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时至17世纪30年代，“中国礼仪之争”扩大到天主教各修会之间。关键问题仍然是：按天主教教义来看，在中国士大夫和民间流行的祭祖、祀孔礼仪是不是属于“异端”？教会能否对已经皈依天主教、参加教堂生活的中国教徒的祭祖习惯加以容忍？争论扩大化以后，在中国和欧洲逐渐涉及了持有不同态度的四方人员，他们是：（1）为中国礼仪辩解的耶稣会士，以及由他们皈依的中国基督教信徒；（2）强烈反对耶稣会的其他修会，包括多明我会、方济各会（Franciscan Order）、奥斯定会（Augustinian Order）、巴黎外方传教会（Missions Etrangéres de Paris）；（3）对在华各派传教士的纠纷难以判断，但又必须做出裁决的罗马教廷；（4）因外国教士和教宗干涉中国事务而终于恼怒的康熙皇帝。
这场争论的后果是极不痛快的，争论中的任何一方都未在随后发生的事件中获得什么。相反，各个修会都被中国皇帝驱逐出境，罗马教廷几乎丧失了经历一百五十年艰辛开辟而得来的中国教会。而所有对西方文明有兴趣的中国人，从皇帝到士大夫及基督徒，也失去了接触新鲜的西方文明的机会。
历来谈及“中国礼仪之争”，都说争论首先是在福建爆发的，是在天主教不同修会之间发生的。这不会有错，福建是17世纪西班牙、葡萄牙两股传教力量的汇合处。《清康乾两帝与天主教传教史》中说：
中国开教始祖利玛窦最初在中国传教时，一看到中国人的祖先观念和儒家思想，就知道这两种思想是深植在中国人心而牢不可破的，因此他认为传教士如果不承认中国的固有思想，就绝对收不到传布天主教的效果。所以他就把中国人所常说的“天”借用来当作造物主的“天主”。而且把Catholicus译成“天主教”。中国信徒，既可以参加祭祖和祭孔的典礼，同时也可以参加天主教仪式，尤其是一般传教士为了讨好中国人，都穿儒服说汉语，努力模仿中国人的风俗习惯，所以说耶稣会士在中国传教成功的主因，就是他们能和中国人的传统礼俗妥协。
然而远在耶稣会之后来中国传教的道明会和外方传教会却不这样。他们由于信念和派别的差异，因此嫉妒耶稣会在中国的成功，他们首先指责耶稣会士允许中国教徒祭祀祖先之非和崇拜偶像。其次他们说汉语里的“天”，是物质天——苍天的意思，绝不能代表天主教的“天主”。
文中提到的“道明会”，即多明我会的异译，该会从南美洲、菲律宾经中国台湾进入中国大陆，只在福建地区活动，一般认为是该会挑起了“中国礼仪之争”。徐宗泽《中国天主教传教史概论》中也说：
继（龙华民。——引者）而反对（中国礼仪——引者）者，有多明我会士。彼等于1631年入福建传教，六年后（1637年。——引者）旋即退出，该会士见耶稣会士容忍祭祖敬孔之礼，大不以为然。乃禀告马尼剌总主教。总主教即以此诉诸罗马教宗迂尔朋第八。此为1635年之事。迨后查明事情之真相，总主教即在1638年撤回其诉状也。
徐宗泽（1886—1947）是徐光启的第十二世孙，留学欧美，得神学、哲学博士学位。他在欧洲看到了许多资料。他的这部书稿，对当时的中国读者了解“中国礼仪之争”很有帮助，但他仍然认为多明我会是争论的始作俑者。
其实，最早的争执发生在方济各会和耶稣会之间。在有关“中国礼仪之争”的中文著作中，罗光的《教廷与中国使节史》论述得比较详细、准确。他在罗马和欧洲其他地方抄录了有关资料，提到方济各会的传教士在多明我会之前开始向耶稣会士提出非议：
一六三二年，道明会士Angelo Cocchi来中国，入福安，在“顶头”（一译为“亭头”。——引者）开教。次年道明会士黎玉范（Juan Bautista Morales）和方济（各）会士利安当（Antonio Caballero或Antonio de Santa Maria Caballero，一译为李安堂。——引者）两人来福安增援。这两人到后，从此便天下不宁了。
方济会和道明会乃欧洲的老修会，会士在欧洲、非洲、南美洲已经有了传教的祖传方策。他们的方策，是到处持着十字架，宣讲耶稣受难救世的大事，指责外教人的愚昧无知，要他们赶快信仰耶稣。他们一进福安，检讨耶稣会士艾儒略（Giulio Aleni）在福建的传教方针，评为缺乏传教心火，过于绕弯费时间，他们要直接向中国宣讲福音，宣讲救世主受难赎世。又加以这两（个）修会，（在）欧洲素为向平民宣道的修会，更歧视利玛窦向士大夫宣教的方策。利安当等在学习中国话时，一次偶然问教书的先生“祭”字有什么意思。教书的先生为使利安当容易懂得，便说“祭”字在中国古代就如天主教的弥撒。……利安当听了，马上便想到中国祭孔祭祖都是宗教祭典，天主教人绝对不能举行。这时是一六三四年。利安当又到一个家庭里去参观一次祭祖，他更信祭祖是迷信，于是他和道明会士便禁止教友祭祖；教友里面乃起争议。
