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肯尼迪上台后，美国政府相关部门和美国驻印尼大使馆都把政府换届视为扩大美国对印尼援助的新机会。美国驻印尼大使霍华德·琼斯（Howard P. Jones）迫不及待地给国务院发去电报，建议对美国的印尼政策及美国在印尼的行动项目进行重新评估。琼斯认为，美国对印尼的援助要强调政治效果，应具备更多的灵活性，并通过隐性或显性的方式开展心理行动以影响印尼民众的心理。 [6]
1961年5月，美国助理国防部长威廉·邦迪（William P. Bundy）
向总统专门助理拉尔夫·敦冈（Ralph A. Dungan）建议重启1957年美国对印尼的援助计划。邦迪建议美国政府把大部分的援助给予印尼陆军，同时对印尼空军和海军给予象征性援助，以此避免被外界认为印尼陆军是美国实现外交政策目标的工具。
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但这一援助项目并不是肯尼迪政府与苏加诺政府打交道过程中的最重要部分，肯尼迪政府协助西伊里安问题的解决以及推进民事行动项目才是最重要的内容。这其中，民事行动项目是肯尼迪政府针对第三世界国家提出的新外交政策，得到了美国政府内外的广泛支持。就印尼来讲，民事行动项目在印尼农村地区得到了良好的实践，取得了显著的效果。
在1961年苏加诺访问美国前夕，中情局官员爱德华·兰斯代尔（Edward Lansdale）向威廉·邦迪提出，印尼和美国双方可以在苏加诺访美期间就民事行动项目进行磋商。兰斯代尔认为，该项目可以拉近印尼陆军、美国陆军与印尼民众之间的距离，提升普通民众对于印尼陆军的支持率。 [8] 同年8月，由美国弗莱彻学院（Fletcher School）唐纳德·汉弗莱（Donald Humphrey）教授和布鲁金斯学会（Brookings Institution）沃尔特·萨兰特（Walter Salant）带队的工作组赴雅加达就实施民事行动项目的可行性进行调研，汉弗莱在听取了印尼国防部长纳苏蒂安（Abdul Haris Nasution）关于印尼陆军在国家建设中所承担角色的全面报告后，对于民事行动项目在印尼所具备的可行性作了积极的评价。
美国于1962年年中开始在印尼正式推行民事行动项目，在1963年全面铺开，该项目的实施一直持续到1965年“九三零”事件的爆发。民事行动项目对于印尼陆军力量的拓展起到了重要作用。借助美国提供的援助，陆军得以在农村地区发展力量、巩固威信和拓展群众基础，同时压制和打击印尼共力量。