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明末，明将孔有德、尚可喜、耿精忠和吴三桂，趁明王朝土崩瓦解之机，各率所部先后降清。当清军于顺治年间南下时，他们又充当了先锋，与清军共同消灭了南明王朝及农民军余部。后吴三桂将永历帝杀害，清顺治帝为表嘉奖给他很重的奖赏，封他做平西王，让他镇守云南、贵州；封尚可喜为平南王，镇守广东；耿精忠为靖南王，镇守福建。
顺治帝为鼓励他们忠心任事，辅弼皇室，不惜赐予政治上种种特权，使他们的权力远远超过了地方官员。就这样，吴三桂、尚可喜、耿精忠便成为各据一方的藩王势力，世称“三藩”。
此三藩之设，并非顺治帝的主观愿望所致，而是为了顺应当时军事与政治斗争的需要。作为当时抗清斗争主要活动地区的东南沿海及两广、云贵，情况错综复杂，随时有可能爆发叛乱。唯有以吴三桂等威名远著的军事将领镇抚这些地区，才能长治久安，以护卫王室。
然而，实际情况却正好与清政府的愿望相反。三藩兵权在握，各拥兵自重，其中以吴三桂的势力最大。吴三桂自恃功高，在云南称王称霸，不但掌握地方兵权，还控制财政，自派官吏，不把清廷放在眼里；耿精忠横征盐课
，又利用海运之便，同荷兰及东南亚各地进行走私贸易；尚可喜则在广州私设征收苛捐杂税的“总店”，每年私收白银不下十余万两。
这三股势力在事实上已形成了与中央政权相对立的军事割据状态。三藩势力的不断增长，不仅不能护卫王室，反而形成了一股与它抗衡的强大力量。
三藩的存在，已成为国家经济上的巨大负担。他们在其藩镇所得，都窃为己有，还从朝廷索取大量饷额和经费，用于养兵和行政开支。康熙帝即位之初，索尼四辅臣执政时期，对三藩采取笼络、包容之策，听任三藩所为，更助长其势力的急速膨胀。
康熙帝智擒鳌拜亲政之后，以敏锐的目光看出三藩势焰日炽，已构成国家的心腹之患，要统一政令，三藩是很大的障碍，一定得找机会削弱他们的势力。于是，“以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念，曾书之宫中柱上”，把它列为自己亲政所必须解决的三件大事的第一件大事，但又虑及“三藩俱握兵柄”，不敢贸然采取行动。他一直在苦苦思索，找个什么办法，才能够顺利削弱并消灭“三藩”。
康熙十二年（1673），平南王尚可喜以年老多病为由，上了一道奏章，主动申请撤藩“归老辽东”。要求让他儿子尚之信继承王位，留在广东。康熙抓住这个机会，立即批准尚可喜告老还乡的请求，但却拒绝让其子接替平南王的爵位，理由是广东安定，不必再设藩王镇守。
康熙帝的这一举措，深深震撼到了其他两位藩王——吴三桂和耿精忠。他们看出了朝廷急欲撤藩的意向，惶惶不可终日。为了试探一下康熙帝的态度，他们也假惺惺地向康熙主动提出了撤除藩王爵位、回到北方的请求。
康熙看到这些奏章之后，召集朝臣商议。大臣们意见不统一，有主张撤的，有主张不撤的。主张不撤的大臣多数觉得吴三桂他们要求撤藩是假的，如果批准他们的请求，吴三桂一定会造反。
康熙帝思虑再三最终决定，这些藩王掌握兵权太久，拖得越久，越不容易解决，认为吴三桂早有野心，撤藩，他要反；不撤，他迟早也要反。不如来个先发制人，索性一次解决。于是便下诏答复吴三桂，同意他撤藩。
诏令一下，吴三桂果然暴跳如雷。他本意是希望康熙帝会做出些挽留的姿态，他们就顺水推舟留下来。谁知康熙帝会这样决断，他又惊又恨，自以为是清朝开国老臣，现在年纪轻轻的皇帝居然撤他的权，于是决定起兵造反。
同年十一月，吴首先在云南起兵，公开抗拒朝廷撤藩。他杀掉了云南巡抚朱国治，发布讨伐清廷的檄文，自称“总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”，并写信与平南王、靖南王和各地老部下以及台湾的郑经，要他们共同起兵造反。
为了笼络民心，他脱下清朝王爵的穿戴，换上明朝将军的盔甲，在永历帝的墓前假惺惺地痛哭一番，说是要替明王朝报仇雪恨。但是，人们都很清楚，他引清兵入关、绞死永历帝
的斑斑劣迹如在眼前，现在他居然打起恢复明朝的旗号来，人们怎能相信他“兴明讨虏”的宣传？
吴三桂在西南一带势力大，一开始，叛军打得很顺利，仅三个月，已占领湖南全境，前锋直抵长江南岸，摆开了飞渡长江天堑，直捣京师的态势。他又派人跟广东的尚之信和福建的耿精忠联系，约他们一起叛变。这两个藩王有吴三桂撑腰，也反了。这就历史上有名的“三藩之乱”。
三藩一乱，整个南方都被叛军占领。康熙帝并没有被他们吓倒，他对三藩之乱采取了毫不妥协的态度，并迅速作出反应：一面停止撤销尚之信、耿精忠的藩王称号，把他们稳住；同时削除吴三桂爵位，将其长子额驸吴应熊逮捕，不久即下令处死，以寒吴三桂之心；一面调兵遣将，集中兵力讨伐吴三桂。以荆州为大本营，与吴三桂的军队夹江对峙，阻挡其正面进攻；以山东兖州为适中之地，接济南北；在西北一翼，以重兵阻击陕西叛军，威胁四川；在东南一翼，以重兵驻杭州、南昌等地，全力挡住耿精忠军队的攻势，以防止他们轻易进入湖南与吴军合势。
