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中医学通过长期医疗实践，对疾病的认识积累了丰富的知识、经验，在脏腑经络基础上，从整体出发，运用阴阳五行理论解释、分析疾病的发生、发展的变化规律，形成了独特的病因、病机学说。认为人体各脏腑组织间及人体与外界环境间，是对立统一的，不断地解决着产生的矛盾，保持着相对的动态平衡，保持着人体“阴平阳秘，精神乃治”的健康状态。这种动态平衡遭到某种致病因子的破坏，又不能及时自行调节恢复时，就会发生疾病。
临床引起疾病发生的原因多种多样，包括外感六淫、疫疠、内伤七情、饮食失常、劳逸、跌打损伤等。
（一）六淫
风、寒、暑、湿、燥、火六种气候在自然界中有规律地变化，称为“六气”。当气候发生异常变化或人体抵抗力下降时，“六气”可能成为致病因素，侵袭人体，引发疾病，此时的“六气”称为“六淫”，因而六淫即风、寒、暑、湿、燥、火六病邪的总称，属于外感病的病因。临床表现以表证为多，可见于内科病的感染性疾病。
1.风
风属阳邪，以开泄、善行（主动）、数变为特点。风为外感病的先导（“百病之长”），常与寒、热、湿等外邪结合致病，如风寒、风热、风湿、风寒湿、风湿热等。临床可见发热、恶风、汗出或周身痛以及皮痒、抽搐等表现。
2.寒
寒为阴邪，“阴盛则寒”，易伤阳气。阳虚则水液不易蒸化，会出现分泌物或排泄物质稀清冷，如呕吐清水、下利清谷、痰稀涕清等。寒邪直中脾胃，脾胃阳气受损，会出现脘腹冷痛、吐泻等症。《素问·至真要大论》云：“诸病水液，澄澈清冷，皆属于寒。”
3.暑
酷暑伤人致病成为暑邪。暑乃火热所化，属阳邪，以炎热为特点，易耗气伤津，常夹湿，可兼寒。夏日中暑常呈身热、烦渴、多汗、脉大等症；夹湿则见发热、胸闷、呕恶、便秘、苔黄腻。
4.湿
湿属阴邪，具有重浊、黏滞、易阻遏气机、常妨碍脾的运化等特征。症见头重如裹，肢体沉重，四肢酸软等。湿邪常妨碍脾的运化，脾失健运，津液不行，聚而成湿，甚而积留为水。《素问·至真要大论》云：“诸湿肿满，皆属于脾。”症见食欲不振，口腻不渴，胸闷呕吐，脘腹痞满，头身困重，便溏等。
5.燥
燥属阳邪，易伤津液。常见燥证有内外之分。①外燥证：温燥因初秋感受燥邪发病，常见发热，微恶风寒，头痛，少汗，口渴心烦，鼻干咽燥，干咳少痰等。凉燥因深秋感受燥、寒之气而致，症见恶寒发热，头痛无汗，干咳少痰等。②内燥证：因体内精血亏虚，津液耗损致病，症见口燥咽干，皮毛干燥不荣，便秘等。
6.火
火为热之极，与暑同为阳邪。火性炎上，耗伤阴津，生风动血。常见火热证为2大类。①外感火热证：症见发热，头痛，咽喉肿痛，口干渴，喜冷饮，舌红苔黄等证，甚者热极生风、动血，则见高热、抽搐、神昏，或热迫血行，症见吐血、便血等。②内生火热证：实火有心、肝、胃等火热病变。心火则见口舌生疮；肝火则见头痛目眩，面红目赤，口苦咽燥，易怒胁痛等；胃火则见口臭，牙龈肿痛，出血等。虚火多因肝、脾、肾、肺等脏阴虚而致。症见头晕耳鸣，颧红咽干，目涩，干咳少痰，潮热盗汗，五心烦热，舌红少苔，脉细数。
