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在全面改革的进程中，机构改革已作为一项重大任务提上改革日程。机构改革的直接目的，是通过调整和改变各级行政机构的结构、人员配置和运行方式，实现职能的合理转变，全面提高行政效率。机构改革的成功，对进一步增强企业活力，建立和完善社会主义计划市场体系，实现宏观控制方式的顺利转轨，将产生有力的推动；同时，也将为政治体制改革的顺利展开，创造有利的条件，使我国的上层建筑更加适应发展社会主义商品经济、进一步解放社会生产力的客观需要。
机构改革的核心是将职能科学分解，在此基础上达到国家行政机关的机构设置、人员配备和运行方式的全面合理化，以适应组织大规模经济建设的新要求。国家“七五”计划规定要在“七五”期间形成新型宏观经济管理体制的基本框架。这就进一步明确了政府经济职能的合理转换，即由直接控制微观经济转向通过完善市场间接引导企业，应成为政府机构改革的重点。政府经济职能合理转换的过程和结果，必然意味着经济管理部门的改革和重组。这种重组在整个政府机构改革中处于主导和领先的地位。
当前机构改革应围绕着经济管理部门改革这一重点展开，首先是由经济体制改革进程中暴露的矛盾决定的。中等城市机构改革试点城市的情况表明，经济管理部门的权力、职能、人员配置和运行方式同发展商品经济、搞活企业的内在要求不相适应，已经日益成为新旧体制交替过程中各种矛盾的汇集点。这些矛盾具体表现为：
（一）放权不落实，政企不分问题仍未解决。截权收权、横向移权现象较为普遍。据丹东市有关方面对40个企业的调查，扩权条款基本落实的企业仅占22.5%，扩权条款大部分落实的企业仅占34.5%，扩权条款落实较差的企业则占41.9%，其中工资奖金权、资金使用权、人事劳动权尚未落实。另外，有些城市直接干预企业日常经营的现象还比较严重。例如自贡市，主管部门仍在抓企业生产的月计划，甚至日计划。
（二）部门之间职能交叉，政出多门。例如一件事九个部门同时抓，一个会六个部门同时下通知，使企业无所适从；层次繁多，效率低下，妨碍企业捕捉经济机会。有些城市的企业报批一件事，往往要经过行政公司、主管局、计经委、市政府等诸多层次。
（三）机构主要职能不清，结构性冗缺矛盾突出。科室设置和人员配备比例不当，难以搞好宏观平衡和微观放活。例如，衡阳工业主管局60%以上的人从事行政性和社会性工作，主要业务人员不足40%。
（四）综合经济管理部门薄弱。在政府机构、人员普遍超编的情况下，经济调节和经济监督机构却不健全，人员编制往往也不足，难以承担发展和完善市场体系的任务。
从以上情况来看，要在“七五”期间奠定新经济体制的基础，不从经济管理部门改革入手，就很难打破目前的僵局。
将经济管理部门改革作为政府机构改革的重点，不仅是经济体制深入改革所提出的要求，而且具有跨领域改革的意义。经济管理部门作为政府经济职能的载体和整个国家机器的重要组成部分，处于经济体制和政治体制的接合部，在改革过程中必然触及政治领域的重大问题，因此，经济管理部门的改革不可能不构成政治体制改革的一项内容。正是由于经济管理部门处于“接合部”的地位，就更有理由使政府机构改革从这里先行一步。这样做，既直接有利于经济发展，又可避免机构改革全面铺开可能引起的政治动荡。而且，经济管理部门改革的成功还势必向其他部门提出改革要求并提供必要的经验和条件。从这个意义上说，我们可以把经济管理部门率先改革，当作政府机构全面改革的前哨战。
经济管理部门的改革，要放在全面改革的战略高度，特别是中国政治体制的总格局中来考虑。为了使经济管理部门这一场前哨战顺利实施，需要认真总结历史经验，清理改革面临哪些重大障碍，并针对其中最主要的障碍展开一场外围战，创造基础性条件，以避免孤军深入可能导致的消极后果。从历史经验和现状调查中，可以看出经济管理改革乃至整个机构改革所面临的主要障碍以及造成这种局面的重要原因有这样几个方面：
