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前几年社会上曾掀起一股批判中医的潮流，参与者中不乏一些在科技界颇有名声的人士，在一本名为《批判中医》的书中，对中医全盘否定。中医是植根于中国传统文化之上，在生产力水平较低的条件下逐步形成的医学体系。虽然在数千年的实践中不断有所发展，对中国人民的防病治病发挥了重要作用，但总体格局是以中国古代哲学阴阳五行学说为思辨基础，以天人相应为说理工具，因此用当前自然科学实证的方法来衡量，中医确实还有许多不完善的地方，中医在实践中也在不断扬弃这些糟粕，但若因这些瑕疵的存在而对中医全盘否定，这不是一种科学的态度；如果是出于其自身的误读而对中医横加指责，则更是迹近无知。
有些人自己误读中医，将中医的“天人相应”理解为“天人感应”，一字之差，相去甚远。“天人感应”是玄学，“天人相应”是指人体的生理活动、病理变化和自然界的变化息息相关，即“人体小宇宙，宇宙大生命”。人与自然必须建立和谐关系。四季变化，人要相应御寒防暑；昼夜更替，人的生理功能也有节律改变，许多内分泌激素就有24h的周期性变化；统计住院死亡时间，中午死亡人数最少，半夜亥、子时死亡人数最多，符合中医总结的“旦慧，昼安，夕加，夜甚”的规律。一些异常的自然现象，在人体也有反映。研究证实，日全食可引起部分高血压患者、冠心病患者症状、脉象、血浆皮质醇和cAMP、cGMP水平的改变。中医在诊治疾病过程中，按照天人相应论，时时顾及自然环境对人类的影响，如1955年，河北省乙型脑炎流行，当时医药缺乏，请中医诊治，投以中药清热护阴的白虎汤，疗效明显；次年北京地区乙型脑炎流行，复按前法治疗，效果不显。延请蒲辅周老中医诊治，蒲老认为从温病治疗原则上是正确的，但应遵循“必先岁气，毋犯天和”的原则。北京当年雨水较多，天气湿热，患者证属湿温。倘不加辨别，而沿用白虎汤方，就会出现湿遏热伏，不仅高热不退，反会加重病情。此时宜用宣解湿热和芳香透窍的药物，湿去热自退。改以通阳利湿法，用杏仁滑石汤、三仁汤等加减化裁，效果立竿见影，不少危重患者转危为安，一场可怕病疫得以迅速遏止。
也有人士对中医的脏象学说不甚了解，将西医器官概念混同中医的脏腑概念，并用对器官的认识来评价中医脏腑理论的科学性，认为中医“对脏器的功能描述大多出于臆断，与解剖生理学不符”。中医在早期文献中，曾有一些对脏腑解剖部位和结构的论述，但在以后的发展过程中，更多的是将脏腑定位在一种功能的而不是结构的解读。中医的五脏，实际上是将人体的功能划分成五个系统，分别冠以肝、心、脾、肺、肾的名称。五脏既有其正常的生理作用，又有其相应的病理证候表现，与此相应，治疗药物有各自的归经，方剂有对应的适应证，从而形成了从人体生理、病理到治则和治法的一整套理论。西医传入中国，在翻译解剖学器官的名词时，借用中医已有术语分别将liver、heart、spleen、lung和kidney译为肝、心、脾、肺、肾，其名称虽同，但在中西两种不同医学体系中内涵并不相同，中医认为“脾主运化”，是指脾这一脏腑涵盖了人体的消化、吸收、营养转化和能量代谢的调节功能，这些功能大多与西医学胃、肠、肝、胆、胰腺等器官有关；而西医学的脾（spleen）是贮存血液的场所，是人体的免疫器官。中医脾虚患者的主要表现为消化吸收、营养和能量代谢的障碍，对应的健脾益气方剂和药物可以纠正其功能紊乱，起到治疗作用。有人质疑作了脾脏（spleen）切除手术的患者“并没有出现中医所说的这些症状”是缺乏对中医脏腑内涵的基本知识，如果由此得出来“中医对脏器解剖生理的认识基本上都是错误的”的结论，则更是荒谬。