以前一般根据耶稣会和多明我会的论战资料来描述“中国礼仪之争”，罗光的描述与徐宗泽等前人的不同，他提到，在多明我会成为反中国礼仪的主角之前，是方济各会士李安堂（即罗光文中译为“利安当”者）首先向耶稣会士发难。近年方济各会的有关史料得以披露，使得当年事件的细节更加清楚。
从中来看，“中国礼仪之争”确实是由西班牙方济各会士挑起的。从此以后，才有多明我会的介入，争论扩大到天主教不同的修会之间，形成以内部存在分歧的耶稣会为一方，以神学权威多明我会为另一方的对立。
“中国礼仪之争”首先爆发于福建。在福建，由于主持当地教会的耶稣会士艾儒略全面继承利氏传教路线，被当地教内、教外绅民誉为“西来孔子”。他对中国文化采取了十分开明的做法，包括允许教徒进祠堂、入孔庙。各地的中国信徒仍然保持着利玛窦时期的旧习惯。这种宽容做法引起了天主教方济各会的反对。
1633年，方济各会士李安堂从马尼拉经台湾到达福建福安县传教。李安堂是西班牙人，1630年到达马尼拉传教，在当地教授神学，是个有造诣的神学家。他在和日本人接触后，学了日文，到了中国台湾，准备从台湾去日本传教。在台湾，他改变了主意，决定学习中文，到中国大陆传教。根据方济各会的史料，罗光提到的那位“教书的先生”名叫王达窦。李安堂怀疑地问：中国人的祭祀活动到底是什么意思？王达窦不知道，他解释说，祭祖礼仪“如天主教的弥撒”。这使李安堂十分震惊。李神父请人陪同，去观看葬礼，仔细研究，断定祭祀活动是一种宗教礼仪。了解当地教徒祭祀祖先和孔子的习惯后，李安堂更为惊诧：耶稣会神父们居然在容忍教民们奉行异端。
1634年，李安堂为了礼仪的问题，专门去了南昌，和住在那里的耶稣会副会长阳玛诺讨论这件事。他还进一步北上，到了南京，找人辩论。南京是江南儒家知识分子最集中的城市，利玛窦在这里留下了许多老朋友，教内、教外自然是维护耶稣会的说法。南京的天主教徒认为他多事，辩论过后，竟然把李安堂软禁了六个星期。放出后，派人把他押回福建福安。这次痛苦的北上经历，使李安堂决计要与耶稣会争个明白。
李安堂找到在闽传教的多明我会士黎玉范，两人于1635年9月连写两封信，要求艾儒略作答。艾儒略未理睬。11月，两人便一起到福州找艾儒略辩论。艾儒略当时不在家，其助手和他们两人进行了对话。以中国传教老资格、中国文化专家的权威身份，福建的耶稣会士仍未说服他们。
李安堂和黎玉范分别是方济各会和多明我会的在华会长。这期间正好有耶稣会副会长傅汎际（François Furtado，1587—1653）来闽。三位会长加上中国文化专家艾儒略，为此在福州进行了三天的长谈。谈后，三位会长各自向本会在欧洲的总会长报告，发表对此问题的态度。方济各会、多明我会明确反对中国礼仪，耶稣会则百般辩护。傅汎际、艾儒略显然还没有把那两人当作论战对手，他们只是做了一个简短的报告；而李安堂和黎玉范的报告却详细地陈述了自己的观点，他们认定，只有天主才配领受人们献祭的肉食、水果和香火。
多明我会在欧洲是神学权威，长期以来主持教廷的“宗教裁判所”，对裁判异端特别有发言权。对伽利略、布鲁诺、哥白尼案件的审判，都是由该会主持进行的。但是，多明我会对中国文化问题缺乏内在的观察，其信众多半是下层一般民众，不像耶稣会那样，有儒家士大夫做朋友。多明我会的传教重点是南洋群岛的闽南人，台湾、福建是其延伸部分。两会在中国内地几乎没有传教士，仅有的几个传教士也都在福建。这样的格局对多明我会的影响是双重的：一方面是对中国的文化传统缺乏了解，另一方面是对福建地区的迷信活动感触尤深。
宗教裁判所的多明我会神学家们很少有来过中国的，他们对中国礼仪问题的看法基本上是在欧洲形成的。因此，研究“中国礼仪”问题，要考虑当时欧洲人对中国文化是怎样认识的。当时，《利玛窦中国札记》代表耶稣会观点，赞同儒家礼仪，在欧洲影响很大。
