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新冠肺炎患者在疾病的各个阶段可出现多种功能障碍，《新冠肺炎恢复期中西医结合康复指南》根据ICF框架，从人体结构与功能、活动和参与三个层面讨论了新冠肺炎患者的功能障碍。在面对具体患者时需要根据评估结果具体分析，在制订康复治疗方案时，需要特别注意患者在心理社会功能障碍上的个体差异。
新冠肺炎患者的呼吸功能障碍与其发病后的严重程度密切相关。根据国家卫生健康委员会《2019-nCoV感染的肺炎诊疗方案（试行第六版）》中临床分型标准：除轻型患者临床症状轻微，影像学未见肺炎表现外，普通型、重型和危重型患者均有不同程度的呼吸功能障碍。对新冠肺炎患者发生呼吸功能障碍的病理生理机制认识决定了康复治疗的介入时机。
新冠肺炎患者的呼吸功能障碍主要表现为：呼吸困难、低氧血症、急性呼吸窘迫综合征、呼吸衰竭。功能障碍的表现与严重程度由新冠肺炎的临床分型和病理生理变化决定。
呼吸困难是新冠肺炎患者较为常见的功能障碍之一。在这里需要注意的是呼吸困难是一种主观的感觉，虽然呼吸困难有其产生机制和病理生理学基础，临床上也常将呼吸困难的症状看作疾病严重性的表现，但呼吸困难的严重程度却不一定能完全与疾病的严重程度相对应。对新冠肺炎患者呼吸困难的观察也印证了这一点：部分新冠肺炎患者的呼吸困难改善与疾病恢复的情况不成比例。少数患者在核酸检测两次阴性，指氧饱和度达到98%或以上时，仍有明显的症状。
低氧血症是呼吸系统疾病发展到呼吸功能障碍时的主要病理生理改变，也是除轻型以外的新冠肺炎患者普遍存在的功能障碍之一。随着病情进展，重型与危重型患者可存在难以纠正的低氧血症。根据目前的临床资料显示，重型患者发病至呼吸困难时间为5.0天，ARDS时间为8.0天，多数患者需要氧疗，少数患者需要有创通气，甚至需要体外膜氧合，此种情况多发生于年龄偏大（中位年龄66岁），基础疾病较多的新冠肺炎患者中。
由于目前仍缺乏针对新型冠状病毒的特效药物，急性期呼吸功能障碍的改善主要依靠对症支持治疗，康复介入需要与疾病的临床特点和防控要求密切结合。对于收入ICU的重型/危重型患者，病情监测、对症支持、保护或支持器官功能仍是临床救治的重点；在生命体征稳定后，康复医学的介入主要是通过康复医学的系统管理手段，安全有效地解决疾病导致的缺氧状态，例如：通过心理干预、疾病健康宣教、放松训练等手段减少患者因对疾病认识不足、环境或辅助呼吸设备不适应、躯体症状等产生的焦虑、失眠、烦躁等心理障碍导致的氧耗增加。随着病情的逐步恢复，对疾病监测的同时，在肺功能评估的基础上，进行针对性的肺康复训练可有效促进肺功能恢复。具体评估内容及操作要点见本章第二节康复评估。
新冠肺炎患者在病程中不可避免长期卧床和缺乏运动，这是导致躯体功能障碍的主要原因。常表现为全身乏力、易疲劳、肌肉酸痛、心慌，部分伴有肌萎缩和肌力下降。同时因疾病带来的心理压力和心理创伤，也存在与心理因素密切相关的躯体症状，如失眠、乏力、心慌、胸闷、吞咽困难、尿频等。这些躯体化症状可涉及神经、循环、消化、呼吸、泌尿生殖、内分泌、运动等多个系统。
呼吸功能障碍也属于躯体功能障碍，由于它是新冠肺炎患者首当其冲的功能障碍，在解读躯体功能障碍前，已将其单独阐述，接下来的内容侧重于呼吸功能障碍以外的功能障碍。
运动是运动系统、神经系统、循环系统、呼吸系统共同参与完成的复杂生命活动，同时运动也会对消化系统、内分泌系统和泌尿系统产生不同的影响。由于新冠肺炎是呼吸系统疾病，患病后首先影响呼吸系统，其次是与呼吸系统有着密切关系的循环系统；新冠肺炎患者在病情进展的急性期被迫卧床休息，长时间卧床制动可导致制动综合征，进而影响运动系统，虽然制动综合征也会对其他系统的功能产生不利影响，但新冠肺炎患者躯体功能障碍的主要表现仍然是心肺功能下降、运动能力和耐力下降。
新冠肺炎患者在平静状态下常见心动过速，即便是普通型患者，在轻微的体力劳动时也可出现心动过速。在摄氧量一定的情况下，新冠肺炎患者的心率高于正常水平，提示每搏输出量较低，由于未经特殊训练的一般人群心输出量是相似的，心动过速反映出新冠肺炎患者存在心肺功能下降。
新冠肺炎患者的运动能力和耐力两方面均有下降。运动能力指人体在运动时所表现出来的能力，具体又可以划分为一般运动能力和竞技运动能力。前者主要是指人们在日常生活、劳动及一般运动中所表现出来的走、跑、跳、投掷、攀登、爬越等基本能力，后者则是为了完成某项竞技比赛所具备的运动能力。运动耐力是指人体长时间进行肌肉活动的能力，也称抗疲劳能力。耐力素质体现了肌肉耐力、心肺耐力和全身耐力的综合状况，它与肌肉组织的功能、心肺系统的功能以及身体其他基础系统功能的提高密切相关。
随着医学的发展、疾病范畴的改变以及人民健康需求的提高，现代人群的健康观和医学模式发生了转变，医学模式已从生物模式转变为生物-心理-社会医学模式。这意味着医学研究的对象是患者而不是疾病。在研究新冠肺炎患者的心理及社会功能障碍时，需要更明确地认识到，新冠肺炎不仅是一种疾病，而且是一种群体灾难性事件。在探讨新冠肺炎患者的心理及社会功能障碍时，需要注意两个层面上的应激心理反应：一方面是疾病本身给患者带来的不良情绪反应，常常表现为焦虑、抑郁、恐惧等；另一方面是灾难所致的创伤后应激反应。均可引起患者的心理及社会功能障碍。
新冠肺炎患者可能出现的心理障碍包括：创伤后应激障碍、适应性障碍、居丧反应、睡眠障碍。这几种心理障碍可能单独或同时存在，在临床表现上可存在巨大差异，有时难以区分。考虑到心理功能障碍对患者的社会参与功能的影响，需要专业人员采取合适的量表对二者同时进行评估，评估的准确性会影响其后治疗方案的选择，尤其是药物干预方面。帮助患者克服心理障碍的最终目标就是帮助患者重返社会。