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8.6%~17.3%的骨质疏松症是由于药物导致体内矿物质代谢紊乱引起，临床上称之为“药物性骨质疏松症”，糖皮质激素居首位。长期大剂量使用糖皮质激素可促进蛋白质分解，增加钙、磷排泄，减少蛋白质和黏多糖的合成，使骨基质形成障碍；抑制成骨细胞增殖，促进其凋亡，减少骨骼中成骨细胞数量，导致骨生成能力下降，成骨细胞不能正常聚集到骨侵蚀表面，被破骨细胞吸收的骨面无法及时修复，使骨代谢呈现低骨形成和高骨吸收的状况。国外学者研究发现，长期服用糖皮质激素的患者发生自发性骨折的比例高达8.3%~17.9%。
其他药物还包括抗癫痫药物、甲状腺素、含铝的抗酸剂、化疗药物和肝素等。甲状腺素是引起骨质疏松症的常见药物，它与生长激素协同促进骨骼的生长和成熟，但若过量则会造成钙、磷转运失衡，呈现负钙平衡状态，从而引起骨骼脱钙、骨吸收增加，最终引发骨质疏松症。