为了贬低中医，有人还肆意夸大中药的毒副作用。其实作为药物，既有治病的一面，也有不良反应的一面，这是常识，中医对药物的毒性有比较清醒的认识。一是在本草中将中药分为有无毒、小毒、大毒等类别，并总结了“十八反”和“十九畏”的用药禁忌；二是通过药物的炮制降低其毒性，如生半夏、生南星经生姜炮制后毒性大大减小；三是对有毒药物进行剂量限制，如细辛散剂冲服不能过钱，附子剂量一般为3~15g,且需先煎以缓解毒性。这些措施都是为了保证在获取疗效的前提下防止药物中毒。当然对药物毒性的认识有一个不断深化的过程，现代研制的西药也有一些品种在上市后因毒性反应而遭否定。有些药物尽管毒性很大，但在合适的剂量范围内又是良药，例如大家公认的有毒中药砒霜，就是治疗急性早幼粒细胞白血病的有力武器。
对中医的误读，属于有偏见的只是少数人，更多的是习惯了现代科学的思维方式，不了解不熟悉中医特有的科学思维方式。所谓科学思维，是指人们思考和分析事物规律时采用的规范和模式。为了更好地发展中医和扩大中医的影响，有必要从科学思维层面对中医和西医思维方式的差异作一比较。
西方科学在中国的传播大概始于明清之际，教会人士在传教的同时，也带来了包括天文学、数学、地学、物理学等科学知识及水利、火器制造、采矿等科学技术。中国古代在科学技术领域也曾有不少骄人的成就，随着东西方科学的交流，实现了中西汇通，上述各个学科逐步形成统一的科学体系，天文学没有西方天文学和东方天文学之分，数学也没有中国传统数学和西方数学的区别，唯一的例外就是医学。西医传入中国已有几百年的历史，但至今发源于西方的现代医学与中医学仍然各成一体，这一现象值得我们深入思考。
西医在中国的传播与其他科学技术的传入几乎同步，但进展并不完全相同。自明代万历年间至清代乾隆时期，利玛窦、汤若望等一批来华的传教士携带了大量科技书籍，但其中介绍医学的专著只有《人身说概》《人身图说》和《主制群征》等，主要是介绍人体解剖学和脑主记忆的学说。在此期间倒是西方人同期翻译了不少中医书籍介绍到欧洲，包括脉学、针灸、药物等至少有70余种。由此可见明清之交在西方其他科学技术大举东进的时候，西医东渐之影响微不足道，其原因主要是当时西医知识水平较低，尚不具备冲击中医的实力。17世纪后，欧洲在生产力、科学文化各个方面有了空前的发展，文艺复兴时期的先进思想和抽象思维的模式为西医学奠定了理论基础。在自然科学发展的带动下，西医的发展突飞猛进。例如哈维（1578—1657）通过动物实验，提出了血液循环理论。魏尔啸（1821—1902）在施莱登、施万的细胞学说影响下，系统地创立了细胞病理学理论。此外，解剖学、实验生物学、生理学、病理学、病原微生物学等分支学科也逐步形成，构筑了以基础医学、临床医学、预防医学为主体的医学体系。此后西方医学才较系统地影响中国，并引发了“中西医汇通”思潮。
然而迄今为止，在中西医交流频繁且西医整体占有优势的状况下，中医仍然以其独特的理论体系和显著的临床疗效独树一帜，西医并没有也不可能将中医取而代之或同而化之，其根本原因就在于中医同西医相比，其科学思维具有鲜明的中国古代哲学和传统文化的印记，在这一科学思维的基础之上，中医构建了自己独特的理论和临床治疗体系。中医和西医好比是为识别和处置人体的生命活动和病理变化而采用两种不同的编程语言编制的软件系统，在没有找到一个合适的接口以前，两者并不兼容或者说兼容性很差。因此比较中西医在科学思维方面的差异，对于从本质上了解两种医学体系各自的长处和不足，帮助确立中西医结合的切入点和结合途径，发挥两种医学各自的优势，具有重要的意义。