在此之前，另有一本西班牙人拉达写的《菲律宾群岛的征服·记大明的中国事情》，也广泛地流行于欧洲各国。欧洲人对中国文化的理解，基本上源于这两本书。拉达到过福建，是奥斯定会的传教士。这本流行书用旅游者的眼光描述了中国人特殊的信仰方式，并没有发表批评意见，但其中对中国礼仪已经有了大惊小怪的描述。这本书中描写到的福建地区的“中国礼仪”，对当时固执己见的欧洲人来说是触目惊心的：
他们常在礼拜后献祭的是香和香味，及大量的纸钱，然后在铃声中把纸钱烧掉。他们也常给死人烧纸钱，如果死者是富人，也烧绸缎。
虽然他们不是很虔诚的人，他们仍在偶像前点小灯。他们也用整牛、猪、鸭、鱼和果品向偶像献祭，那些都生的放在祭坛上。在进行了许多仪式和祈祷后，他们极恭顺地取来三小杯酒，为他们的神（它是天）献酒一杯，再喝掉余下的，并把食物分掉，当作圣物去吃。除这些典礼仪式之外，他们（还）有其他一些非常可笑的（仪式），如我们在驶近群岛时船上所见。因为他们说必须举行欢迎娘妈的仪式，她把我们护送到此，以保佑我们一路顺风……
…………
同样，他们经常赌咒、许愿和献祭。我们看到有的斋戒者发誓若干天不吃肉、蛋、鱼，只吃米、菜和水果。另一些人赠送还愿的绸制祭坛罩，上面写着还愿者的姓名，为何奉献，奉献给谁，他们是很迷信兆头的人，因此无论去哪里，哪怕半道上，他们都要向偶像问凶吉。他们先向偶像祷告，再取大把小棒，转动它们，不看就取出第一根掉出的，然后看上面写的字。根据它的意思到一张桌前去，上面摆着所有答案……
…………
中国人相信灵魂不死，好人和贤人升天。至于其他的人，和尚告诉我们说，他们变成鬼。……（中国的）土地是很肥沃的，物产丰富而人口众多，但百姓是异教，因此遭受不信上帝者的苦难。荣耀永归于上帝，愿上帝使他们皈依并认识上帝自身。阿门。
从现存的资料来看，拉达此书中的记载是对“中国礼仪”的最早描写。拉达的记录是1575年写成的一份原稿，当时未出版。但是，从未到过中国的门多萨（Juan Gonzalez de Mendoza），在1585年利用拉达的手稿，写成了《中华大帝国史》（Historia de las cosas mas notables，ritos y costumbres del gran Reynode la China）。十五年里，《中华大帝国史》在欧洲用各种语言出版了三十多种版本。对中国人的献祭仪式、对“偶像”、对天堂地狱的看法，《中华大帝国史》都着力描写。
这其实只是福建地区的“中国礼仪”。拉达还没有深入中国的江南、京畿等地。他没有看到中国人的信仰，在儒、道、佛之间还有许多地区差异。但是，16、17世纪的欧洲人对中国文化和中国宗教的先入之见，受这部书影响很大。包括耶稣会士在内的所有传教士，对中国礼仪都感到头痛棘手。多明我会开始发动“中国礼仪之争”的时候，焦点正集中在拉达最初提到的一些偶像问题上。他们就是要问：中国人在祭奠先人时，为什么要把三杯酒中的第一杯酒洒在地上？为什么会相信人死后，灵魂会在天上、地下和牌位之间来来去去？为什么中国人见到什么神的牌位就跪拜下去？按当时天主教的神学观念，这些确实是不符合教义的，耶稣会很难回答。
争论开始只局限在远东进行，在福州、在马尼拉、在广州。1685年12月20日和1686年1月21日，方济各会、多明我会在福州两次联合召开调查法庭，对中国教徒当面调查。这两次的法庭调查内容就成了“中国礼仪之争”的常规问题，以后被一直不断地在争论中提出来。他们在福州附近传唤了十一个证人，按方济各会史料记载，这十一人是：陈伍臣（保禄，33岁，福安县人，进士）、郭邦雍（若雅敬，53岁，福安县人，进士）、黄时乡（弥厄尔，27岁）、黄大成（31岁）、黄元晃（撒耳瓦，49岁，亭头人）、黄元中（方济，60岁，亭头人，塾师）、缪如钦（方济，37岁，亭头人，塾师）、林廷桂（厄玛奴，39岁）、阮孔贯（多默，42岁）、黄元炫（本笃，50岁，亭头人，塾师）、缪仲雪（方济，23岁，穆洋人）。亭头和穆洋（今称穆阳）是福安县城西面十五公里的两个小镇，是方济各会和多明我会的传教地区。值得注意的是，这十一人均是方济各会和多明我会劝化的教徒。
调查问卷的主要内容是：
在你们向祖宗的牌位和墓碑奉献祭品时，自己的臆想是什么，到底是要达到什么目的？
你们向城隍和孔子献祭时，心里祈求的是什么？
在亡灵的牌位前献上米饭、肉、酒、纸钱、香和蜡烛，到底是什么意思？
你觉得耶稣会士穿袈裟或者儒服对不对？
对于比较有文化教养的调查对象，他们还加一些问题，问他们对一些事的认识：
你对其他改变了信仰、入了天主教的中国人怎样看？
他们是否仍是儒生？
和他们、和自己的过去相比，不同信仰的长短处何在？