康熙的这一战略部署，恰好击中了叛军的要害。吴三桂损失惨重，屯兵南岸不敢渡江，军队锐气逐渐低落下来。这就给事先毫无准备的清军以喘息的时间，并使康熙从容调兵，顺利实施其战略计划。
尚之信、耿精忠一看形势对吴三桂不利，便向清军投降了。这样一来，吴三桂的力量渐渐削弱，处于孤立无援的境地中。
至康熙十七年（1678），清军已从各条战线进逼湖南，吴军节节败退。吴三桂已感到江河日下，他自己知道支撑不下去，连悔带恨，于当年八月生了一场大病断了气。
吴三桂死后，其孙吴世璠继位，改元“洪化”。然而吴三桂的死令部属人心涣散，军无斗志，不久便溃败回云南。
康熙抓住战机，展开了战略大反攻。康熙二十年（1681）九月，清军分三路攻进云南昆明，以长围数十里围城。延至十月，城中弹尽粮绝，城南守将暗降清军引导清军破城而入，吴三桂的孙子吴世璠自杀。其部属骨干人物或自杀、自焚，或被俘处斩。
经过八年战争，清军终于平定了叛乱势力，统一了南方。
康熙在平定三藩之乱后，采取了一系列行之有效的重要措施：
首先，军队编制得到统一，三藩之乱平定后，清政府对参加变乱的部队进行了妥善安置：吴三桂的部队悉配戍于辽宁开原县东四十里的尚阳堡，在台站服役；察哈尔布尔尼其党附各部落于义州、锦州等地安插；尚可喜、耿精忠、孔有德的部属，尚之信等家所属壮丁，则分别被编入正黄、镶黄、正白、正蓝旗汉军旗下；另外，还在荆州、福州、广州增设八旗驻防，广西、云南派绿营兵镇守，使得清廷统治权力得到了集中和加强。
其次，地方官吏的任命得到整肃。三藩之乱平定后，三藩任意坐缺补官的擅权行动即被废止，举官用人大权归于中央政府。
再次，三藩之乱平定后，康熙即宣布废除三藩所施行的各种虐政：下令凡是三藩私自征收的赋税一概免除，按照原制定的额税征收；并将尚可喜在广东所占田庐、店舍悉数归还于民。这些举措使得广大劳动人民的负担有所减轻，东南沿海和西南地方的残破局面开始好转。
三藩之乱的平定，有利于国家的统一、边疆的开发，是康熙一生中最主要的丰功伟绩之一。
陈圆圆，本姓邢，名沅，字畹芬。母亲早亡，方随姨夫姓陈。圆圆能歌善舞，色艺冠时，为苏州名妓，享誉江南，被誉为“江南八艳”之一。
陈圆圆画像
崇祯末年，李自成的农民起义军威震朝廷，崇祯帝日夜不安。外戚周奎欲寻求美女为皇帝解忧，便派遣田妃的哥哥田畹下江南选美。后来，田畹将名妓陈圆圆等献给了崇祯皇帝。但由于当时战乱频繁，崇祯皇帝无心享乐。陈圆圆便又回到了田府，成为田畹府中的歌妓。
不久，李自成的队伍逼近京师，崇祯帝急召吴三桂镇守山海关。田畹设宴为吴三桂饯行，陈圆圆率歌队进厅堂表演。吴三桂见到陈圆圆之后，立即一见钟情、神驰心荡。
酒过三巡，突然有人来报说李自成率军突袭，田畹恐慌地问吴三桂：“有敌军前来，该如何是好？”吴三桂回答说：“若能以圆圆相赠，吾首先保护君家无恙。”就这样，陈圆圆成了吴三桂的爱妾。
李自成攻破北京，吴三桂的父亲投降了起义军，陈圆圆被李自成的手下刘宗敏掳走。吴三桂正欲答应投降李自成，忽闻陈圆圆已被李之部将所占，冲冠大怒，高喊：“大丈夫不能自保其室何生为？”遂投降了清军与农民军开战，在一片石攻破李自成。
李自成战败后，将吴三桂之父及家中38口人全部杀死，然后弃京出走。吴三桂为报杀父夺妻之仇，昼夜追杀农民军到山西。此时，吴三桂的部将在京城搜寻到陈圆圆，立即飞骑传送。吴三桂遂终止交战，带着陈圆圆由秦入蜀，然后独占云南。
后来，顺治封吴三桂为云南王，吴三桂欲将陈圆圆立为正妃，陈圆圆没有接受。吴三桂便娶了另外一个女子为正室。但不幸的是，这个正室生性悍妒，吴三桂的很多爱姬都被她所陷害冤杀，陈圆圆看到这样的情景，便独居到别院去了。由于失去了吴三桂的宠爱，陈圆圆心灰意冷，遂乞削发为尼，从此在五华山华国寺吃斋念佛。
康熙平定三藩之乱时，吴三桂气绝身亡。陈圆圆在寺中得知这个消息之后，自沉于寺外莲花池中。
此后，几百年来很多人都将明朝灭亡的原因推在陈圆圆身上，说吴三桂投降清军完全是因为她的缘故，为此，明末清初的诗人吴梅村还曾写诗曰：“恸哭六军俱缟素，冲冠一怒为红颜！”
康熙幼年即位，他所继承的是一个饱经战火摧残、经济凋零、国弱民贫、各股势力对抗、政权不稳的国家基业。为了稳固江山，让清朝走向更加辉煌的盛世，康熙进行了一系列的整治和改革。在擒鳌拜、平三藩之后，他又趁着告捷余威，把注意力转向台湾。
