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八旗旗主之考订。清初八旗旗主、旗色几经易换，使清初历史人物的旗籍极其混乱。乾隆朝以后，为开国诸王立传时，也往往以最后确定的旗籍为准，而前朝史书为掩饰满洲贵族集团明争暗斗的内幕，也对诸王各时期的不同旗籍讳莫如深。因此只能通过对清初官书中钩稽爬梳，才可以求得清开国初期八旗旗主在政治风云变幻中不断演化的历史真相。
这方面的研究成果主要集中在考订天命、天聪、崇德各朝的八旗旗主及其演变、旗主何以被封等问题。
孟森、陈捷先、李鸿彬、郭成康、孟宪刚、刘小萌、杜家骥等多位学者对清初八旗旗主的流变进行了详细而缜密的考证。
陈捷先的《后金领旗贝勒略考》一文，对后金八旗的领旗贝勒做了初步分析。他通过《建州闻见录》《朝鲜王朝实录》等朝鲜史料记载的天命五、六年（1620—1621）的八旗各旗的领属以及历朝清实录和《旧满洲档》等资料进行综合分析，认为天命五六年间努尔哈齐（努尔哈赤）辖两黄旗，代善辖两红旗，皇太极、杜度分别辖正、镶白旗，莽古尔泰与阿敏分别辖正、镶蓝旗；天聪年间皇太极辖正黄旗、阿巴泰辖镶黄旗、多铎辖正白旗、多尔衮辖镶白旗、代善辖正红旗、岳托辖镶红旗、莽古尔泰和德格类辖正蓝旗、阿敏与济尔哈朗辖镶蓝旗。
但是该文将旗主和旗内领牛录的贝勒一并作为“领旗贝勒”讨论，常有容易混淆之处。因此，大陆学者在研究此一问题时，要么改换专主一旗贝勒的名称，要么直接讨论八旗“旗主”而略谈八旗内其他领有牛录的贝勒。
李鸿彬、郭成康就将史学界通常使用的专主一旗的贝勒（即旗主），改称为“主旗贝勒”，认为“使用主旗贝勒一词，不仅将旗内诸贝勒划清了界限，而且和各旗的管旗大臣——固山额真也有了明确的分别”
。
关于旗主问题存在一个核心的争论点，即天命七年（1622），当努尔哈赤宣布八王共治制度的时候，是否存在八个旗主，八个旗主到底是谁？在现有研究中，对于四大王代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极毫无争议，但对于四小王是谁则争论较多。
民国时期孟森通过梳理清入关前后几十年间的史料，提出四大王为代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极，四小王为济尔哈朗、多尔衮、多铎和岳托的观点，其最主要的史料依据是以《国史列传》之“阿巴泰列传”中皇太极所说“阿济格、多尔衮、多铎，皆先帝分给全旗之子”一句，但孟森那时并没有用到满文材料。
郭成康等学者不仅利用满文材料，还将入关前的旗主进行了一番考订。作者找到了“阿济格、多尔衮、多铎，皆先帝分给全旗之子”这句史料的满文出处。他指出，其满文原意为“阿济格阿哥、多尔衮阿哥、多铎阿哥皆汗父亲的完整旗把使专主诸子矣”（即阿济格阿哥、多尔衮阿哥、多铎阿哥皆系令其专主汗父之整旗的诸子）。很明显，这是指阿济格三人拥有努尔哈赤的两黄旗，而非分得三旗。这一解释非常为学术界信服。关于入关前的八旗旗主，作者考证天命年间努尔哈赤掌两黄旗、莽古尔泰掌正蓝旗、阿敏掌镶蓝旗、皇太极掌正白旗、杜度掌镶白旗。天聪年间，皇太极掌两黄旗、代善掌正红旗、岳托掌镶红旗[至迟在天聪五年（1631）]、莽古尔泰掌正蓝旗[天聪六年（1632）改为德格类，天聪九年（1635）为太宗兼并，后重建改为豪格]、阿敏掌镶蓝旗[天聪四年（1630）改为济尔哈朗]、多铎掌正白旗、阿济格掌镶白旗[天聪二年（1628）改为多尔衮]。崇德年间，除了崇德四年（1639）镶红旗主旗贝勒因岳托战死旗王改为其子罗洛宏外，其余不变。
