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鉴于行政区经济发展模式带来的市场分割、区域合作难度大等一系列问题，有人认为将长三角的行政区合并或设立一个级别高于三省一市的行政机构就可以实现一体化。实际上，区域的界线永远都是有形的，即便在大范围内调整行政区划，也会引发新的更大范围的“行政区经济”问题，单纯靠行政区划调整必然陷入“行政区划调整→更大的行政区经济→行政区划再调整”的恶性循环。显然，这个方法不仅没法解决地区合作难题，还有可能引起新的问题，现实中即使在一个省内部也存在巨大发展差异，城市之间的合作同样很难。要解决这个问题，还是要寄希望于体制机制改革。
政绩考核是行政区经济的指挥棒，长三角地区之间的合作发展首先需要从此着手。以GDP为主要考核指标的“晋升锦标赛”，在改革开放初期、发展经济积极性不高时对地方政府具有非常强的激励作用，但也导致了各个行政区都最大化本地收益的行为，与周边地区不仅存在经济上的竞争，在官员晋升方面也是竞争关系，进行地区之间的合作意愿很低。协调行政区经济与长三角一体化的首要任务，就是通过创新绩效考核方式，树立区域合作共赢的新发展理念。只有在这种新发展理念的指导下，地方政府才能逐步认识到合作才是带动地方经济长期发展的王道，逐步取消妨碍区域经济一体化的相关制度与政策规定，取消妨碍资源、生产要素自由流动的政策，为实现区域经济一体化、带动地区经济发展而努力。
具体来说，可以从三个方面进行改革：一是在政绩考核和官员晋升中降低经济指标权重，设立更加全面的考核指标体系，从多个层面反映综合治理和综合能力，如弱化单个省（市）及其管辖的下级政府的绩效考核评估，强化一体化区域、城市群的整体绩效考核评估；弱化单一的以GDP为中心的考核评估，强化区域之内以功能分区为基础的考核评估；弱化短期经济增长的考核，强化中长期经济社会发展质量和发展潜力的考核。二是借鉴江阴—靖江工业园发展模式，建立利益共享共赢机制，在市场机制基础上，不同行政主体应借助市场手段，通过发挥自身的自然资源、劳动力、资金、技术等比较优势获取相对利益，分享GDP、税收等，提高跨区合作的积极性。三是进一步扩大官员跨省跨市任职比例，增强跨区的信任和交流，避免“以邻为壑”，促进合作。长三角可以从政务服务、市场监管、社会治理、生态保护、公共服务等方面创新编制一体化高质量发展的指标体系，纳入三省一市的政绩考核，为全国区域之间合作和统一大市场建设提供新的可复制、可推广的经验。
行政区经济阻碍长三角一体化，其根源并不是行政区划本身，而是在由计划经济体制向社会主义市场经济体制转轨过程中，政府未能及时地、充分地向市场还权，政府职能未能跟上经济发展的节拍。长三角地区的“简政放权”改革已经取得了阶段性成果，但主要集中在纵向放权，增强地方的自主权，而在横向放权，即政府让渡本该属于市场主体权力方面做得还远远不够。长三角一体化主要依赖市场主体参与和建设，面对当前的内在发展障碍，需要在横向放权方面加快体制机制创新，实现市场主体与行政主体以及不同行政主体之间的利益共享共赢。依靠产权链，建立企业之间的联系；依靠供应链，在更大范围内进行细化和分工基础上的合作，通过企业推动区域一体化发展。
当前可以围绕以下几个方面加快横向放权力度：一是进一步厘清政府和市场的边界，将本该属于市场的权力让渡出来，激活市场主体活力。“强政府”主要体现在提供更多高质量的公共服务，不干预市场在资源配置中的决定性作用。随着“负面清单+备案制”改革不断深入，长三角地区在市场准入方面的横向放权激发了市场主体活力，下一步可以在企业兼并、资产重组等方面加快横向放权步伐。二是鼓励民间社会团体、行业协会等在法律许可范围内发展，为实现市场主体自治提供组织保障。需要强调的是，横向放权不是一放了之，而是通过壮大长三角地区民间组织实现自治，激发市场主体活力，提高治理水平。三是可以对标国际上尤其是欧盟等区域一体化组织在横向放权方面的做法，加快长三角地区体制机制改革，给予市场主体尽可能多的自主权，真正发挥其在一体化发展中的决定性作用。
要素流动障碍有很多，就长三角地区而言，除了户籍等行政壁垒外，公共服务管理问题也是一个重要原因。我国的公共服务基本上是以行政区为界进行统筹和分配的。这样的分配体制在一定范围内效率较高，推动了行政辖区公共服务水平的提升。但受经济发展水平、地方政府财政等影响，各自为政和发展不均衡问题比较突出，阻碍了要素流动，不利于区域经济一体化发展。
