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阴阳、五行、经络、气血、津液是中医学辨证论治体系的理论基础。阴阳对立统一，相互依存，维系着身体健康，即所谓“阴平阳秘，精神乃治”。阴阳的消长、转化、偏盛、偏衰等变化，以及五行相生、相克、相乘、相侮及传变等，用以说明机体组织结构、生理功能、病理变化、诊断及治疗，体现了唯物辩证法。根据四诊（望、闻、问、切）、八纲（寒、热、虚、实、阴、阳、表、里）诊断疾病，并根据气血、津液、脏腑、六经（经络）、卫气营血及三焦辨证方法对脏腑、经络疾病做出进一步推断。辨证论治是中医学的精髓，调节阴阳平衡（虚则补之，实则泻之，寒者热之，热者寒之）是中医学治疗疾病的准则，在治疗法则上有医方八法（汗、吐、下、和、消、清、温、补），在具体治法上有培土（脾）生金（肺）法、滋水（肾）含木（肝）法、扶土抑木法。
阴阳学说是以阴阳的对立与统一、消长与转化以及相对平衡的观点，来阐明人类与自然的关系，并概括医学领域里一系列问题，例如疾病阴阳盛衰、消长转化等。它贯穿在中医学的各个方面。人体阴阳既反映功能，也体现物质。一般来说，阳有升发、向上、推动、活跃、温煦、兴奋、功能增强的作用，阴有沉降、向下、被动、沉静、清冷、抑制、功能减弱的作用。阴阳互根互用，相互制约，维持着机体的平衡。因此，阴阳学说是基础理论的重要组成部分。
病理情况下：①阴阳偏胜，即阴阳失去相互制约而出现阴或阳单方面亢盛，在消化系统疾病中可出现阴亏的阳热证或阳损的阴寒证。②阴阳偏衰，即阴或阳不足，或因一方不足而引起另一方失制而偏亢，出现阳虚、阴虚证。③阴阳互损，即一方亏虚引起另一方亏虚，可出现阴阳相互虚亏表现。④阴阳亡失，即阴阳大量消耗，突发亡阴、亡阳证，为严重衰竭局面。⑤阴阳格拒，即阴或阳的极盛，抵制另外一方的相济，出现阴盛格阳或阳盛格阴的真寒假热、真热假寒证等。
五行学说是用木、火、土、金、水五种常见物质属性来归类事物。在中医学中，按心、肝、脾、肺、肾五脏的功能特点，对照五行属性进行分类。例如肝的功能特点是升发、疏泄、喜条达，与木性的升发、伸展类同，故以木代表肝脏。脾主运化，能生化、输布水谷精微，营养周身，运化功能正常则全身得养，类似土能生长万物，故以土代表脾。又因胃与脾相表里，因此用脾胃可概括消化系统等。
阴阳五行学说含有朴素唯物主义、辩证法思想，两者既有区别又有联系。阴阳学说是以对立统一规律来认识事物运动变化的；五行学说则是通过五行的相生、相克、相乘、相侮及传变等说明机体组织结构、生理功能、病理变化以及诊断、治疗，是通过分析事物的相互作用、复杂多样的关系，来认识事物运动变化规律的。因此，阴阳五行须结合运用，才能深入、具体阐明人体生理、病理变化。因此，谈及阴阳往往联系到五行，论及五行又不能离开阴阳。例如在谈及脏腑时，以脏为阴，腑为阳。就五行说，各脏又有不同的性能。各脏间，还存在有相互资生与制约关系，又需用五行学说的生克制化加以说明。此外，每一脏的本体和作用也有阴阳之分，例如心有心阴、心阳，同样肾有肾阴、肾阳等。因此，阴阳中包含五行，五行中又包含阴阳。从疾病来说，病变总体可分为阴阳两大类。如进一步分析病变部位在心抑或在肾，在肝抑或在肺，怎样传变，亦需用五行学说的生克乘侮。因此，阴阳、五行学说在讨论疾病的病因病机、分析研究病情乃至诊断、治疗时都需相互使用，互相补充，彼此印证，不可分割，因此是中医学基础理论的重要组成部分。