目前的各天主教传教会的传教方法优劣如何？是否有必要修改？为什么？
在中国树立起钉在十字架上的耶稣像是否会引起中国人的反感？
（像耶稣会士那样）不通过传播福音书，只讲道理，也可以传教吗？
就你看到、听到和读到的，中国礼仪的实践，如叩头、烧香、献祭品、拜天地人君亲师，是否有宗教含义？
这些调查在神学上是非常技术化的，都围绕着当时的神学教条和教义要点，为的是要确定：中国人是不是把孔子和祖先当作一种超自然的力量来崇拜。当然，如果得到的是肯定回答的话，中国礼仪就是多神教的偶像崇拜，是异端。调查前的预设结论显然是认为：耶稣会是在迁就中国人的异端信仰。
取得了调查结论之后，李安堂决计通过马尼拉，向罗马汇报。1637年，李安堂神父经中国台湾去菲律宾，途中被海盗和荷兰人捕去，在爪哇被拘留了一年。后终于带着报告到达马尼拉。马尼拉的菲尔南德总主教觉得问题应该在当地解决，不要上交到罗马，因而组织了神学家和法学家来合议。但耶稣会的总会长表示：这个问题只有在华的耶稣会士有资格答复，其他不了解中国国情的人不要多发言。当时，方济各会和多明我会在中国各有两名传教士，一共才四个西班牙人，还都集中在福州附近。他们要推翻耶稣会半个多世纪的成果，不能被接受。
在耶稣会表示不合作之后，马尼拉总主教决定把矛盾上交到罗马。这让唯恐不能把事情闹大的李安堂异常兴奋，1640年5月17日，他和黎玉范一起去罗马。但是由于至今不明的原因，李安堂停留在澳门，后又转赴内地，在济南、杭州传教。他和耶稣会士汤若望、龙华民成为朋友。而黎玉范神父独自去了罗马。
1645年9月12日，教廷宗教裁判所的神学专家根据黎玉范的一面之词，做出了有利于西班牙会士的决议。这份被认为是罗马教廷关于“中国礼仪之争”的第一号文件，是根据黎玉范的十七条上诉，一一做的回答。所有的回答都对耶稣会不利。
例如，文件的第八条关于“祀孔”，罗马的决定是：“这不能允许。如果有这样的事发生，基督徒不应参加。”
第九条关于“祭祖”，罗马的决定是：“中国基督徒完全不应在旁边参与祭祖。他们不应加入祈祷，或者任何异教徒的迷信祭祀活动。”
第十条是回答中国基督徒提出的一个妥协方案。中国方面提出：有没有可能把中国礼仪改造一下，以求息事宁人。方案是基督徒自己单独举行教会内经改造过的祭祀仪式：在祭坛上放上十字架；在仪式中，把大家的注意力引向十字架：在祖先的牌位前除了礼拜之外，不做迷信活动，也不放任何死者生前不能享用的祭品。对此，罗马的决定是：“这种建议不能成立。基督徒既不能使用十字架，也不能单独祭祀。更不能把一种内在的非正当和迷信的行为，用引导注意力的方法，转而来礼拜真正的上帝。”
这些“决定”，基本没有妥协的余地。但是，根据现在的中西文献来看，这些决定在中国内地没有马上产生很大的影响。显然是因为决定发布正值1644年清军大举入关之时，整个中国，尤其是福建、台湾地区，处于战争状态，这项决定并没有在中国得到严格执行和广泛传播。关于中国礼仪，在中国的不同修会之间争执不下，而在罗马的几任教宗也摇摆不定。
1654年，耶稣会士卫匡国（Martin Martini，1614—1661）为“中国礼仪之争”专程赴欧洲，到达罗马，带去耶稣会的四条申诉意见。他解释说，中国人的祭祀是一种社会性的礼节，而不是宗教迷信。根据这些辩护，1656年3月23日，教宗亚历山大七世做出了有利于耶稣会的决定：如果中国礼仪的意义如卫匡国所说，那么中国信徒可以行祭祀之礼。这是罗马教廷关于“中国礼仪之争”的第二号文件，它完全倾向于耶稣会。
例如，在第三条决定中，问：“儒生基督徒是否可以参加在孔庙举行的为他们授予科举功名的仪式？……”答：“根据以上解释，中国基督徒可以被允许参加上述仪式。因为看起来这仪式仅仅是公务上的和行政上的。”
在关于基督徒能否和非基督徒一起祭祀自己亲属的问题上，罗马的回答也是很开明的：“根据以上解释，传信部决议：中国信徒只要不是在进行任何迷信活动，就可以被允许进行纪念死者的仪式，哪怕是和异教徒们在一起。甚至当异教徒们在进行迷信活动的时候，他们也可以参加。特别是当他们宣誓了天主教信仰的时候，没有什么颠覆性危险的时候，或者冤家和敌人无法回避的时候。”
卫匡国获得的教廷决议很快被耶稣会士传遍中国，当时在欧洲和中国几乎形成了定见：李安堂和黎玉范神父是编造故事与无事生非的人。1659年，罗马传信部给三位在中国的巴黎外方传教会会士发了一个不寻常的“指示”，其中说：