针对这一问题，可以从以下两个方面进行完善：一方面，打造长三角地区社保和医保的统筹平台，减少人才流动阻碍。人才流动主要受两个因素制约——户籍制度以及社保和医保。户籍制度受一定的特殊国情影响，无法在短期内取消，但社保和医保的一体化还是可以实现的。目前，长三角地区全部城市已经实现了医保“一卡通”，在一体化方面已经取得了一定进展，但社保的一体化还存在较大障碍，需要长三角地区在省级层面加快推动。另一方面，均衡公共服务资源。长三角地区公共服务资源的严重不均衡导致高端要素向核心地区聚集，无法实现各种经济要素更大范围、更合理的配置，同时导致落后地区担心虹吸效应而人为设置要素流动的行政壁垒，影响一体化发展。为此要增加政府的公共支出份额，着力于让区域内的人民平等享受教育、医疗卫生、文化服务和社会保障等一系列权利，推动教育资源共享、医疗卫生跨地区服务、文化产业联动发展、社会保障互联互通等，不断优化公共服务供给，拓展合作领域和深度。长三角地区要建立优质资源对口扶贫制度，发达地区向重点生态功能区、农产品主产区、困难地区提供帮扶，减轻公共服务不平衡程度。
作为“一带一路”和长江经济带的交汇点，长三角地区对外开放的空间还很大。尽管长三角地区一直是我国对外开放的前沿阵地，外向型经济的各项指标引领全国发展，但与《规划纲要》给予长三角的战略定位——新时代改革开放新高地，还存在很大差距。长三角地区扩大开放不仅可以虹吸更多的全球高级生产要素，更能够倒逼体制机制改革，清除一体化发展的障碍，后者作用更加重要。现阶段，重点可以围绕以下几个方面扩大开放：一是加快长三角自由贸易试验区体制机制创新，并尽快复制推广贸易自由化便利化政策，推动市场一体化建设。上海自贸区的自由贸易政策体系已经基本形成，国际贸易单一窗口制度对标最高标准的国际贸易和投资规则，极大地提高了贸易自由化和便利化水平。长三角各地区的商检、运输、工商等部门密切跟踪这方面的政策创新，第一时间在本地区复制，加强政府机构之间合作，解决商品和要素市场一体化的“最后一公里”问题，消除影响商品和要素流动的体制机制障碍。二是发挥好中国国际进口博览会的平台优势，沪苏浙皖主动扩大进口，通过引入外部竞争者打破一些产品的垄断，进一步提高长三角地区市场一体化水平。三是降低新能源汽车、新材料、电子信息等行业进入门槛，积极招引全球500强和行业龙头企业，在长三角地区建立全球创新链、产业链、供应链，发挥市场主体在推进一体化建设方面的主动性。
一体化示范区于2019年11月1日正式揭牌，标志着长三角高质量一体化发展进入新阶段。一体化示范区要在区域合作、生态保护、利益协调等方面进行大胆的政策创新，探索破除长三角一体化发展面临体制机制障碍的新路径新方法。一体化示范区要与上海自贸区、江苏自贸区、浙江自贸区建立联动机制，在制度创新、信息共享等方面加强沟通，形成互动融合关系，放大制度创新的经济效应和示范效应。根据长三角高质量一体化发展的需要，一体化示范区也可以借鉴江阴—靖江工业园的“飞地模式”，在沪苏浙皖建立“飞地式”示范区，如长三角创新一体化发展示范区、沪苏浙高科技生态产业带等，赋予更加广阔的制度创新空间，为破除长三角一体化发展体制机制障碍积累更多宝贵经验。考虑到可操作性，在实践中可以根据政策创新的类型采取不同的策略，难度适中的政策复制可以在苏浙皖全面铺开，而对于一些比较谨慎的政策，可以采取渐进的方式进行复制，首先在三个自由贸易试验区内复制，然后在综合保税区、出口加工区、创新示范区、高新区、开发区等特定区域复制，最后在整个长三角地区复制。
长三角一体化高质量发展要充分发挥互联网优势，以技术为基础加快破除体制机制障碍。由于长三角一体化涉及三省一市，为了降低要素和商品自由流动成本，提高效率，可以利用互联网打造统一服务平台：一是打造统一的政务服务平台。综合江苏的“不见面审批”、浙江的“最多跑一次”、上海的“一网通办”、安徽的“一张网一扇门”等的优点，发布标准化指引，打造统一的政府服务平台，各地的审批结果实现互认，降低企业跨地区经营的时间和经济成本，解决商品和要素在区域内自由流动的“最后一公里”问题。统一规范省、市、县各级政府的责任和权力清单。在市场准入领域，要统筹建立透明、统一的市场准入政策，实施统一的市场准入负面清单。二是打造检测和标准认证统一服务平台。加快推进长三角地区共认“一个章”的行动，推动证、照在地区之间互认，减少企业跨省市经营的障碍。加强各地在标准、计量、检测认证等基础领域的合作。在通关建设领域，要加快长三角地区国际贸易“单一窗口”建设，尽快实现“一次申报、一次查验、一次放行”目标，大幅度提升通关效率。三是打造一个数据库，把长三角地区的数据目录、口径、格式、接口等都统一起来，并把相关的政府数据、社会数据和行业数据按标准统一纳入数据库，实现跨地区的共享应用。