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注册会计师应当确定是否有必要实施函证以获取认定层次的充分、适当的审计证据，在作出决策时，应考虑以下三个因素：
评估的认定层次重大错报风险水平越高，注册会计师对通过实质性程序获取的审计证据的相关性和可靠性的要求越高。在这种情况下，函证程序的运用对于提供充分、适当的审计证据可能是有效的。
函证可以为某些认定提供审计证据，但是对不同的认定，函证的证明力是不同的。例如，函证应收账款时，函证可能为应收账款的存在认定、权利和义务认定提供相关可靠的审计证据，但是不能为应收账款的计价认定（应收账款涉及的坏账准备计提）提供证据。
针对同一项认定可以获取不同性质和不同来源的审计证据。函证程序以外的其他程序如果同样能够将检查风险降至可接受的水平，考虑成本效益原则，可以适当减少函证的数量。例如，应收账款的存在认定，可以实施函证程序，也可以通过检查期后收款情况或者检查与赊销业务有关的原始凭证，如发运凭证、销售发票等来获取应收账款存在认定的审计证据。
除上述因素外，还可以考虑下列因素以决定是否选择函证程序：
（1）被询证者对事项的了解；
（2）预期被询证者回复询证函的意愿或能力；
（3）预期被询证者的客观性。
函证的内容包括函证对象、函证的范围和函证的时间三个方面。
审计准则针对银行账户、应收账款等事项函证作出了强制性的规定。
注册会计师应当对银行存款（包括零余额账户和在本期内注销的账户）、借款及与金融机构往来的其他重要信息实施函证程序，除非有充分证据表明某一银行存款、借款及与金融机构往来的其他重要信息对财务报表不重要且与之相关的重大错报风险很低。函证银行存款是证实资产负债表所列银行存款是否存在的重要程序。通过向银行函证（包括零余额账户、在本期内已经注销的账户），注册会计师不仅可以了解企业资产的存在，还可以了解企业账面反映所欠银行债务的情况，并有助于发现企业未入账的银行借款和未披露的或有负债。
注册会计师应当对应收账款实施函证程序，除非有充分证据证明应收账款对财务报表不重要，或者函证很可能无效。如果认为函证很可能无效，注册会计师应当实施替代审计程序，获取充分、适当的审计证据。应收账款函证是证实应收账款存在的重要审计证据。
如果由第三方保管或控制的存货对财务报表是重要的，注册会计师应当实施下列一项或两项审计程序，以获取有关该存货存在和状况的充分、适当的审计证据：
（1）向持有被审计单位存货的第三方函证存货的数量和状况；
（2）实施检查或其他适合具体情况的审计程序。
注册会计师可以根据具体情况和实际需要对下列内容（包括但不限于）实施函证：
（1）交易性金融资产；
（2）应收票据；
（3）其他应收款；
（4）预付账款；
（5）长期股权投资；
（6）应付账款；
（7）预收账款；
（8）保证、抵押或质押；
（9）或有事项；
（10）重大或异常交易。
由此可见，函证通常适用于账户余额及其组成部分（如应收账款明细账）。但是并不一定仅限于这些项目，例如，为了确认合同条款没有发生变动，可以函证被审计单位与第三方签订的合同条款。
注册会计师可以采用审计抽样或其他方法选择函证样本，选择的样本应当足以代表总体。注册会计师可以根据对被审计单位的了解、评估的重大错报风险以及所测试的总体的特征等，从总体中选取特定项目进行测试。选取的特定项目可能包括：
（1）金额较大的项目；
（2）账龄较长的项目；
（3）交易频繁但期末余额较小的项目；
（4）重大关联方交易；
（5）重大或异常的交易；
（6）可能存在争议以及产生重大舞弊或错误的交易。
注册会计师通常以资产负债表日为截止日，在资产负债表日后适当时间内实施函证。
如果重大错报风险评估为低水平，注册会计师可选择资产负债表日前适当日期为截止日实施函证。例如，当审计工作将在资产负债表日之后很短时间内完成时，可能会这么做，并对所函证项目自该截止日起至资产负债表日止发生的变动实施实质性程序。
询证函的设计要服从于审计目标的需要。例如，对应付账款进行函证可以查找未入账的应付账款，发函的对象采用供应商明细表，比采用应付账款明细表更容易发现未入账的应付账款。在函证应收账款时，询证函中不列明金额，这样才能发现低估错报。
在选择被询证者时，既要考虑根据函证项目选择适当的被询证者，又要考虑被询证者对被函证信息是否知情、是否具有客观性、是否拥有回函的授权等（表4-1）。