不要试图说服中国人改变他们的礼仪、他们的风俗、他们的思维方式，因为这些并不公开地反对宗教和良善的道德。还有比把法国、西班牙、意大利，或者任何其他欧洲国家，出口到中国更傻的事情吗？不是要出口这些欧洲国家，而是要出口这信仰。这信仰并不和任何种族的礼仪习俗相矛盾、相冲突。
明白无误的语言十分开明，代表了当时欧洲对东方民族的崇敬风气，也代表了天主教界“政教分治”“圣俗区别”的世俗化神学主张。如果这种态度流行的话，不但“中国礼仪之争”可以早早结束，而且以后更多的中西文化冲突也不会发生。可惜事实并非如此。
同是在1659年，当李安堂路过杭州时，卫匡国把这种意见连同罗马教谕一起告诉了他。这激怒了正直和自信的、当时已成为济南主教的李安堂神父。无独有偶，凭其坚定意志，他居然在耶稣会内找到了知音。他从耶稣会士汪儒望（Jean Valat，1599—1696）处获知了几十年前耶稣会内部对中国礼仪的争议内幕。在济南，汪儒望给他看了龙华民留下的反对中国礼仪的文件。李安堂获此信息后，派出中国内地仅有的另一位方济各会士文都辣（Bonaventura Ibanez）神父去欧洲告状。文都辣神父于1672年新募了六名会士来华，其时，李安堂已于1669年5月13日在广州逝世。
1664—1671年，在北京，杨光先的反教活动受到幼帝康熙辅政大臣的支持。北京闹出一次次教案，先是命令各地教士来京集中，后来又把大部分传教士驱逐至广州。这时有二十三位（其中三位多明我会士、一位方济各会士，余皆耶稣会士）脱离了自己教区的神父，集中在广州的耶稣会院里，举行了传教史上著名的“广州会议”。1667年12月18日至1668年1月26日，他们在三十九天的会议中，对近百年的中国传教活动进行全面总结。会议中，中国礼仪问题又成为激烈争论的焦点。
这次大会提交了四十二个议案。这些论文现在还保存着，其中第四十一议案有关“中国礼仪之争”。
李安堂积极发难。他利用分歧，争取到四位耶稣会士的支持。这四位龙华民派的耶稣会士是：意大利人陆安德（Andre Lubelli，1610—1683）、法国人聂仲迁（A．Greslon，1614—1695）、葡萄牙人张玛诺（Emmaneul Jorge，1621—1677），以及李安堂在济南的同道旧友、法国人汪儒望。参加这次会议的其他耶稣会士还有潘国光（François Brancati，1607—1671）等人。但是在会后表决时，议案的第四十一条顺利通过。除了一位方济各会士未签字外，大家在中国礼仪问题上继续持妥协态度。第四十一条的基本精神是维持现状，其内容如下：
至于谈到中国人用来崇敬他们的老师、孔子和他们死去的人，我们应该完全遵守1656年经由教宗亚历山大七世批复的宗教裁判所的决定。因为这些决定是建立在一个十分可信的意见基础上的，没有什么相反的证据可以提出。基于这种可能性，我们断断不能向无数的、已经被引领向基督教的中国人关上拯救之门，而理由仅仅是禁止他们做那些合法的和健康信仰也做的事情。他们可能被迫在最沉重的歧视下，被扔在一边。
从此决议可见，在“广州会议”上，利玛窦、艾儒略对待中国文化的妥协路线，利用人数优势，还是占了主导。在传教的危急时刻，1656年的决议得到继续执行。
然而签了字的多明我会士闵明我（Dominigo Fernandez Navarette，1618—1689）于1669年12月逃离广州，1673年回到欧洲，1676年在马德里出版了《中华帝国历史、政治、伦理和宗教论集》（Tratados historicos，politicos，ethicos religiosos de la monarchia in China），诋毁中国礼仪为异端。
该书在中国未被重视，但在西方引起极大反响，在虔诚教徒中引起另外一种意见，使罗马又一次面对两难，骑虎难下。
在欧洲，各个修会都有自己的特色。多明我会以神学坚定著名，控制了教廷的宗教裁判所。耶稣会擅长学术研究，出过不少学者，他们多用世俗方式传教。而古老的方济各会历来忍辱负重，鼓励会士任劳任怨。这些修会特色在“中国礼仪之争”中也表现出来。多明我会在神学上充老大，耶稣会则想方设法处理复杂的中国事务，而方济各会经常有息事宁人、折中纠纷的精神。由文都辣神父带来的年轻方济各会士渐渐地与耶稣会士合作起来。他们请教耶稣会前辈，双方想办法修改中国礼仪，使它能为争论的各方所接受。据说，“广州会议”以后的李安堂开始改变态度，在自己的中文著作中使用了他曾反对的“天”“上帝”等词。即使在“广州会议”上，他也比早期的态度要缓和得多。
