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最初，这家协会式的公司仅仅募集到3万英镑，到1657年骤增至73.9万英镑，形成由股东大会产生1名总裁和24名董事的董事会，负责规划每一趟开往东印度的远航船队，满载回金银香料后，再按盈利收入据入股份额进行分配。一般而言，股东对公司具体业务多无所知，会无条件接受半年或一年期的分红。
不过，在公司成立的头几年，每次航海中，投资者都有所变化，投资者不同，人数不同，投资额也有差异。如在1601年2月，按合股原则组织远征队，资本为68373英镑，参与商人有100人；而在1617年，入股额则达1620040英镑。
有英国学者认为，当时筹资组建一支船队到东印度群岛印度、美国等地，相当于“在今天准备筹措一次到火星或月球的航程”。风险来自自然，来自殖民地，来自从政府谋取贸易特权以及组建和维持大规模远洋船队的巨额成本。
随着海外贸易距离急剧增加，时间跨度变长、资本额扩大及海外市场的巨大风险，迫使英国商人变革原有以单个商人经营为主的经营方式。这样，以资本联合为基础，具有独立法人特点的新兴企业组织形式——商业股份公司适应了时代的要求，在不断扩大的海外市场中迅速发展。
从最初的发展到17世纪中期的稳定成熟，英国东印度公司基本上是一个有限责任股份公司的商业组织。溯源股份制，正是东印度公司孕育成熟了股份制结构，由此带来公司治理方面的革命，形成公司部门之间互相制约和监控的新局面，使得透明度大大增强。东印度公司有着长达300年的历史，如果没有介入政治，可能至今仍然存在，继续引领着股份制和公司治理方面的新潮流。
这家因探索新财富而生的公司，在治理结构上创新不断。东印度公司的内部管理首先采用了任用考试制度，择优选聘；在公司东方贸易的管理机构中，实行委员会集体决策、互相监督的管理机制。公司对内部财务信息、航海记录都有严格管理制度。现在，这些资料保存在伦敦的大英图书馆，许多历史系的优秀毕业生以研究这些珍贵史料作为毕生事业。
甚至，英国政府公务员的录用考核制度，也从东印度公司的文官职业化尝试中得益。公司规定，管理人员中的最高领导必须经过至少长达15年以上的基层锻炼选拔。在大班薪酬制度上，公司创造性地通过分割一部分收益，来提高商馆主任级别管理人员的积极性，近似于今天常见的股权激励制度，或称管理层持股计划，同时也让公司一度成为预防腐败贪污的堡垒。