中医学是一门诞生在中华文化母体基础上的学科，它受中国古代哲学思想和天文、气象、地理学等的影响，具有深厚的中国文化底蕴。《周易》有“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦，八卦定吉凶”之说；《老子》称“道生一，一生二，二生三，三生万物”。易经和道家学说是中国古代哲学思想的重要源头，两者都认为世界本原是一个混沌未分的统一体，世界和万物是由这个混沌未分的统一体分化产生出来的，这一点和宇宙大爆炸理论不谋而合。大爆炸理论认为，宇宙诞生以前只是一个体积为零而质量、能量无限大的奇点，不存在时间和空间，经过大爆炸才产生了宇宙，宇宙至今仍在不断膨胀之中。中医学在古代朴素宇宙观的影响下，形成了以整体观为特色和阴阳学说为基础的理论体系，认为对生命活动和人体病变都要从其本源，即作为整体的人来认识。有了整体，才分出阴阳，阴阳平衡人才健康，阴阳偏盛偏衰就产生疾病，即所谓“阴平阳秘，精神乃治”“阴阳离决，精气乃绝”。因此中医无论是养生保健，还是治疗康复，都重视阴阳的平衡，这是系统论的思维方式。而西方原子论认为，整体是由部分组合而成的，复杂的高层次是由简单的低层次组合而成的，最终都是由最小的、作为本原的“原子”“元素”组合而成的。西医受还原论的影响，注重分析，观察细致入微，在研究疾病发展的过程中，尽量用现代仪器，对致病因素（物理的、化学的、生物的），病变环节（形态、功能、代谢）进行严格界定，客观而精确。治疗手段主要针对病变环节，靶标明确，但这些看似科学而精确的理论和手段，却未能解决从整体着手调节人体生命活动的难题，难以消除病变的土壤，也难以遏制疾病的复发。由此可见，中西医科学思维的重要区别之一是对世界本原的认识和对事物发生机制的理解不同，前者偏于系统论，认为是由分而生，后者偏于还原论，认为是由合而成；在具体的认识途径和方法方面，一个注重综合研究，一个注重分析研究。在事物运行机制的保障方面，一个是借助于事务内部的矛盾运动加以调整，一个是针对出现问题的局部进行“修补”或“更换零件”。当然事物是复杂的，中医也注重人体局部的变化，但更关注局部改变与整体的联系，观察局部的目的是了解整体，为综合研究服务。如对舌的观察，西医除非舌的局部有溃疡或炎症，一般不重视舌诊；中医对舌质、舌色、舌体、舌苔的观察就非常仔细，不是了解其微观结构和局部病变，而是作为观察人体整体病情深浅、轻重、进退和气血阴阳的窗口。中医从系统论出发可以撇开对事物细枝末节的把握而对整体属性作判断，并据此进行有效的治疗，但往往认识偏于肤浅，因此中医也在吸收西医学的技术，提升辨证论治的水平。例如借鉴内窥镜对胃黏膜的观察，黏膜色淡者，多为气血虚证，黏膜充血水肿，多为热证，黏膜红白相间，黏膜下血管清晰可见，多为气虚血瘀证，这样的辨证论治其科学性更强，这就是中西医结合的一种方式。西医也并非只注重局部而全然不顾整体，从早年的“应激学说”“稳态理论”到近年的“神经内分泌免疫网络理论”的提出，西医对整体调控机制的研究也越来越深入，不过其最终着眼点还是调控系统中细胞与分子水平的具体物质在信号传导中的变化和作用，还是以分析研究为主；而在整个网络调控的物质基础完全阐明之前，西医理论体系的固有特点决定其仍然难以从整体上把握生命活动的规律。
中医重视对事物外观的直接感受，这就是意象思维。例如看到一个人形寒，肢冷，小便清长，口不渴，就判断这个人属于寒证，意象思维既有直观性，也有全息性。因为意象所依赖的直观，是通观全局、综合整体的直观，而不是仅仅着眼于局部的结论，但意象思维在揭示事物的内在联系方面又显得肤浅。意象思维的结果，往往要借助类比思维，或者说用移植借鉴法来进行理论的表达。如上述形寒肢冷的患者，会使人联想到类似冬天寒风袭来时的感觉，寒证的结论就是通过类比，借鉴自然现象而来的。移植借鉴是基于世界的统一性和逻辑的一致性，不受事物表面形式的限制，运用在体系甲取得的知识和经验，将其规律或优势移植到体系乙中去，进行对照、借鉴，认识规律，上升为理性的认识并找到解决问题的方法。