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宋學末流之弊，在於偏重理想，遂致憑臆見以進退古人，所謂六經皆我注脚，實其致誤之原也。夫爲學之道，一本散爲萬殊，萬殊歸於一本，孔子所謂一以貫之，孟子所謂博學而詳説之，將以反説約也。名家歸内演繹二法，實即此理。宋學之興，原因漢唐儒者，過於泥古而不復能推求其所以然，以致窮而思變，故其爲學之法，莫不偏重於演繹。夫推論事物，必有其所憑之理，猶幾何學之有公理也，本公理以釋題，義其所據之理不誤，而後其所釋之題不誤。語不云乎，差之毫釐，繆以千里，宋學之始，雖或偏重空想，然其所執之理，固猶從推求事物而得，雖有差繆，不至甚大也。及其後來，乃不復推求事物，而惟執宋儒所説之理以爲理，即就此理推衍之，以得其所謂理者，更執此推衍所得之理，以爲推衍之資，而其差繆有不可勝窮者矣。宋學末流之横決，弊實由此。我國古代專門授受之醫學，魏晉而後，統緒久亡。自宋以後之醫學，實由醫家以意推闡得之，其人多本治儒學，即非儒家，亦不能無囿於風氣，遂移儒者治經談道之説以施之於醫，而其紛紜不可究詰矣。
唐以前之醫家，所重者術而已。雖亦言理，理實非其所重也。宋以後之醫家，乃以術爲不足恃，而必推求其理，此自宋以後醫家之長，然其所謂理者，則五運六氣之空理而已，非能於事物之理，有所真知灼見也。惟重術，故其所依託者，爲專門授受之大師，而不必謬託於神靈首出之人以爲重。 如孫真人時，江南諸師所祕要方，皆云出自仲景是也。又如前所載王勃《難經序》，雖亦溯其源於黄帝、湯、文，然其意在自詡其授受之有本，與宋儒之所謂道統，自謂遥接二帝、三王及周、孔之心傳者不同。 惟重理，乃以儒家所謂道統者，移而用之於醫家，於是神農、黄帝，猶儒家之有二帝、三王，元化、仲景，猶儒家之有周公、孔子矣，於是言醫者必高語黄、農，侈談《靈》、《素》，舍是幾不足與於知醫之列矣，率是道而行之，其第一步必以己意注釋古書而蔑棄前此專家相傳之説，其第二步必且以己意竄改古書，或删其衍，或補其亡，或移易其篇第矣。此風也，其在儒家開於宋而横決於金、元，醫家亦然。
《素問》非古代醫家之金科玉律也。仲景《傷寒》自言撰用《素問》，而書中曾未引及《素問》一語，可見知證脈方藥，醫家自有真傳，如《素問》之馳騖玄談者，不過藉資參證耳。自宋以後，言《素問》者始漸多，明以來，乃更奉爲天經地義，而又益之以《靈樞》。 元吕復著《群經古方論》尚不信《靈樞》爲古書。 其從事於注釋者，則有馬蒔之《素問證注發微》、張志聰之《素問集注》、高士宗之《素問直解》。其分類纂輯者，則有滑伯仁之《素問鈔》、 此書採王《注》甚略。明丁瓚有《素問鈔補正》十二卷、汪機有《續素問鈔》九卷，皆多採王《注》以補之。 張景岳之《類經》。 清虞庠有《類經纂要》三卷，王廷俊爲之注。廷俊弟子陳滋和刻之浙江。庠字西齋，歸安人；廷俊字壽芝，成都人。滋和，繁江人，爲浙江連市巡檢。 而其言錯簡者，則始於黄坤載。坤載著《素問懸解》，謂本病論實在玉機真藏論中，刺法論誤入診要經中論，刺法論誤入通評虚實論，又謂經絡論乃脾部論之後半篇。