康熙元年（1662），郑成功驱逐了荷兰侵略者，从荷兰殖民者手中收复了台湾，但仍然用南明永历年号，以明朝遗臣的身份继续同清廷对抗。清朝政府经过数十年的统治，已经完全巩固了其地位，国内满汉之间的民族矛盾也逐渐趋于缓和，郑成功的做法实际上成为阻碍国家走向统一的一股割据势力。早在康熙初年，统一台湾的问题已经提到清朝统治者的议事日程上来。
不久，郑成功去世，其子郑经继位。之后，郑经与其叔父郑世袭为争夺权力发生内讧，政治上越来越走下坡路。清朝由于当时国内棘手问题很多，对台湾还不能以武力压服，只能乘机派使者，企图说服郑成功之子郑经归降清朝。
郑经为了得到喘息的机会，减轻压力，同意与清朝谈判，交出南明皇帝赐给的敕书和印玺。但当清朝要求台湾人众迁回内地，剃发易服时，郑经坚决不同意，提出“请如琉球、朝鲜例，不登岸，不剔发易衣冠”的请求。清廷当然不会答应，致使首次谈判未能成功，双方形成对峙的局面。
清廷见招抚不成，就在第二年十月攻占了厦门、金门、铜山（东山岛）等地。郑氏在大陆沿海的主要岛屿都被清军占领，郑经的部队退出厦门，逃奔到台湾。清朝乘胜派舟师出征台湾，却在海上突遇台风，船只沉没，无功而返。次年五月，清军再度出征，又在澎湖附近遇到狂风暴雨，许多船只被摧毁，无奈又只得返回。
当时两岸虽武装对峙，但又都有一定的和平愿望。清廷见两次渡海东征都无功而返，只好又改用和平招抚手段。
康熙六年（1667），清廷派总兵孔元章赴台湾再次谈判，并承诺如果郑经愿意归顺，则册封他为“八闽王”，并让他管辖沿海诸岛。郑经犹豫不决，后以“和议之策不可久，先王之志不可坠”（《海纪辑要》）为由，拒绝清朝的招抚。
两年之后，康熙亲政了。他派刑部尚书明珠主持和议，派知府慕天颜入台，宣示招抚之意。这次，清朝廷作出了很大的让步，允许郑氏封藩，世守台湾。而郑经却仍然坚持提出只要能像朝鲜一样不削发，便可以称臣纳贡。康熙答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人。”（《明清史料丁编》第三本）清廷坚持一定要削发，认为不削发就不能表现归顺的诚意。由于在削发问题上互不妥协，这次招抚谈判又失败了。
此后便发生三藩之乱，中原战火弥漫。郑经乘机与吴三桂、耿精忠勾结，发兵攻福建、广东，与清军作战，先后占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地。后吴三桂兵败去世，郑经孤军难支，再次退回台湾。
清廷再一次派福建总督姚启圣和副将黄朝用赴台谈判。郑经要求“请照琉球、高丽外国之例，称臣奉贡，奉朝廷正朔，受朝廷封爵”，而康熙则认为“台湾人皆闽人，不得与琉球、高丽比”（《清圣祖实录》卷一百零九），坚决不同意台湾比照琉球、高丽之例。于是，谈判再一次无果而终。
此后，清廷又派人进行了几次谈判，但谈来谈去，终未达成协议。康熙看到和谈不能解决问题，于是决定武力克台，但清廷中反对武力攻取台湾的人很多。
康熙二十二年（1683），郑经病逝。其次子郑克爽监国。郑经的亲信侍卫冯锡范等人为了争夺权力，诱杀了郑经的长子郑克填，扶持郑克爽继位。就这样，台湾地方大权落入冯锡范与刘国轩二人手中。岛上争权夺利，人心十分不稳。
康熙抓住这个机会，决定发动进攻，用武力夺取台湾。但是，台湾地处大海中，波涛万顷，作战需依赖水师，满族将士多生于内陆，不熟悉水战，要想夺取胜利，必须另选将帅，训练士卒。李光地、姚启圣向康熙帝推荐，觉得施琅
可当此重任。
康熙思虑再三，决定起用施琅，授福建水师提督一职，命令施琅于六月十四日率领官兵2万多人，战船200多艘，从铜山出发，向台湾发动进攻。郑克爽则派勇敢善战的刘国轩守澎湖
，所率兵将战船与施琅相当。“缘岸筑短墙，置腰铳，环二十余里为壁垒”（《清史稿卷二百六十·施琅传》），两军展开激战，历时七昼夜，两军各有伤亡。
施琅画像
施琅首战不胜，只得暂时退兵，集全军船队于八罩屿。八罩屿一带潮大流急，一遇风暴则舟船难以保全。刘国轩听说施琅军集于八罩屿，不甚欢喜，觉得可以“饮酒以观其败”。谁知八罩屿接连几天都是风平浪静，刘国轩顿感惶恐不已。
二十二日，施琅再次发动进攻。双方自辰时开战，炮火交攻，极其激烈。至巳时，南风忽起，施琅命乘风放火，郑军于是大溃，战船大量被击沉焚毁，死伤1.2万人，浮尸遍海，一些将士阵前投降，刘国轩仅率残余的31艘船仓皇逃回台湾。
澎湖的失陷引起台湾郑氏当局的极大恐慌。刘国轩逃回台湾后，与部下密议以后的对策，冯锡范主张撤离台湾，迁往吕宋，而刘国轩则认为人心已经背离，倡议归降清朝。与此同时，施琅也积极进行政治争取工作，对被俘的台湾兵将，优礼相待，赏给银米。800多名伤残者医治之后释放回台，向他们宣示招抚之意。