表4-1 选择适当的被询证者
（1）积极式函证。积极式函证，是指注册会计师要求被询证者在所有情况下都必须回函，确认询证函所列示信息是否正确，或者填列询证函要求的信息（表4-2）。
表4-2 积极函证的两种方式及特点
注册会计师可根据具体情况选择不同的积极函证方式。
（2）消极式函证。消极式函证，是指注册会计师只要求被询证者仅在不同意询证函列示信息的情况下才予以回函。对于消极式询证函而言，未收到回函并不能表明预期的被询证者已经收到询证函或者已经核实了询证函中包含的信息的准确性。因此，未收到消极式询证函的回函提供的审计证据，远不如积极式询证函的回函提供的审计证据有说服力。
当同时存在下列情况时，注册会计师可以考虑采用消极的函证方式：
①重大错报风险评估为低水平；
②涉及大量余额较小的账户；
③预期不存在大量的错误；
④没有理由相信被询证者不认真对待函证。
（3）两种方式的结合使用。以应收账款审计为例，当应收账款的余额是由少量的大额应收账款和大量的小额应收账款构成时，可以对所有的大额应收账款样本采用积极的函证方式，而对小额应收账款样本采用消极的函证方式。
在判断实施函证程序的可靠性时，注册会计师通常考虑来自以前年度审计或类似审计业务的经验，包括回函率、以前年度发现的错报以及回函所提供信息的准确程度等。
注册会计师应当了解被审计单位与第三方之间交易的实质，以确定哪些信息需要函证。对那些非常规合同或交易，对合同条款或交易实施函证的同时，还要确定有无背后协议，特殊安排等。
（1）向知情者函证；
（2）考虑回函者的知识能力、动机、回函意愿等。
询证函所函证信息是否便于被询证者回答，将影响回函率和所获取审计证据的可靠性。此外，对获得被审计单位管理层授权的询证函，被询证者可能更愿意回函。
出于掩盖舞弊的目的，被审计单位可能想方设法拦截或者更改询证函及回函的内容。如果注册会计师对函证程序控制不严密，就可能给被审计单位提供可乘之机，导致函证结果发生偏差和函证程序失效。
（1）将被询证者的名称、地址与被审计单位有关记录核对；
（2）将询证函中列示的账户余额或其他信息与被审计单位有关资料核对；
（3）在询证函中指明直接向接受审计业务委托的会计师事务所回函；
（4）询证函经被审计单位盖章后，由注册会计师直接发出；
（5）将发出询证函的情况形成审计工作记录；
（6）将收到的回函形成审计工作记录，并汇总统计函证结果。
被询证者以传真、电子邮件等方式回函确实能让注册会计师及时得到回函信息，但由于这些方式易被截留、篡改或难以确定回函者的真实身份。因此，如果被询证者以传真、电子邮件等方式回函，注册会计师应当直接接收，并要求被询证者寄回询证函原件。
（1）取得被询证者的同意，可独自前往；
（2）如要被审计单位员工陪伴，注册会计师保持对询证函的控制；
（3）对双方之间串通舞弊保持警觉。
第一步：与被询证者取得联系；
第二步：要求对方作出回应或者再次寄发询证函；
第三步：如果未能得到被询证者的回应或者再次函证仍未回函，应当考虑替代审计程序；替代审计程序应该提供实施函证所能提供的同样效果的审计证据。
例如，应收账款函证的替代审计程序如下：
（1）检查期后收款记录；
（2）检查销售合同、销售发票和发货记录等证明交易确实已经发生的证据；
（3）检查被审计单位与客户之间的函电记录。
在某些情况下，注册会计师认为取得积极式函证回函是获取充分、适当的审计证据的必要程序，则替代程序不能提供注册会计师所需要的审计证据。如果未获得回函，注册会计师应当考虑其对审计意见的影响。这些特殊情况包括：
（1）可获取的佐证管理层认定的信息只能从被审计单位外部获得；
（2）存在特定舞弊风险因素。例如，管理层凌驾于内部控制之上，员工与管理层串通迫使注册会计师不能信赖从被审计单位获取的审计证据。
注册会计师应当调查不符事项，以确定是否表明存在错报。
（1）询证函回函中指出的不符事项可能显示财务报表存在错报或潜在错报。当识别出错报时，注册会计师需要根据审计准则的规定评价该错报是否表明存在舞弊。
（2）不符事项还可能显示被审计单位与财务报表相关的内部控制存在缺陷。
（3）某些不符事项并不表明存在错报。例如，注册会计师可能认为询证函回函的差异是由函证程序的时间安排、计量或书写错误造成的。