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选择交易架构是实施并购的第一步，通常需要根据出售方的具体情况来确定。如果可供出售的只是出售方资产的一部分，则资产并购可以作为首选的方案。资产并购最有吸引力的一个优势，是购买方无须承担出售方的所有负债和责任。同时，购买方也只需要购买自己感兴趣的那部分资产，对于其不感兴趣的部分，则无须接受并承担责任。也就是说，购买方需要支付价款和承担责任的，只是在资产购买协议（Asset Purchase Agreement）中列明的内容，无须对未列明的内容承担责任。但是，资产收购也有一定的弊端，如被收购资产的产权转移程序会更复杂，且有些具有无形价值的资产，如执照、许可证或合约等的转移可能需要获得许可方的同意等。对于那些收购方不需要的资产，则可能在并购交易完成之前就要进行处置。
对于出售方来说，股权收购则更有吸引力。因为资产收购可能会让出售方只留下一些没有价值的资产。此外，资产并购可能会涉及第三方同意，因为在融资协议中，通常会有不处置或不转让条款，资产并购可能会触发这些条款而让交易变得非常复杂。
股权并购通常包括两种方式，即股份转让和并购。股权并购需要得到出售方股东的同意，如果出售方的股东人数比较少，股份转让是可以考虑的方案，因为关于股份转让的股东会批准可能不会太难。但是，如果是公开发行股份的公司，其股东人数较多且分散，则采取并购的方式才是一个明智的选择。在股权并购中，目标公司可以保留全部资产包括执照、许可证、特许权和合约等。
采取股份转让方式的交易，通常被收购方的股东对于公司有较为直接和紧密的控制，买方的收购方案通常直接发送给被收购方的股东。股份转让的优势之一是不存在移交问题，这是比资产收购更有优势的地方。股份转让比并购具有优势的地方在于，股份转让不存在股份购买请求权（Appraisal Rights），而在股权并购中，出售方股东则可能去法院要求行使股份购买请求权，以获得该股东实际收取的股权并购价格和该股东认为的公平价格之间的差额。当然，股份转让方式也存在弊端，如与资产收购相比，受让方可能会承担一些出售方的责任。此外，与股权并购相比，股份转让可能需要得到出售方其他股东的同意，如果不能取得其他股东的同意，则只能采取股权并购的方式了。
用现金购买股票或资产，是外国购买者常采用的形式。而运用股票或其他证券来收购目标企业的资产可以获得税收上的好处（特别是对出售方）。为此目的运用股票收购会受证券法规监管的影响。
现在利用目标资产或未来利润所进行的并购融资已经变得越来越普遍。这被称为杠杆收购。目标公司资产可以抵押给银行或其他金融机构，或者由买方来发行高利息的通常被称为垃圾的债券。除非可以不需要登记，否则这类债券属于证券因而要在证券交易所进行交易登记。在美国市场，外国购买者很少使用美国的债权融资工具（杠杆或其他）来进行并购活动。
外国购买者更倾向于用股东贷款来进行并购活动的融资，特别是如果他们从本国借款，这是另一种形式的杠杆收购，因为是收购目标公司最终偿还借款。杠杆收购中，通常是买方用债务融资的方式去收购卖方。管理层收购（Management Buy Out，MBO）是杠杆收购的主要方式。
并购协议可以约定一个固定的收购价格，也可以约定以不同的方式支付给被并购方。在对小型公司的并购中，通常会包括Earn Out条款，即业绩目标付款计划，部分收购款项的支付以被收购方未来一定期限内的业绩表现为条件。与Earn Out条款相关联的、经常被使用的另一个条款是或有价值权（Contingent Value Right，CVRs）。CVRs赋予权力持有者在未来特定事件发生时以一个较高的价格出售其持有的公司股份。托管条款（Holdback Provision）也是并购协议中经常使用的条款，买方通过将一部分并购价款存放在第三方托管账户的方式，保证在未来一定期限内，如果发生诉讼或其他特定事项，买方有权将该资金用于支付该特定费用，若在期限内无特定事项发生，期限届满后，该资金则支付给出售方。