（一）总量膨胀中的结构失调。以往的机构调整和改革未抓住政府职能科学分解，尤其是经济职能合理转换的核心，局限于中央和地方集权分权、调整条块行政隶属关系：在简政放权过程中，一方面习惯于用增人增机构来实行职能代替，另一方面不撤香火就拆庙，造成“管理真空”，机构不得不减而复增。因而，总量膨胀难以控制，结构失调也未好转。
（二）党政关系、政企关系尚未理顺。党的领导实现方式欠合理，机构重叠、职能交叉，事实上无助于加强和改善党的执政地位，反而加大管理内耗，降低行政效率；政企不分，经营部门庞大，影响企业积极性。
（三）领导职务终身制尚未彻底打破。它使其他方面的干部制度改革难以深入，缘官设庙、机构升格、增设虚职闲职、编余干部不好安排等问题也难彻底解决。
（四）干部制度改革缺乏适当的疏导机制。特别是由于职务工资制的出台缺少与之配套的相应改革，导致争相当官的消极攀比，助长了增设领导岗位、扩大编制、提高级别的势头，造成人员流向和分布不合理。
（五）机构设置和人员编制的确定缺乏严格的法律依据，审批机构缺乏权威性。
克服以上五个方面的障碍，将为机构改革创造有利的环境。但由于每个障碍的制约因素各不相同，难于同时展开全面的外围战，我们只有从矛盾最突出、制约因素较弱小、最能起带动作用的方面创造基础条件，有所侧重，循序渐进，才能保证前哨战的道路畅通。基于这种考虑，我们认为需要创造的条件是：
第一，立即“落闸截流”，控制机构膨胀势头。目前应当采取果断措施停止增编、提职、加设机构（尤其是以增设机构来实行职能转换）的做法。这是实行职能合理分解的前提，也是为了避免出现边改边增的局面。
第二，推出革命性的干部制度改革方案。这是机构改革的基础条件。调整机构必然落实到人事变动上，不仅涉及一般编余干部，也会影响在职干部。只有下决心采取革命性的变革措施，彻底废除领导职务终身制，形成激励干部努力学习、提高自身创新素质而不是消极攀比的制度保障，以经济管理部门为重点的机构改革方能顺利实施，整个机构改革也才能有一个良好的环境。
第三，健全疏导机制。为了使机构改革中的人员流向和分布趋于合理，需要建立健全行之有效的疏导机制。它的关键内容是科学的干部分类管理制度和相应的分类工资制度。企业家，科、教、文、卫等行业的知识分子和党政干部管理要分开，并应在工资制度上同职务工资制脱钩，现出适当差别。当这一种疏导机制建立起来时，就可以引导人们弃官从文、从医、从商、从教，等等，职务工资制单兵突进造成的消极后果也可得以消除，从而使其正常发挥应有的作用。
第四，对机构和人员编制实行法律控制，这是机构改革的必要保障。编制审批机关的权威性也要通过法律手段来保证和加强。
第五，理顺党政关系和政企关系。随着厂长负责制的真正贯彻和不断完善，对经济管理部门内部的党政关系以及经济管理部门同业的关系要作出相应调整，以便加强党对经济工作的领导，改变政企不分。
机构改革只有在合理转变职能的基础上才能达到预期目的。为此需要认真研究职能转变的原则，目前有两种可供选择的方法。（1）模式方法。这个方法是先行调查研究，尔后针对实际问题提出关于职能分解、机构改革的几种具体模式，以供选择。从全国中等城市机构改革试点情况来看，目前对经济管理部门的改革已经提出了三种具体模式：第一种模式，主张撤局、留委，实行统管；第二种模式，主张撤委、留局，同时赋予主管局行业管理职能，实行分管；第三种模式，主张撤局、放权企业，经委转变职能，建立行业协会。（2）原则方法。这个方法是在深入调查研究的基础上，只对机构改革提出指导原则，而不提供具体模式。各地可以参照这些基本指导原则，结合本地区的特点，适当借鉴上述几种模式的经验，建立适合本地区经济、政治、社会发展特点的新型政府机构。
按照第一种方法制定的改革方案，有据可依，有例可效，任务明确，改起来简便，推行起来迅捷。凡是符合改革模式所给定的条件的那些地方，都可按给定的模式进行机构改革。然而，中国经济发展程度不平衡，尤其是改革开放以来，各地商品经济发展程度很不相同，它们对机构改革的要求也不尽相同。如果着眼于提供具体模式，就很难适应千差万别的实际情况。而根据各地的共性和特性概括出有针对性的指导原则，并据此提出适合本单位特点的改革步骤，可能更有利于统一性和灵活性的结合，使各地创造出既考虑到全国统一机构格局，又考虑到本地区实际特点的，最适合本地区实际需要的机构格局。研究职能分解的科学依据，为机构改革提供基本指导原则而不是具体的改革模式，更有利于机构改革的健康发展。
