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但是，自私的基因这场革命绝不是冷酷无情的霍布斯式的命令，让人们休管他人瓦上霜，事实上它正好相反。它终究还是会给利他主义腾出空间。达尔文和赫胥黎像古典经济学家那样，势必认为人们的行为都是出于自私的目的，而威廉斯和汉密尔顿则通过展现一个更为强大的行为驱动力来给大家找到出路，这个驱动力就是基因利益（genetic interest）。有时候自私的基因会利用无私的个体来实现它们的目标。因此，个体的利他主义行为突然间变得可以理解。赫胥黎只考虑到个体，因此只关注个体之间的生存竞争，从而忽视了个体之间并不相互争斗的无数方式，克鲁泡特金已经指出这点。赫胥黎要是知道从基因的角度考虑，那么他可能就不会像霍布斯那样得出关于个体的结论了。我们后面会看到，生物学缓和了经济学中的教训，而不是强化了它们。
这种基因的视角呼应了关于动机的古老争论。如果一位母亲只因为她的基因私利而对自己的子女无私奉献，作为个体而言，她仍然是在展现无私的行为。如果我们知道一只蚂蚁只是因为它的基因以自我为中心而专为他者做贡献，我们还是不能否认这只蚂蚁本身在展现利他行为。如果我们能承认个体之间彼此友好相处，那么引发这种美德的基因的动机何必还要去理会。从现实层面来看，一个人如果只是为了享受荣耀，而不是因为想做好事而去救落水的同伴，这又有什么关系呢？同样，如果他是迫于自身基因的命令这样做，而不是自觉自愿地选择这样做呢？这些根本不重要，只有他实际做的事情最重要。
有些哲学家说，根本就不存在动物的利他主义，因为利他主义必然牵涉慷慨的动机，而非慷慨的行为。即使圣·奥古斯丁也纠结于这个问题。他说，给穷人救济，必须是出于对上帝的爱这一动机做出的行为，而不是出于虚荣。同样的问题让亚当·斯密和他的老师弗兰西斯·哈奇森（Francis Hutcheson）产生分歧。哈奇森认为由于虚荣或自私而做的慈善不叫慈善。斯密认为这太过于极端。一个人即使是出于虚荣的目的，他还是可能会做一件善事。声援康德观点的经济学家阿玛蒂亚·森（Amartya Sen）写道：
如果知道他人遭受折磨让你感到难过，那么这就是同情心……人们可能会说基于同情心做出的行为在很大程度上是以自我为中心的，因为一个人看到他人快乐自己也觉得快乐，看到别人痛苦自己也觉得痛苦，这样，同情的行为就可以帮助人们追求自身的有用价值。
换句话说，你越是真切地感受到人们的痛苦，你为减轻那份痛苦所做的努力就让你显得越自私。只有出于冰冷而又无动于衷的信念做好事的人才称得上是真正的利他主义者。
但是对于社会而言，真正起作用的是人们会不会彼此友好相处，而不是他们出于什么动机。如果我举办一个慈善筹款活动，我决不会因为有些公司或名人更多是为了出名曝光而不是出于对慈善事业的热爱而把支票退还给他们。同样，汉密尔顿发展出那套亲缘选择（kin selection）的理论时，他从来没有因为工蚁一直不育而将工蚁的行为解读为自私自利而非无私奉献。他只是将工蚁无私的行为解读为自私的基因所带来的结果。
例如，我们也可以考虑一下遗产继承这个问题。全世界范围内人们不断赚钱的动力之一就是将财产留给儿孙。这种人类的本能从来也没有灭绝过：除了极少数例外情况以外，人们总是设法将大部分财产传给下一代，而不是自己全部花光，捐给慈善机构或只是撒手而去，让陌生人来瓜分他的财产。然而古典经济学却无法解释这样一个慷慨的动机，尽管它看起来这样明显。经济学家只有接受这一事实并猜测它的原因，但他们无法合理解释这个现象，因为这样做对个体而言毫无益处。而从人类基因论的观点来看，这样令人惊讶的利他主义行为就是完全有道理的，因为金钱随着基因一起传承，即使人已不在，金钱也传到了下一代手里。
