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审计程序是指注册会计师在实际业务中的工作流程及具体所做的事情。
在审计过程中，注册会计师可以运用下列审计程序获取审计证据。
检查记录和文件，是指注册会计师对被审计单位内部或外部生成的，以纸质、电子或其他介质形式存在的记录或文件进行审查。某些文件是表明一项资产存在的直接证据，如构成金融工具的股票或债券。但不一定提供所有权和计价的审计证据。检查已执行的合同可以提供与被审计单位运用会计政策（如收入确认）相关的审计证据。
检查记录和文件的特点是，可提供可靠程度不同的审计证据，审计证据的可靠性取决于记录或文件的来源和性质。检查内部记录或文件时取决于内部控制的有效性。
检查有形资产，是指注册会计师对资产实物进行的审查。其特点是能为存在提供可靠的审计证据，但不一定能够为权利和义务或计价认定提供可靠的审计证据。检查有形资产有时可以和观察结合进行，如存货监盘。
观察，是指注册会计师察看相关人员正在从事的活动或执行的程序。例如，观察被审计单位人员执行的存货盘点等。其特点是，观察提供的审计证据仅限于观察发生的时点。因此，注册会计师有必要获取其他类型的佐证证据。
询问，是指注册会计师以书面或口头方式，向被审计单位内部或外部的知情人员获取财务信息和非财务信息，并对答复进行评价的过程。作为其他审计程序的补充，询问广泛应用于整个审计过程。其特点是，通过询问获取的审计证据可靠性较差，询问本身不足以发现认定层次存在的重大错报，也不足以测试内部控制运行的有效性。因此，注册会计师还需要实施其他审计程序以获取充分、适当的审计证据。
函证，是指注册会计师为了获取影响财务报表或相关披露认定的项目的信息，通过直接来自第三方的对有关信息和现存状况的声明，获取和评价审计证据的过程。其特点是，函证获取的审计证据可靠性较高。
重新计算，是指注册会计师以人工方式或使用计算机辅助审计技术，对记录或文件中的数据计算的准确性进行核对。其特点是，通常包括对销售发票金额的计算、检查折旧费用的计算、检查应纳税额的计算等。其主要针对的是计价与分摊认定。
重新执行，是指注册会计师以人工方式或使用计算机辅助审计技术，重新独立执行作为被审计单位内部控制组成部分的程序或控制。
分析程序，是指注册会计师通过研究不同财务数据之间以及财务数据与非财务数据之间的内在关系，对财务信息作出评价。分析程序还包括在必要时对识别出的、与其他相关信息不一致或与预期值差异重大的波动或关系进行调查。分析程序的使用需要存在有预期数据关系。