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司马光作《古文孝经指解》所用的底本，他说是出自孔壁：“孔子与曾参论孝，而门人书之，谓之《孝经》，及传授滋久，章句浸差，孔氏之人畏其流荡失真，故取其先世定本，杂虞、夏、商、周之《书》及《论语》藏诸壁中……及鲁恭王坏孔子宅，而古文始出，凡二十二章。”
而且认为隋朝刘炫本与之有渊源：“隋开皇中，秘书学士王逸于陈人处得之，河间刘炫为之作《稽疑》一篇，将以兴坠起废，而时人已多讥笑之者。”
迟至“唐明皇开元中，诏议孔、郑二家，刘知几以为宜行孔废郑，于是诸儒争难蜂起，卒行郑学。及明皇自注，遂用十八章为定”
。司马光认为，比量二本，古优于今：“盖始藏之时去圣未远，其书最真，与夫他国之人转相传授、历世疏远者，诚不侔矣。”
他对时人怀疑《古文孝经》不以为然：“且《孝经》与《尚书》俱出壁中，今人皆知《尚书》之真，而疑《孝经》之伪，是何异信脍之可啗，而疑炙之不可食也？”
于是感慨：“嗟乎！真伪之明，皎若日月，而历世争论不能自伸，虽其中异同不多，然要为得正，此学者所当重惜也。”
范祖禹也承袭此说：“《古文孝经》二十二章，与《尚书》《论语》同出于孔氏壁中，历世诸儒疑眩莫能明，故不列于学官。今文十八章，自唐明皇为之注，遂行于世。二书虽大同而小异，然得其真者古文也。”
南宋杨简弟子钱时也相信宋世“古文”来自孔壁，清末张澍也认为司马光书所用乃孔氏古文。
吴澄则认为司马光因袭的是刘炫本，其《答张恒问孝经》说：“《古文孝经》二十二章，与今文《孝经》为二，魏晋而后不存。隋人以今文《孝经》增减数字，分拆两章，又伪作一章，名之曰《古文孝经》。其得之也绝无来历左验。《隋·经籍志》及唐开元时集议，显斥其妄。邢昺《正义》具载，详备可考。司马温公有《古文孝经指解》，盖温公资质重厚，于《孝经》今文尚且笃信，则谓古文尤可尊也，而不疑后出之伪。”
康有为《新学伪经考·隋书经籍志纠谬》也说：“宋至和元年，司马光上《古文孝经指解》一卷，则刘炫伪古文之余波。”
以上诸说，或信其为“孔壁古文”的真传，或斥其为隋朝刘炫本之伪书。然而细考诸说，都是不知根柢、缺乏依据之言。西汉“孔壁古文”、隋时“刘炫古文”是真是假姑且不论，司马光《指解》本与他们是否有直接的渊源关系却从来无人深究。诸人在讨论《古文孝经》时都只知有西汉的“孔壁古文”，而忽略了其他系统的“古文”；他们纯粹从诸本《古文孝经》出现的时间早晚上思考问题，却没有具体辨明各本“古文”之间的真正关系。他们或者抱定凡古文皆伪的成见，或坚信凡古文皆出孔氏，从而对诸本“古文”之间的许多矛盾龃龉之处百思不得其解，只好避重就轻，以偏概全，所得结论当然是不可靠的。
综考宋世《古文孝经》与其他诸本“古文”，其不同之处有以下几点。首先是文字古今不一。孔安国明明已用隶书改写壁中古文，何以至宋世《古文孝经》仍是科斗文字呢？司马光在《古文孝经指解序》中也表示过怀疑：“孔安国以古文时无通者，故以隶体写《尚书》而传之，然则《论语》《孝经》不得独用古文。”
对此明显的矛盾之处，他并未多想，只是简单猜测说“此盖后世好事者用孔氏传本，更以古文写之。其文则非，其语则是也”。但他没提出任何佐证，因此不能解决问题。
其二是篇章分合不一。依颜师古《汉书》注引刘向说：“古文字也。《庶人章》分为二也，《曾子敢问章》为三，又多一章，凡二十二章。”
