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新中国成立初期的历史研究，宏大命题大行其道，“历史的细节完全受控于对历史长程演变的趋势解读”
。实证派学人的主导地位，被唯物史观派史学家所取代。
史学界开始以马克思列宁主义、毛泽东思想为指导原则，运用历史唯物主义和阶级分析法重新评价历史人物。即便是像清代皇帝这样的人物研究，也不再仅仅是民国时期对于各种人物疑案的考证，而是着重于分析历史人物的历史作用及对其宏观的历史评价与定位。但是由于史学家对所运用的分析方法尚缺乏一定的统一认识，从而在评价人物时各有各的标准，因此对历史人物的评价存在巨大争论。其中尤以对康熙的历史地位评价争议最大。
1961年刘大年发表的《论康熙》一文引来学界的广泛关注。在该文中，刘大年首先批判了章太炎等革命党人为了宣传革命而一味抹黑康熙的言论，同时也对钱穆、萧一山等人对康熙帝的过度赞誉表示并不赞同。他对当时许多教科书仅将清政府入关的统治看作外国对中国的征服，就是不讲清初统治的进步作用、取得哪些功绩的观点感到不满。他认为应该用历史唯物主义的观点看待康熙帝及其统治，即：（1）以康熙帝的活动是否促进社会的发展为评价标准；（2）康熙是处在资本主义因素普遍存在、中国社会发生显著变化的时期，还是处在封建经济牢固统治的时期，他努力建设、巩固的是地主阶级国家，还是其他什么国家。从这两方面来看，康熙帝的统治促进了中国的统一、抵制了西方殖民者的侵略，推动了历史的进步。而康熙时代是封建主义经济时期而不是资本主义萌芽因素普遍的时代，康熙帝所努力建设、巩固的是地主阶级的国家而不可能为资本主义的出现开辟道路。作者还历数了康熙帝的政绩，并借此认为清初的反满斗争虽有正当性，但是与康熙帝统治的进步与否并不存在必然的联系。尤其是康熙帝闭关锁国政策的出台完全是为了维护本国利益，防止外国与本国反动势力的勾结，这对本国利益来说无疑是进步的。作者主张“个人的才能性格只有在当时当地社会关系容许的范围里才成为社会发展的活动力量，不是在任何条件下都能成为社会发展的活动力量。正是依照这个观点，我们说康熙是位英明君主，是位应当肯定的历史人物”。这种从历史唯物主义观点出发，客观评价历史人物的分析方法对康熙帝乃至历史人物的重新评定产生了至关重要的影响。
《论康熙》发表之后，一石激起千层浪，将当时的历史人物评价的讨论推向了高潮。北京史学会先后组织了两次关于康熙评价的讨论会。讨论会上的大多数学者都同意刘大年关于康熙帝的正面评价，但是在关于清初社会的主要矛盾、康熙帝的个人作用或有无消极方面等问题上存在较大争议。在康熙帝的个人作用方面，大部分学者都从政治、经济方面给予了较高的评价。商鸿逵认为，康熙在政治方面的活动是更为有力的；袁良义认为，康熙在改进封建生产关系、发展生产力上所做的贡献是巨大的，这是后来平定准噶尔的基础。
商鸿逵还发表了《论康熙平定三藩》一文，认为平定三藩是清朝政权稳固的第一步，是康熙为加强中国的统一所打的头一场胜仗，也是清代经济全面走向恢复的重要转折点。康熙帝功不可没。
杨树森认为，《论康熙》一文过多地夸大了康熙的个人作用。他指出，康熙帝的一系列改革措施是在长时期的阶级斗争、农民起义的推动下才产生的，推动历史进步的依然是人民群众。不可否认，康熙帝个人对于历史的推动作用，但是仅谈康熙的个人作用而不谈人民群众是不妥的。
