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先秦至西汉时期是中医体质理论初步形成时期。我国现存最早的医学经典著作《黄帝内经》，对人类个体及群体的体质特征、体质差异、体质形成、体质与疾病的易感性等理论要素进行了论述，并根据阴阳五行学说提出了不同的体质分类方法，初步奠定了中医体质理论的基础，成为中医体质理论形成的源头。
东汉时期是中医体质思想临床应用的开端。东汉末年，医圣张仲景所著的《伤寒杂病论》问世。作为我国第一部理法方药完善、理论联系实际的中医临床巨著，该书体现了体质与发病、体质与病机、体质与诊治等方面的学术思想。
三国至两宋时期，中医体质思想进一步完善。晋代王叔和编著《脉经》，记载了不同体质人的脉象。隋代医家巢元方的《诸病源候论》对病源、证候与体质相关性问题进行了明确阐述。书中提出，“漆疮”的发生是由先天体质禀赋决定的。这一认识丰富了中医体质的病因理论。唐代的《颅囟经》是现存最早的儿科专著，提出了“纯阳”之体学说和“变蒸”说。昝殷所著的《经效产宝》是我国现存最早的妇产科专著，认为产妇表现出“产后多虚”的体质特点，治疗产后病宜采用调理气血、补益脾肾的原则。王焘的《外台秘要》认为，在临床治疗中应当考虑患者体质的不同，从而施与不同的药物用量。孙思邈非常重视维护体质、养生防病、延缓衰老之道，主张通过抑情节欲、适当运动及食疗来强健体质。北宋时期，“幼科之鼻祖”钱乙提出小儿的体质具有脏腑柔弱、易虚易实、易寒易热、脾脏多弱的特点。庞安时编著的《伤寒总病论》认为，发病与否同正气盛衰及抗病能力强弱相关，并提出疾病会因患者体质不同而进行相应的“转化”。陈直在《养老奉亲书》中提出了老人“虚阳”体质的理论。这些医家为中医体质思想的进一步完善与发展作出了重要的贡献，为后世中医体质理论体系的形成与应用奠定了基础。
金元时期是中医体质思想不断丰富的阶段。刘完素认为，疾病的产生都是由于外邪入侵以后随内在体质的“化”与“变”。此外，他还提出老年人多为“气衰”及“阴虚阳实”之体。张从正在体质理论应用方面，阐述了祛邪与扶正的辩证关系，反对滥用补法，强调针对病情及患者体质状况，重视饮食调补。李杲特别强调饮食失调会导致脾胃受损，进而造成体质的偏颇。此外，他还注重“元气”的生理作用，认为脾胃是元气之本，元气是健康之本，对气虚体质的形成与治疗有重要启发。朱震亨在治疗上倡导“滋阴降火”，对阴虚体质的临床调治提供了思路和方法。这一时期，以金元四大家为代表的金元医家为中医体质理论的不断创新作出了重要的贡献。
明清时期是中医体质思想的临床应用阶段。中医体质理论在临床上的应用日趋成熟，朝着体质病理、体质诊断、体质与治疗的关系方向发展，在体质分类问题上也转向了临床病理体质的分类法。明代医家张介宾认为，人的体质受先后天因素共同影响，是可变、可调的。他将体质划分为阴脏、阳脏和平脏三种类型，并提出了“中年振基”理论。温病学派医家吴有性在《温疫论》以醉酒的个体差异表现为例，说明了体质的不同与发病类型的关系。清代医家叶天士认为，老年体质的特点应以虚立论，包括下元虚衰及阳明脉衰。在临证实践中，他善于通过辨别患者的体质迅速而准确地抓住疾病的本质。华岫云与叶天士在《临证指南医案》首次提出“体质”一词，并将体质划分为阴阳两型。此外，他还明确提出了“阴虚体质”“木火体质”“阳虚体质”“质体气弱”“色白肌柔，气分不足”等偏颇体质现象，基本包括了临床常见的大部分偏颇体质类型。徐灵胎在《医学源流论》阐述了疾病的治疗与体质的关系，以及不同体质类型与自然环境和生活习惯等的相关性。陈修园在体质差异与发病的关系方面与吴有性观点一致，提出患者体质的差异性会导致疾病性质及预后转归的不同，主张根据个体体质的差异采用不同的治疗方案。章楠在临证实践中观察到先天禀赋、地理环境及饮食习惯的不同会导致个体体质特征出现差异；在体质差异与疾病治疗的关系方面，他认为医生既要考虑邪气的性质和强弱，更要顾及人体体质的偏颇。总之，这一时期更加侧重于对体质与发病、体质与辨证、体质与治疗用药等的关系的研究，从而使体质分类更适于中医临床的需要。
20世纪70年代至今，是中医体质学理论体系的构建、发展和不断完善阶段。1978年，以王琦为代表的学者们发表了《略论祖国医学的体质学说》论文，首次明确提出了“中医体质学说”的概念。1982年《中医体质学说》专著问世，比较系统地论述了体质的分类、形成，体质与发病，体质与辨证，体质与治疗等内容，初步建立了中医体质学说的理论体系。1995年《中医体质学》专著出版，标志着中医体质理论体系的初步构建。2005年“基于因人制宜思想的中医体质理论基础研究”成为国家“973”计划项目课题，标志着中医体质研究进入了国家最高科研层次。同年，《中医体质学》教材出版，标志着中医体质学完成了从一门学说到学科的转变，成为从中医基础理论中分化出来的新的分支学科；“辨体-辨病-辨证诊疗模式”的提出突破了辨证论治的思维定式，拓展了中医临床思维空间，丰富了中医临床诊疗体系。2009年，《中医体质分类与判定》标准正式发布。这是我国第一部指导和规范中医体质研究及应用的标准，为体质辨识及相关疾病的防治、养生保健、健康管理提供了依据，为个体化诊疗提供了理论和实践支持。同年，该标准被纳入《国家基本公共卫生服务规范》，成为唯一进入国家公共卫生体系的中医适宜技术。中医体质学理论和体质辨识法逐渐被国际同行应用，《中医体质学》著作被日本、韩国翻译出版，中医体质量表被翻译为8种语言在海外和港澳台地区推广应用。如今的中医体质学研究，正以自身主体性与开放相容性为发展模式，作为新兴交叉学科在医学和生命科学研究领域中异军突起，其必将对中医药临床实践、养生、预防及康复医学产生深远影响，为国家正在大力倡导的“中医治未病工程”提供理论指导和实践方法，助力“健康中国”战略。