中医学里最具代表性的类比思维是五行学说，木、火、土、金、水这五种自然界最常见的物质组成五行，世间万物，包括气候、方位、颜色、口味，乃至人体脏腑、五官、情志、药物、生理功能，病理变化，都可以采用“取象比类”的方法，按其性质、作用和形态分别归类于五行。如木的特点是生发、柔和，凡是具有这种体征的事物其属性便为木；肝在五脏中主疏泄，其内涵之一是调节情志的舒畅，和树木生长需要舒达的属性一致，因此肝属木。土的特点是生长养育，化生万物，凡是具有这种特征的事物便为土；脾在五脏中主运化水谷和水湿，吸收营养物质后化生出人体需要的各种精华物质，因此脾属土。余依此类推。类比思维不仅仅应用于事物的分类，也延伸到事物之间相互滋生和相互制约的关系。如五行之中木与土是相克关系，五脏之间就是肝克脾，肝郁会引起脾失健运，这时光健脾治疗效果不佳，就要通过疏肝理气来恢复脾的运化功能。
事物的矛盾运动有其共性，类比思维作为移植借鉴的思维方式，实际上是借用宏观层面能观察到的事物的运行特点，按照其规律性来推测难以直接观察的其他事物的运行机制。在科学技术水平十分低下的古代，中医如果不是采用类比思维和移植借鉴的认识方法，就难以把握人体生理、病理这种复杂事物的规律，更难以上升到理论高度，进而遵循这些规律来调节机体的运行。
西医学对人体结构和功能通过各种手段有详尽的了解，如同自然科学的其他学科一样，其理论体系是建立在严密的逻辑推理的基础之上。
诊断和治疗是临床医学的两个基本步骤。诊断是利用各种方法收集患者信息，加以分析，并最终得出病变结论的过程，治疗则是根据诊断采取相应的措施。中医有其特有的信息收集和整理归纳这些信息的方法，依靠望闻问切四诊合参，在综合的基础上作判断；西医则依靠体格检查、实验室检查及各种特殊检查，分析病变的各种细节。随着科学技术的发展，新型医疗设备不断涌现，西医的诊断方法在不断更新，带动了西医学的快速发展。尽管在方法上两者有很大不同，但两种医学体系的最大差异还是体现在科学思维方面。如果不考虑一些非药物的治疗措施，那么无论是中医还是西医，诊断和治疗实际上是医和药的统一，问题是这种统一是怎样取得的。
西医强调以物质为基础，以分析的方法为手段，从基础医学到病因学、病理学，都以阐明物质的结构、物质的变化为目的。解剖讲的是人体的宏观物质结构，组织学和胚胎学讲的是组织微观层面的结构以及胚胎发生、发育过程中的结构和变化，生理学讲的是人体器官、组织乃至细胞等物质在正常生命活动中发挥的作用，生物化学则是在分子水平阐明生命活动的变化。就是病因学也要搞清是物理性的，如烧伤、冻伤、辐射损害；还是化学性的，如化学中毒、药物反应；还是生物性的，细菌、病毒、寄生虫等，进一步还要搞清各种致病因素对人体物质结构和功能损伤的机制。医学是这样，药学同样如此：药物化学讲的是药物的结构，药理学是阐明这种结构的药物的作用机制，药效学讲的是具体药物对人体的作用，最终也落实在对人体形态、功能和代谢的物质影响，而药代动力学则是阐明药物这一具体的物质在体内吸收、分布、代谢、降解、灭活和排泄的过程。所以西医和西药，都离不开事物的物质性，离不开对物质（人体或药物）的定量或定性的研究。医和药之间的关系，是人体与药物在物质层面的互动。西医治疗就是用药物这种具体物质去纠正和改善人体物质的异常变化。