袁良义对刘大年的《论康熙》进行了比较系统的讨论。不同于刘大年的观点，他认为当时的阶级矛盾与民族矛盾关系复杂，不应单纯地将其归于地主阶级的内部斗争。而且，根据当时的中西方客观形势，作者认为刘大年过高地估计了当时西方的殖民势力。刘大年关于如果康熙帝再英明一点，便能够改变当时中国的面貌以及历史走向的假设，袁良义也认为不妥。虽然袁良义对刘大年的许多观点提出质疑，但是他仍然从正反两面客观地评价康熙，认为“康熙是清初的一位杰出政治家，在当时国内外形势下，开展了上述一系列具有进步意义的活动，这些活动有一部分到今天仍然保留它们的深刻影响。至于他的一些缺点，那是由于时代和阶级的局限性所造成的，只要它们不影响他的主要成就和贡献，我们就不必过分苛求于古人了”
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以上关于康熙的评价，尚在历史唯物主义观点的指导之下进行争论。随着“文化大革命”的开始以及“批林批孔”等运动的开展，学术界的争论逐渐受到政治斗争的影响，为其所左右，史学研究成为现实政治斗争的工具。影射史学大行其道，现实政治的“儒法斗争”成为清代帝王研究中的主要前提。
1974年，“批林批孔”运动兴起，其表面上是对儒家思想的批判，实际上是借古喻今，意有所指。康熙帝的评价问题，在这一政治环境下也脱离了正常的学术讨论轨道，康熙俨然成为法家的代表人物，为实现统一、推动历史进步做出了重要贡献，凡是与此相对的都是落后的、倒退的儒家思想的践行者。同年，《辽宁大学学报》即刊登了历史系大批判组的《统一进步必胜 分裂倒退必败——评康熙平定三藩之乱》一文，该文开宗明义地讲：“中国自秦始皇以后，统一始终是历史的主流。法家人物在客观上都是顺应这个主流，做出了积极贡献，而儒家和一切行将灭亡、尊儒反法的反动派，总是逆着这个主流，自取灭顶之灾。清入关后第二个皇帝康熙同当时的南方三藩就是代表坚持统一与大搞分裂的法家同儒家两派，双方起了不同的历史作用，各自得到了不同的历史结论。”文章细数了康熙在平三藩过程中始终坚持大一统的决心，批判了三藩的分裂举动，认为“坚持统一的法家必然战胜大搞分裂的儒家”。文章最终结合现实，批判林彪分裂国家的叛国行为，“清初的三藩完蛋了，林彪步其后尘搞分裂，也没有逃出覆灭的下场”
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次年，庆思亦发表了《论康熙》一文，论述了康熙在擒鳌拜、平三藩、抵抗西方侵略过程中的集中皇权、维护国家统一与安全中的进步行为，批判了三藩等分裂势力。作者认为，康熙具有明显的尊法反儒的思想倾向，上述行为是对法家思想传统的继承，也是康熙最终成功的关键所在。文末，作者还从另一角度来看待康熙，认为其在一定程度上出于政治形势的需要不得不做出尊儒的选择，这是其最大的局限所在，应该予以批判。
同年，阎崇年也发表了《评康熙》一文，作者认为，“历史是现实政治斗争的一面镜子”。该文的写作意图即在于“用马克思主义的观点评论康熙，驱散儒家和修正主义者散布的迷雾，这对于巩固无产阶级专政，深入批林批孔，反修防修，是有现实意义的”。文章认为“安定统一还是分裂割据是康熙统治时期儒法两条路线斗争的一个焦点”，康熙擒鳌拜、平三藩、收台湾、平噶尔丹、抵抗沙俄均是在法家思想的指导下，进行坚决的统一、抵抗侵略的历史进步之举。
以上两文交相呼应，是当时现实政治儒法斗争投射于史学研究中的产物，是政治影响学术的一个具体事例。此时的学术研究带有一种政治立场的先见，已经不再是纯粹的学术探讨。康熙帝的所作所为，已经不再是简单的历史，而是作为当下现实的需要而拿来就用的题材，成为当时“批林批孔”、批判“苏修”的重要依据。
