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针对美、南越违反日内瓦协议的情况，越盟开始在南越山区和偏远地区采取一些公开的军事行动。吴庭艳在统一了南越其他几支军事力量后，自1955年开始了清除越南共产党的“反叛乱”行动。但吴庭艳把权力集中在自己手中，不肯任命副总统以协调国防部与内政部的“反叛乱”工作。为了防止发生军事政变，吴庭艳亲自管理国防部，还直接领导重要军事力量国民警卫队
。他甚至还把资源分散到各省，日常事务交由各省省长处理。因为省长任命权由总统决定，所以杜绝了军人政变的可能性。吴庭艳的专权埋下了与美国矛盾的种子。此外，在“反叛乱”方面，美国认为南越缺乏建设性的方案。
美国认为吴庭艳面临着北越渗透的糟糕局面 [52] ，所以美国对越南政策最直接的考虑是通过消除南越内部的“叛乱”来建立一个稳定的南越政权，并打算通过为南越军队创造条件及扩大南越准军事部队规模的方式来实现。
1956年，吴庭艳对进入南越的北越共产党员实施残酷镇压。尼克松回忆录记载，“吴在全国范围内对共产党人和他们的同情者进行了残酷的清洗，将数以万计的南越人遣送到艰苦严酷的思想改造营地”。
1956年1月，吴庭艳发布了一项政令，这条政令的内容是逮捕所有被认为危害国家安全的人。 [53] 此举无疑升级了清除共产党的行动。充当吴庭艳打手的有：刑警、市政警察、国民警卫队、民兵和宪兵。 [54] 正是因为这些准军事力量，美国和南越产生了分歧。
1957年，美国政府内部以及美国政府与吴庭艳政权之间产生了分歧，分歧集中在自卫队（SDC，另有译为保安队）上。自卫队是民兵组织，散落在农村，是驻扎的静态安全部队，不是移动战斗单位，负有巡逻、保卫南越村庄和战略村，对抗越南南方民族解放阵线基层组织的任务，向村庄和战略村的人民提供保护。自卫队负起上述责任的目的是让南越军队不再分心于“反叛乱”，专心于常规战争。最初美国资助自卫队时已打算好，当南越政权稳定后，便不再向自卫队提供经济援助。
1957年8月时，自卫队大约有51000人。吴庭艳希望扩大规模到60000人，而美国大使埃尔布里奇·杜布罗（Elbridge Durbrow）认为30000人就绰绰有余了。 [55] 尽管两年来自卫队得到了美国大量的资金援助，但是民兵的表现却不佳，北越已经彻底渗透到南越各地。不过美国军方并不想放弃这支力量。1957年11月，美国决定不削减自卫队的开支。但杜布罗表示，对他们“应该给予一些警告”。 [56] 经过讨论，美方最终决定：在南越当局做出改进之前，不予以资金资助。
此外，杜布罗和越南军事援助顾问团团长威廉姆斯（Samuel T．Williams）关于国民警卫队的归属问题看法也不同。杜布罗不同意把国民警卫队归入国防部，为此还采取了强硬路线。威廉姆斯则采取曲线方式规避杜布罗的辖制。1958财年援越计划中，大约有500万美元的装备交付给国民警卫队。杜布罗决定代扣一部分预定转让的武器。威廉姆斯则采取了更戏剧性的措施来规避武器禁运，他干脆从美国军方资产中转移了5000支汤普森冲锋枪给国民警卫队。 [57]
关于国民警卫队，爱德华·兰斯代尔描述了南越农村国民警卫队哨所的滑稽场面：
（它们）是温馨的家庭事务。其中，国民警卫队……与家人同住。我沿着省道开车过去，似乎用田园风光来描述这些哨所更为适合。各家各户在阳光下洗涤晾晒，还有成群的孩子们在院子里玩耍。 [58]
随着南越共产党游击队实力的持续增长以及南越吴庭艳政权“反叛乱”单位的无能，美、南越开始克服他们之间的分歧。1959年3月底，威廉姆斯与吴庭艳讨论了美国顾问与南越部队一起参与反游击战的可能性。5月，美国政府授权扩大了驻越美国军事顾问的职能。军事顾问开始参与南越军队具体作战计划的制订，并随军以备咨询。
在美国的帮助下，吴庭艳在“反叛乱”方面取得了进展，巩固了政权。
鉴于吴庭艳政权严厉摧残越南南方革命力量的状况，南方强烈要求展开武装斗争。在越南劳动党第三次全国代表大会上，“决议要求在南方建立一个反对美吴统治的‘民族统一阵线’。它将以工农联盟为基础，集合所有爱国人士，不分其阶级、阶层、政党、民族和信仰，为解放南方、统一祖国而奋斗”。
南越的知识分子、精英、工人、商人都对吴庭艳政权不满。在这些因素的促使下，北越在南越建立了与南越政权平行的政治机构，在南方成立了越南南方民族解放阵线。越南南方民族解放阵线有自己的人民革命党（PRP）、旗帜和军事力量（游击队），对外以独立的力量示人（实际控制权在北越）。越南领导人黎笋（Le Duan）在1975年5月说：“我们党从革命的第一天起就是组织、控制和领导整个越南人民斗争的唯一领导者。”
美国面对南越持续的、系统的共产党游击战的现实情况，担心南越政权因此垮台。南越已投入了约70%的军队从事“反叛乱”工作。 [59] 南越正规军作为南越“反叛乱”的主力，在“反叛乱”工作中被严重消耗。制订系统的南越“反叛乱”计划，以改变南越混乱的“反叛乱”状况，再次被提上日程。
1960年9月，美军太平洋司令部提出“南越反叛乱计划”。
军事援助顾问团建议让国民警卫队接管一部分“反叛乱”工作。
[60]
上述措施的目的是帮助南越当局建立系统的“反叛乱”计划，打败“叛乱”，恢复南越政治和经济的稳定。
最终，美国国防部和参谋长联席会议批准了太平洋司令部的“反叛乱”计划。该计划的范围大致包括：支持太平洋司令部和国防部在南越的“反叛乱”行动；调整军方人员、物资、预算和组织运营；加快培训和武装南越准军事部队及警察；改变南越政府（军事）结构，将国民警卫队移交给国防部；拦截越南边境的“叛乱分子”；协调南越警察和军队行动以及协调南越与老挝、柬埔寨等邻国的行动；高度重视情报的作用，准确及时地了解南越境内越共的组织和活动；充分利用民事方案支持安全行动；把越共和对越共的同情者区分开，通过登记、识别、食品控制、信息支持等措施来实施这项行动，以获取民众的信任和支持；因南越在少数民族地区无法实施“反叛乱”任务，要在边境巡逻，防止“叛乱分子”从南越以外的地区获得支持。 [61]
美国制订的南越“反叛乱”计划内容丰富，是一个涉及方方面面的完整的计划。在这项计划的支持下，军事援助顾问团迅速把国民警卫队纳入南越陆军。国民警卫队成为陆军辅助的话，陆军就可以专心于正规战斗。民事执法交由市政警察部队负责。但警察仅存在于城市地区，故执法真空依然存在。 [62] 该计划并没有超出美国提供顾问咨询的范围，但初步规划了南越“反叛乱”的范围，为肯尼迪在南越的“反叛乱”政策出台打下了基础。肯尼迪弥补了艾森豪威尔时期“反叛乱”的执法真空。