两个月后，郑克爽自觉已无抵抗之力，遂派人至澎湖施琅军前，表示愿削发称臣，但请求仍居台湾。施琅不予同意，郑氏集团无路可退，最后只得修表乞降。七月十九日，施琅派代表抵台湾，郑克爽率刘国轩、冯锡范等迎接。之后，郑克爽下令全岛兵民遵制剃发。二十七日郑克爽向清军递降表，并缴明延平王册印。自此，台湾得到统一。
郑氏投降之后，康熙并没有为难他们，反而给予了一系列的优待。封郑克爽为公爵，刘国轩为侯爵，其他投降的士兵和民众，或入伍，或归农。郑氏人众俱得到了妥善安置。
在妥善安排归降人员的同时，施琅因平台湾功，封靖海侯，并在台湾实施了安民措施。八月十三日，施琅率军来到台湾，颁布《谕台湾安民示》，提出：“土地既入版图，则人民皆属赤子，保义抚绥，倍加意。”为安定民心，施琅还亲自前往郑成功之庙焚香祭祀，称其为“开台烈祖”。台湾全局于是归于安定。
在平定台湾郑氏之后，清廷内部对于如何处置台湾这个岛屿发生过分歧。有人认为：台湾“孤悬海外，易薮贼，欲弃之”；也有人说：“海外泥丸，不足为中国加广，裸体文身之番，不足与共守，日费天府金钱于无益，不若徙其人而空其地。”（《台湾历史纲要》135页）施琅则力主坚守台湾。他认为台湾“虽为外岛，实关四省之要害”，具有巨大的军事意义；如果弃之，必定会被荷兰人重新占据。而且，台湾岛上已“人居稠密，户口繁息”，再进行大规模移民必定造成动荡不安。
康熙皇帝极重视施琅的建议，也十分赞同施琅的意见，曰：“台湾弃取，所关甚大。弃而不守，尤为不可。”（《康熙起居注》二十三年正月二十一日）在与议政王大臣、大学士和九卿多次商议之后，康熙决定采纳施琅的意见。
康熙二十三年（1684），清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台湾设总兵官一员、副将两员，兵8000人，分为水陆八营。澎湖设副将一员，兵2000人，分为二营。康熙二十三年（1684）春，清朝驻台湾的第一批文武官员全部就职到位，宝岛台湾完全统一于清朝政府管辖之下。
郑成功，原名森，号大木，福建南安县石井村人。其父郑芝龙，是南明隆武朝“建安伯”，曾组织向台湾移民，积极开发台湾岛。顺治二年（1645），21岁的郑成功在福州受到隆武帝朱聿健的召见，隆武帝对他赏识有加，遂赐他国姓（朱），改名成功。
郑成功雕像
清顺治三年（1646），清军渡过了钱塘江，占领浙江。掌握隆武朝政大权的郑芝龙降清。郑成功虽苦苦劝阻，却未能阻止父亲，于是便率部至南澳（今属广东），起兵抗清。经过浴血奋战，取得了厦门作为抗清根据地。但是，之后的三次北伐均以失败告终，三次败战使得郑军兵力大伤。他考虑了全局形势，感到只靠厦门和金门作为根据地，势单力孤，不可能实现恢复中原的大业。而且台湾人民不堪忍受荷兰侵略者的暴行，切盼解放。于是，郑成功作出“亲征”台湾的重大决策。
顺治十八年（1661），郑成功披甲执剑，亲率2.5万名兵将，分乘百艘战船，从金门扬帆出发，意欲越过台湾海峡，直取台湾。然而，军队却在行进途中遇到东南逆风，白浪滔天，船队不能行进，只得返回，停泊在澎湖36屿中间，一连几天不能行进。几天的停靠，使军中粮食告急，如若再不采取行动，那就只有失败而归了。
郑成功意识到这一点之后，立即发布了一道命令，向全军将士宣告：自己此次率领大军，冒着风险东征，是为了收复被侵占的国土，而不是为了贪图享乐，所以希望全军将士能够拿出勇气，不要惧怕惊涛骇浪，万众一心，定能够战胜困难，夺回台湾。全军将士受到此番激励之后，人心振奋，顶着风浪，继续向东南进发，终于越过了台湾海峡。
郑成功决定带领将士在澎湖稍作休整便准备直取台湾。荷兰侵略军听说郑成功要进攻台湾，十分惊恐。他们把军队集中在台湾、赤嵌（今台南）两座城堡，还在港口沉破船阻止郑成功船队登岸。
郑军的船队避开了赤嵌城海岸，绕道从鹿耳门登陆。登陆后，郑军立即包围了军事据点赤嵌，与荷兰殖民军展开了激战，打得侵略军溃不成军，赤嵌城遂被收复。
荷兰总督见赤嵌已被收复，觉得形势不妙，便玩起了缓兵之计，表示愿意年年纳贡。然而，却遭到了郑成功的坚决反对，他表示：除非你们投降，把台湾交还中国，否则我们就战斗到底。起初，盘踞台湾城的侵略军还在负隅顽抗，后来，郑成功在该城周围修筑了土台，对其进行了9个月的围攻。荷兰人弹尽粮绝，最后不得不挂白旗投降，派人送出了投降书。1662年2月1日，受降仪式正式举行。至此，郑成功从荷兰侵略者手里收复了沦陷38年的我国神圣领土台湾，也为后来康熙统一中国打下了良好的基础。
收复台湾之后，东南沿海得到了稳定，清朝在全国的统治更加巩固。然而，康熙还是无法完全安心，因为西北又崛起了一支厄鲁特蒙古部落，这个部落在噶尔丹的统治之下形成了一个与中央政府相对峙的强大的地方政权。