再看中医，尽管在中医的经典著作《灵枢》中也有“五脏六腑可剖而视之”“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可剖而视之”等关于人体结构解剖的记载，但中医后来的发展逐渐离开了刚刚处于萌芽状态的这种实证研究的轨迹，走上了一条重思辨，重哲理，而不重实体的道路。这种思维方式决定了中医在认识事物的时候，关注的是事物的抽象属性而不是其事物的物质属性。因为即使是同类事物，也只有抽象的属性是类似的而具体的物质性是不同的；放在属性层面具有可比性，而放在物质层面，就缺乏可比性。中医在临证中对疾病的描述无确切的物化的定量或定性指标，但是有属性的判断。中医的诊断（或称之为辨证）以八纲为基本要素，八纲中的阴阳、表里、虚实、寒热都是对机体功能或病变属性的描述；气血津液并不完全等同于呼吸的气体或体内的血液或体液，而是对体内某些功能的属性概括；即使是脏腑辨证，也并非落实在具体的器官，而是对某一组功能所出现的偏差的属性判断，如胃气上逆，脾气下陷。这里的“胃气”是指消化系统接纳和传送食物的功能属性，按常理食物进入体内后应向下输送，故从表象来认识，胃气以降为顺，如不降反升，则出现呃逆、恶心、呕吐等症状，胃气上逆就是对其功能偏差的属性判断。“脾气”的作用是将食物消化吸收后升华为精气或维系脏器在体内的正常位置，故从表象看脾气应以升为主，如果脾气不升反降，就会出现慢性泄泻或脱肛、崩漏等症状，称之为“脾气下陷”，同样是对功能偏差的属性判断。
中医的病因，外感有六淫，内伤有七情。六淫和七情都是对致病因素的属性判断，而不是指具体的致病物质。拿最常见的感冒来说，西医简称“上感”，病变部位明确，是上呼吸道；病因清楚，是感染引起；根据临床表现和病原微生物的种类还要进一步判断是细菌性，还是病毒性，对致病因素要了解得非常具体。同样是感冒，中医称之为“伤风”，一个“伤”字表明，中医首先认为在人体和病邪的抗争中，正气受了伤害，即使对这样一个局部的小毛病也要从整体来认知。具体致病原因是因“风”而受“伤”，而不考虑是细菌还是病毒或其他病原微生物。为什么以“风”作为病因，因为“伤风”的临床表现与自然界的“风”具有共同或相似的属性。各种自然现象中风最为常见，而伤风也是临床最常见的疾病；“风性善行而数变”，伤风发病突然，似风不期而至；“木秀于林，风必摧之”，说明风首先作用于物体的上部或突出部位，对人体来说“风首犯巅顶”，患者最先出现的也是头痛等症状；“风为百病之长”，易合并热、寒等不同气候，临床上伤风也有风寒、风热等风邪与寒邪，风邪与热邪联合致病的不同类型。
中医的主要治疗方式是应用中药。中药虽然是治疗的物质手段，但中医对中药的认识或分类并不考虑其成分组成或化学结构，同样是按照其属性来区分。
中药有四气五味，四气，就是寒、热、温、凉四种药性，温与热，寒与凉，只是程度上的差别，实际上只有寒与热两类药性。药性的寒热，是于病性的寒热相对而言，治疗热证的药物，大多属于寒性或凉性；治疗寒证的药物，大多属于热性或温性；即所谓“寒者热之，热者寒之”。中药的五味，是指辛、甘、酸、苦、咸五种味道，这里所说的味道，并不一定是味觉感受的结果，而是根据药物对人体生理、病理所产生的影响，对其功效的属性所作的归纳。
西医是用还原的分析的方法尽量追索至病变局部的变化来作出诊断，而中医则综合各种因素后对整体属性的偏差判断后作出诊断；相对于西医的医和药在物质层面的互动，中医的医和药之间的关系，是人体与药物在属性层面的互动。中医治疗就是用药物的属性去纠正人体病变时出现的属性偏差，所谓“寒者热之，热者寒之”“虚则补之，实则泻之”。因此，中西医科学思维的差异在临床具体诊断和治疗方面，西医偏物质观，中医偏属性观，西医重视“器”，中医重视“道”。