经络分为经和络两部分。经有路径的意思，是纵行的干线；络有网络之意，系经的分支，如罗网状，无处不及。经与络联系成一个纵横交错的网状结构。经络广泛分布于机体脏腑、筋骨、皮肉及各个孔窍（穴）等。主要生理功能是联系、沟通机体脏腑肢节内外，运行气血津液，调节阴阳平衡，维持生理活动。
经脉分为十二正经和纵横于其间、不与脏腑直接发生属络关系的八条奇经两类。十二经脉加上奇经中的督、任二脉，称为十四经。十四经的循行干线上分布有若干腧穴，为针灸施治部位。在络脉方面有十五络脉，即十二经各有一支络脉，加督、任两支络脉，再加脾之大络。
正经十二条是手三阴经（手太阴肺经、手少阴心经、手厥阴心包经）、足三阴经（足太阳脾经、足少阴肾经、足厥阴肝经）、手三阳经（手太阳小肠经、手少阳三焦经、手阳明大肠经）、足三阳经（足太阳膀胱经、足少阳胆经、足阳明胃经）；奇经八条是督脉（诸阳之海）、任脉（诸阴之海）、冲脉（十二经之海）、带脉（统束诸经）、阴跷脉（主一身左右之阴）、阳跷脉（主一身左右之阳）、阴维脉（维络诸阴）和阳维脉（维络诸阳）。
经络系统中与脏腑密切相关者是十二正经和奇经中的前四条。病理情况下，若相关脏腑有病，或外邪侵袭相关经脉，均可在相应经穴上出现气血运行变化，例如经脉不通的气滞、血瘀、热郁、寒凝、痰阻、湿积等。
经脉病变主要表现为循行路线和穴位上出现酸、麻、胀、痛、冷、热及拘急等症。由于脏腑经脉的不同以及外感内伤的差异，一般并见表证或不同脏腑的里证，而形成不同的络脉证候。
以消化系统疾病为例常见经络表现主要有：
（1）足太阴脾经证：腹胀、纳呆、呃逆、嗳气、胃脘痛、呕吐、泄泻、便秘等。
（2）足少阴肾经证：腹部胀满、胸胁痛、头晕、耳鸣等。
（3）足厥阴肝经证：胸胁满痛、呕逆、泄泻、少腹胀满肿痛等。
（4）足少阳胆经证：口苦、胁痛、呃逆、呕吐、往来寒热等。
（5）足阳明胃经证：胸脘胀满、食不下、胃脘痛、口干、咽痛等。
（6）手太阳小肠经证：心烦、咽痛、颔肿、耳鸣等。
（7）手少阳三焦经证：头痛、喉痹、耳鸣等。
（8）手阳明大肠经证：齿喉颈酸痛、肠鸣等。
（9）督脉证：腰膝强痛、痔疮、便血等。
（10）任脉证：呕吐、便秘、少腹肿痛、泄泻等。
现代研究表明，经络是客观存在的。用低频脉冲电流刺激穴位法研究经络循行传感现象，传感路线与传统中医古籍记述的经络循行路线符合，观察到酸、胀、麻、冷、热等不同传感反应，并可测出传感的速度、宽度。
关于经络实（本）质的研究有神经体液说、生物电说、气功相关说、细胞信息传递说等，目前仍处于研究阶段。
气代表功能；血代表体液。
气血流行全身，机体脏腑、组织均靠气的温煦、血的濡养进行生理活动，“气主煦之，血主濡之”，气为百病之长，血为百病之胎，“血气不和，百病乃变化而生”。
1.气
气包括维持生命活动的精微物质，包括与机体活动相关的元气、宗气、营气等和与脏腑功能活动有关的心气、肺气、肝气等两方面。
（1）元气：元气承继于父母的精气，隐藏于肾，化生为肾中的元阴、元阳之气，又称“原气”或“先天之气”。元气在生理上具有肾阴（元阴）和肾阳（元阳）两种功能，是生命活动的原动力，能激发和推动脏腑活动。
（2）宗气：肺通过呼吸运动吸入的“清气”与脾胃消化吸收的水谷精微物质——“谷气”相结合，化生为“宗气”，位于胸中。宗气的功能有二。①上行于呼吸道，促进肺司呼吸的作用。②贯通心脉，促进心主血液循环的功能。凡呼吸强弱、语音高低、肢体的冷暖、活动力等多与宗气有关。
