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皇家学会最早了解到牛顿是因为他在光学方面的研究兴趣，但并非是关于光的颜色是如何形成的新理论，而是关于他利用反射镜取代透镜系统来聚焦光线，从而发明反射式望远镜的实用技术。这个设计现在仍然被广泛应用，今天被称为牛顿式反射望远镜。1671年，皇家学会那些第一次看到这种望远镜的绅士们非常喜爱它，于是在翌年，即1672年，牛顿被选为该学会的会员。这种认可鼓舞了牛顿，他在同一年向学会提交了一篇关于光和颜色的论文。作为皇家学会第一个“实验掌门人”的罗伯特·胡克——以其名字命名的弹性定律至今还为人所津津乐道——被当时的人们（特别是他自己）认为是皇家学会（如果不是全世界的话）的光学专家。他对牛顿论文的反应是以某种居高临下的方式加以批评，这种姿态足以使任何年轻的研究者恼怒。从来就没能够也没学会善意对待批评意见的牛顿，被胡克的评论深深地刺激了自尊。在成为皇家学会会员的头一年，第一次尝试将自己的思想通过正常的渠道传播出去之后，牛顿又退缩回了自己在剑桥的安全港湾，把自己的观念深藏在内心，而不再与当时的科技界接触。
1675年初，在一次访问伦敦期间，如同他所期望的那样，牛顿听说胡克现在已经接受了自己的颜色理论，于是他鼓足勇气向学会提交了第二篇论述光学的论文，其中涉及当把透镜组用含有微小空气缝隙的平板玻璃分离开来时，形成色散光环（如今称之为牛顿环）的方法描述。胡克立刻开始在公共和私人两种场合都发出怨言，说牛顿1675年在学会所陈述的这些想法大部分都不是原创的，而是直接偷窃自他（胡克）的工作。在与学会秘书的多封通信中，牛顿不但否认了这个指控，而且反驳说，胡克自己的工作从根本上说无非就是对于笛卡儿工作的推论而已。
似乎是在学会的压力下，事态正在发酵成为一场历史大争论。当时，胡克给牛顿写了一封信，这在某种程度上可理解为一种缓和关系的举动（如果收信者是个宽厚仁慈之辈的话）。但他在信中依然试图重复以前的观点，并隐含着这个意思，即便是在最好的情况下，牛顿也必须准备好迎接失败的结局。正是这封信，引发牛顿写下了那个著名的箴言：如果他能够比别人看得更远，那是因为他站在巨人肩膀上的缘故。
这段话，传统上被解释为展示了牛顿的谦逊，以及对之前的诸如约翰内斯·开普勒、伽利略和笛卡儿等科学家的认可，因为正是这些人为他自己的运动定律和引力理论奠定了基础。但这种解释是很奇怪的，因为在1675年的时候牛顿还未将自己关于引力和运动方面的思考公之于众。毫无疑问，像牛顿这样极具自负甚至自傲个性的人，不太可能会说出这种谦逊的言辞，而且，这个故事对后代的影响也是显而易见的。那么，这段话的来龙去脉到底是怎样的呢？
1987年，作为纪念《原理》出版300周年活动的组成部分，剑桥大学组织了一周的纪念会，来自全世界的一批顶尖科学家回顾了引力理论诞生以来的历史过程。此次会议中，在美国加州利克天文台工作的英国研究者约翰·福克纳（John Faulkner），基于对牛顿和胡克长期争论的相关文献研究，对牛顿那段箴言的含义做出了一个有说服力的新解释。他认为，牛顿在记下那段话的时候，非但不是谦逊的，而且还是很自负的，他所说的巨人不是指开普勒和伽利略，甚或是做出引力理论的他自己，而是做出了光学方面工作的他自己。
实际上，类似巨人的表达在牛顿时代很普遍，经常用于表示对古代人特别是古希腊人的感恩。17世纪的科学家（特别是牛顿本人）普遍认为，他们自己的所作所为，充其量不过是在一些细节方面重新发现古代人早已知道的法则而已。牛顿在1675年2月5日给胡克信中的遣词用句，无疑是十分谨慎小心的，他们之前的分歧，以及胡克本人对他明显的反感这个现实也会不时浮现在他的心头。
通过引证牛顿和胡克同时代的人，包括胡克朋友的材料，福克纳为胡克画了一幅肖像，完全就是类似于威廉·莎士比亚滑稽剧里的理查德三世的形象——极度扭曲，甚至矮小。虽然这个说法有点夸张，胡克是个小矮人也应该没有什么疑问。
在这个背景下，福克纳认为，牛顿信中提到巨人之前的那些句子，就展现了非常不同的意味。总之，请记住这不是朋友之间的私下便条，而是代表着皇家学会名誉的两个会员，为解决彼此间具有公共影响争执事件的正式信件；牛顿也是经过了仔细的文字推敲来表达自己的意思；按照他之前和之后的行为看，福克纳认为，他对信中的潜台词给予了同等的重视。下面是福克纳对牛顿的意思进行解读的相关句子：
“笛卡儿所做的是一个好台阶。”（解读：他在你之前就做过了。）“你已经在若干途径上做了很多，特别是给薄板色散加以哲学式的考虑。”（解读：你所做的全部都是遵循着笛卡儿的指引。）“如果我能看得更远，那是因为站在巨人的肩膀上。”（解读：特别注意牛顿使用巨人这个词汇时首字母G是大写的，我的研究除了古人，不借助任何人，至少不用借助如你这般的侏儒矮子。）
从这些来往信件的表面价值看，它们实现了学会的客观性，没有引发公众的异议，保留了处理其成员之间争议时的尊严。但其结果是，牛顿在此次遭遇后，进一步退缩回了自己的甲壳里面，耐心地等待着，直到胡克1703年去世，最终得到了安全的环境后，他才在1704年出版了自己的《光学》一书。也仅仅是其朋友埃德蒙·哈雷因彗星问题的介入，牛顿才在第二次与胡克发生争执12年之后的1687年，被动地出版了自己的伟大著作《原理》。此时，该著作的核心内容已经有20多岁了。