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EJB规范中对实体映射的定义太过于宽泛，导致每个厂商都有自己的ORM实现，引入特定厂商的部署描述符，又因为Java EE中除Web外，类加载的定义没有明确，导致产生了特定厂商的类加载机制和打包方式。同时，特定厂商的服务查找方式也是有差异的。这在一定程度上加大了开发的难度，使得移植变得困难。
规范如果不能解决开发者的实际问题，开发者自然不会买账，这种规范迟早会被市场淘汰。所以，Java EE的很多规范都停滞不前，发展缓慢。事实上，尽管JCP在这方面做出了一些努力，但仍然无法赶上现代IT市场快速发展的步伐。从2013年6月发布Java EE 7以来，出现了很多新兴技术，比如NoSQL、容器、微服务和无服务器架构，但它们都未能被包含在Java EE当中。
Oracle公司也意识到了发展缓慢的问题，所以在2017年9月宣布将Java EE 8移交给开源组织Eclipse基金会管理，期望通过开源的方式来“活化”Java EE。