（3）营气、卫气：贯通心脉的宗气，分为两部分，一部分行于血脉中，即“营气”；另一部分行于脉外，在内可熏蒸胸腹，在外则散布肌肤表面，即“卫气”。营气具有化生血液、随血运行、营养周身的作用；卫气能温煦、润泽脏腑、肌表，调节汗孔开合，防护肌表，也是机体抵抗外邪入侵的第一道防线。
（4）真气：先天之气的“原气”与后天之气的“宗气”“营气”和“卫气”结合形成真气。真气富含精微营养物质，能上升下降流通周身，并为脏腑、组织功能活动持续性提供能量，维持着正常生理功能，即所谓的“气主煦之”。真气对邪气而言称为正气。正气代表人体抵抗力。正气足（旺盛、强）则抵抗力强，反之，抵抗力差。故正气与人体健康关系密切。《素问》云：“正气存内，邪不可干。”
（5）脏气：人体脏腑、组织的功能活动，产生“脏气”。肺的呼吸活动，靠“肺气”。心推动血运的功能称“心气”。肾主生长发育和生殖的功能称“肾气”。胃的纳食、消化功能称“胃气”。同样，还有“肝气”“脾气”“胆气”“大肠气”“小肠气”“膀胱气”等。此外，脾胃一般可概括消化系统。脾胃的功能活动称“脾胃气”，脾胃位居中焦，故亦称“中气”。经络的功能活动称为“经气”。
2.血
血液循行于血脉中，滋养、濡润全身肌肤、经络、脏腑、组织器官，维持正常的生理功能。
血的生成除与“肾”有关（肾藏精，主骨，生髓，肾为化血之源）外，还与脾的运化水谷精微并上输于肺，经过心肺的气化作用化生血液有关。
关于气与血的关系，有“气为血帅，血为气母”之说。血的运行要靠气来推动。“气为血帅，气行则血行”，因此，临床治疗血瘀证，应用活血化瘀药时，应注意补气、行气（理气）才能得到预期疗效。“血为气母”“血至气亦至”，说明血又是气的物质基础。气血相互依存，互相制约，互相转化，共同构成人体生命活动的物质基础。
病理情况下，涉及气血的病证有虚证、实证和气血虚实兼证。气虚证中有气虚、气陷和气脱证；血虚证中有血虚证。气实证中有气滞证、气逆证；血实证中有血瘀证和血热证。气血虚实兼证有气虚血瘀证、气滞血虚证和气血两虚证等。
津液是体内一切正常水液的总称，来源于脾胃对饮食物的消化吸收。《素问》云：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精。”此处所说的“精”是指包括津液在内的精微物质。津是体液中稀薄清轻部分，具有浸润、渗透皮肤及肌肉的作用，流动性较大，能滋养肌肤。液是体液中黏稠浊重部分，能流注关节、孔窍和脑髓等处，流动性较小，能润滑关节，补益、濡养脑髓、孔窍。津液均来源于饮食，二者可相互影响，相互转化，因此，二者往往以津液并称。
津液的分泌、吸收、输布和排泄，有赖于脾、肺、肾三脏。脾主运化，运化水谷精微，运化水湿，能将胃肠道消化吸收的水液，上输于肺等脏腑组织各处。肺为水之上源，主气，主宣发，又主肃降，通调水道，能将精微营养物质宣发到全身，并将水液下输于肾。肾主水液，其命门之火（肾阳）能将水液蒸发，升腾上达于肺，并将多余水液气化输于膀胱。因此，生理情况下，脾、肺、肾三脏密切配合，进行着水液的代谢、调节，维持着机体津液平衡。
消化系统疾病涉及五脏六腑。研究表明，津液与消化道内外分泌物如唾液淀粉酶、胃酸、胃蛋白酶、胃动素、胃泌素、胰泌素、胰升糖素、胆囊收缩素以及肠抑胃肽等密切相关，病理情况下涉及津液的病证有虚证和实证两种，虚证中有胃津不足证、肠液亏虚证、气津两伤证、津亏血燥证等。实证中有寒湿困脾证、湿热蕴肺证、痰热阻胃证、胃脘停饮证等。