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在海外清史研究史的成果付梓之际，很多问题依然摆在众多清史学者面前。首先是清史研究能否作为独立研究领域。与中国其他朝代不同，清朝因为西方的入侵而使得中国进入近代社会，这使得清史研究在全球范围内都存在这样一种割裂：清前期属于传统中国（古代史），清后期属于近代史。这种割裂使得有些国家或地区并不存在一个独立的“清史”研究领域。
在马克思主义等欧洲思想的视野下，中国王朝的更替同社会发展的进程未必一致。在深受马克思主义史学影响的日本，尽管清朝统治的独特性一直是“清史固有的问题”，但这一问题在战后并非日本清史研究的中心。岸本美绪等学者认为，从时代特征来看，明末清初更为接近；鸦片战争之后，晚清民国构成了近代，故清朝并不能展示中国历史的时代特征。她在回顾日本清史研究学术史时，开篇即言“清史研究未必可称为一个独立的研究领域”。在传统—现代对立的思想框架下，“清朝”作为一个历史时期在费正清的研究中也没有多少比重。稍后在美国流行的“帝制中国晚期”（Late Imperial China）以及“近代早期”的时段概括都不将清朝视作独立的历史单元。
其次是如何正确对待学术与政治的关联。海外清史研究一开始就与政治密不可分。众所周知，西方很多清史研究成果出自传教士之手，二战之前日本学者的研究很多都受到日本侵华政策的影响。同样，冷战不仅影响了美国的清史研究，也让苏联的清史研究出现思路上的停滞。很多受到政治左右的学术研究，一样具有很高的学术水准，但也有一些成果因为政治偏见而失去客观性。如何正确评价这些受到政治影响的研究成果，如何在研究中保持学术的客观公正，恐怕是学者们一直需要考量的问题。
再次是话语权势问题。由于历史传承和现实国力等多种原因，不同语言写作的清史研究成果在世界的地位并不相同。显而易见，这种不同地位的差异不完全是学术质量导致的。就海外学术成果发表来看，二战之后，尤其是近几十年来，用英文发表的成果地位显著上升。日美两国学者几乎同时对八旗制度和清代国家的性质开展了深入研究，都取得了不俗的成绩，但近年来不仅在中国，在全世界范围内美国“新清史”的影响都更大。反之，有些语言写就的清史研究成果，可能因为影响力有限而低估其研究水平。时至今日，用朝鲜语、越南语等语言写就的清史研究成果，在国际上依然影响甚微。即便法国曾经是海外汉学的中心，今日法文研究成果的影响力也已经不如从前。
最后是如何看待清史研究的全球化问题。不同国家之间的清史学者相互学习，取长补短，当然是一件值得称赞的事。但是，清史研究全球化带来的一个后果就是，研究主题和问题意识的同质化。占有话语优势的国家，很快将其问题意识和选题转化为世界潮流，在一定程度上侵蚀话语弱势国家在清史研究方面的主体性。这种状况并非近年来所独有，但最近由于互联网革命和交通的便捷，强势话语国家的研究潮流比过去传播得更快，影响也更大。日美等国的清史研究成果和潮流很快就传到其他国家。近些年，有些国家的清史研究，在问题意识和选题等方面都深受日本和美国清史研究的影响。
海外清史研究的问题，对中国的清史研究来说，亦是挑战。对多数中国学者而言，清史可以视作一个独立的研究领域，但依然有人以鸦片战争为界将清朝分为前后两段，人为割裂清史的整体性。自近代以来，中国学术研究也深受西方的影响。时至今日，中国史甚至被视作最具国际性的研究领域，清史亦不例外。坦率地说，目前国内的清史研究，在一些领域还不能称之为领跑者。从近几年“新清史”在中国引发的激烈争论来看，中国清史学界的话语权还有待提升。近年来学界开展的中国学术外译工程，固然有助于提升中国学术的影响力，但也一定程度上表明中文话语权的相对弱势。而近年来海外清史论著中译稿在国内受到的热捧，尤其值得我们深思。海外清史研究的优点和长处，当然值得我们借鉴和吸收，但如何在吸收他人长处的基础上构建具有中国特色的话语体系，进而提高研究水平，让中国的清史研究成为世界潮流的引领者，是中国清史学者面临的艰巨任务。