我们认为如下一些原则是进行机构改革的指导原则：
（一）促进市场发育的系统优化原则。从全国情况看，各地区商品经济发展水平和市场发育程度差异很大。有些地区相当落后，还需要在相当大程度上依靠旧行政机构的权威促进市场的发育成熟，以获得良好的竞争环境。现在的问题是先不要忙于撤机构，而是要使现有机构迅速适应建立和发展市场体系的客观要求，在结构配置和职能转换方面，按照促进市场发育的系统优化原则，通过新旧职能代替，稳步过渡，完成新旧机构的合理更替，从而避免机构裁并带来的权力真空。具体来说，就是根据本地区市场发育情况，暂时不能撤的机构先不动，“老瓶装新酒”，发挥原有机构的作用，通过职能转换，促进市场发育，随着市场发育程度而逐步完成机构的合理配置，实现管理机构结构优化，提高机构组合效率，进而带动整个机构的结构重组。
（二）城市功能特点原则。机构改革的一个重要目的是，逐步扭转政府管企业、企业办社会的恶性循环现状。城市作为政治、经济、文化中心，都相应地具有城市管理的共同功能，今后一段时间的趋势是城市政府机构在政治、文化、社会公用事业和福利保障事业等方面加强自己的管理职能，为企业提供良好的外部环境而不是直接管企业。这是城市管理的共同点。但每个城市又因其不同的经济、政治、文化、地理、历史等特点，在城市功能方面各有侧重，这些功能特点在经济体制改革过程中又获得了不同程度的发展，因而应当将不同城市的功能特点作为设计机构改革的重要指导原则。各城市实行机构改革必须紧紧抓住本城市的特点，建立能够充分发挥本城市特有优势，弥补劣势，具有最优结构功能的机构模式。可以按不同的城市类型来考虑其功能特点，例如，对于工业城市，要建立为建设工业基础设施、投资环境和协调生产而服务的机构职能；对于消费城市，要突出为政治、文化、市政建设、公用事业服务的机构职能；对于旅游城市，要加强第三产业、生态平衡、资源文物保护，以及为旅游提供基础设施建设服务等职能；对于经济特区，要加强它们在改善和发展投资环境、第三产业、经济监督、咨询、调节、市场管理等方面的功能。城市功能特点原则就是按照城市的主要经济发展特点，建立富有本城市特点的体现本城市主要功能特点的机构。
（三）企业分类管理原则。由于各地市场发育程度不同，各种类型的企业在当地经济发展中所起的作用也不同，因而对机构职能转变和重组的要求不可能千篇一律。例如，乡镇企业比重大的地区和国营大中型企业比重大的地区对机构职能分解和科学设置的要求必然存在差别。尽管经济管理机构都要向间接管理办法过渡，但只有从不同类型企业的具体情况和要求出发，才能使职能转变和机构重组达到搞活企业的目的。对企业实行分类管理，一方面要有利于搞活国营大中型企业，并注意消除妨碍市场正常竞争的垄断行为；另一方面，要有利于使小型企业能够参与竞争，主管部门应制定相应的进入和退出市场竞争的必要规则，避免不正当的竞争，以维护竞争秩序，促进市场正常发育。对重要的基础设施，不可能完全排斥政企合一的组织、管理方式，在生产方向、物资供应、产量和定价等方面需要偏重直接控制；对垄断性强、产品批量大而种类单一的企业，也不可能完全依靠间接管理手段，必要的指标控制和产品限价不能偏废；对那些竞争性强、产品种类繁多而批量小的企业，在放手让其进入市场竞争的同时，要借助经济参数调节和法规制约来引导其经营方向，使这些企业在组织产供销方面已经形成的市场关系得到健康发展，歪曲市场的行为尽量减少以至消除。在双重体制可能还要相持一段时间的情况下，政府调节市场，市场制导企业的理想状态，需要由直接控制与间接控制并重的过渡来创造条件。这种过渡状态的形成、维持以及向理想状态的转换，沿着企业分类管理原则来考虑，不失为一条路子。随着国有制内部结构的调整，向间接管理为主过渡的基础会更坚实些。按搞活企业的要求来转变职能、调整机构，需要把政府的生产管理职能逐步弱化，加强政府的行业管理、国家资产管理和社会管理的职能，使企业从社会管理职能中解脱出来。但是对不同类型的企业，政府职能转换的程度不应该一概而论。例如，政府对国营大中型企业的生产管理和资产管理要强于小型企业（包括非国营的），而政府对大中型企业的社会管理职能则要弱于小型企业。