西医一般以局部病变是否治愈，各项化验指标是否恢复到正常范围来判断治疗的效果或作为健康的标准；而中医则提倡中和之道。《内经》曰：“是故血和则经脉流行，营复阴阳，筋骨劲强，关节清利矣；卫气和则分肉解利，皮肤调柔，腠理致密矣；志意和则精神专直，魂魄不散，悔怒不起，五藏不受邪矣；寒温和则六腑化谷，风痹不作，经肺通利，肢节得安矣。此人之常也。平人者，不病也。”中医认为，“和”就是阴阳平衡或协调，这是最高境界的健康，因此中医诊治疾病的原则是“谨察阴阳之所在而调之，以平为期”。阴阳平衡是一种属性的平衡，没有绝对的量化标准，只有相对的和谐。人与人不同，健康人，病人，青年人，老年人，他们的阴阳平衡就不可能处在同一水平。得了病能完全恢复健康当然最好，但这只是阴阳平衡的理想状态，对更多的人或在更多的情况下，则要结合个体的情况来维护阴阳平衡。例如对老年人，你不可能要求他们的各项生理指标达到青年人的水平，他们的阴阳平衡主要体现在老年机体功能衰退的前提下做到气血调和。再如对肿瘤患者，西医视病灶为大敌，必欲斩草除根而后快，若是早期患者，这样处理是正确的，中医也认为对邪实的患者，应以祛邪为主，而手术切除是祛邪的最好方法；但对一些非早期病变就未必适用，手术切除之后不论患者体质如何还要大剂量的放化疗，结果造成一部分患者肿瘤尚未抑制，人体的正气反遭到摧残，这样治疗实际上是破坏阴阳平衡，患者生活质量下降，存活时间反而缩短。中医对这种患者主张用中药来维护患者正气，将病和人视为整体，“与瘤共舞”，帮助患者在带瘤状态下重新构建机体的和谐与平衡，许多临床资料证实，这样做反使生活质量提高，生存期延长。
西医对于不同人群以一个化验指标一刀切来衡量的做法近年来也有改进。例如在血脂异常的治疗指南中，对不同人群的控制目标提出了不同要求。以总胆固醇和LDL-c为例，无动脉粥样硬化/无危险因子的患者，要求分别低于240mg/dl和160mg/dl,有动脉粥样硬化/有危险因子者，要低于200 mg/dl和130 mg/dl,高危人群要低于160 mg/dl和100 mg/dl,极高危人群要低于120mg/dl和80mg/dl。血压的控制同样如此，一般人要求低于140/90mmHg,糖尿病患者要低于130/85mmHg,肾功能损害这要低于125/75mmHg。治疗指南这样分类达标的要求，实际上也体现了对不同人群、不同个体的健康标准应该以和谐为目的，而不是以一把尺度来衡量。
西医的物质观本身并无不妥，其借助现代科技，诊断水平高，治疗手段先进，对疾病发生的机制和遗传及环境因素的影响了解深刻，发展迅速。但西医崇尚实证主义，而我们对人体生命活动的细节还有大量的未知部分，离开对事物的全面了解，仅凭对局部的认识，按实证的要求就难以作综合判断，也难以从整体上把握治疗，这是西医的局限。中医通过意象思维和类比思维，能很好把握整体的属性，强调和谐调节，体现了人本主义的精神，但由于受认识手段的局限，又难免失之笼统，缺乏规范。
两者各有特点和优势，应该结合。
SARS的治疗就是一个例子。在SARS出现的初期，病因不明，后来通过现代医学手段很快查明其病原体是一种冠状病毒，还获得了病毒的电镜照片，对其物质结构有比较清晰的了解，但迄今对SARS病毒如何引起严重的呼吸道炎症的机制仍然不是十分明了，只是知道病毒能破坏人体的免疫系统。由于没有特异性的抗病毒和调节免疫功能的药物，西医采用对症处理和支持疗法。如给患者吸氧，用大剂量的激素抑制炎症反应，用抗生素对付继发性细菌感染，用胸腺肽、干扰素、γ球蛋白或新鲜血浆增强患者的免疫能力，这些治疗都是非常重要的。但即使采取了这么多措施，仍然有一部分患者不能幸免于难；而那些逃过一劫的患者，有的因肺纤维化而肺功能严重减退，有的因当时大剂量激素的应用而留下了股骨头坏死等严重后遗症，说明西医的治疗还有其局限性。中医又是怎样认识SARS的呢？中医没有病毒的概念，但这并不影响中医对SARS患者的辨证和治疗。患者高热不退，此属于热毒亢盛，应治以清热解毒；患者呼吸道充满了又黏又稠的炎性分泌物，是痰湿与热毒交结而成，故在清热的基础上应治以化湿祛痰；患者呼吸不畅，出现发绀，属血瘀之证，应治以活血化瘀；在恢复期，患者脏腑多方面受损，正气虚弱，则应辅以益气扶正的治疗。北京友谊医院在上述西医对症处理和支持疗法的基础上加上中医的辨证论治，结果患者使用呼吸机抢救的时间明显缩短，应用激素的剂量大大减少，总体疗效明显可以在单纯西医治疗的基础上进一步提高，证明中医整体观的思维方式和属性观的方法论和西医的思维方式同样是科学的。这里没有谁比谁高明的争论，而是取两者的长处，优势互补。
