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1898年（戊戌年）7月初，总理衙门上奏皇帝，提出筹建新学堂的四项重点。首先，京师大学堂应当有充足的经费；第二，“别拨公地”来建设大学堂；第三，派遣“明体达用之大臣以管摄之”；第四，“精选总教习”。
奏折中还包含一份梁启超草拟的《大学堂章程》。
梁氏的这份章程强调智识上的宽广与包容：“中国学人之大弊，治中学者则绝口不言西学，治西学者亦绝口不言中学。此两学所以终不能合，徒互相诟病，若水火不相入也。夫中学，体也，西学，用也。二者相需，缺一不可，体用不备，安能成才。”
他最关心的是治中学者与治西学者之间的暌绝会妨碍中国培养人才。
梁启超建议“中西并重”，将西学包含在京师大学堂的课程之中，但不能是课程的全部。
与此相一致，他拟为京师大学堂设一“大藏书楼”，“广集中西要籍”。为此他还提到乾隆时期百科全书式的四库全书。这是一部为了彰显国力而搜集编纂的大型丛书。
在梁启超看来，大学堂就应该像一部百科全书，可以囊括人类所有的知识。这便意味着人类的知识可以被纳入一个统一而普适的体系之中，京师大学堂因此显示了现代主义者的自负。
尽管他敏感地声称中学与西学应当受到同等重视，但实际上西学在梁启超所起草的课程计划中占了绝大比重。在入学后的三年之内，所有学生都必须“将本局所纂之书，全数卒业，始得领学成文凭”。这些科目包括：经学、理学、中外掌故学、诸子学、初级算学、初级政治学、初级地理学、文学和体操学。在这里，中学将从最初级的阶段开始讲起。此外，每个学生在前三年都必须掌握一门外语（英语、法语、俄语、德语或日语）。在完成了这些核心课程（溥通学——译者注）之后，所有的学生将选择一到两门课程进行钻研。这些课程源自西方学科，采用西式的学习方法，其目的也很明确：为中国的现代化培养专门人才。课程包括：高等算学、高等格致学、高等政治学与法律学、高等地理学与测绘学、农学、矿学、工程学、商学、兵学、卫生学与医学。
《大学堂章程》虽然没有明确给出每一学科的具体内容，但是体现了一种中西学术交融的知识分类学，尽管这种分类学还比较粗糙。由于它涉及知识世界，梁启超脑海中的大学堂将会是一所中西方均前所未见的新型机构。这一设想挑战了那种认为西方大学模式是当时最先进的学术机构的看法。虽然他没有这样明说，但在其拟就的《章程》中清楚地表明：中西学术的强强联合（尽管西学占主导）将创造出更加伟大的知识体系。
在世纪之交，“‘天朝上国’消失了，取而代之的是中国成为了世界上列国中的一国”。这对于中国最杰出的年轻思想家之一梁启超而言，是为新的思想融合开辟了道路，但同时也在根本上威胁到了旧有的教条。
已经消失的，或者说行将消失的是最基本的预设，即中学是一切学问的本源，拥有一种超验的德性力量，堪称“圣教”。毫无疑问，这是一场正在发生的思想巨变，是一个充满着扬弃的过程——虽然时人可能尚不这么认为，而且似乎一切也还没发展到不可避免的地步。不过有失也有得——通过让大学堂的课程涵盖中西，梁启超使得再造文明的尝试成为可能。他似乎看到了一幅伟大的前景：一种对于“现代性”的新理解将会席卷全球；这种新理解不同于西方主流的观点。当然，这并不是一个成熟的或者清晰的构想，更没变成现实。但正如列文森（Joseph Levenson）所说，不应将其中的灵感简单地归因于士人的文化保护心理，即不能认为：他们是因为不愿意相信自己所熟悉和热爱的文明有朝一日会被外来文明所彻底战胜，才产生了这样的灵感。