脾部論乃十二正經經絡論之正文，悉取以補闕，仍還八十一篇之舊。其注《靈樞》，亦動以錯簡爲言，可謂勇於自信者矣。然《素》、《靈》二書實皆有訛亂，《靈樞》尤難讀。諸家之言《素問》者孔多，而能治《靈樞》者卒無其人也。 《素》、《靈》二書互相複重，又有自相矛盾者。汪昂《素靈類纂約注》，以《素問》爲主。沈又彭《醫經讀》分平病診治四門，就二書去其矛盾，而存其可信者，頗合蓋闕之義。自明以來，《素》、《靈》二書，成爲醫家之聖經賢傳，凡著書者，幾無不節鈔二書，以冠其首，單行之節本尤多，皆不足語於著述也。
黄坤載可謂醫家中言錯簡之一大家也。前世治難經者，吴有太醫令吕廣、歙縣尉楊玄操，宋有丁德用、虞庶、周與權、
字仲立。
王宗正，
字誠叔。
金有紀天錫、
字齊仲。
張元素，元有袁坤厚、
字淳甫。
謝
孫、
字堅白。
陳瑞孫，
字廷芝。
皆僅散見於滑伯仁《難經本義》中。
周學海又有增輯本，仍以滑氏書爲主，名《增輯難經本義》。
伯仁而後，注釋者亦有數家，
如張世賢之《圖注難經》等。
皆因襲舊文，無所心得，等諸市鄶。今言《難經》，當以滑氏書爲古義之淵藪矣。坤載著《難經懸解》，始亦謂舊本有訛，多所更定，仍其治《内經》之故智也。其後徐靈胎著《難經經解》，又援《内經》以攻《内經》，其實《内》、《難》同爲專家相傳之書，未必《内經》果出岐、黄爲天經地義而不可變，徐氏必是彼而非此，亦未免依傍門户之見也。
又有丁錦者，字履中，號適廬老人。乾隆間松江人，嘗著《古本難經闡注》二卷，《自序》謂游於武昌，客參政朱公所，得讀古本《難經》，以校今本，誤者有三十餘條，因而爲之闡注云云。丁氏所見之本豈能古於滑伯仁？則亦明人之意爲竄亂者耳。
諸古書中，諸家言錯簡最甚者，尤莫如《傷寒》。案“傷寒”二字，古有二義，一爲外感之總稱，一則專指外感中之傷於寒者。《難經》 五十八難。 云：傷寒有五，有中風，有傷寒，有濕温，有熱病，有温病。傷寒有五之傷寒，指總稱外感之傷寒，有傷寒之傷寒，指外感中之傷於寒者言也。 《外臺》許仁則論天行病，謂此病方家呼爲傷寒，亦指總稱外感之傷寒言之。 《外臺》所集論傷寒者凡八家：仲景、叔和、華佗、陳廪丘、范汪、《小品》、《千金》、《經心録》，惟仲景有專書傳世。仲景之書十六卷，論傷寒者居其十，此十卷之盛行，又遠非《論雜病》之六卷所及，蓋天行之病，傳染廣而死亡多，其危險遠非雜病比也。夫天行之病變化萬端，原無從執古方以治今病，況古代諸家存者惟一仲景，而其書又竄亂訛奪不盡可據乎？！其有待於後人之張皇補苴固不待論矣。故自宋而後，論傷寒之書亦獨多。成氏《明理論》 成無已，著《傷寒明理論》三卷。 而外，其著稱者，有若龎安時之《傷寒總病論》，許叔微之《傷寒發微論》、《百證歌》，朱肱之《南陽活人書》，韓祇和之《傷寒微旨》，楊士瀛之《傷寒活人總括》，郭雍之《傷寒補亡論》，或闡其義，或補其方，於仲景書原不盡主墨守，即明代支離滅裂如陶節庵， 《節庵六書》，曰《明理續論》，曰《截江網》，曰《一提金》，曰《殺車槌法》，曰《家祕的本》，曰《瑣言》，皆偭規越矩，毫無師法。