当然，第二阶段的清代皇帝及相关人物研究并不限于康熙帝一人，尚有努尔哈赤、雍正、光绪帝、慈禧太后的相关研究发表。1964年，吴文燦发表《论载湉与戊戌变法研究》，给予封建社会晚期的皇帝光绪以较高的评价，认为他“能够顺应当时客观的形势，不顾以西太后为首的守旧势力的阻挠，坚决地接受了康有为维新派的主张，实行了变法维新，并且在变法过程中，殚精竭虑，确实尽了最大的努力”。戊戌变法在民族危机空前严重的情况下，一度占据政治舞台主导地位，取得了一定的成绩，光绪从中起到一定程度的促进作用。
马天增虽然赞同吴文燦用历史唯物主义观点客观评价光绪帝并给予其肯定的观点，但是认为吴文燦的评价太高了，主张还要从光绪皇帝对列强的态度以及光绪帝支持变法的全面性等方面来综合评定光绪皇帝。在《论光绪皇帝》一文中，他明确指出在肯定光绪皇帝进步作用的同时，还要看到他起到的具体作用。光绪帝毕竟是封建统治阶级利益的代表，因此在甲午战争过程中，他不是从爱国主义的民族感出发的，没有明确提出反抗侵略的主张，只是为了争权，才站到了“主战派”一方。在戊戌变法中，他也只是为了争夺实权与维护封建统治才支持变法，这与资产阶级改良派的变法目的不同。这并非否定戊戌变法或否定光绪皇帝对中国近代发展的作用，而是主张要全面地看待光绪帝的历史地位。
努尔哈赤作为清朝开国之君，历史地位不言自明，但是此前并无专门研究他的论著。1977年，阎崇年发表了《论努尔哈赤》一文，系统综说了努尔哈赤的崛起。他认为，努尔哈赤是我国满族封建主阶级的杰出政治家。努尔哈赤在阶级斗争和民族斗争的推动下，在统一女真各部、促进满族由奴隶制向封建制转变和巩固祖国东北边疆的历史过程中，起到进步的历史作用。努尔哈赤促进女真各部统一和社会制度转变的政治活动，顺应了历史发展的趋势，也符合各族人民的意愿。同时，作者也对努尔哈赤把大量汉民降作奴仆、编入庄田的政策进行了批判。
而关于雍正、慈禧的讨论，在反思总结“文化大革命”“四人帮”所带来的消极影响的环境下，也出现了矫枉过正的局面，即将雍正、慈禧这一类历史人物视作反动的、倒退的代表，并将江青在“文化大革命”中的所作所为与之相比拟。这种否定慈禧等人的论调，其实在新中国成立初期即有所反映。袁定中在《那拉氏反动的一生》中认为慈禧勾结外国势力发动辛酉政变，从而登上权力的宝座。而为了维持自己的奢靡生活，她不惜签订卖国条约、勾结帝国主义镇压农民起义，将中国禁锢在半殖民地半封建社会中。清末新政的实施，也是为了阻止革命的爆发、抵制中国近代史上第三次革命高潮，而维护自己反动统治的一种“政治欺骗”。因此，他认为，“那拉氏是中国近代史上黑暗的、反动的、半殖民地半封建的典型代表”
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粉碎“四人帮”之后，这种论调也成为批判江青等人的最好的素材。有人认为慈禧是“中国近代史上极端反动”的代表人物，是“一个地主阶级的大野心家”，她垂帘听政，害死同治、光绪二帝，独掌大权；她也是一个卖国贼，签订各种丧权辱国的条约；她更是一个镇压农民运动的刽子手，而“在慈禧这面历史镜子里能够清楚地映出当今白骨精江青的魔影”
。此外，尚有古工、郭毅生、祁建、季岩等人，他们都将江青比作慈禧太后，认为其抢班夺权是一种历史的倒退。
同样，在《雍正与江青》的评论中，作者视雍正为两面派，暗自谋划，篡改遗诏，抢班夺权，而现实中的江青则与雍正毫无差别。
很显然，第二阶段后期的研究已经脱离了正常的学术讨论轨道，更加歪曲了唯物史观。随着改革开放、解放思想政策的出台，实事求是重新成为学术讨论的基点。