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“铁腕”政策的失败 尼德兰各地的“渎圣”行为传到西班牙后，腓力二世立即派阿尔瓦公爵（1507—1582）为驻尼德兰总督，率领西班牙精锐部队前往镇压。阿尔瓦采用“铁腕”政策，公开宣称：宁留一个贫穷的尼德兰给上帝，也不留一个富裕的尼德兰给魔鬼。他成立的“除暴委员会”被尼德兰人称为“血腥委员会”，先后有几千人被该委员会判处死刑。他还没收了一些大贵族的地产，征收新税。阿尔瓦的血腥镇压激起了更大规模的反抗斗争。
1572年4月，在北部泽兰省的布里尔城，“海上乞丐”组织带头发动了武装起义，将尼德兰革命推入到武装斗争阶段。数周内，起义遍及北方各省，并占领了一些重要城市。在同年7月召开的北方七省会议上，荷兰省省长威廉被推选为革命的领导人。阿尔瓦不甘心自己的失败，镇压的手段更加残酷。1573年，在久攻不下被起义者占领的阿尔克马城时，阿尔瓦在给腓力二世的信中气急败坏地写道：“如果我拿下阿尔克马，我决不留下一个活人，刀将刺进每一个人的咽喉里。”在这次争夺战的最后，守卫这座城池的就剩下了一些普通百姓，几乎每一个活着的人都守在城墙上，他们用滚烫的水、沥青、煤油、熔化的铅和生石灰不断地向攻城的西班牙士兵浇去，“几百个涂着沥青并燃烧着的铁环巧妙地套住了敌兵的脖子……任何一个入侵者刚在缺口处立足，他们就会迎面碰上市民的刀剑和匕首，而且被倒栽着扔到墙下的壕沟里”。在死伤了数千人以后，阿尔瓦只得领兵撤退。1573年底，北方七省先后摆脱了西班牙人的统治，宣布独立。
统一与分裂 1576年9月，布鲁塞尔爆发了起义，推翻了西班牙在尼德兰的最高统治机构，革命的中心开始向南转移。同年10月，全尼德兰三级会议在根特召开，会上达成了《根特和解协定》。这是南北双方资产阶级与贵族相互妥协的一个温和协定，主张南北统一，废除阿尔瓦颁布的一切法令，但是没有明确提出独立的要求。
两年后，尼德兰革命的形势发生了逆转。1578年帕尔马公爵（1545—1592）继任为尼德兰总督。他采用软、硬兼施的手段分裂17省的反西联盟：一方面从西班牙国内增派军队进行反扑，在日昂布卢打败了三级会议军，在军事上形成了高压姿态；另一方面，他表示尊重尼德兰各省原有的高度自治的传统，呼吁各省的贵族和天主教徒停止“叛乱”。1579年1月，南方阿多瓦与埃诺两省的贵族组成“阿腊斯联盟”，公开与西班牙站在一边，反对革命。南北双方组成一个独立国家的进程严重受阻，尼德兰由此走向了分裂。北方七省在荷兰和泽兰省的领导下，于同年成立了“乌德勒支同盟”，宣布北方各省永不分裂，捍卫独立。1581年，同盟正式宣布脱离西班牙而独立，称为“尼德兰联省共和国”，由威廉任执政。因为荷兰是七省中最大和最富庶的一个，处于支配地位，所以联省共和国通常称为“荷兰共和国”。南方佛兰德的安特卫普、布鲁塞尔和根特
等大城市此时也支持同盟，但尚未正式加入。
在此后的20余年里，西班牙军队与“共和国”的军队展开了拉锯式的战斗，后者为维护独立并把西班牙军队赶出尼德兰进行了顽强的斗争。1585年，西班牙军队占领了布鲁塞尔和安特卫普，并继续向北进攻。荷兰迅即与英国结成了反西同盟，英女王伊丽莎白一世（1533—1603）向荷兰派遣了6000名英军，公开地与这个新生的共和国并肩战斗。英荷的舰队还在海上向西班牙船队展开了全面的进攻，夺取西班牙从海外殖民地装运财宝回国的船只，甚至袭击西班牙在南美北部沿海的主要据点。
打败“无敌舰队”和革命的胜利 1588年7月，西班牙组成一支庞大舰队，拥有130艘大型船只，运载了3万人和2400门大炮，号称“无敌舰队”，悬挂绣有十字的船帆和圣母马利亚肖像的旗帜向尼德兰航行，准备从那里运送帕尔马公爵的军队直接攻打英国。英国在英吉利海峡进行了拦截。相比之下，英国参战的船只在数量上超过对手，约有200艘，但都是一些体积较小的轻便船，作战人员不到9000人。在7月20至27日间，英国舰队采用灵活战术，逐个地进攻“无敌舰队”中那些大而笨重的船只，破坏了对方舰队的队形。28日午夜，英舰又采用火攻的办法，袭击了正驻扎在加来港的“无敌舰队”，使许多船只葬身火海。那些侥幸逃出火海的船只，后来在海上又遇到了一场罕见的大暴风雨（史称“新教风”），将舰队刮向北方，不少船只翻没或触礁，“浮尸遍海”。到10月，“无敌舰队”返回西班牙时仅残存43艘。
经过这一场海战，西班牙再也无力向尼德兰发动更大规模的进攻，完全处于守势。1609年4月，陷于内外交困的西班牙被迫同“联省共和国”签订了一项为期12年的休战协定。根据该协定，尼德兰被一分为二，北方七省即荷兰获得了事实上的独立，南方10省则称为“西班牙尼德兰”。1621年休战协定到期后，西班牙再次向荷兰发动了进攻，双方经过19年的战争，仍以西班牙失败而告终。1648年，西班牙公开承认荷兰独立。
尼德兰革命是人类历史上第一次成功的资产阶级革命。它既揭开了近代欧美资产阶级革命的序幕，也为荷兰资本主义经济的迅速发展创造了条件。在这场革命中，尼德兰南部不仅受到战争的严重破坏，而且在战后继续受到西班牙的压制，信奉新教的手工业者、商人、银行家大批逃往北方，南部逐渐走向衰落。与此相反，北方新建立的荷兰共和国进入了发展的黄金时代，首府阿姆斯特丹在1585至1622年间，人口从3万增加到10.5万
，逐渐取代了安特卫普的商业和金融中心地位，1598年在这里创立了保险公司，1609年创办了阿姆斯特丹国家银行，荷兰成为欧洲的金融中心。
西班牙的衰落为荷兰的海外扩张铺平了道路，1602年组成了荷兰东印度公司，开始在亚洲建立殖民地。荷兰还凭借自己拥有的一支强大的商船队，在17世纪成为世界上的“海上马车夫”。