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本草之名，始見於《漢書·平帝紀》 元始五年，徵天下通知逸經、古記、天文、曆算、鍾律、小學、史篇、方藥、本草及以五經、《論語》、《孝經》、《爾雅》教授者，所在爲駕一封軺，傳遣詣京師。至者數十人。 及《樓護傳》， 傳云：護少隨父爲醫長安，誦醫經、本草、方術數十萬言。 乃學科之名，非書名也。故《漢志》經方十一家二百七十四卷，無以本草名者。至梁《七録》，乃有《神農本草經》之名，而《隋志》因之，則猶今人言藥物學書耳。 “神農本草”四字爲學科之名，經字爲書名。 蓋鍼灸之術，必深明於人之臓腑經脈，非若藥劑之易施，其爲用較廣，故其書亦較通行也。其著之簡策，蓋亦在晚周之時，陶弘景所謂與《素問》同類者也。其書專家相傳，頗多竄亂，至弘景，始從事於校理，其言云：“世傳《神農本草》，祇此三卷。”所出郡縣，多後漢時制，疑仲景、元化等所記。 案仲景、元化爲當時醫家兩大師，故舉以概其餘，言若仲景、元化一流人，非實指仲景、元化也。下吴普、李當之徒同。 又有《桐君採藥録》，説其花葉形色，《藥對》四卷，論其佐使相須。魏晉以來，吴普、李當之徒，更復損益，或五百九十五，或四百四十一，或三百一十九，或三品混雜，冷熱舛錯，草石不分，蟲獸無辨；且所主治，互有得失，醫家不能備見，則知識有淺深，今輒苞綜諸經，研括繁省，以《神農本經》三品，合三百六十五爲主。又進名醫别品三百六十五，合七百三十種，精粗皆取，無復遺落，合爲七卷云。蓋合諸專家所傳而折衷於一是也。自是以後，歷代相因，屢加修輯。其在唐顯慶中，蘇恭、長孫無忌等奉敕所修者，世謂之《唐本草》，亦曰《唐新修本草》。孟蜀時，韓保昇又奉命重修，稍增注釋，世稱《蜀本草》。宋太祖開國，命劉翰、馬士等修輯，士又爲之注。先是唐開元中，有陳藏器者，撰《本草拾遺》十卷，以補《名醫别録》之闕，及是亦採入焉，是爲《開寳新詳定本草》。後以或有未允，又命翰等重加詳定，爲《開寳重定本草》。嘉祐時，掌禹錫奉勅加注，爲《嘉祐補注本草》。大觀中，蜀人唐慎微彙合諸家， 唐慎微，字審元，成都華陽人。 兼採經史中言醫事者，隨類附入，名曰《證類本草》，於諸本中稱最善焉。蓋自李時珍《綱目》以前，官修者凡五，私修者凡二，實皆以隱居所修爲藍本， 陶弘景，字通明，自號華陽隱居。 而輾轉附益者也。
古代所傳之《神農本草經》，至陶弘景時，既多竄亂，弘景始爲之分别，於舊所傳者，書之以朱，後來所附益者，書之以墨。其所分别，固未必盡當，然終當去之不遠。嗣後輾轉相傳，淆亂又甚，《開寳新詳定序》所謂：朱字、墨字，無本得同，舊注、新注，其文互異者也。然淆亂雖甚，其區别卒未嘗廢，至《證類本草》猶然。後世考古之士，斤斤焉欲求《神農本經》之真面目於百一者，其所據猶《證類本草》之黑白文也。《證類本草》，清代所傳凡有二本：一爲明萬曆丁丑翻刻元大德壬寅宗文書院本，前有大觀二年仁和縣尉艾晟序，《書録解題》稱爲《大觀本草》蓋以此。一爲成化戊子翻刻金泰和甲子晦明軒本，前有政和六年提舉醫學曹孝忠序，故此本亦稱《政和本草》。二本相較，《大觀本》朱書墨蓋，較爲分明，而《四庫》轉以《政和本》著録，非知言也。厥後孫星衍及從子馮翼 字鳳卿。 校輯《神農本草經》，所據者即《大觀本》之黑白文。又就《御覽》所引，云生山、谷、川、澤者，定爲《本經》，其有郡縣名者，定爲後人羼入，刻入《平津館叢書》中。然《神農本經》，李時珍《本草綱目》亦載其目，與孫氏所輯大異。其後顧觀光 字尚之。 又别輯一本，刻入《武陵山人遺書》中，則皆以李氏所載爲據者也。平心而論，時珍網羅雖富，辨别古籍，初非專長，其所釐定，豈能勝於唐慎微？然《開寳新詳定序》已云朱字、墨字，無本得同，舊注、新注，其文互異，則慎微所定，又豈必其近古乎？又況泰和中所刻《政和本》，有大定己酉麻華《序》及劉祁《跋》，並云中陽張存惠將寇宗奭《本草衍義》增入，而《大德本》亦然，蓋元人復刻時，又從《金本》轉録也。則今所傳《證類本草》，又非唐氏之舊矣。 日本望三英有刻本，云係家藏舊本，未爲張存惠所竄亂，不知可信否。 如是而欲引爲古據，不亦謬乎！要之古書之傳播愈廣者，其竄亂亦愈甚，今日醫家各種古籍，皆尚可從事校理，獨《本經》則竟無良策也。 《漢志》所謂經方家，當兼方藥二者言之，然後世方書傳者極多，而本草則祇此一種，且不必後世，即《漢志》所載十一家，其九家固爲方書，《湯液大法》三十二卷，不知爲方書抑藥書。《神農黄帝食禁》七卷，《周禮》賈《疏》引作《食藥》，孫星衍謂“禁”字當訛。《食藥》，即本草之類。又《周禮》鄭《注》：五藥：草、木、蟲、石、穀也。其治合之劑，則存乎神農、子儀之術。賈《疏》引《中經簿》，有子儀《本草經》一卷，或出陶氏所傳之外，然亦僅此耳。蓋古代格物之學不明，祇知用藥以療疾，而不復知考求藥性之本原，今人所謂知有術而未足與於學也。