后期方济各会士对中国礼仪有所妥协。
如果跳出宗教教义争论的范围来看问题，“中国礼仪之争”其实是一场不同文化之间相互理解、相互阐释的精神沟通。只要不抱偏见，越是争论，研究就越深入，理解也就越透彻，也就越难以简单地把对方斥为“异端”“异教”。争论的双方一度越来越形成一种妥协，原因就在这里。
然而，又来了一批新手，来了一批法国巴黎外方传教会和教廷直属传信会（the Sacrcd Congregation of Propaganda）的教士，其中就有后来使“中国礼仪之争”激化得不可收拾的法国巴黎大学神学博士阎当（Charles Maigrot，1652—1730）主教。
1577年，罗马教廷见在华传教顺利，改变了原先委托葡萄牙海外殖民地当局专管的做法，直接介入对华事务。1684年，任命巴禄（Francois Pallu，1626—1684）为华南主教，罗文藻（1615—1691）为华北主教，建立宗座代牧制，建立梵蒂冈直接控制的教区。到1690年，传信部向葡萄牙国王妥协，议定澳门、南京、北京三个老教区仍是由澳门葡萄牙总督监管，有事与葡萄牙国王商量，其他地区则由新来的教士和教廷直接联络。
阎当1678年获巴黎大学神学博士学位，与巴禄合作，先到达暹罗，1681年来华，1684年任教宗驻福建代表，1687年到1696年任代牧主教，全面管理福建教务。新来者容易对前辈事业、对中国文化采取挑剔的态度。他们都是热情有余而经验不足，但偏偏又是能通天的人物。他们对耶稣会和方济各会的传教进度不满，不免就认为是迁就中国文化的缘故。他们根据以前的教谕，对耶稣会士大加攻击。
福建是传教士来源最复杂的地区，当时当地活跃的方济各会士和多明我会士多为西班牙人，从南洋来，与菲律宾西班牙殖民势力联系。而耶稣会最早在福建传教，传统地受到葡萄牙的保护。还有，代牧主教认为福建应该在葡萄牙监管的三大教区之外，应该让他直接来福建开辟教区。错综复杂的多国、多会关系，使“中国礼仪之争”比以往更加激烈。在1692年，两位方济各会士顾奥定（Augustin Rico）、宋路加（Lucas Thomas）对中国礼仪不知所措，要求当时已担任福建代牧主教的阎当神父明确表态，到底可不可以进行中国礼仪，否则就回菲律宾去。
1693年3月20日，阎当主教发出了划时代的命令，要求在他的教区严禁中国礼仪。当时各地教堂都有仿制的康熙皇帝赐给汤若望的“敬天”大匾，挂在堂内的显要位置。阎当主教命令统统摘去。宋路加在摘大匾的时候与同会的石铎禄（Pedro Pineula）神父发生激烈争执，后者认为，此“天”是自然界的蓝天，不是神，不应摘去。他认为阎当鲁莽，是要激怒皇帝而自招毁灭。
然而，通天的阎当主教想借此事端，将他的权威推广到全中国。因在中国势力单薄，他便用迂回的方法，发动了欧洲的神学家来支持他。阎当是神学博士，他派自己在罗马的代表谢莫（Nicolas Charmot）找到巴黎红衣主教德努埃勒（Louis-Antoine de Noailles）支持他。1700年10月，经过三次讨论，法国巴黎大学的神学院定中国礼仪为异端。当时的巴黎大学正和耶稣会论战，尤其是对李明（Louis Le Comte，1655—1728）的《中国近事报道》（Nouveaux mémoires sur l‘etat présent de la Chine，1696，又译《中华现势录》）中的神学观点和美化中国儒家、贬低欧洲文明的言论反感。法国是“天主教会的长子”，巴黎的意见在罗马教廷有重要的参考作用。教宗虽然没有马上同意巴黎大学神学院的判断，但也不得不对之引起重视。
一方是在华资格老而有经验的耶稣会传教士，是欧洲天主教各修会中新起的、富有活力的年轻力量，是教廷的“别动队”，深为教廷信赖。另一方的多明我会是西班牙背景，巴黎外方传教会是法国背景。耶稣会则是多国籍的，意大利籍、葡萄牙籍会士居多，并且受葡萄牙国王资助和控制。我们知道，罗马教廷在当时的天主教会危机中，先后依靠忠于天主教的西班牙国王和法国国王。在神学上，教宗依靠的也是以西班牙为基地的多明我会，多明我会在判断教义纯洁性的宗教裁判所里有特别的发言权。1616年，他们判禁哥白尼“日心说”。1633年，他们又判伽利略介绍哥白尼学说为宣传异端罪。在欧洲，积极于世俗活动的耶稣会与神学精深的多明我会经常意见相左。为此，教宗的处境十分尴尬。六十年来，教宗们对此问题发表了矛盾的意见，便因于此。