又有《傷寒全生集》四卷，乃其晚年作以教子者，時爲正統十年，節庵年七十七矣。 亦未嘗以錯簡爲言，乃自方仲行著《傷寒論條辨》八卷後， 方仲行，名有執，歙縣人 ，而喻嘉言之《尚論篇》八卷繼之， 喻嘉言，名昌，南昌人。 始謂叔和編次，於原書次第已改移，無已作注，又多竄亂，遂各以己意更定。 方氏爲言傷寒論錯簡者之首。而自喻氏書成，而方氏之書漸微。康熙甲寅，順天林起龍爲重刻之，并痛詆喻氏之攘善，然喻書實未嘗全襲方氏，其書中亦未嘗不及方氏，初未嘗掠爲己有也。後鄭重光又有《傷寒論條辨續注》之作，據方氏書參以喻氏及黄坤載、程郊倩二家，仍題仲行之名。喻氏書有論無方，其徒徐忠可爲補之。徐氏之學傳諸南昌羅子尚，羅以傳進賢舒馳遠。成再重訂《傷寒論集注》十卷，一以喻書爲主，而以徐《方》附之。 自是以後，此風大扇。張路玉則有《傷寒纘論》及《緒論》，黄坤載則有《傷寒懸解》，吴儀洛則有《傷寒分經》， 言傷寒錯簡者，當以黄氏爲最有心得，張、吴二書多以喻氏爲據。 周禹載則有《傷寒論》三注， 兼採方、喻。 程郊倩則有《傷寒論後條辨》， 攻叔和序例最烈，其文字支離蔓衍，幾於游騎無歸。昔人譏其學金聖歎未得，爲醫中魔道，誠不誣也。 章虚谷則有《傷寒論本旨》， 依喻氏分篇。 無不以錯簡爲言，其説亦不爲無見，然以此論醫理，則可謂各抒所得，以此治古書，則未免憑虚臆斷，此皆由中國學者崇古之念過深，凡立一説，必欲託之於古人，於古書之不盡可通者，遂不惜曲爲穿鑿也。徐靈胎云：叔和所次，誠不敢謂其必合於仲景，諸家所定，謂必能復仲景之舊，又有何證乎？！誠持平之論也。 徐靈胎，名大椿，號迴溪，吴江人。靈胎有《傷寒類方》一卷，謂《傷寒論》原非依經立方，乃救誤之書，當時隨證立方，本無定序，削除陰陽六經門目，但使方以類從，症隨方證，使人可案證以求方，而不必循經以求證。亦爲通達之論。
傷寒與温熱、温疫之别，尤爲醫家所聚訟。蓋“傷寒”二字，古人既以爲天行病之總名，則其所包者廣，原不僅指《難經》所列五種中之第二種，乃自後世醫者，泥於字面，一遇天行之病，輒以辛温之劑治之，於是陽明成温之證，見殺於桂麻等方者多矣，此一誤也。疫字之義，指病之傳染者而言，故《説文》云：疫，民皆病也。至其證，則有寒有熱，苟或傳染，熱者爲疫，寒者亦爲疫，至後世之所謂瘟，其字爲温之俗，其義則與疫相同，皆指病之傳染者言，非指病之不寒者言也，乃世醫又泥於字面，偶遇不寒之疫，遂謂凡疫皆温。本慮醫者以辛温之劑誤施之温熱，轉致末流泥温疫之論不敢復言傷寒，執一定之方以馭萬變之病，聖散子之殺人，正由於此，此二誤也。有此二誤，而傷寒、温熱、温疫三者之争，遂如長夜不旦矣。而推其始，則實由“傷寒”、“温疫”等字字義之混淆有以致之。立名之不可不審也如是夫！