西医的物质观是建立在现代科学基础之上的，随着科学的发展，西医不断地吸收人类积累的知识和创造的成果来推动自身的进步。X光机、CT、磁共振、PET等影像学诊断设备的出现，大大提高了对病变定位和定性诊断的水平；生物化学和免疫学检测技术的进步，成为阐明病变功能基础的重要手段；各种高精度的分析技术的出现，使我们能够了解体内微量，甚至痕量物质的变化；各种介入治疗手段的问世，对病变的治疗更加精准，对病变以外组织的损伤大大减少；基因组学、蛋白质组学和代谢组学的问世，使我们在分子水平对疾病发生的机制和遗传及环境因素对人体健康和疾病的影响有了深刻的认识，为采取相应的措施防病治病奠定了基础。近百年来是现代科学不断有所突破的一个世纪，也是西医学迅猛发展的一个世纪。反观中医，其特殊的科学思维方式，重“道”轻“器”的属性观，取象比类的思维方式，都存在明显的不足。其结果是，中医长期游离于现代科学技术体系之外，难以吸纳现代科学技术的各种最新成果，先进的仪器、设备、方法、技术不能代替中医的整体思维，对中医病变属性的判断少有帮助。在生产力和科学技术水平低下的年代，中医的这一弱点显现尚不充分；但人类一旦进入高科技时代，与快速进步的西医相比，中医的发展就显得十分迟缓了。
有识之士在西方医学传入之初，就自觉或不自觉地觉察到中医和西医在科学思维方面的差异，意识到中医学必须和现代科学，特别是和现代医学融合。明末清初方以智（1611—1671）在研读《主制群征》等西方医书后，在其所著的《物理小识·人身类》中就将中医的脏腑气血理论和人体的解剖结构一并描述，并据此来阐述中医脉诊的机制；在其后来所著的《医学会通》一书中，首先明确提出了中西医汇通的观点。但在很长的一段时期，中西医汇通只是停留在西医人体解剖结构和中医脏腑血脉的对照比较上。直至清末民初，张锡纯（1860—1933）倡导在医学理论上衷中参西，把中西医汇通深入到了生理和病理的层面。他将中西医对于人的思维功能的认识作了比较：“中医谓人之神明在心，西医谓人之神明在脑，及观《内经》，知中西之说皆涵盖其中矣。”又将中西医对于脑卒中和心力衰竭等论述作了对照：“《内经》谓血之与气并走于上，则为大厥……原与西人脑充血之议论句句相符，此不可谓不同也”“心力衰竭与肾不纳气之相通”“肺为五脏六腑之所始终，相当于西说小循环”“西人脑贫血可致萎废之说，原与《内经》相符也”，说明中西医对某些病变的描述是相通或是相符的，只是囿于各自理论体系和术语用词的不同而导致表达方式不同。张锡纯的另一个创新思路是临床治疗的中西医结合，其典型代表是“阿司匹林石膏汤”。对温病初起者用阿司匹林解表，用生石膏清里，达到表里双解的目的；此外还用阿司匹林与玄参、沙参合用治疗肺结核发热。张锡纯并不仅仅停留在应用层面的中西药合用，他还试图用中药的性味理论来解释西药的药性和指导西药的应用，认为“阿司匹林，其性凉而能散，善退外感之热，初得外感风寒，服之出凉汗则愈”。虽然张氏提出的一些观点在今日看来并不成熟，但他所主张的“道器合一，为物不二，冶古今中外于一炉”的中西医结合思想是值得肯定的。