因各方压力太大，1704年11月20日，教宗克莱芒十一世（Clement Ⅺ）全面讨论了阎当提出来的非议。巴黎大学神学院的神学家支持阎当，辩论结果断然主张禁行中国礼仪。教宗特使铎罗主教（Card. Charles Thomas Maillard de Tournon，1668—1710）于1705年4月抵达澳门。至此，“中国礼仪之争”越出了神学讨论的范围，转化为以教宗与皇帝为代表的“中西大遭遇”。从此开始，“中国礼仪之争”渐渐超出了教会内部的神学纠纷，甚至也不全是文化冲突，而是转化为教会权力和政治利益的冲突。
康熙什么时候知道有“中国礼仪之争”的？这个问题还有待查证。据他在成年以后就和法国耶稣会神父的密切关系来判断，他应该早就知道这场争论。据耶稣会史料，康熙本人至晚在1700年11月30日正式介入了“中国礼仪之争”。当天，在京神父闵明我（Philppe-Marie Grimaldi，1639—1712）、安多（Antoine Thomas，1644—1709）、徐日昇（Thomas Pereira，1645—1708）、张诚（Jean Françios Gerbillon，1654—1707）起草的满文请愿书终于送到皇帝手中。当时欧洲教会为“印度礼仪”和“中国礼仪”争得不可开交，巴黎大学神学院的神学家认为：耶稣会在东方的做法是容忍异端。李明在1692年到巴黎，参加论战。为了争取教廷同情中国礼仪，为了和欧洲反对中国礼仪的对手们辩论，收集证据、资料，李明精心策划了一份请愿书。请愿书的内容是要求康熙皇帝出具证明，证明中国礼仪不是宗教崇拜。请愿书在欧洲拟定，由在北京的会士闵明我等人设法传给康熙皇帝，由他签字。请愿书的内容如下：
治理历法远臣闵明我、徐日昇、安多、张诚等奏为恭请睿鉴，以求训诲事。远臣等看得西洋学者闻中国有拜孔子及祭天、祀祖先之礼，必有其故，愿闻其详等语。臣等管见，以为拜孔子，敬其为人师范，并非求福、祈聪明爵禄而拜也。祭祀祖先，出于爱亲之义，依儒礼亦无求佑之说，惟尽孝思之念而已。虽设立祖先之牌位，非谓祖先之魂在木牌位之上，不过抒子孙“报本追远”“如在”之义耳。至于郊天之礼典，非祭苍苍有形之天，乃祭天地万物根源主宰，即孔子所云“郊社之礼，所以事上帝也”。有时不称“上帝”而称“天”者，尤如主上不曰“主上”，而曰“陛下”、曰“朝廷”之类。虽名称不同，其实一也。前蒙皇上所赐匾额，亲书“敬天”之字，正是此义。远臣等鄙见，以此答之。但缘关系中国风俗，不敢私寄，恭请睿鉴训诲。远臣等不胜惶怵待命之至。
康熙三十九年十月二十日奏
请愿书的目的是获得康熙皇帝签字，用来自中国最权威的证明，证明中国礼仪不是宗教活动，而是民间世俗活动。这样有利于耶稣会在欧洲的争论。这样老练的用心，这样深厚的关系，只有耶稣会能有。
收到请愿书的当天，康熙就加以朱批：“这所写甚好，有合大道。敬天及事君亲、敬师长者，系天下通义。这就是无可改处。”
从康熙朱批过的奏稿来看，这个御旨是较长的。更难得的是，这个批文明确地表达了自己的观点，对涉及“中国礼仪之争”的三项主要内容——敬天、祭祖、祀孔都做了明确答复。这份文件当初有满文、中文、拉丁文三种版本，现在国内很难见到。以前世界上流行的是从满文本翻译过来的英文本，即我们上面所知的这些内容。它是从罗索（Antonio Sisto Rosso）在1948年出版的著作《中国的使徒们》（Apostolic Delegations to China）中的第126~146页，根据满文原件翻译的。以前的请愿书和朱批中文，是根据罗索翻译的西文翻译的。1977年，日本天理大学发现本项文件完整的旧刊本，有满文、中文、拉丁文三种版本。全文由东京的雄松堂书店影印200本，学者始得引用。
中国原也藏有康熙朱批中文本，只不知现藏于何处。《正教奉褒》中有一段记载，和东京版的中文原本对刊，除个别字外，如东京本“主上”，《正教奉褒》称“祖上”，其他基本相同。
《正教奉褒》作于光绪九年（1883），作者是上海徐家汇的中国人、耶稣会士黄伯禄。他说，此书的资料大多“见诸旧刻书籍……散见于碑碣”。但“集中间有事故，其原底本系华文，旋经翻译西文，均梓行也。凡华文原底本得收阅，即由西文译出纂入”。也就是说，书中资料大多是依据中文，只有少数是从西文翻译过来的。《正教奉褒》中的闵明我等四人的上奏和康熙的朱批，是中文原本。一百多年前，耶稣会士可能在罗马的档案中找到原文，也可能保存清朝官方的原来刊刻或笔记抄本。