（二）疫疠
疫疠是一种具有强烈传染性的致病邪气。中医学将之称为“瘟疫”“疫气”“戾气”“异气”“毒气”等，具有发病急、传染性强等特点，有的还有季节性。
（三）七情
七情即喜、怒、忧、思、悲、恐、惊等人的情志，是人的意识对外界事物的反应。情绪过于强烈、持久或失调就可能引发脏腑气血的功能紊乱而致病。如“怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下，惊则气乱，思则气结”“怒则伤肝”“思虑伤脾”“恐则伤肾”等。
1.怒则伤肝
肝气升发太过，血随气涌而上逆，可出现头晕、头痛、目赤、耳鸣、突然晕厥情况；怒气伤肝，肝失条达而郁滞，疏泄功能受阻，横逆犯脾（胃），出现脘胁闷胀、呕吐纳呆、胁痛等症。
2.忧则伤肺
肺气失宣，气郁致脾气受阻，脾运失司，会出现胸脘痞满、纳差食少等症。
3.思虑伤脾
思虑过度则气结，气机郁结失畅而影响脾胃的升降功能。脾失健运，胃失和降，气滞胃脘，中焦受阻，而出现脘腹痞满、饮食减少等症。
4.恐则气下（伤肾）
恐为肾志，过度恐惧而伤肾气。肾虚而失于固摄，可出现二便失禁、下肢瘫软，故言“恐则气下”。
（四）饮食劳逸
消化病与饮食因素关系密切。脾主运化，胃为水谷之海，主受纳腐熟水谷，因此，饮食所伤主要累及脾胃。脾胃运化失司则出现食积、湿聚、生痰、化热等病变，也可累及其他脏腑发生病变。①饮食不节或食物粗糙，尤其咀嚼不细，可使脾胃直接受损而病。②进食不洁或腐烂霉变食物，饮水不洁等均能损伤脾胃。③饮食偏嗜：饮食品种缺乏适当调配会引起营养物质缺乏，使阴阳失衡，发生疾病。如过食生冷瓜果易损伤脾胃，恣食辛辣而致胃热偏盛，过食肥甘厚味或嗜酒过度等均可引起脾胃病。
劳逸失调也会致病。劳力过度能消耗精气，劳心过度会耗费阴血，使心神失养，房劳过度则耗伤肾精，但不参加适当体力劳动、不做体育锻炼则易致气血运行不畅而影响脾胃运化功能，症见脘腹痞闷、饮食减少等。
（五）其他
包括创伤、金刃所伤、烧烫伤、虫蛇兽咬伤以及药物（鸦胆子、白芥子、阿司匹林、激素等）、毒物（毒蘑菇、农药污染等）伤害等。
痰饮、瘀血为脏腑发病过程中的产物，同时又可作用于某些脏腑组织，引起各种病证，因此，也是致病因素之一。
1.痰饮
痰饮是水液代谢障碍引起水液停聚于某部位而成病邪。稠浊者为痰，清稀者为饮。狭义的痰饮指咳喘病咳出的秽浊物；广义者是指水液停聚的病证。①痰饮的形成与肺、脾、肾、三焦脏腑功能失常有关。肺失宣降，水液输布、通调障碍；脾失健运，水湿内停；肾阳不足，水液不得化气；三焦失调，水停气聚，均可形成痰饮。②痰饮病可引起多种病证。痰饮停于脾胃可出现胃脘痞闷不舒、恶心呕吐；痰气凝结于咽喉，可致咽中梗阻、有异物感，即所谓的“梅核气”；痰停经络筋骨而致肢体麻木、半身不遂等症。
2.瘀血
瘀血指血液瘀滞于体内，包括溢出经脉外而积存于组织中及因血液运行不畅滞留于经脉内及器官内者。瘀血的形成多因气虚、气滞、寒热偏盛或外伤引起。瘀血多有疼痛、出血及爪甲青紫、皮肤瘀斑、舌紫暗等表现。如瘀阻于胃肠，可有脘腹刺痛、拒按，呕吐血水血块，便黑或下血；瘀阻于肝则见胁肋刺痛或痞块等症。