刘小萌借鉴日本学者神田信夫的观点，认为天命七年所确立的八位旗主是代善（正红旗）、莽古尔泰（正蓝旗）、阿敏（镶蓝旗）、皇太极（正白旗）、阿济格（镶白旗）、多尔衮（镶黄旗）、多铎（正黄旗）、岳托（镶红旗）。此八人也是天命末年金国地位最显赫的八和硕贝勒。
不过杜家骥对天命末年的八旗旗主另有一番考证。他认为，天命七年三月努尔哈赤训谕中的“八和硕贝勒”应为旗主八人，也就是说该年之前的八旗归属状况正如李鸿彬、郭成康考证之结果，而在此之后的天命末期八旗应该有八个旗主。他以《满文老档》中有关1624年八旗贝勒元旦贺仪班次的一则关键性材料为突破口，证明当时的四小贝勒应该是正黄旗旗主阿济格、镶黄旗旗主多铎、镶红旗旗主岳托、镶白旗旗主杜度。杜文还证明，天命九年（1624）以后至努尔哈赤去世以前，努尔哈赤为了厘清白旗的关系，为防止皇太极与杜度之间出现矛盾，杜度被调到镶红旗下，镶白旗旗主则代之以皇太极之子豪格。这一证明解答了李鸿彬、郭成康关于杜度何时调入镶红旗、豪格何时成为镶白旗旗主的“不可考”的疑问。
该文考证详细，推理缜密，确为的论。
20世纪90年代以后的研究没有停留在谁是旗主这个问题上，而是更加深入地探讨旗主的来源问题，如部分学者对莽古尔泰入封正蓝旗之前的旗分提出疑问。姚念慈认为，正蓝旗与两白旗都是出自原褚英之白旗。他认为莽古尔泰与阿敏是同母异父的兄弟，阿敏之母富察氏先侍舒尔哈齐，再侍努尔哈齐（努尔哈赤）。
王景泽从“和硕”乃“四隅”说入手，认为四大和硕贝勒当是“掌管”同色旗的贝勒。他认为，阿敏是曾“掌管”两蓝旗的正蓝旗旗主。莽古尔泰先在正黄旗，以汗之和硕贝勒的身份，参加议政，但并不是正黄旗的旗主。天聪五年（1631），莽古尔泰弑母邀功，引起努尔哈赤反感，遂被逐出正黄旗，至其弟德格类的镶蓝旗。后借代善废储一案，莽古尔泰因完全站在太祖一边，而得势力压阿敏，与其调换旗色入封正蓝旗旗主，阿敏改封镶蓝旗旗主。这一过程大致出现在天命五年（1620）至天聪七年（1633），即太祖决心确立八和硕贝勒共治国政体制的这一期间。
滕绍箴赞成莽古尔泰正蓝旗出自褚英的白旗的观点，他以天命六年（1621）的八旗牛录数目为依据，认为当时正蓝旗二十一牛录，加上两白旗三十三牛录才刚好与两红旗数目持平，遂得出前面结论。他并不赞同姚念慈关于莽古尔泰与阿敏是同母异父的兄弟的观点，但他认为阿敏、莽古尔泰成为两蓝旗旗主还是受到了努尔哈齐（努尔哈赤）继妃富察氏的影响，因为当时努尔哈齐（努尔哈赤）家族与富察氏政治联姻，而富察氏衮代也是一度具有影响力的大福晋。
在旗主来源这个问题上，日本学者杉山清彦则另寻他径，着重分析了各旗主为何会成为该旗旗王，或者说是为何封入该旗的问题。他认为八旗旗王封入某旗而执掌某旗，是与其本身的母系、妻系的姻亲关系存在很大关联的。作者经过严密考证认为：（1）努尔哈赤大妃属正黄旗乌喇那拉氏，因此大妃所生阿济格、多尔衮被封入正黄旗；（2）皇太极母系是正白旗叶赫那拉氏杨佳努系，因此皇太极被封入该旗；（3）旗王代善的夫人是正红旗叶赫那拉氏清佳努系，因此其掌管正红旗；（4）旗王莽古尔泰的夫人属正蓝旗哈达那拉氏，故其被封入正蓝旗；（5）镶蓝旗旗王阿敏的夫人属镶蓝旗辉发那拉氏，故其掌镶蓝旗。
