多囊肝
肝脏多普遍增大，重者形态失常，局部可有隆起；肝内可见大小不等、近圆形、薄壁的回声暗区，有的相互连通，重者几乎看不到囊间的正常组织。囊内出血时，液性暗区中可见点状弱回声。常于脾、肾内见到有类似囊肿。
3.肝包虫病
包虫病（棘球蚴病）肝脏径值可增大。包囊型：在肝内可见圆形或椭圆形液性暗区，单个或多个，孤立存在，与周围肝实质分界清楚。滤泡型：在肝内呈局部回声增强，实质结节状，边界不规则，可见较强的包膜回声，周边有细线状声晕。单个囊肿可呈单囊、多囊或在囊内有大小不等的圆形环状或活动的点状（子囊、孙囊）回声。
4.肝脓肿
肝组织坏死液化不完全期，病变区近圆形，边界较清楚，可见回声较强的周壁。阿米巴肝脓肿时，内壁可有向腔内延伸，呈条带状的未完全坏死液化组织回声。细菌性肝脓肿，腔内回声不均，呈点、片状，与暗区相间杂。完全液化期，脓肿呈圆形或椭圆形，边界清楚，脓肿内完全呈无回声液性暗区。
5.肝血管瘤
绝大多数为海绵状血管瘤。瘤体为圆形或分叶状不规则形，呈单个较大团块，边界清晰，内部回声强弱不等，可见明亮、条索状管道结构与小蜂窝状暗区相间杂，后方可伴有声影。
6.肝癌
肝脏径值可增大，癌肿在肝内近圆形（有不规则形），为强、中、弱或混合性回声反射，肝内管道结构可因受压而变细或弯曲绕行，癌肿向血管内转移的瘤栓声影，可见较强团块回声，癌肿周边可见环形声晕包绕。B型超声可检出直径1cm左右的癌结节。
7.肝炎、肝硬化、急性肝炎
急性肝炎时肝脏径线增大，肝实质回声减低；慢性肝炎回声增强、增粗、致密、均匀或欠均匀；肝硬化时肝脏径值缩小，肝脏失去正常形态，肝表面高低不平，肝内回声增多、变粗、增强，常有结节感，网状增强回声。伴门脉高压时可见脾大（厚度＞4cm），门静脉主干扩张，可达2cm以上（正常小于1.2cm）。
8.脂肪肝
B型超声为当前的首选诊断方法。肝径值轻或中度增大，肝内回声增强，多呈致密、均匀点状回声，后方有明显回声衰减，肝内管状结构变细或难以显示。
1.急性胆囊炎
胆囊多肿大，轮廓不光滑，囊壁均匀增厚，黏膜、浆膜严重水肿时，胆囊壁呈双层双圆形。
2.慢性胆囊炎
胆囊形态、大小、轮廓可无改变，但囊壁增厚、毛糙，回声增强，可见结石强回声影。
3.结石病
于胆囊、胆管内可见结石之强回声团块、斑点及后方的声影。
4.胆道蛔虫症
可见胆囊、胆管内虫体表现。
5.胆囊癌、胆管癌
有自囊壁、管壁向内突入的不规则形实质影，弱或中等强度回声，表面高低不平，或呈实质性团块。
1.急性胰腺炎
胰腺增大，或胰头、胰尾局限性增大、增厚，失去正常形态，水肿明显者，可见后壁回声增强。一般表现为内部回声减低，回声稀少，呈弥漫性散在分布的弱点状反射，甚而呈透声性暗区。
2.慢性胰腺炎
胰腺轻度或局限性增大，轮廓不清，内部回声普遍增强，不规则，不均匀。局部有回声暗区表示有囊肿形成，暗区内可有坏死组织形成的点片状强回声。
3.胰腺癌
胰腺失去正常形态，厚度增加。如癌肿可见局部突起肿大；胰腺轮廓多不规则，四周向外突起或呈分叶状，并可见蟹足样浸润周围组织，多表现为回声减弱，内部杂乱不均，肿瘤后方多呈实质性回声衰减。
B型超声对胃肠疾病包括胃癌、胃石症、肠道肿瘤、蛔虫病等诊断均有一定帮助。