无论如何，目前流行的中西方记载，相互间无大出入。《正教奉褒》中用的“康熙三十九年十月二十日”，也正是西历1700年11月30日。这都说明：康熙皇帝当时确实赞同过耶稣会士的说法，同意说祭祖、祀孔只是一种“习俗”，是人之常情，而不是宗教活动。这是一份极给面子的文件，等于是屈中国皇帝之尊，请求罗马教宗允许中国天主教徒举行传统的中国礼仪。
因为有“中国礼仪之争”的问题，康熙在1700年前后特别关心中国的耶稣会事务。1699年，康熙第三次南巡，特地带上在京供奉于朝廷的耶稣会士张诚、白晋（Joachim Bouvet，1656—1730）一路同行，要到江南了解天主教的情况。据《正教奉褒》，康熙对扬州、南京、苏州、杭州的教务详细询问，召见了在杭州的潘国良神父。潘国良，又名潘玛诺（Emmanuel Laurifice，1646—1703），意大利人，当时担任中国耶稣会的视察员。十年前（1689），他和殷铎泽（Prosper Intorcetta，1625—1696）在苏州、杭州觐见过第二次南巡中的康熙。他专门到扬州迎接康熙，汇报中国的教务。据费赖之（Louis Pfister，1833—1891）和荣振华（Joseph Dehengne，1903—1990）的收集，在罗马耶稣会档案中藏有潘国良关于中国礼仪的研究文章的手稿，可见他也是“中国礼仪之争”中的重要人物。
现存的记录没有透露他们讨论了一些什么问题，但康熙和潘国良相处了近一个月。潘国良在三月十四日、十六日、十八日、二十四日、二十六日和四月初三日、初四日七次拜见了康熙皇帝。其中三月十四日在从无锡到苏州的运河船上，二十六日在杭州西湖边的船舫中，四月初三日在苏州虎丘山下，潘国良和张诚、白晋一起，与康熙有深入的谈话：
三月初七日，驻跸扬州。十四日，将至苏州，杭州天主堂教士潘国良至无锡境恭迎。上坐船头，望见国良，问：“哪里来的？”回奏：“远臣自杭州来，迎接圣驾的。”上随谕：“着国良船，傍近前来。”问国良姓名，回奏：“远臣潘国良，向年皇上南巡，迎接圣驾，曾见过天颜。”问：“是哪一国人？”回奏：“是意大利国人。”问：“可是与闵明我同国的么？”回奏：“是。”问：“你有天球么？”回奏：“杭州天主堂有一个旧的，不甚好。”问：“南京、苏州出北极几度？”国良一一回奏，随奉谕云：“你既住在杭州天主堂，可先回去。”回奏：“远臣随驾至苏州，俟十八日恭祝皇上万寿，方回去。”又奏：“远臣蒙皇上隆恩，今备几件土物进献。”上喜赏收。侍卫管嘱云：“你们的船，略在前慢行，不要远行，恐万岁还有话说。”少顷，上命内臣梁九公赍御馔银盘赐国良。国良叩谢恭领。十五日，舟抵苏州阊门。十六日黎明，国良趋赴行宫，恭请圣安。内臣入奏，传谕：“朕好。”十八日，恭祝圣诞，天颜喜悦，国良叩辞先回。二十二日，驾幸杭州。二十四日，国良赍送浑天仪，进呈御览。内臣传旨云：“这个是浑天仪。万岁要的是浑天星球。”即将浑天仪发还。二十六日，国良同张诚、白晋等（张诚、白晋本在京奉职，是时，上南巡，奉旨扈从），蒙上赐宴湖舫，游览西湖，至晚，偕诣行宫，谢恩而归。二十九日，圣驾回銮，经过天主堂，差内臣进堂细看。国良因送驾赴苏，未及晤面。四月初三日，国良同张诚、白晋等，蒙上赐宴，游览虎丘。初四日，国良等齐赴行宫谢恩，内臣传旨云：“万岁前往杭州，叫我进天主堂看了。随经回奏，堂被火焚，修造未完。今万岁赐银二百两，与潘国良造完。”国良谢恩。随蒙谕云：“路远了，不必再送。”国良叩辞西归。
康熙频繁地接见耶稣会士，除了他个人喜欢西洋天文仪器、西洋教师之外，他还真的对教会本身有所关心。他派人查看杭州教堂治理情况，知道受了火灾，未得以修复，便马上送去银两，帮助重建，在前三次南巡中，每次都召见当地传教士。第三次还由张诚、白晋陪同。与耶稣会士这么密切的交往，对他们有这样浓厚的兴趣，在康熙的六次南巡途中是罕见的。和耶稣会士的亲近程度，大约只是主持“江南三织造”衙门的曹、李、孙三家皇家奴才才有过之（康熙的“行宫”设在“织造衙门”）。1699年，第三次南巡中，北京皇帝和江南传教士之间的祥和关系，表明当时的康熙格外看重耶稣会士，看重他们的知识和为中国服务的热情，表明中国的基督教正处于明末以来又一个获得皇家支持的兴盛阶段。如果没有“中国礼仪之争”的全面爆发，情况当然会有所不同。