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光绪帝在收到总理衙门奏折的那天，批准了梁启超的《大学堂章程》，并令户部“分别筹拨”“所需兴办经费及常年用款”（兴办经费共需银约35万两，常年用款共需银约18万两）。
有一座原乾隆帝的四女儿的府邸，将“作为大学堂暂时开办之所”（然而京师大学堂从未搬出这个“暂时开办之所”）。
由于有这样一段历史，直到五四运动时期，北京大学的一座讲堂还被戏称为“公主寝宫”，而有着宽敞房间和华丽围墙的图书馆则被称为“公主梳妆楼”。
这座府邸位于皇城内，毗邻景山公园东侧的地安门，距离紫禁城的神武门很近。这样京师大学堂便位于清代京城中高度民族隔离的地方，这里在接下来的至少20年间一直由满族人居住。大学堂所在地的确切名称是马神庙，因此处有一座供奉战马的庙宇而得名。
光绪皇帝任命他的前任老师孙家鼐为“管学大臣”——管理大学堂及各省学堂。这相当于说，孙家鼐是大学校长兼教育部部长。在官阶上，管学大臣略等同于管理国子监事务大臣之职。他对学生出洋留学负有选派和监管之责，并要审批西书翻译和上课使用的中文材料的校勘，以及对技术发明的检测。
尽管在当时看来，京师大学堂究竟有多重要其实还有待观察，但是国家对大学堂的重视标志着一个新的权力场域的诞生。在京城官僚机构的迅速重组的大背景之下，大学堂的成立自然在那些谋求权力的人群中引发了一轮职位争夺战。像守旧的满族军机大臣刚毅就是百般谋求管学大臣一职。但由于帝党中重臣的阻挠，光绪帝最终选择了孙家鼐。
这使得孙家鼐有权任命总教习。总教习主持大学堂的一切教育事宜，“略如国子监祭酒”，每月薪水300两。
梁启超在其《大学堂章程》中规定总教习必须学贯中西。杰出学者严复随之成为总教习的热门人选。他之前因非正途出身而一直得不到重用。如能就任总教习，显然对严复而言将是一个很好的自我证明的机会。这可以为他提供一个广受关注的平台，使他能够致力于根本的改革。但是他最终落选了，表面上是由于资格不够。经由孙家鼐的推荐，清廷任命进士出身的许景澄为大学堂总教习。许是中国近代最早且最富有经验的外交官之一，曾代表清朝出使日本和欧洲数国。虽然在学问上不及严复，但他被认为是足够圆通世故，可以应付总教习之职。不过尽管他有海外经历，但外语并不佳。朝廷最终决定为大学堂设立两名总教习：一位主管西学；另一位即许景澄，主管中学。孙家鼐邀请曾为同文馆总教习的丁韪良出任大学堂西学总教习。丁韪良则开出条件：每月薪水500两和官衔由三品升为二品顶戴。在孙家鼐应允之后，他才接受了这一任命。 [3]
此后孙家鼐用远高于中学教习的薪水聘请了许多洋教习。
他们多为传教士，长期居住在中国（清政府不愿意承担从国外招募更加优秀的教习的费用）。在得知中国的最高学府将聘用外国教习的消息后，西方各国的公使代表对清廷展开了激烈的游说行动，争相举荐本国人充任教习。这在他们看来可以增进本国与中国的交往并扩大对华影响，是一件一举多得的事。因此，当意大利人听说京师大学堂不开设意大利语课程时表示非常不满。意大利“萨署大臣”照会总理衙门称，意大利有着伟大的历史，处于世界各国的前列，意大利人如利玛窦等早在几个世纪前就已经为中国的进步做出了巨大的贡献。但是清政府拒绝了这一要求。
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统摄大学堂事务的总办一职竞争也很激烈。孙家鼐希望刑部主事张元济充任总办。然而孙家鼐派来的提调们腐败不堪，令张元济非常反感，因而作为维新派的他拒绝了这一邀请。事实上，因为受不了京城令人窒息的政治气氛，他已决意离开。 [5] 事后证明，张的离去影响深远。他很快便在上海找到一个更有影响力的职业——商务印书馆编译所所长。确实，在此后的几十年里京师的守旧习气一点都没有消散。越来越多的知识分子选择移居上海，在那里活跃的文化市场中发挥自己的才能。
孙家鼐还提出附设“仕学院”的计划，让进士和举人在此学习西学。这表明他已经意识到，尽快为朝廷培养出至少粗通西学的官员是何等迫切；
这同时也能保证京师大学堂的生源质量。在同文馆任职的经历告诉他，只要还有科举，就很难让谋求功名的人学习科举考试以外的课程。
根据那份由梁启超起草、孙家鼐采用的方案，府州县小学毕业生称为“生员”；省会中学毕业者得称“举人”；而从京师大学堂毕业的学生则获得“进士”出身，成为朝廷命官。哲学家冯友兰后来说这种过渡性的安排有其心理层面的合理性：
当时人的心中，还是以科举的资格为标准。无论什么资格，他都要把它折合为科举的资格，心里才落实。好像习惯于旧历的人，谈到新历的月日，他总是首先要把它折合成旧历的月日，他才觉得心里清楚。按当时清朝所定的学校制度，在县城里设小学，在省城里设高等学堂，在北京设京师大学堂，学校分为这三级，恰好原来科举功名也有三级。
与同文馆过去一样，为了吸引人才入学，京师大学堂为学生提供免费食宿，以及一系列的学业奖学金，名额500人。前30名为第一等，每月可得白银20两；后面50名为第二等，每月白银16两；以此类推，直到最低的第六等，共160名，每月白银4两。
奖励措施很快便奏效了，京师大学堂举办入学考试的消息甫一宣布，就有几百人报名投考。
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当然，考生中肯定有人是抱着“咸与维新”的热情而来的，但是面对业已贬值的功名和朝廷对了解西方的人才的渴求，士子们无疑会认为京师大学堂的文凭将对自己的仕途大有助益。