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自陶隱居迄唐慎微，凡修輯本草者，皆以古代所傳《本草經》爲藍本，已見前，其毅然網羅今古，自成一書者，實始於明李時珍之《本草綱目》。 李時珍，字東璧，蘄州人。 《綱目》凡十六部，六十二類，千八百八十二種， 諸家所有者，千五百十八種，其三百六十四種爲時珍所補。 與周定王朱橚之《普濟方》實卓然兩巨著也，自此書出而《證類本草》遂微。
此外明清人論本草之書，可分爲二派：一宗宋以來潔古、海藏、東垣、丹溪諸家之説，在當時可稱舊派，若劉若金之《本草述》、 楊時泰《本草述鈎玄》係就此書删節。 倪純宇之《本草彙言》，其選也；一以復古爲主，唾棄宋後諸家之論，在當時可稱新派，若繆仲湻之《神農本草經疏》、 此書凡三十卷，其次序一依《證類本草》。清吴懷祖節爲八卷，名《神農本草經疏輯要》，然亦有繆氏所無而吴氏補之者，吴氏名世鎧，亦常熟人。仲湻又有《先醒齋廣筆記》四卷，亦論方藥之作。 盧之頤之《本草乘雅半偈》、張路玉 名璐。 之《本經逢原》、張隱庵 名志聰。 之《本草崇原》、徐靈胎 名大椿。 之《神農本草經百種録》、鄒潤安之《本經疏證》， 此書與繆氏書最精博。 其選也。其主於簡易，備初學之用者，以汪仞庵之《本草備要》通行爲最廣，吴遵程之《本草從新》又以汪書爲藍本。
李氏《綱目》之後，能蒐遺補闕以匡其所不逮者，莫如趙恕軒 名學敏。 之《本草綱目拾遺》十卷。此書之意以完備爲主，故凡《綱目》所已載而治療未備、根實未詳者，仍爲補入。其《綱目》所未載者，雖珍貴罕見之物，亦無所遺。《綱目》之僅列其名而無主治者，亦悉録入。《綱目》分部之誤者，並爲訂正，惟人部無所增。例言謂苟欲求遺，必至於隱怪殘賊中蒐羅也。案恕軒《利濟十二種序》，此書之外，又有《百草鏡》八卷、 專詳草藥。凡草藥之曾經試驗者入《拾遺》，其未經試驗者入此書。 《救生苦海》百卷、《醫林集腋》十六卷、《養素園傳信方》六卷、 以上兩種爲驗方。 《呪由録驗》四卷、《囊露集》四卷、 眼科方。 《串雅》八卷、 見後。 《升降祕要》二卷、《藥性玄解》四卷、 藥性之奇制者。 《奇藥備考》四卷、《本草話》三十二卷、《花藥小名録》四卷、《攝生閒覽》四卷。《拾遺》例言謂他日擬作待用本草，將宇宙間可入藥之物，未經前人收採者，合爲一書。可謂洋洋大觀。今除《拾遺》及《串雅》外，均未見傳本，或疑其書本未成，然要爲晚近一大家也。
以本草作爲韻語以便誦讀者，有黄鈺之《本經便讀》。又吴縣朱東樵、 名鑰。 錢塘陸典三 名文謨。 皆有《本草詩》，而陸較勝。 見《冷廬醫話》。 南匯徐玉臺 名鏞。 有《儒門游藝》三卷，上詳脈病，中詳方，下詳藥，皆作七言絶句，亦頗簡要，惜無註，不易曉。
明清間人方書不及前人之浩博，而立意求精則過之。其推求古人製方之意者，始於吴鶴皋 名崑。 之《醫方考》六卷，而汪仞庵 名昂。 之《醫方集解》二十一卷繼之。吴遵程 名儀洛。 之《成方切用》二十六卷，則又繼汪書而起者也。二書皆以切用爲主，故所輯多常用之方。武進費晉卿 名伯雄。 有《醫方論》四卷，以鄉曲醫家多奉《醫方集解》爲枕中祕，而不復深求其所以然，乃爲之逐一論列其可用不可用，實市醫之當頭棒喝也。王晉三 名子接，長洲人。 《絳雪園古方選註》三卷，論列亦精。許宏《金鏡内臺方議》專發明長沙之方，亦爲别開生面。便於檢用之書則有祝補齋《衛生鴻寳》、毛達可 名世洪，杭州人。 《養生經驗合集》、 《濟世養生》、《便易經驗》二集之合。 王孟英《潜齋簡效方》、 簡易外治之法。 《四科簡效方》、邱式金《集驗良方拔萃》， 此書詳於外科，内科較略。 皆有名。 鮑相璈《驗方新編》通行頗廣而選擇不精。
《本草綱目》一書包藴宏富，且多存今日已亡之書，至爲可寳，即專輯其中之一類，亦足拔戟自成一隊也。以予所見，專輯其中之醫方者，則有蔡列先《本草萬方鍼綫》、曹鞠庵 名繩彦，新建人。 《萬方類編》、宋枳田 名穆，山陰人。 《萬方類纂》三書。蔡氏僅就《綱目》所載諸方爲編一目録，註明某病用某方，見某卷某篇；曹氏則將《本草》諸方分類編輯，二書分部互異。 蔡書分七部，百有四門，凡載千五百餘方；曹書分百有七門，四千三百七十九證，凡載萬一千七百一十三方。 曹氏自謂因蔡氏書删複補遺，宋氏則謂其所分門類，不及蔡氏之清晰，乃照鍼綫門類，將本草各方全行録出云。又有《解素編》一卷，題海陽竹林人編，專就李氏《綱目》中摘出其解毒之法，間亦附以聞見所得，亦頗便省覽。