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肯尼迪本就热衷于“反叛乱”理论，大学期间曾写过名为《慕尼黑的绥靖政策——英国民主从裁军政策缓慢转化为重整军备政策的必然后果》的论文。国家安全事务助理罗斯托（Walt W．Rostow）是肯尼迪政府时期游击战方面的权威，他的理论学说为肯尼迪所尊崇。有了理论支持，且为了对抗共产主义的影响，肯尼迪政府特别重视使用“反叛乱”战略对抗南越内部的共产党“叛乱”。
肯尼迪政府初期基本按照艾森豪威尔时期制订的美国在南越的“反叛乱”计划行事。在肯尼迪入主白宫前后，也就是1961年1月，国务院文件显示美国驻越使馆还是维持了艾森豪威尔时期制订的南越“反叛乱”计划。 [63] 2月，肯尼迪批准了驻越大使馆和军事援助顾问团制订的南越基本“反叛乱”计划（CIP）。 [64] 这份计划与艾森豪威尔时期的南越“反叛乱”计划内容几乎一样，没有什么变化。变化出现在1961年2月底。
1961年2月28日，南越提出希望重组联合参谋部以集中力量进行“反叛乱”，并提供了经济支持方案。且南越当局打算在省、市、村里成立内部安全委员会。基于在马来西亚的成功经验，英国支持南越当局的提议 [65] ，并打算参与南越的“反叛乱”事务。
肯尼迪也担心南越抵制不住共产党的压力。白宫要求各部门研究并完善实施步骤以进一步增强南越防务。为了加快对南越武装部队的培训和利用英国在马来西亚的经验，国务院同英国协商，请求派遣2到3名英国或者马来西亚官员到军事援助顾问团帮助实施“反叛乱”培训项目。
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“3月底，英国驻南越大使馆军事顾问李上校（Colonel Lee）为南越政府开设反叛乱课程……4月初，在英联邦事务部督促下，马来亚向南越派遣以罗伯特·汤普森为首的顾问小组。”
1961年4月中旬，南越“反叛乱”面临新的形势。吴庭艳想集权力于一身，这就要求美国下放一些权力。但美国时任驻越大使杜布罗认为情报和“反叛乱”计划的制定权不能与南越共享。 [67] 肯尼迪支持杜布罗的建议，但决定先派一个工作组到越南实地考察。
1961年4月20日，肯尼迪成立了一个总统工作小组，由国防部副部长吉尔帕特里克（Roswell L．Gilpatric）负责。1961年4月24日，总统工作小组举行第一次会议，决定派兰斯代尔随工作小组访越，由驻越军事援助顾问团制定“反叛乱”准则。 [68]
1961年4月27日，吉尔帕特里克向肯尼迪提交报告。应肯尼迪的要求，报告中评估了南越的共产党“叛乱”状况。报告主要指出：南越内部问题急需解决，同时面临着共产党影响的严峻外部问题，外部的主要威胁来自北越和老挝。1960年9月，北越再次对南越进行秘密战。1960年8月9日，老挝伞兵上尉贡勒（Kong Le）发动政变。整个东南亚的形势有利于共产党，共产党的数量从1960年的4400人上升到12000人。 [69] 总之，南越内忧外患，其安全问题到了需要解决的时刻。
1961年5月3日，吉尔帕特里克又向国家安全委员会提交了一份越南行动计划，建议美国扩大在东南亚的行动，成立一个由国务院、国防部、财政部、中情局、国际合作总署、新闻署和总统办公室组成的跨部门工作小组，任命兰斯代尔为工作小组的作战军官，让英国承担一部分对南越的责任（主要承担南越军队反游击战的培训任务）。 [70] 至此，吉尔帕特里克认为其工作小组已完成任务，建议将小组解散。但肯尼迪认为时机尚不成熟，工作小组提出的行动纲领不会在周五的国家安全委员会上讨论。这意味着工作小组还要对建议进行修改。
1961年5月4日，工作小组召开第二次会议。吉尔帕特里克宣布修改草案。会议最终决定：跨部门工作小组由国务院负责，国防部派兰斯代尔作为代表，工作小组报告的主要内容与“叛乱”问题有关，国防部单独提交报告。 [71] 跨部门工作小组成立的目的是希望各部门能够合作，不是一个部门以优先权力去压倒另一个部门，且跨部门工作小组的主要工作是“反叛乱”。
1961年5月11日，肯尼迪看了吉尔帕特里克工作小组的报告后，批准了报告中的多项提议，同意使用军事、政治、经济、心理战和隐蔽行动等方式对抗南越的共产党，同意成立一个由国务院领导的越南特别工作小组。 [72] 这样美国不但没有下放权力，还成立了一个专门的“反叛乱”机构。美国政府的文职机构也奉命加入了“反叛乱”行列。