明末清初，我国北方的蒙古族分为三大部：漠南蒙古、喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古。而厄鲁特蒙古又分为和硕特、准噶尔、土尔扈特和杜尔伯特四部。其中以准噶尔部势力最为强大，明末清初，该部首领台吉哈拉忽拉成为执各部牛耳的人物。哈拉忽拉死后，他的儿子巴图尔珲台吉继位，在他的领导下，准噶尔部进一步强大，先后兼并了土尔扈特部及和硕特部的牧地，迫使土尔扈特人转牧于额济勒河（今伏尔加河）流域，和硕特人迁居青海。
噶尔丹
执政时，又先后吞并了新疆境内的杜尔伯特和原隶属于土尔扈特的辉特部，继而进占了青海的和硕特部和南疆维吾尔族聚居的诸城。
面对崛起于西北大漠的噶尔丹，清朝政府的西北边疆感受到了压力。但由于当时清廷正忙于平定三藩之乱，无力西顾。面对步步逼近的噶尔丹，康熙皇帝只是下令让守边部队严加防护，而一概不过问厄鲁特部的内部事务。
康熙的这一反应，使得噶尔丹更加得意妄为了。随着准噶尔势力范围的不断扩大，噶尔丹分裂割据的野心愈益膨胀。此时，正是沙皇俄国疯狂向外扩张的时期，为了顺利达到侵略中国西北边疆的目的，沙皇俄国对噶尔丹进行了一系列的劝诱，主张噶尔丹继续向外扩张政权。康熙二十六年（1687）年底，沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，阴谋策动噶尔丹叛乱。在沙俄的鼓动下，为建立自己的西北霸权，增强经济实力，噶尔丹将掠夺的矛头指向了喀尔喀蒙古。
康熙二十七年（1688），噶尔丹亲率骑兵自伊犁东进，对喀尔喀蒙古发动进攻，占领整个喀尔喀地区。喀尔喀蒙古的首领在战乱中仓皇率众东奔，逃往漠南乌珠穆沁一带，向清廷表明自己的处境，请求保护，同时表示愿意投顺清朝政府。喀尔喀与沙俄及厄鲁特接壤，战略位置十分重要。噶尔丹进攻喀尔喀的举动引起了康熙皇帝的高度警惕。康熙一面将他们安置在科尔沁，一面责令噶尔丹罢兵西归。
噶尔丹画像
然而，噶尔丹此时气焰正盛，对于康熙的指令不但不予理会，反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内，继而穿过车臣汗部东隅，逼近呼伦贝尔，离清朝卡伦只有七八日的距离。战火烧遍整个喀尔喀蒙古，人民陷入了灾难之中，平定噶尔丹叛乱已经成为刻不容缓的事情。
康熙二十九年（1690）六月，康熙决定御驾亲征。早在康熙二十八年（1689）八月，康熙皇帝就派理藩院尚书阿喇尼以调解喀尔喀与厄鲁特矛盾为名，赴噶尔丹军营之中观察了80余天，获得大量情报。通过这些军事情报，康熙帝对噶尔丹的军事动向尽在掌握中。
此外，康熙皇帝还采取联络噶尔丹政敌、孤立打击噶尔丹的策略，并向沙俄提出警告，断绝噶尔丹寄希望于沙俄的想法。
一切准备就绪之后，康熙皇帝派出左右两路大军，向土拉河、克鲁伦河挺进，以图夹击噶尔丹。康熙亲临博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南）指挥，同时令盛京（今辽宁沈阳）将军、吉林（今吉林市）将军各率所部兵力，西出西辽河、洮儿河，与科尔沁蒙古兵会合，协同清军主力作战。
右路军北进的过程中，在乌珠穆沁境内与噶尔丹军相遇，陷入了噶尔丹军队的包围之中，惨遭失败，右路军统率阿喇尼率残部勉强突围。
右路军的失败打乱了康熙帝的军事部署，噶尔丹则乘势长驱南进，抵达了乌兰布通。这时，清左路军也进至乌兰布通南，康熙急令右路军停止南撤，与左路军会合，合击噶尔丹于乌兰布通，并派兵一部进驻归化城（今内蒙古呼和浩特），伺机侧击噶尔丹归路。
八月初一交战开始，清军以火器部队在前，步骑兵在后，隔河布阵，首先集中火力攻击噶尔丹的驼阵，将驼阵轰断为二之后，再挥军渡河进攻，步兵从正面攻击，骑兵则从左翼迂回侧击。不久之后，噶尔丹便大败仓皇撤往山上，后乘机率仅剩的数千人残部夜渡沙拉木伦河，逃回了科布多（今蒙古吉尔噶朗图）。
经过乌兰布通之役，噶尔丹的嚣张气焰被打压了不少，军事实力也严重受损。但噶尔丹不甘心失败，在逃回大本营科布多之后，仍继续进行对抗清朝政府的新行动。他以科布多为基地，招集散亡人员，企图重整旗鼓，东山再起。而康熙也为了防止噶尔丹再次进攻，而进行了政治、经济、外交等多方面的准备工作。
康熙三十四年（1695）八月，噶尔丹率骑兵3万，再次东侵喀尔喀，向克鲁伦河以东推进，以流寇的形式在喀尔喀地区四处骚扰。在此形势下，康熙决定再次亲征。
次年二月，清廷调集9万军队，分东中西三路进击。东路军由名将黑龙江将军萨布素统领，率官兵约1.2万人，经索约尔济山，直趋克鲁伦河，实行牵制性侧击；西路军分归化城军与宁夏军两支，4.6万人，由安北将军费扬古统帅，越过沙漠，会师于翁金河（今蒙古德勒格尔盖西）之后北上，切断噶尔丹军西逃科布多之路；中路大军3万余人则由康熙亲率，于二月二十三日自京师出发，欲出独石口（今河北沽源南）北上，直指克鲁伦河上游，与其他两路约期夹攻，企图歼灭噶尔丹军于克鲁伦河一带。
