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同文馆所取得的有限成绩主要是，自19世纪60年代起它被允许招收来自上海广方言馆和广州同文馆的学生。这些学生中很少有来自书香门第的（这种情况直到90年代才有所改观），而且士林将这两个城市（尤其是上海）视为危险的江湖——充斥着市侩、妓女、江湖郎中和骗子，良家子弟很容易误入歧途。尽管如此他们仍要比来自北方的学生基础更好，因为相比北京而言，上海和广州的生活更有助于孩子们了解外面的世界。
不过在当时那样一个科举才是正途的时代，教授西学的官办学校对整个士林的影响实在是微乎其微。因而即使是在西学真正大规模输入中国的19世纪末，受其影响的也主要是教会学校里的那些平民子弟。截止到1878年，全国大约900所教会学校（大多数是中小学校）招收了差不多1.5万名学生。而到1895年时，这一数目便达到1000多所教会学校（江南一带尤多）和超过2.1万名学生。
另一方面，有些人认为只有对现行的教育机构进行改革才能重振儒学，因而将希望寄托在彻底整顿那些训练学生参加科举的书院上面。作为一种公共机构类型，书院自身有着纷繁的历史：在明末是反对派（东林党——译者注）的堡垒，而到了清初则是“17世纪反抗清人入侵的大本营”
。在16世纪，随着王阳明学说的广泛传布，书院的数量大幅增长，而且前所未有地与反体制的改良主义和道德觉醒的思想联系了起来，穆四基（John Meskill）称之为“改革的先声”。
此外，书院作为忠于明室的基地，抵抗着清朝对南明的征服。
直到1733年清政府对其统治有了足够的信心，才允许地方创建省会书院（清初一直不许别建书院）。随后，清廷完全取消了对书院的限制，书院的数量因而迅速增长，以至于在晚清时期达到了2000所左右。
那些最负盛名的书院往往是因为学生科考及第的多。既然科举功名能给读书人带来社会和政治上的地位，那么书院重视科举也是极自然的了。
即使学生们很功利，为了考试而掌握的儒学也能确保他们在为自己谋利的同时——不论是在精神层面还是仅仅在文字意义上——仍能牢记文明的信条。这样一来，科举制度一方面维护了读书人在帝国精英中的地位，另一方面还为朝廷培养了一大批忠诚的官员。这些人形成了一个上流阶层，为整个社会提供赖以维系的价值准则。
不过，这并不是说清代的书院是“代朱熹立言的传声筒”。为了强调这一点，伍思德专门将清朝与大约同时期的英格兰做了对比：
毫无疑问，清朝的书院确实在维护一些意识形态上不可或缺的东西，诸如朱熹所说的“五常”，以及与之相联系的政治态度（“三纲”）……但这并不是书院的全部，它的创造力可能比我们想象的大。（类似的）亨利八世也曾告诉剑桥大学的学生必须学习哪些作家，又应该绕开哪些人。如果仅凭这点就推断亨利八世时期的剑桥缺乏思想自由或者包容性显然是错的。
在清朝的统治之下，为了维护思想的正统，课程都是标准化的，但是国家其实是在科举考试阶段才真正与读书人发生接触。在书院之外，学生们大可以按照自己的兴趣和节奏去自由学习。朝廷为书院提供为数不多的办学经费，也不直接干涉地方书院“山长”的捡选，而是任其从私人交谊和亲族关系中产生。这并不是说北京采取了完全放任的态度，事实上，清廷会任命“学政”巡视书院是否遵循正统思想。
不过应该牢记的一点是，这套体制内总是存在着张力——书院多种多样，随着时代不断变化；每一个时期都有书院在试探着官方的底线。
敉平太平天国之乱后，北京再无财力供扩充地方政府之用，因而包括学校在内的几乎所有地方事务均逐渐落入乡绅之手。
鉴于乡绅确实是在帮助朝廷恢复民心重掌权力，清廷容忍了这一权势的转移。经历了生灵涂炭的叛乱之后，士绅们急于重建整个社会，大量的书院在这时得以恢复，这也为同治中兴奠定了基础。京城的官员为了给士人一种王朝复兴的景象，反过来也鼓励地方绅士的重建活动。大学士倭仁的参与显示出保守派官员视书院为可以阻遏西方有害思想的潜在阵地。
不过秦博理（Barry Keenan）提醒我们，“提倡正统的宋学和强调致用之学”之间不一定矛盾，也就是说对学生进行道德教化的同时并不妨碍为科举考试做准备。一个人可以既欣赏崇高的伦理道德标准，又支持经世致用的思想，这样可以让学者以一种更开放的态度来面对西学。曾国藩就是一个例子。他在平定太平军后重建了江苏的钟山书院。他要求书院的学生同时学习儒家伦理和实学，因为他相信严格的自我修养可以使人对实学的理解更加深刻。他令书院培养学生参加科举，使他们在获得官职之后为清朝贡献自己在书院的所学。
张之洞也是通过创建书院帮助重建社会。他认为应该为国家训练有能力且为人诚实的“人才”，这与曾国藩相似。张觉得，只要实学是通过严谨的学习而获得的，就可以避免学生对西学产生错误的理解，因而道德教化与实学之间就不存在矛盾之处。张之洞致力于推行一种调和的经典课程来融合这两者，同时兢兢业业地铲除着科举中的腐败。他批评很多读书人名利之心太重，并将八股文从自己的书院课程中删除。这在19世纪70年代的中国可谓是大胆之举。
总之，太平天国叛乱所造成的政治与思想的危机，加上西方不断的侵略导致了19世纪的最后30年里，在京师、通商口岸和各省会城市出现了大范围的创办高等教育的倡议。这些倡议来自于政治—意识形态领域的各个方面。这一方面显示出人们普遍认为，现在的思想以及教学方式会直接影响到千疮百孔的华夏文明的未来；另一方面，我们也应注意到，教育现代化的支持者其实多是科甲出身。教育是那些希望运用权力并重建社会的人最感兴趣的领域，因为对他们而言，学生学些什么、怎么学，以及从谁那里学，都是至关重要的问题。
这些问题太重要了，以至于朝廷命官诸如曾国藩和张之洞等都不愿把重要的书院拱手让给地方士绅。他们认为这些书院应该由有全局眼光，而非局限于一省一地的人来管理。尽管曾与张为了国家的利益而试图削弱地方士绅的办学热情，但是他们确也为社会创造了教育多极化的格局。
不仅如此，一些京城的达官显贵希望强大的中央政府支持改革（无论新式与否）。他们意识到“政治中心与教育体制的创新不再重合”。
海关总税务司的赫德，在1873年无疑对很多人说过下面这番巧妙的话：“北京是中国最不可能引入新鲜事物的地方，中央政府也不会给以任何形式的支持。只有地方的发展（离首都越远越好）是这个国家所仅见的，可能也是唯一可以依靠的。”