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牛录是八旗成立之基础，八旗又影响着女真—后金—清朝的发展。因此，许多学者在争论八旗创建过程的同时，也在探讨牛录制度的形成以及牛录制度和八旗制度对于女真人崛起的重要影响。学者们对于牛录制度来源于女真社会原有的围猎之“牛录”并无异议，争议主要集中在努尔哈赤何时改造女真传统牛录从而编造新的牛录制度等问题。
民国时期的几位学者对最早从牛录编设向八旗的演变略有陈述，但都语焉不详。汪荣宝的《本朝史讲义》将八旗视为兵制，认为“太祖削平诸国，创定兵制。每三百人设一牛录额真（今估领），五牛录设一甲喇额真（今参领），五甲喇设一固山额真（今都统），每固山额真左右设两梅勒额真（今副都统）。初设有四旗，旗以纯色为别，曰黄曰红曰蓝曰白。其后增设四旗，幅之黄、白、蓝者缘以红，幅之红者缘以白，共为八旗”
。这一笼统的叙述为后人所承袭，蔡郕的《清代史论》、日本学者稻叶君山的《清朝全史》
，亦仅仿效汪荣宝之说交代八旗创建的大致过程，对其来源以及创建背景、具体时间等并未深入探讨和解释。金兆丰的《清史大纲》稍有创见，认为清太祖创建旗制之前，女真人出兵校猎以牛录为单位，以牛录额真统之。至万历二十九年（1601）始编三百人为一牛录，设牛录额真统之。五牛录设一甲喇额真，五甲喇设一固山额真。初设黄、红、蓝、白四旗，至万历四十三年（1615）增设四旗，“自此始有八旗之组织”
。该书当是较早明确提出“1601年创建四旗，1615年创建八旗”的观点的著作，后世大多数学者均沿袭了这一观点。
孟森的《八旗制度考实》中也遵循了这两个重要的时间点，一是在万历二十九年辛丑建四色旗，二是万历四十三年乙卯，太祖征服更广，招纳更多，于是始设八旗。此处论证了八旗创建的过程，亦指出了它的渊源，但惜之于未能给出详细论证。值得注意的是，孟森提出万历二十九年创建四种旗色时，乃扩一牛录为三百人，而“牛录额真”遂为官名。当时有四牛录，分黄、红、蓝、白四色为旗。他认为牛录额真以上无统辖之上级官，所以“知其初即以一牛录为一旗。后来牛录之数滋多，甲喇、固山，层累而上，亦不必俟乙卯而始有上级之统辖，特至乙卯始勒定制度耳”
。稍晚的郑天挺也赞同“1601年创建四旗，1615年创建八旗”的观点。而且他提出八旗制度不是满族原有的，而是与金朝的猛安谋克制度有内在联系的。
20世纪50年代以后，随着满文资料的发掘，学术界对牛录制度的研究逐渐深入。对于何时开始编牛录、创设牛录制度有了不同的认识，其间的争论也一直持续到21世纪，主要存在四种观点：（1）起兵初[万历十一、二年（1583或1584）]即已创编牛录；（2）万历二十九年（1601）改组牛录；（3）万历二十一年（1593）编设牛录；（4）牛录正式成立于万历四十三年（1615）。
持第一种观点者，以莫东寅、陈佳华、傅克东、关克笑为代表。20世纪50年代，莫东寅首先对“1601年说”表示质疑。他认为，努尔哈赤改制牛录之前，牛录只是女真围猎的一种临时制度。他据《满洲实录》在万历十二年即有“赐牛录之爵”的记载，认为此时牛录已经不再是传统的围猎制度，“牛录额真”也成为一种官名。对于八旗制度的渊源，莫东寅进一步指出“满洲八旗盖始于出猎制度生产组织，也就是从氏族的组织形式演化而来的，是以部落组织方法为根据的”，“八旗制度与原始狩猎制度密切地结合着”，并且还提出虽然1601年分设四固山（旗），但“旗”作为军队编制的单位早在万历十三年（1585）即存在了。《朝鲜王朝实录》所载女真“分其军四运”之“运”字疑为“军”字，这四军就是后来四旗、八旗的基础。
20世纪80年代，陈佳华、傅克东赞同莫东寅的观点，认为入关前满洲的民爵与实官基本一致，此时的牛录之爵当是实职，并非虚衔。说明在太祖起兵时，即1583年牛录制度（佐领）已经编设。
90年代的关克笑则根据《太祖高皇帝实录》于1584年9月有擢鄂尔果尼、罗科为牛录额真的记载，认为努尔哈赤起兵不久就建立了牛录组织，即大致在1583—1584年。不过，此时的牛录与1601年厘定制度后的牛录大不相同，多有乌合之众之嫌。
从民国时期延续下来的第二种观点，即“万历二十九年（1601）”说在20世纪后半期得到学界多数学者的支持。20世纪60年代，李旭认为，1601年创建四旗时，努尔哈赤改编牛录，牛录额真已为官名，成为统治旗人的下级单位。他将历史上北方民族的兵制纳入考虑范围，认为八旗“与辽、金、元时代‘分镇边圉’的少数部族军队或乡兵有着因袭沿革的关系”。“辽之纠军、纠户；金之猛安、谋克；元之正军户、贴军户；清之旗兵、旗民；都起源于‘兵民为一’的部族组织。蒙古灭金，置斡朵怜军民万户府，女真军仍保存纠军旧制，而建州女真中的斡朵里族，正是努尔哈赤的祖先”