温熱治法始自河間。世所傳《直格》、《標本》二書， 見前。 雖未必真出河間手，然實爲河間緒論；自是之後，馬宗素有《傷寒醫鑑》、《傷寒鈐法》，錙洪有《傷寒心要》，常德有《傷寒心鏡》， 今皆在《河間六書》中，亦見前。 皆此一派之學，世遂有外感宗仲景，熱病用河間之論，岐温熱於傷寒之外矣；至吴又可出而其説又一變。 吴又可，名有性，震澤人。 又可於崇禎辛巳，躬遇南北直隷及山東、浙江大疫，以傷寒法治之不效，乃殫精研究，著《瘟疫論》二卷、《補遺》一卷，謂世所稱温病，即屬瘟疫，古無瘟字，後世以温去水加疒爲之。又謂數有温證之中，乃偶有一陰寒，數百傷寒之中，乃偶有一陰證，其説未免矯枉過直，雖其指摘俗醫之誤治，不無可取，然誤以瘟、温爲同義，遂使世之醫者，并温熱與瘟疫爲一談，則又可爲之也。至清代江浙諸名家出而其説又一變。 天行之病，變態萬端，斷不能僅執俗醫治外感之法治之，此義至瘟疫論出始大明，故又可書雖不免有誤，而其功究不小。清孔毓禮有評注本，洪天錫又有補注。毓禮字以立，黎水人，天錫字吉人，嘉興人。
有清中葉，醫家於温熱治法，最所殫心。其論實起自吴中而託之於天士及生白。 以江南病温熱者最多也。葉天士，名桂，字香嚴，吴縣人，薛生白，名雪，號一瓢，蘇州人，與葉天士齊名。 世所傳《温證論治》，首刻於唐笠三《吴醫彙講》中， 見後。 原序謂葉氏弟子顧景文，侍葉氏游洞庭山，舟中記葉氏所説，未暇修飾，今更爲之條達字句，移綴前後云云。華岫雲《續臨證指南》，亦首列是編，名爲《温熱論》。二書辭句雖異，而用意大同，以“温邪上受，首先犯肺，逆傳心胞”十二字爲主。吴鞠通撰《温病條辨》，爲論温熱證有專書之始，其旨實本於此。又有所謂《濕熱條辨》者，首刊於舒松摩《醫師祕笈》中，凡三十五條，謂爲薛生白作。江白仙刻陳平伯論疫之語，亦取其二十五條附列於後，而又别增出十五條，其編次亦與舒氏所刻互異。吴子音刻《醫效祕傳》，又取江氏所刻陳薛二人之作附後，名爲《温熱贅言》，概題爲平湖陸增字秋山者所撰。 江刻陳氏之作，皆自稱名曰祖恭，吴刻皆改作予。 王孟英《温熱經緯》所刻，云得之友人顧聽泉，聽泉得之吴人陳竹垞，則凡四十六條，與吴氏所刻又異。《臨證指南》之不足信，人人知之。薛生白曾孫啟 字東來。 自述其先世事蹟，亦謂生白不屑以醫見，故無成書， 見《吴醫彙講》。 則所謂《濕熱條辨》者，必非出於生白，更無疑義。然此兩種議論，當時頗爲風行。章虚谷作《傷寒論本旨》，謂仲景論伏氣温熱，而不及外感。葉氏之論足以補仲景之殘闕，示後學以津梁。至暑邪由火濕合化，客於膜原，葉氏亦未論及，乃取所謂《温證論治》、《濕熱條辨》附於《傷寒論》之後，以爲施治之準。迨王孟英出，乃盡取《温證論治》及《臨證指南》之《幼科》一卷，暨《濕熱條辨》及陳平伯、余師愚諸家之論，附諸《内經》及仲景書之後，以成《温熱經緯》，蓋當時江浙醫家治感證之法，至此而集其大成矣。 周楊俊《温熱暑疫全書》四卷，與章、王二氏之論相出入。余師愚書名《疫疹一得》，專用大劑石膏爲治熱疫之法。《閲微草堂筆記》載治京師大疫之桐城醫士，即師愚也。