清初的四次改旗事件。清太宗一朝，是满族社会从八旗贵族分权向中央集权过渡的重要时期。在这场权力斗争的过程中，皇太极为了加强自己的实力，巩固其继任汗的统治地位，采取了一系列政治措施，抑制各旗旗主的权力，其中“改旗”是一项重要的决策。这主要体现在太宗继位之初更换旗色、天聪九年（1635）兼并正蓝旗并改组新正蓝旗两件大事上。而多尔衮与多铎互换旗色、多尔衮兼并豪格正蓝旗而自将也反映了清入关前后八旗内部的权力斗争。
孟森围绕八旗旗主的人选变化，对贯穿太祖、太宗、世祖三朝的宗室斗争、八旗的兼并问题进行了翔实的考证。孟文对努尔哈赤杀舒尔哈齐、褚英，皇太极整肃阿敏、莽古尔泰，吞并正蓝旗，多尔衮之扩充势力及被追论，皇室控制上三旗等事件均予以关注，尤其是首次证明了皇太极兼并莽古尔泰正蓝旗并改组成立新正蓝旗的史事。该文认为，太宗兼并正蓝旗之意，非利其财产，而特欲并其人众，以去一逼，明示八固山公议国政之制当除，甚至认为“太宗之罪状莽古尔泰，不必符于事实，不过欲杀兄以殖己之势耳”
。
至20世纪80年代初，白新良所撰两文对皇太极互换两黄、两白旗色进行了详细的论述。作者认为，努尔哈赤并没有把自己的两黄旗交给皇太极，而是交给了阿济格、多尔衮、多铎，皇太极并没有继承努尔哈赤的两黄旗，而是将努尔哈赤时期的两白旗改为两黄旗。努尔哈赤时期的两黄旗和皇太极时期的两黄旗，虽然旗色相同，但其基本部众，却大不相同。这次改旗促进了皇太极实力的增长，使满族政权形成了新的核心和中坚，初步取得了稳定形势的效果。此外，这次改旗导致的努尔哈赤时期黄、白各旗在后金政权中地位和作用的变化，也构成了皇太极继位后相当长时期存在的黄、白矛盾的特殊历史根源。
白新良的这一发现的学术意义重大，为学界广泛认同。
姚念慈对于皇太极时期的换旗问题也有独到的观点。他认为，天命末年，努尔哈赤所确定的八旗旗主中，镶白旗旗主初为杜度，后努尔哈赤以阿巴泰替换杜度。天聪时期，皇太极将阿巴泰的镶白旗改为镶黄旗。到天聪六年（1632），皇太极南面独坐时，豪格被封入镶黄旗，阿巴泰不再是旗主，且被置换到镶红旗下。天聪九年（1635），皇太极吞并正蓝旗，豪格成为新正蓝旗旗主，至此，皇太极才真正一人独领两黄旗。这其中，姚念慈也揭示出清朝的官书中对这些问题的极力隐饰。
日本学者杉山清彦认为，天聪九年，是因当时正蓝旗莽古尔泰、德格类兄弟俩死后，该旗并无旗王之际，皇太极并不同意莽古尔泰遗子袭封旗王，并乘机以谋反罪处置正蓝旗相关人等从而得以兼并、改组正蓝旗。该事件表面上看是汗权的强化，但是若要介入其他旗，谋反的罪名和暴力手段是必不可少的。以此来看，倒不如说是体现了汗权的不稳定性。该事件之后，皇太极名副其实地确立了汗权，不过也应该明白他仅仅是确立了他个人和有他一代的汗权。他死后，汗权（皇权）对三旗的支配立即瓦解，到顺治朝则开始了以多尔衮为轴心的新一轮抗争。
佟悦也认为，皇太极为了实现专权，预谋并成功吞并正蓝旗，所谓的莽古尔泰谋反一案当是冤狱。皇太极吞并正蓝旗之后，“八和硕贝勒共治国政”体制在形式上已经不复存在了。