如果自私的基因将卢梭从霍布斯式生存斗争的魔掌中解救了出来，也决不能认为它对天使而言是态度友善的。因为它同时预言普遍性的慈善只是乌托邦式的空想，完全不可能实现，自私的真菌随时会给任何一个和谐的整体来一记当头棒喝。它会让我们怀疑自私是无休止的叛变产生的根源。正像霍布斯说大自然的状态并不是一派祥和的，汉密尔顿和罗伯特·特里弗斯这两个倡导自私基因的逻辑的先驱也说，父母和子女之间的关系，或者丈夫和妻子间的关系，抑或社交伙伴之间的关系，并不是一种互相满足的关系，而是一种相互斗争并从中获利的关系。
就拿腹中的胎儿来说吧。再没什么能比怀孕的母亲与她肚子里的胎儿之间的利益纠葛更为常见的了。母亲希望胎儿能顺利发育，因为它能将自己的基因携带给下一代，胎儿希望母亲平安健康，因为不这样的话它将难以存活。他们都在依靠母亲的肺进行呼吸，都在依靠母亲的心脏不停跳动得以维生。两者间的关系完全和谐一致；怀孕是一场母子合作的努力。
或者这只是生物学家曾经的想法。在罗伯特·特里弗斯注意到分娩后母亲和婴儿在日常生活中（或者在诸如断奶时间节点这类的事情中）存在多少矛盾以后，大卫·海格（David Haig）将这种思考又带回到子宫当中。他说，我们可以考虑一下母亲和胎儿相互间并不一致的那些方式。母亲希望自己能活下去，再要一个孩子，而胎儿则想要母亲把绝大部分的精力都放在自己身上。母亲只分享给胎儿一半的基因，胎儿的基因也只有一半来自母亲；如果他俩当中必须得牺牲一个另一个才能活下去，那么母亲和胎儿都想成为幸存者。
1993年底的时候海格发表了令人震惊的证据，推翻了传统的柔情蜜意的观点。他发现，在各个方面，胎儿和供养它的胎盘之间相互作用的方式都更像微妙的体内寄生物，而不像是（母亲的）朋友，它们总是设法将自己的各种利益置于母亲的利益之上。胎儿的细胞入侵血管，将母亲的供血系统导向胎盘；它们嵌入胎盘壁中，将里面的肌肉细胞杀死，这样就可以将母亲对那部分血管的控制能力消除；经常让怀孕过程变得错综复杂的高血压和先兆子痫大部分都是由胎儿引起的，胎儿力图利用荷尔蒙来改变母亲的血液流向，减少血液流向其他器官以专门供应自己。
同样的争夺战还发生在血糖供应上。在怀孕的最后三个月，母亲的血糖量相对比较稳定，但是她每天分泌的胰岛素会越来越多——胰岛素是一种荷尔蒙，通常用来抑制血糖水平。这种矛盾现象产生的原因其实很简单：胎盘在胎儿的控制下，向母亲的血液中注入越来越多的一种叫作胎盘催乳素（HPL）的荷尔蒙，它直接阻断了胰岛素产生的效果。在正常怀孕妊娠周期内，相对而言，孕妇体内会分泌大量的胰岛素，尽管在少数几个例子中，即使一点胎盘催乳素也没产生，母亲和胎儿也都没受到什么实质性的影响。所以母亲也好，胎盘也好，两者都在大量生产越来越多作用相反的荷尔蒙，因此二者的作用相互抵消，那么到底发生了什么呢？
在海格看来，这是一场拉锯战，一方是贪婪的胎盘，极力要在母亲的血液里增加血糖含量以满足自己的需求；另一方是节约的母亲，设法确保胎盘不要将她那宝贵的血糖摄入过多。对有些女性而言，这场短暂而又胶着的战争带来的结果是引发了妊娠期糖尿病——胎盘在这场战争中全面赢得了胜利。此外，胎盘产生的胎盘催乳素这种荷尔蒙由一种胎儿单独从父亲那里遗传的基因所控制，好像胎盘是父亲派出的寄生物，寄生在母亲的体内。现在子宫里的和谐还有可能吗？
海格的重点并不是设法说明所有的怀孕都是一场敌我双方艰苦卓绝的拉锯战；母亲和胎儿在育儿方面基本上还是齐心合力的。作为一个个体，母亲含辛茹苦抚养并保护婴儿，她的无私行为还是令人惊讶。但是，母亲和孩子之间不但有共同的基因利益，同时还有各自的基因野心。母亲的基因的所作所为，不论是对胎盘呵护有加，还是与之锱铢必较，好像都是完全受私利的驱使，只是她的无私行为掩盖了这一事实。即使是在子宫这样一个充满爱和互助的圣堂，我们还是发现了自私的冷酷主张。