中医学认为，内科疾病的发生，虽然主病在某一系统，但发病与机体其他方面息息相关。在正不胜邪、阴阳失调及脏腑盛衰失调情况下，易于发病。
病机是疾病发生、发展和变化的机制，内科消化等病的发生、发展和变化均系正气与邪气相争的结果。由于正气与邪气强弱的差异，内科各种病证各有其特有病机与共有病机。
（一）邪正盛衰
1.邪正相争与虚实变化
在疾病过程中，因邪正力量对比盛衰不同，出现虚实不同的病理变化。①邪气盛则实：在疾病发生、发展过程中，如邪气亢盛，则出现一系列邪气有余的实证表现，如体强声亮、呼吸粗大、发热、腹部胀痛拒按、烦躁、脉弦滑实大等。②精气夺则虚：在疾病发生、发展过程中，如正气虚损，则出现一系列正气不足的虚证表现，如体倦神疲、语言低微、形体衰弱、呼吸少气、脉细无力等。③虚实错杂：在疾病过程中，还可因病邪久留，损伤正气，或正气本虚，无力驱邪，引起痰、食、水饮等停留、阻滞，形成实中夹虚、以实为主，虚中夹实、以虚为主，或虚实并重的虚实错杂证。④虚实真假：在疾病过程中可因实邪结聚、阻滞经络以致气血不得外达，或由脏腑气血不足，运化无力，形成真实假虚病证。
2.邪正相争与疾病转归
正盛邪退，疾病趋向好转、痊愈；邪盛正衰，疾病会向恶化发展。
（二）阴阳失调
1.阴阳偏盛
在致病因素作用下，机体阴精与阳气有余，出现“阳盛则热，阴盛则寒”的病理变化。此外，随着疾病的发展，阳热偏盛，必会消耗阴液而致阴虚，即所谓“阳盛则阴病”，临床除热证表现外，还兼有口干舌燥、便秘等阴津亏损表现；反之阴寒偏盛必会损伤阳气而导致阳虚，即所谓“阴盛则阳病”，除寒证表现外，还兼有畏寒肢冷、神疲、脉弱等。
2.阴阳偏衰
为机体阴精或阳气亏虚病证。阳气亏虚，阳不制阴，则阴寒相对偏盛，阴精亏虚，阴不制阳，则阳热相对偏盛，而表现出阳虚则寒、阴虚则热，以及阳损及阴、阴损及阳的病证。
此外，在疾病发展过程中，阴阳偏盛还可出现阴寒过盛、拒阳于外，阳热内结、格阴于外的阴阳格拒状态；阴阳偏衰至极，可出现阴竭阳脱与阴阳不能维系的亡阴、亡阳证。①阴盛格阳：体内阴寒过盛，逼阳于外，形成阴阳不济，寒热格拒，阴盛于内，格阳于外的状态，症见面红、身热、口渴、脉数貌似热证的表现，但面红多为两颧红，身热反欲盖被，口渴但喜热饮，脉大而数，按之乏力（虚数），并见肢冷、便溏、舌淡苔白等寒象（真寒假热证）。②阳盛格阴：体内阳热偏盛，不能外达，形成阴阳不济，寒热格拒，阳盛于内，拒阴于外的状态，症见手足厥冷、脉沉貌似寒证的表现，但四肢虽冷反不欲盖被，喜冷饮，脉虽沉但按之有力，并见咽干、口臭、便结、舌红、苔黄等内热表现（真热假寒证）。③亡阴：机体精血津液大量耗损、丢失，发展为阴液耗竭状态，症见汗出热黏，口渴喜冷饮，唇舌干红，烦躁，脉细或虚数。④亡阳：机体阳气突然脱失，发展为机体严重衰竭状态，症见大汗淋漓，畏寒喜暖，面色苍白，呼吸微弱，四肢厥逆，精神萎靡，舌青紫，脉微欲绝。
（三）气机升降失常