。
20世纪80年代，这一观点得到郭成康的支持，他认为在辛丑年（1601）之前，还没有比较整齐划一的牛录组织，这种组织还是一种临时的军事组织。改编以后的牛录是固定的、军政合一的基层政权。
90年代以后，“1601年说”得到更多学者的阐释。刘小萌不赞同万历十一、二年编设牛录的观点，认为该观点所持“太祖初起兵”只是一个模糊的时间概念，并不能以此作为编设牛录的证据。而万历十二年（1584）《满洲实录》所记载的“赐以牛录之爵”的说法，也不足为凭。其认为，牛录组织的初步改造在万历二十九年（1601），在此之前努尔哈赤归附者日众，各部落人口多寡不均，难以管理，容易形成尾大不掉之势。因此，对陈旧的部落组织进行改造以适应新的社会形势要求，变得十分必要。1615年由于人口增加，牛录得以被再改造，编设职官。
姚念慈分析了1601年前后两种不同“牛录”的说法。他认为，在万历二十九年之前，满洲社会也存在牛录组织，不过这种牛录还是以原有的隶属关系为基础的，各酋长在放弃自己的称号归于努尔哈赤的同时，也获得了“牛录额真”的名号，从而保持对旧部的部分权力。1601 年，努尔哈赤改编牛录、创建四旗，从而实行300丁为一牛录的新编制，改变了以前不改动内部关系的牛录组织。
王景泽认为，起兵初即建牛录的观点有“倒踩年月”之嫌，所引用的《清太祖高皇帝实录》赐牛录之爵之人“统辖三百人”的记载，当是后世史官所添加，不足为凭；且当时努尔哈赤的兵力不足以编建300人的牛录，也不足以赐他人牛录，在1601年前后努尔哈赤的归附者越来越多的情况下，方才编设40牛录。
到21世纪，任玉雪更进一步丰富了姚念慈关于牛录概念分析的方法。她认为，“牛录”的含义经历了三个阶段的发展。首先，在1601年之前，牛录是一种临时性的狩猎组织，牛录额真亦属临时性的，牛录以十人为单位，事毕即散。“牛录”由此得其名，可谓“狩猎之牛录”。其次，是努尔哈赤政权的基层军政组织的雏形。归顺的酋长被任命为牛录额真，这些人以国家职官的身份继续保持其对原有族寨的控制权，努尔哈赤亦通过各酋长管理其民众。在此过程中，努尔哈赤开始以各部落为单位，进行有限度的整编，牛录由此得其形，可称为“部落之牛录”。这一阶段大致以1601年为始，牛录制度开始最初的制度化。最后，1615年，每300丁编为一牛录，下设代子、章京及村拨什库，辅助牛录额真管理，牛录由此得其实，真正成为“八旗之牛录”以及满洲政权的基层军政组织。
进入21世纪后，关于牛录编设时间的问题又产生了滕绍箴的第三种观点。他的观点有一个递变的过程。2001年，他发表了《努尔哈赤时期牛录考》一文，根据《八旗通志》中对佐领创建的追述、当时归顺努尔哈赤的酋长数目、重要古出成员、宗室成员的总数，推断万历十五年（1587）创建40牛录。
在其最新研究成果中，他根据《历朝八旗杂档》镶蓝旗满洲偏图佐领先祖投归努尔哈赤后有“天命元年以前二十三年，创制四十个佐领”的记载，进一步确认努尔哈赤最开始编创的四十牛录在万历二十一年（1593），而其他关于这四十牛录的记载也印证了这一观点。
除了牛录的编设时间，学术界对八旗的起源也有不同的观点。如前所述，郑天挺、李旭等都阐述了八旗制度起源于辽金猛安谋克制度的观点。莫东寅也将其追溯到女真人自身早期的狩猎组织。但另一位重要学者蔡美彪则希望从另外一种视野探讨满族文化的起源。蔡美彪在谈到大清国的国号、族名变化时认为，努尔哈赤时期所建金国政权，并非与12世纪的金政权存在渊源关系，他认为，清朝太祖时期的很多制度如努尔哈赤称“汗”，是受到蒙古文化影响的结果，是为了表明自立之志。
他虽然没有谈及太多八旗制度，但这种把清朝早期的政治文化与蒙古文化相联系、寻找渊源的做法还是给学界带来了新思路。美国、日本学界在这一方面的研究取得的成就更加突出。
另外一种起源说目前影响很大，即八旗制度起源于女真人本身的氏族部落的社会组织，这种观点以刘小萌、姚念慈等人为代表。刘小萌虽然认为女真人的八旗制度也在文化上吸收了蒙古人的传统，但认为其主要还是植根于女真人母体社会的氏族部落组织。姚念慈则强调牛录、八旗的编设更主要的是为了构建服务于努尔哈赤家族的人身依附关系。
受美日学界影响，蔡伟杰将努尔哈赤创设八旗制度视为一种努力构建“满洲特性”的表达。他从清太祖努尔哈赤建立金国后与明朝的关系，金国内部女真人与汉人的关系，来探讨满洲文化制度化与女真本位主义的形成，从而认为八旗制度奠定了日后满洲文化制度的基础。满文、八旗制度与萨满信仰的宫廷化等满洲文化制度皆创立于此时。努尔哈赤的动机则是为了塑造一种与汉文化、蒙古文化相平等的文化，以彰显女真文化的优越性。