按预定计划，中西两路大军应于四月二十七日会师于克鲁伦河巴颜乌兰。所以，在康熙皇帝起程前，西路大军已先行出发。但由于所行之路路途遥远，又不好走，所以行进速度十分缓慢。
五月十三日，清西路军进抵土剌河上游的昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南）时，军队已因长途跋涉而饥疲不堪。鉴于这样的情况，西路军统帅费扬古决定不再前行，采取设伏截击的方针，以一部依山列阵于东，一部沿土剌河布防于西，将骑兵主力隐蔽于树林之中；振武将军孙思克则率步兵守在山顶。
战斗开始后，康熙亲率的中路军先向噶尔丹发起攻击。噶尔丹猝不及防，眼见着大队清军从天而降，不敢抵抗，率部夺路连夜西逃。厄鲁特兵刚刚逃出中路军的追击，便又钻进了西路军布下的军阵之中。噶尔丹率兵进击，企图攻占清军控制的山头。孙思克率兵据险防守，噶尔丹久攻不下。
此时，费扬古指挥沿河伏骑分兵一部迂回敌阵，宁夏总兵殷化行见敌人阵后森林中人畜丛集，却久不出动，断定是噶尔丹阵后老幼、辎重所在，便建议费扬古出精骑抄袭敌后。费扬古依计而行，噶尔丹部众果然大乱，夺路北逃。清军乘夜追击15公里以外，酋长及头目或死或降，噶尔丹的妻子阿奴也在战乱中被击毙。噶尔丹见大势所去，仅率数十骑趁夜色西逃而去。至此，康熙帝的此番亲征，以圆满胜利而告终。
噶尔丹回到领地之后，发现其后方基地伊犁地区早在他东侵之际就被其侄策妄阿拉布坦所袭占。而连年的征战已使得噶尔丹元气大伤，丝毫没有实力再夺回领地。之后，康熙对噶尔丹进行了多次劝降，而噶尔丹却拒不应允。鉴于此，为了永绝后患，康熙于三十六年（1697）二月再次下诏亲征。噶尔丹在抵抗无力的情况下，服毒自杀而亡。当晚，厄尔特部族人丹济拉将其遗体火化，携骨灰及噶尔丹之女钟齐海，率300户来投顺。至此，康熙平定噶尔丹叛乱之战始告结束。
虽然康熙亲征噶尔丹取得了胜利，但是准噶尔一部的叛乱却没有因此而结束。
噶尔丹死后，他的侄子策妄阿拉布坦成为准噶尔部的统治者，经过一段时间的喘息之后，准噶尔部又逐渐强大起来。随着策妄阿拉布坦统治地位的巩固和地盘的不断扩大，其分裂割据的野心又开始滋长起来。再加之沙皇俄国的怂恿和支持，策妄阿拉布坦便开始了对清军的攻击，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤（今新疆巴里坤）、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏，进行分裂叛乱活动。
清政府得知策妄阿拉布坦派兵往西藏，即令出兵进藏，协同藏军对其进行围剿，这才将策妄阿拉布坦叛乱势力赶出西藏。
康熙逝世后，他所制定的抵抗政策，由他的儿子雍正帝、孙子乾隆帝继续推行并得到贯彻。
雍正五年（1727）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零成为准噶尔领袖。噶尔丹策零在沙俄支持下，继续进行叛乱活动。自雍正六年（1728）开始，清廷曾多次出兵平定叛军。然而，噶尔丹策零并没有一点收敛之意，他的内外政策基本上遵循其父的路线，对东边也没有放弃向喀尔喀扩展的意图。
雍正七年（1729），雍正帝命侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军决定发兵征讨，噶尔丹策零闻讯惊恐不已，忙遣使求和，要求清军休战一年，得到了雍正帝的恩准。然而，噶尔丹策零却在休战期间，出兵突袭西路清军大营，此战清军损失严重，清政府与准噶尔贵族之间的关系进一步破裂。
雍正十年（1732），噶尔丹策零率军再次袭击驻扎于塔半尔河的清军。八月初，清军奋起反击，以精骑3万夜袭其营，大败准噶尔军。噶尔丹策零见势不妙，被迫降附。此后，清政府与准噶尔部割据势力之间的矛盾暂时得到缓和，维持了将近20年的和局。
乾隆十年（1745）噶尔丹策零死后，准噶尔部内乱，达瓦齐夺得汗位。接着，达瓦齐又与帮助他登上汗位的辉特部台吉阿睦尔撒纳互相攻战。1754年，阿睦尔撒纳兵败之后，率领2万兵士归顺清廷。清政府认为统一西北地区的条件已经成熟，决定命将出师，一举平定准噶尔地区的叛乱。
乾隆二十年（1755）二月清廷发兵5万直捣伊犁，达瓦齐猝不及防，兵败被俘。正当清军捉获达瓦齐、获得初步平叛胜利的时候，辉特部首领阿睦尔撒纳又叛变了。二十二年（1757）春，清廷遣军从巴里坤等地对阿睦尔撒纳进行分路进击，大败叛军。随后，阿睦尔撒纳叛逃沙俄，不久因患天花病死异域。
自此，清军迭经三朝、历时70年的平定叛乱之路才取得了最终的胜利，西北地区长期以来的分裂局面也随之宣告结束了。
