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根据姜堰区现代渔业产业园区的特点，全区划分为6个功能区。
本区包括四部分内容。
现代渔业产业园办公区职能是实现园区的有效管理，统一行使园区范围内的现代渔业规划制定，以及渔业项目申报与落实、渔业招商引资管理等领导职能；承担园区发展办公室日常工作，具体履行规划、招商和经营三大职能，立足现代渔业示范园区，辐射带动全市现代高效渔业发展。
建立主要是以服务渔业企业、渔业村场及水产合作社，推广高效渔业技术为重点的渔业综合服务中心和以研究新技术、新品种、新模式为主的现代渔业科技研发中心，充实、配备相关专业技术人员和硬件基础设施。其功能是对渔业水域环境监测、对水生动植物检疫和病害防控、对水（农）产品质量进行安全监管及新品种引进的研究与试验。同时，配备品种展示室、培训中心和仓储中心。
监控中心主要是智能水产养殖物联网系统终端部分，包括智能控制部分和终端展示部分。智能控制部分是将采集到的数据通过与系统设置的阈值进行对比，参数超出阈值后自动打开相应设备，从而达到自动投喂、增氧等功能。终端展示部分是通过终端LED大屏幕、手持终端等将采集到的数据及时展示给用户，使用户能够了解生产基地和生态园实时的信息并做出相应的应对措施。
配套维修服务部的功能是在完成园区建设后对道路、桥梁、输电线路等基础设施以及园区绿化、美化工程进行常规保养和维修。
优质水产苗种繁育区设计面积约为335亩，每口池塘2亩左右。该区承担优质水产苗种的繁殖和培育任务，其目的和作用：一是自身需求，向园区提供优质良种；二是服务面上，满足本地养殖户优质苗种的部分需要。以期逐步实现水产苗种的优质化、本土化，解决广大养殖户“有钱买不到好苗”的问题，打破制约水产发展的苗种瓶颈。
按照养殖模式的不同，养殖示范区又划分为河蟹精养区、河蟹青虾混养区、河蟹小龙虾混养区和鱼蟹混养区。
“溱湖簖蟹”是姜堰区淡水养殖的主要品种，溱湖八鲜之一。“溱湖簖蟹”青眼红毛、体态丰腴、肉质鲜美、营养丰富，是姜堰区的传统佳肴。长期以来，主要是由天然河湖中捕捞天然生长的成蟹让人们食用。由于河蟹是一种溯河性动物，近几十年水利设施的建造，阻碍了它们生殖洄游的通道，同时也因育肥湖泊环境的恶化，到20世纪70年代天然河蟹资源枯竭，80年代开始人工养蟹。目前在长江中下游已形成具有区域特色的大规模商品基地，建设“溱湖簖蟹”养殖所需的特定环境和养殖池，有利于“溱湖簖蟹”生态健康养殖和“溱湖簖蟹”品牌的建设。配合泰州市水产“十二五”发展规划，在产业园区设立“溱湖簖蟹”大闸蟹精品养殖区，做到环境优雅，具有现代化视觉感，结构优化，总体工艺技术含量高、可靠，造价、能耗低，基本实现养殖污水零排放或达标排放，生产出质量安全、品质优良的水产品，成为名副其实的精品。总体规划面积为480亩，建成规范化的高效标准养殖池塘示范区。
该功能区主要以养殖河蟹为主，同时混养青虾。其位置主要在池塘养殖区西部。拟养殖面积116亩，每口池塘的养殖面积5～10亩。
该功能区主要以养殖河蟹为主，同时混养小龙虾。其位置主要在池塘养殖区南部。拟养殖面积1050亩，每口池塘的养殖面积10～20亩。
该功能区主要以养殖河蟹为主，同时混养少量经济鱼类，如黄颡鱼、鳜鱼、沙塘鳢等，每亩10～15尾。其位置主要在池塘养殖区东部。拟养殖面积205亩，每口池塘的养殖面积5～10亩。
该功能区主要用于水产品加工销售，包括水产品加工车间和水产品贸易区，占地80亩。
结合水产生态养殖区和水循环湿地水质净化区的建设，扩展休闲渔业，开发娱乐性垂钓、经营性垂钓和捕鱼捉虾等项目，建设各种类型的“渔家乐”。休闲渔业是以渔业为基础，以水生动植物为主要对象，通过对资源、环境和人力进行一种全新的优化配置和合理利用，将现代渔业与旅游、观光、健身、餐饮、普及知识等有机结合的生产经营方式。它既是第一产业（渔业）的延伸和发展，又是第三产业（特别是旅游业）向第一产业的转移，还是实现渔业第一产业与第三产业相融合的产物。
循环水养殖有利于环境保护和可持续发展。利用循环水处理技术建造生态湿地、净化养殖用水，做到循环水养殖，加强生态环境保护。循环沟池塘养殖系统是通过物理、生物的方法来调控养殖水环境，既符合健康、生态养殖的理念，又达到节能减排的目标。
附属设施主要为园区的配套设施，如看护房、水质在线检测、道路修整、泵房、排水管道、地下水井、园区绿化等。