滕绍箴则认为，在皇太极吞并正蓝旗后，形成了皇太极兼辖两黄旗、正蓝旗的强大核心凝聚力。“上三旗”的出现，是满洲皇权道路上的最初奠基石，这是满洲八旗制度的根本性变革，在某种程度上是对八家分隶的否定。
由于太宗兼并正蓝旗，其掌握了三旗势力，因此诸家也在此基础上探讨所谓入关前的“上三旗”问题。王育济认为，正蓝旗被兼并后，八旗已经成为“七旗”。
高山认为，正蓝旗人马并未被拆分编入两黄旗，而是自成一系，以两黄旗固山为统帅。正因如此，后人称其为新两黄旗，而当时人则仍称其为正蓝旗。
大多数论著则认为太宗兼并正蓝旗之后辖有“上三旗”，即正黄、镶黄、正蓝三旗。对于皇太极如何吞并正蓝旗、如何换旗这个问题，杜家骥利用《八旗通志》，通过分析正黄、镶黄、正蓝三旗佐领的旗分变化，揭示了这一问题的真相。他认为太宗兼并正蓝旗的方式是将己辖正黄旗的一半与正蓝旗的一半组成新正黄旗，将正黄旗的一半与正蓝旗的一半组成新镶黄旗。豪格原掌之镶黄旗改换旗帜，变为新正蓝旗。而由于豪格已经成为一旗旗主，所以当时皇太极并未辖有三旗，而仅仅辖有两黄旗。所以入关前并不存在“上三旗”之说，或可称之为“上二旗”。在顺治八年（1651）顺治帝兼并正白旗时，才形成了所谓的“上三旗”。他认为此次改旗第一次打破了后金八旗八主的“八分”体制格局，对于八和硕贝勒共治国政制及共举新汗旧制的破除，使后金汗由八旗共主而成为集权王朝的皇帝，也有一定影响。此次改旗也成为后世皇帝为强化皇权、削弱宗王藩权而继续兼并强藩领旗的先例。
同样，对于多尔衮时期的换旗目的、手段与方式问题，杜家骥也做了深入分析。据其考证，在皇太极去世后，多尔衮为提高自己在八旗中的政治地位，将多铎十五牛录归于己，将阿济格及其所领牛录归于多铎旗下，并将正白旗、镶白旗互换旗色，从而使自己得以掌握一个完整的固山牛录，成为正白旗旗主。这既削弱了多铎的势力，使自己掌握更多牛录，又提升了自己在八旗中的排序，打压了济尔哈朗一派。此次改旗，可能就是在崇德八年（1643）十月惩罚多铎、调出阿济格的同时进行的。
顺治五年（1648）五月始，多尔衮打压豪格，兼并正蓝旗。顺治六年（1649）三月多铎病逝后，镶白旗亦被多尔衮兼辖。多尔衮兼并正蓝旗的手段与皇太极兼并正蓝旗的手段如出一辙，由此形成多尔衮兼辖三旗的局面。顺治八年（1651）二月，追论多尔衮罪行，顺治帝将多尔衮的正白旗收归己有，形成所谓的“上三旗”。而豪格后裔、多铎后裔，并未做出旗籍调整，分别属于最后划归的镶白旗、正蓝旗。至此，清初几次重要的改旗事件结束。杜家骥认为，改旗事件结束后，帝系势力在八旗中已经占绝对优势。这一结果为以八旗立国的清政权转化为历代汉族王朝式的中央集权体制创造了条件。
对于顺治朝八旗领属关系变化，姚念慈的分析与杜家骥的论述有同有异。他认为，豪格死后，多尔衮确曾实际控制正蓝旗，但并非该旗旗主。在豪格死后至顺治七年（1650）年底，正蓝旗处于旗主悬缺的状态。多铎的正白旗与多尔衮的镶白旗两旗之间人员互调，多尔衮兼并正白旗后，两旗名号虽异，实则一体。多尔衮死后，顺治帝封多尼入正蓝旗，安置豪格之子于镶白旗，正白旗归于自将。他推测，正蓝旗、镶白旗皆在福临控制之下，且由此不设旗主。康熙十四年（1675）首次以皇子带牛录出旗就是在镶白、正蓝二旗，即是例证。