康熙皇帝不仅注重对本国领土的统一和安定团结，更重注对外来侵略者的抵御。他对沙俄的抵抗和还击就是很好的例子。
俄国原是一个欧洲国家，和中国并不接壤，但是俄国觊觎中国领土的野心却由来已久了。
早在明万历十年（1582），俄国的势力就越过了乌拉尔山，进入西伯利亚地带。翌年，发生了“古勒寨之战”，努尔哈赤的父亲死于战斗中。
之后，俄国的势力继续向东扩张。到了明万历四十一年（1613），罗曼诺夫成为沙皇，创建了罗曼诺夫王朝，更加紧了对西伯利亚的扩张。明崇祯十一年（1638），哥萨克人听到达斡尔人说有一条黑龙江。五年之后俄人波雅科夫便带军侵入了达斡尔地区，这是俄军首次侵入黑龙江流域。
清顺治七年（1650），俄国人哈巴罗夫带领70多人，翻越外兴安岭，侵入了黑龙江地方，占领了头人阿尔巴西的住地雅克萨。次年，又带领众人侵占了索伦头人托尔加的驻地。顺治十五年（1658），俄军重新占领了尼布楚。之后，俄国人便开始了对黑龙江地域索伦、赫哲、费牙喀等部民的抢掠活动。俄人哈巴罗夫还将托尔加城主残酷折磨，施以火烧、鞭抽的酷刑，后将托尔加城付之一炬。
眼看国土完整遭到破坏，臣民遭受涂炭，康熙帝自然无法忍受，他曾言：“朕亲政之后，即留意于此。”（《清圣祖实录》卷一二一）于是，康熙帝在削平三藩、统一台湾，加强了对中原地区的统治之后，便将战略目光转向了北疆。为了保卫边疆不受外来侵犯，在与沙俄交涉无果之后，他决定采取坚决的自卫措施，出兵反击，彻底清除这伙沙俄侵略者。
为了使反击能够取得良好的效果，康熙帝在出兵之前做了诸多准备工作。他总结了大清军民30多年来和俄国侵略者进行斗争的经验，还为了解敌情进行了三次东巡。
关于侦察敌情一事，还流传着这样一个故事：康熙帝派蒙古副都统彭春
以捕鹿为名，从墨尔根行进了16天，到达了雅克萨城下进行侦察。结果抓回了6名人质，并从他们口中探听出了敌军的居址、地形、兵力和交通等情况。
随后，彭春等回到京师报告，认为要攻取俄罗斯并不难，只要发兵3000人就足够了，并建议康熙立即行动。但是，康熙帝没有同意他们的建议，觉得单纯从军事上考虑不够周全，必须作更充分的准备才行。
随后，康熙帝先在卜魁（今黑龙江省齐齐哈尔市）设立黑龙江将军，又建黑龙江城（今瑷珲城），并设立驿站；之后又在乌拉（今吉林省吉林市）大量制造船只，准备溯水而战；并铸造战炮，筹划屯田，开辟驿路，以求战而能胜，胜而能守。
一切准备妥当之后，康熙开始对沙俄发动进攻。但是，由于远途奔袭，人地两生，再加上传闻沙俄凶残，很多官员对反击沙俄作战充满了畏难情绪。然而康熙帝心意已决，毅然决定出师抗俄。
1685年6月，康熙帝派遣都统彭春率兵进抵雅克萨。彭春到达雅克萨后，并没有立即出兵，而是先派人送去康熙帝致沙皇的信和他本人给雅克萨俄军的咨文，文中给出最后的警告，要求俄军立即撤离中国。但沙俄侵略者却对中国的警告置若罔闻，不仅没有丝毫撤离的意思，反而招募新兵，增强雅克萨的兵力，并任命有作战经验的军役贵族托尔布金为阿尔巴津督军，来到雅克萨指挥作战。
6月23日，清军统帅再次来到雅克萨城下和俄方对话，俄方依旧顽固不化，且言语十分的不恭敬。见此情形，清军打算放弃劝和，立即出兵攻打俄军。
6月24日，清军列阵，包围了雅克萨。俄军见此情形，立即遣兵调将请求支援。25日，一队俄军从黑龙江顺流而下，企图冲进雅克萨协助城内俄军作战，被清军拦截在江上，双方经过了一场激战之后，俄军告败，死伤40余人。
接着，清军架起了大炮，向雅克萨发动了猛烈的轰击，不多时，俄军便伤亡严重，败下阵来。眼看走投无路，俄军放弃了最后的抵抗，在清军的劝降下，俄军头目托尔布金竖起了降旗。
清军接受了俄军的投降，并对他们采取了宽大的处理态度，准许700多名俄国人撤出雅克萨，返回俄国。至此，被俄军侵踞20余年的雅克萨，终于得到光复。随后，清军将胜利的捷音奏报到康熙帝的行宫。康熙帝指示：“雅克萨城虽已克取，防御决不可疏。”（《清圣祖实录》卷一二一）但是，彭春等没有留军驻守雅克萨城，也没有收割田间庄稼，仅毁去城堡后，便回军黑龙江城。
托尔布金从雅克萨退到尼布楚，但侵略中国的野心不死，仍想卷土重来。这时，由彼顿率领的600名援军到达尼布楚，俄军的力量增加了。同时，他们探听到清军战胜后已全部撤回黑龙江城。于是，托尔布金便于同年六月，带领700余人，携带大炮和弹药，重新侵踞了雅克萨。
清军得知俄军再占雅克萨，不得不再次出兵抵御。康熙二十五年（1686）二月，康熙帝颁发谕旨：“今罗刹复回雅克萨，筑城盘踞，若不速行扑剿，势必积粮坚守，图之不易。其令将军萨布素等……止率所部二千人，攻取雅克萨城。”（《清圣祖实录》卷一二四）
同年七月，萨布素奉命率所部2000余人及福建藤牌兵