党和国家领导人高度重视中医和中西医结合事业。毛泽东主席在20世纪50年代就提出“中国医药学是一个伟大的宝库，应当努力发掘，加以提高”，并号召西医学习中医，强调“就医学来说，要以西方的近代科学来研究中国传统医学的规律，发展中国的新医学”“中国的和外国的要有机地结合”“中西医一定要结合起来”，并期望“出几个高明的理论家”。以后历届党和国家的领导人都对中西医结合工作非常重视，温家宝总理在2005年就作了“实行中西医结合，发展传统医药学”的重要题词。在党和政府政策的支持下，中西医结合事业有了快速的发展，出现了一批高水平的科研成果，如陈可冀院士领衔的活血化瘀治疗冠心病的研究，吴咸中院士牵头的中西医结合治疗急腹症的研究，和以沈自尹院士为首的中医理论肾本质的研究等。这些成果虽然分属于不同专科，但都有一个共同点，那就是较好地处理了中医和西医在科学思维方面的差异，尽量吸收两者的长处。以活血化瘀防治冠心病为例，西医对冠心病的认识是心肌供血不足，中医因其心前区疼痛，舌质紫暗或有瘀点、瘀斑等宏观表现而辨证为胸痹，即心脉闭塞不畅的血瘀证，认为其病因主要有气虚、阳虚、痰浊等。血瘀证只是一个属性的结论，到底涵盖了哪些具体的病变，传统中医没有回答这个问题；但气虚、阳虚和痰浊为其病因的看法又表明中医意识到胸痹这一局部病变根源是在整体的功能失调。通过中西医结合的研究，发现冠心病血瘀证不仅有血液的高凝、高聚、高黏这些狭义的导致血脉闭塞的病理基础，还有血流动力学、血液流变学的改变，血脂的异常，内皮细胞功能损伤，心肌细胞外基质增殖，炎症反应等的参与，深化了对中医血瘀证的认识。西药治疗冠心病的药物很多，但一种或一类药物往往只针对单一或少数靶标，中医的活血化瘀结合病因标本兼治，就不同于西药，例如阿司匹林只是降低血小板的聚集，而不是通过整体的调节改善血流动力学、血液流变学，以及对构成冠心病的上述多个病理环节发挥作用，临床实践证明，中西医结合活血化瘀治疗冠心病疗效明显、稳定而巩固，大大丰富了冠心病综合治疗的手段和内容。
随着社会的发展和生活方式的改变，中心性肥胖的患者越来越多。中心性肥胖既是糖尿病前状态，又是心脑血管疾病的高危因子，患者本身也存在胰岛素抵抗和炎症因子的大量释放。西医对这一人群只是建议限制饮食和增加运动，缺乏药物的干预措施。传统中医没有胰岛素抵抗和炎症因子的概念，但认为这些患者是“气化”功能出了障碍。“气化”的作用之一是将饮食物通过“气”的作用转化为人体能利用的精微物质。中心性肥胖患者吸收食物后不能有效转化，以脂肪的形式堆积在腹部成了中心性肥胖，以糖分、脂质的形式停留在血液中成了高血糖、高血脂。原来糖和脂肪都是营养物质，一旦在体内过多蓄积，就成了致病因素，“正气”就转化成了“邪气”。中医将这种在气化功能不足的基础上邪气留驻形成的病证辨为“聚证”，采用益气散聚的方法治疗，中医科学思维的整体观和属性观为我们治疗中心性肥胖提供了有效的干预手段。实践证明，益气散聚治疗能明显提高这些患者的胰岛素敏感性，抑制炎症因子的释放，降低血糖和血脂，缩小腰围。中医药的治疗弥补了西医药物干预的不足；依靠现代医学的研究手段使我们了解了中医聚证的物质内涵和中药治疗的作用机制；而这一研究又为我们深入探讨胰岛素抵抗的机制和开发新型的胰岛素增敏剂提供了重要线索。
现代医学和传统医学并存是我国医学事业得天独厚的优势。中医和西医都是科学。西医发展很快，可以说日新月异，但也并不是所有的疾病它都有办法；中医学有自己的优势和特点，不但在日常医疗工作中发挥着重要作用，对某些疑难病证还有独特的疗效，但中医也不能“包治百病”。中医要与时俱进，既要在自身理论框架之内有所发展，更要注意吸收现代科学，包括现代医学的先进理论、技术和方法来丰富和充实自己。否定中医是片面和错误的，但固步自封，不思进取同样是阻碍中医发展的重要障碍。讨论中西医学科学思维的差异，是试图从认识的源头来分析两者的优势和不足，理性地对待这一问题，为更好地开展中西医结合服务。
[王文健。第二届江浙沪中西医结合高峰论坛，2010]