气机升降运行，肾与脾（胃）起着关键作用。肾阳（命火）系机体阳气之本，推动脏腑气血津液升降运行。脾胃为后天之本，气血生化之源，脾（脾气主升）胃（胃气以下降为顺）是清阳上升、浊阴下降的枢纽。而肝的升发、肺之肃降、肾水上升、心火下降、肺之呼吸、肾之纳气等生理活动，均配合脾胃完成升降活动。
气机升降升常是致病因素引起脏腑气机升降功能紊乱的病理表现：①肺失宣降，气机不利，则胸闷、咳喘、尿少。②脾不升清，运化失司，则腹胀、便溏；胃浊不降，则嗳腐、恶呕、不欲食。③肝气上逆则有头晕、易怒、烦躁。④肾不纳气则气短喘促。⑤大肠传导不利，可致便秘；膀胱气化障碍，会致尿少、尿闭等。
病因指导致疾病发生的因素，而病机反映了疾病的病因、病位、病性及正邪相争及进退的关系。临床上以病因、病机为纲对内科疾病加以分类，更能完整准确地把握疾病的发生发展变化规律。
以病因为纲，可将内科疾病分为外感疾病和内伤疾病两大类。外感疾病，是由外感六淫等邪气所致；内伤疾病是由情志刺激、饮食劳倦、起居失常以及脏腑功能失调所引发。两类疾病在发展过程中是可以互相转化的，一些外感疾病可进展转化为内伤疾病，而内伤疾病因正气亏虚也更易感受外邪，在病程的某一阶段可以表现为外感疾病。以病机及病理变化为纲，可将内科疾病分为热病与杂病两大类。热病包括一切有热证而以六经、三焦、卫气营血为主要病理改变的病证；杂病包括以脏腑功能失调为主而产生的病证。
病因分类，突出了病因的特殊性，便于临床辨证求因、审因论治。病机分类反映了疾病病理变化的内在联系，有助于掌握疾病发生发展的规律。因为病机主要反映脏腑功能失调，故可以进一步按五脏六腑进行分类。
病机分类法是在病因分类法的基础上进行的，是对病因分类的补充。因此，临床上可把这两种分类法结合起来，称之为外感热病与内伤杂病。
外感热病，根据感受邪气的不同可分为伤寒与温病，温病又可分为温热病与湿热病。温热病包括了风温、春温、秋燥、暑温、冬温、温毒、温疫等；湿热病包括了暑湿、湿温、伏暑等。按发病特点，温病又可分为新感温病与伏气温病两类，如风温、冬温、暑温、秋燥属新感温病，春温、伏暑则属伏气温病。
内伤杂病分类的理论基础是藏象学说。人体是一个以脏腑为中心的有机整体，外联四肢百骸、五官九窍，以气血津液为物质基础，以经络为通路。因此，内伤杂病虽多，但其病理变化始终不离脏腑功能紊乱、经络通路障碍、气血津液生成运行输布失常。故内伤杂病的分类，则按照不同脏腑生理病理变化而分为肺系病证、心系病证、脑系病证、脾胃系病证、肝胆系病证、肾系病证、肢体经络病证、气血津液病证等。
由于中医对疾病有独特的认识方法，对疾病的命名也自有其特点，大部分是以临床症状和体征来命名。中医内科病证的命名原则主要是以病因、病机、病理产物、病位、主症、体征为依据，如以病因命名的中风、中暑、虫证等；以病机命名的郁证、痹证、厥证等；以病理产物命名的痰饮等；以病位命名的胸痹、肝郁、肾虚、肺痿等；以主症命名的咳嗽、喘证、呕吐、泄泻、眩晕等；以主要体征命名的黄疸、积聚、水肿、鼓胀等。在中医内科学术理论的指导下，逐步形成了与病名相应的病因病机、临床特点、理法方药、类证鉴别、转归预后、预防调护等一系列完整的理论体系。