400人进抵雅克萨，随即围城进攻。经过两个多月的攻城和围困，俄军损失惨重。9月底，俄国头目托尔布金被击毙，城中俄军大多战死或病死，粮食弹药也消耗殆尽，最后困守在雅克萨的几十个俄军只能在城中坐以待毙。
康熙帝在清军兵迫雅克萨城的同时，再次表现出和平谈判解决两国边境问题的愿望。为了彻底解决沙俄侵略黑龙江流域的问题，以求得边界上稳定的和平，皇帝多次写信给沙皇。康熙二十五年（1686）七月三十日，康熙再次给沙皇彼得和伊凡发去咨文：“我领兵大臣命鄂罗斯降人伊凡·米海罗莫洛多依，持书送尼布楚、雅克萨头目，令其悔改，撤回本地。讵彼等仍收我逃人，拒不撤至伊界，朕乃进兵围雅克萨城。其鄂罗斯人，俱行投降，未戮一人，悉行放回，并再三晓谕，令其撤至伊界，毋复来犯。今鄂罗斯人乘我班师之隙，竟复占雅克萨，将我人员俱行杀害……惟虽经屡次宣谕，鄂罗斯人竟不撤回，而死守尼布楚、雅克萨地方。今仍望察汉汗撤回属民，以雅库等某地为界，各于界内打牲，彼此和睦相处。”（《兵部为俄应撤回侵兵并于雅库立界事致俄皇咨文》）
1686年11月，正当雅克萨围城旦夕可下的时候，一批俄国信使从莫斯科来到了北京，递交沙皇要求解除雅克萨的包围和派使臣戈洛文来华议定边界的信件。康熙帝同意了俄国沙皇的请求，下令停止战斗，解除对雅克萨的包围并停止了进攻。1687年5月，清军撤离雅克萨返回黑龙江城。
康熙二十八年（1689）四月，康熙派索额图一行前往尼布楚与俄国进行谈判。临行前，康熙嘱咐索额图：“尔等初议时，仍当以尼布潮为界，彼使者若恳求尼布潮，可即以额尔古纳河为界。”（《清圣祖实录》卷一四〇）
索额图使团到达尼布楚之后，以石勒喀河为界，将大营驻扎在岸边。俄国使团首席代表戈洛文到达后，则驻扎在河的另一边。会谈的会场设在野外，位于尼布楚城与河岸的正中，双方距离相等。
七月八日，谈判正式开始。经过双方多次协商之后，索额图按照康熙帝旨意，作出最后让步，双方签订了《中俄尼布楚条约》，划定中俄东段边界。条约规定：格尔必齐河、额尔古纳河以东至海，外兴安岭以南，整个黑龙江流域、乌苏里江流域包括库页岛土地，归中国所有。双方进行贸易互市。两国永为交好邻邦等。
《中俄尼布楚条约》签订后，俄军从中国领土上撤走，雅克萨重新回到祖国的怀抱。清朝加强了对黑龙江地区的管辖，中国东北边疆得到170多年的安定。
朱元璋建立明朝以后，为了彻底打击蒙古人，便建立宗藩，以强化辽东。然而，朱棣登基之后，担心强藩在后，会威胁皇权，便撤销了辽东的封藩，并引进女真部落，采取“以夷制夷”的方针。以为此举既驯服了女真人，又加强了抵御蒙古人的力量，实在是一举两得。
而对于女真人来讲，明朝的这种做法使他们摇身一变成了天朝上国的公民，再加之有明朝政府的补贴，生活水平也得到提高，自然是一件美事。
最初，女真部落在帮助明军打击蒙古人方面贡献了不小的力量。但后来，随着对汉族先进生产力和文化的吸取，女真部落的势力不断壮大起来。于是，一些部落就不安分起来，走上了蒙古人的老路，不时对明朝一些地区进行劫掠。特别是建州女真一族（明代女真有建州女真、海西女真和野人女真三部），在其右卫首领王杲的率领下，多次抢掠内地，并大败明军，使辽东形势十分紧张。
为了解决这一难题，隆庆四年（1570），明朝任命大将李成梁镇守辽东。经过一番激烈的战斗，万历三年（1575），王杲战败，落得凌迟处死的结局。
王杲死后，他的儿子阿台袭职。阿台对父亲的死耿耿于怀，他十分痛恨明朝，时常起兵对抗，谋划为父亲报仇。
万历十一年（1583），为了彻底消除后患。明朝派李成梁率军进攻阿台驻地古勒寨，古勒寨地势险要，阿台带兵在此顽强抵抗，双方僵持不下。
由于阿台的妻子是建州左卫领袖塔世克的侄女，而按当时的战争规则，如果不投降，城陷以后就要屠城，为了使亲人免于危难。塔世克同其父觉昌安试图赴古埒城劝降阿台，觉昌安以自己和李成梁的交情向阿台担保，只要他投降，李成梁定会放他一条生路。而阿台却执意抵抗到底。
如果以阿台部落的战斗力来讲，李成梁想要攻下古勒寨并非易事。但是，苏克苏浒河部图伦城主尼堪外兰为讨好李成梁，见古勒寨久攻不下，就开始对城内民众进行诱降，声称李成梁有令，杀了阿台的人就能成为新的城主。阿台部下将领信以为真，将阿台杀死之后便开城投降了。
然而，等待着他们的并不是富贵荣华，而是一片腥风血雨的杀戮。李成梁非但没有履行诺言，反而下令屠城，将古勒寨中的女真人全部杀死，以绝后患。在这场杀戮中，觉安昌和塔克世也没来得及逃出来，惨死在了乱军之中。
古勒寨战役以明军的胜利而告终，但这并不意味着明朝危亡的化解，反而为明朝的彻底灭亡埋下了伏笔。因为，死于杀戮中的觉昌安和塔世克正是清朝开国皇帝努尔哈赤的祖父和父亲。为了保护族人、为父报仇，努尔哈赤就此登上了历史舞台，并最终成为大明王朝的终结者。