（四）机构内部结构合理配置原则。现行机构内部结构的不合理，最突出的有两点：（1）官多兵少；（2）机构内部从事该机构主要职能的处、科、室和工作人员与辅助性处、科、室及工作人员的比例严重失调。一个机构就是一个五脏俱全的“小政府”，严重影响了机构主要职能的发挥。因此，为了提高工作效率，就要在职能转变的基础上，使机构内部结构达到合理配置，具体应做到：（1）把官与兵的比例严格控制在1 : 4的限度内；（2）坚决执行一正一副（至多两副）的规定；（3）严格掌握不设虚职、闲职；（4）机构内部从事该机构主要职能的下属机构和工作人员同辅助性下属机构和工作人员的比例要合理，至少应达到六四开，有条件的可按七三开或八二开的比例来配置。机构内部凡是可以不设辅助性下属机构和工作人员的，应首先压缩这部分多余的单位和人员。
（一）松动基础，下促上调。机构改革的关键条件是企业有没有要求。微观基础松动程度决定了机构调整的方向和时机。调查表明，企业搞活了，市场体系形成了，就会造成“逼宫夺权”的态势。即是说，企业实力雄厚了，经济发展了，就会寻求脱离原有的不适应的机构，从而架空上面的机构。这样就造成了以下促上的局面。目前可以通过三方面工作来松动基础：（1）彻底贯彻厂长负责制；（2）推动横向经济联合；（3）加速各类市场的形成和建设。
（二）政企对话，彻底放权。一般来说，政企之间层次越多，扩权条款落实越差。针对扩权不落实的问题和企业发展的需要，由政府和企业直接面对面地对话，把近几年下放给企业的权力加以理清，看看哪些权力放而收回、哪些权力放而不用、哪些权力根本未放，找出症结所在，由企业提出放权条款和项目。原则上，凡是一切可以下放给企业的权力一律下放给企业。权力下放后，必然造成“香火已撤、庙佛空在”的局面，在这个基础上才可以大刀阔斧地拆庙撤菩萨。
（三）分解职能，调整机构。在政企对话的同时，先行对经济管理机构的职能进行新的分解。在分解职能的基础上，做到：（1）加强宏观经济管理部门，建立联合协调的组织形式。（2）在总体上对职能萎缩、退化和消失的原有机构实行撤、并、转。（3）增设、加强、充实新职能所需要的机构。
（四）稳妥地安排好精简人员的退路。在科学分解机构职能、理顺党政关系的前提下，即可进入最后定编精简。最终定编精简是政策性十分强的工作，而能否安排好精简人员的退路，则关系到机构改革的成功与否。
精简人员退路安排的设想是：（1）自然减员。妥善安排已到离退休年龄的人顺利离退休，适当采取优厚的办法引导一部分人提前离退休。（2）利用疏导机制，将一部分专业干部和其他干部引导到文教卫生、科学技术等工作岗位上去。（3）定向培训，把一部分冗员充实到结构性缺员单位。（4）鼓励干部到基层、农村、边远地区、企业、事业单位去工作。我们还可以采取一些临时性的措施：如提高离退休的待遇；组织参加定向培训，可留原工资至新岗位确定之前；精简后不服从安排的，或定向培训后不服从安排的，可减发或停发工资直至上班为止；干部到基层、农村、边远地区的，要给予适当的待遇上的鼓励；等等。
（五）建立、健全必要的法律保障和财政制度保障。法律制度是机构改革正常顺利进行的保障，也是机构改革完毕后，新机构规范化、稳定化、运转正常化的保障。因此要建立编制法、行政法、国家工作人员法。尤其要实行编制立法，确保编制部门的法律权威性。编制和编制预算经过人大批准生效，任何个人和组织不得干预编制立法；擅自增设机构和人员，应受法律制裁。
在健全法律保障的同时，可考虑运用经济手段控制编制。编制预算与财政体制改革相配套，对编制实行财政控制，地方编制预算纳入地方财政预算，若编制经费结余，地方财政可以留成，若编制经费超额，除进行财政罚款外，还要受法律制裁，以令退编。