陆德明《经典释文》历言《古文孝经》分章之处：《庶人章》“故自天子”下：“古文分此以下（旻）〔别〕为一章”；《圣治章》“父子之道”下：“古文从此以下别为一章。”“故不爱其亲”下：“古文从此以下别为一章。”司马贞也说：“（古文）又分《庶人章》，从‘故自天子’以下别为一章。仍加‘子曰’二字。”
刘向所说当然是孔壁本，陆氏、司马贞所言则有可能出自隋时刘炫本。无论何本，其分章都是相同的，位置具体，起讫分明，没有分歧。可是，今存与司马光原本同出一源的范祖禹所书大足石刻《古文孝经》（下称“石刻本”），其分章却与上述诸说都不同。其第六章（今文《庶人章》）从“子曰因天之道”以下直接“故自天子”至章末，并与下章首句“曾子曰甚哉孝之大也”九字合为第六章；第八章（今文《三才章》）“子曰夫孝天之经”至“不严而治”为一章，又自“子曰先王见教”以下至章末别为一章。黄震《黄氏日钞》卷一“读孝经”也说：“案，《孝经》一耳，古文、今文特所传微有不同……至于分章之多寡，今文《三才章》‘其政不严而治’与‘先王见教之可以化民’通为一章，古文则分为二章。今文《圣治章第九》‘其所因者本也’与‘父子之道天性’通为一章，古文则分为二章。‘不爱其亲而爱他人者’，古文又分为一章。”
所言分章也与“石刻本”完全一致。可见宋世所传《古文孝经》自是一个系统，其与刘向、陆德明、司马贞所见都是不一样的。
其三是内容异同不一。《汉书·艺文志》“孝经类小序”说：“汉兴，长孙氏、博士江翁、少府后仓、谏大夫翼奉、安昌侯张禹传之（即今文《孝经》——引者），各自名家，经文皆同。唯孔氏壁中古文为异。‘父母生之，续莫大焉’，‘故亲生之膝下’，诸家说不安处，古文字读皆异。”
颜师古《汉书注》引桓谭《新论》：“《古孝经》千八百七十二字，今异者四百余字。”
即是说，据桓谭所见，《古文孝经》在文字上、内容上与今文有很大不同。而《指解》本（包括石刻本）与今文相同。司马光《古文孝经指解》在相关条目下注明“续一作绩”“膝一作育”，宋夏竦《古文四声韵》自有一本与《汉书》所说“古文”相同，而与《指解》本并不一致。
其四是文字多寡不一。《唐会要》载司马贞说，隋时刘炫本古文“又分《庶人章》从‘故自天子’以下别为一章。辄加‘子曰’二字”
，说明当时的“古文”《庶人章》比今文多“子曰”二字，而石刻本、《指解》本都无此二字。宋陈叔方《颍川语小》卷上又指出：“《古文孝经》罕有‘也’字，今人所读乃明皇本，用‘也’字颇多。”这种情形则与大足石刻本同。唐时争议最大的古文《闺门章》，陈叔方也读到了，并对此有证其为真的讨论：“《古文孝经》云：‘子曰：闺门之内具礼矣乎，严父严兄，妻子臣妾，犹百姓徒役也。’司马温公《指解》谓：‘“刑于寡妻，至于兄弟，以御于家邦”，与此章何以异？’唐明皇时，国子博士司马贞议曰：‘案其文，是比妻子于徒役，文句凡鄙，不合经典，必非宣尼正说。’二者之论不同。愚谓，贱百姓，轻徒役，乃后世庸暴之君耳，古人未尝不以民为贵，以徒役为重事。妻子臣妾虽下于我，而其理有不可忽者存。如待百姓徒役，得其心则顺，失其心则违。兹顾可不谨耶？”（清刻《守山阁丛书》本）可见，宋时古文与孔壁本、刘炫本，有同有异，未可一概。
综上所述，司马光发现的《古文孝经》在古今字形、分章起讫、内容异同、文字多寡等四个方面都与刘向、陆德明、司马贞所见本有如此之大的差别，这还能说明他们系出一源吗？显然是不能的。我们认为，造成这些区别的真正原因不在于“后世好事者”的改作，而在于它们各自禀承了不同的经文系统。