方此等議論盛行時，葉派可謂光焰萬丈，而反對之論亦即起於是時，則王樸荘其先河也。樸荘名丙，吴人，與顧景文同時，嘗撰《傷寒論注》，一依《千金翼方》，謂例中諸條，多採入《千金方》第三十卷中。當時江南諸師，祕仲景要方不傳。孫真人蓋未見《傷寒》全論，迨作《翼方》時，乃得全論編次，以例己見於《千金方》中，故不復載也。又撰《傷寒論附餘》、《傷寒例新注》、《讀傷寒論心法》、《迴瀾説》等書， 皆在《世補齋醫書》中。 以伸叔和，辟方、喻，然其説未盛也；至樸荘外孫陸九芝乃大暢其説，謂温熱、傷寒方論，實皆在《傷寒論》中。病之中於太陽者爲傷寒，治用辛温，入於陽明者爲温熱，治用辛涼。太陽證之失於温散，内傳而成温熱者治同。仲景書中本以桂、麻治風寒，葛根、芩、蓮治温熱也。至疫則有熱有寒，各當隨證施治，又不當與温熱混，《世補齋醫書》反覆此旨，不啻至再至三；又以陽明爲温熱之藪，特著《傷寒論陽明病釋》一卷，以發揮之，蓋“傷寒”二字，義有廣狹及其與温熱、温疫之辨，實至九芝而後瞭然，亦可謂卓然不惑於流俗者矣。
九芝之學近承王樸莊，遠實導源於尤在涇。尤氏《傷寒論貫珠集》謂少、厥二經，實有温、清兩法，九芝乃本此推之六經也。戴北山《廣温疫論》，就吴又可書增删改削以成之，於温熱治法頗精。陸氏謂“温熱”、“温疫”二名，不容混淆，重訂其書，改名曰《廣温熱論》，以爲治温熱之式。 戴氏書初僅鈔本流傳，歙縣有鄭奠一者，亦知醫，其後人誤以此書爲奠一作，刻之，名《温疫明辨》，題奠一之名，至戴氏之孫乃正之，然《温疫明辨》至今仍有傳本。
辨傷寒、温熱不容誤治者，又有陳錫三 名良佐，山陰人。 之《二分晰義》、楊栗山 名璿，成都人。 之《寒温條辨》、 吕心齋之《瘟疫條辨摘要》乃合此二書而成。心齋名田，河南新安人。 秦皇士 名之楨，松江人。 之《傷寒大白》、吴坤安 名貞，湖州人。 之《傷寒指掌》。楊氏之書實以陳素中 名堯道，陝西人。 之《傷寒辨證》爲藍本。陳氏書成於康熙戊午，至嘉慶十一年，有劉鏡浦者，乃爲刻之。楊氏書成於乾隆甲辰時，陳書當未有刻本也。陸九芝以楊氏所定十五方無一不暗用傷寒方，而又切戒人“勿用傷寒方”爲可怪；又譏秦氏謂仲景桂、麻方乃治河北、長沙北方冬月之病，幾於不辨南北，覆勘誠然，然二書亦自有可採處，不容一筆抹殺也。吴氏書條理亦頗清晰。 明皇甫中有《傷寒指掌》四卷，乃陶節庵一派之學，與吴書名同而實大異。
羽翼仲景書者，又有清張隱菴之《傷寒論集注》，與成氏立異處甚多。長洲汪苓友 名琥，康熙時人。 有《傷寒論辨證廣注》十卷、《張仲景中寒論辨證廣注》三卷，於仲景書外兼採後賢方論，皆爲之注， 云辨證者，辨其原文所言之證，使各以類相從，廣者，於仲景書外廣其方論，注則不分仲景書及所廣，皆爲之注。 雖不甚合注釋體裁而採摭甚博。涇縣包興言 名誠。 有《傷寒審證表》一卷，頗清晰可覽。興言少游山左，受學於張宛鄰，宜其著述之有體例也。柯韻伯《傷寒論翼》謂傷寒論中，雜病未去者尚多，六經爲百病主治，傷寒爲百病之首，故借此以立法，其實傷寒、雜病治無二法也。尤爲卓見。 論辨證者，又有張飛疇之《傷寒兼證析義》，亦宜一覽。
《金匱》一書，治者遠較《傷寒》爲少。宋元人皆無注釋。明初趙以德乃有《衍義》之作。其書傳本甚少，故《四庫》著録，惟得徐忠可所注。然徐書實敷衍無精義，不及趙書之尚有發明；後周楊俊得趙氏書，補其所未備，成二注二十二卷，較徐書遠勝矣。黄坤載有《金匱懸解》，程雲來有《金匱要略直解》，魏念庭 名荔彤。 有《金匱要略方論本義》，亦均可讀，尤在涇《金匱心典》，條理尤精。