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中國醫學，至宋而新説肇興，非得已也。天下之物莫不有理，必得其理，然後可以應用於無窮。古代專門授受之醫學，魏晉而後既已寖失其傳，其爲後人所輯存者，皆不免於殘闕不具。夫古代之醫學即使書存於今，其理亦未必可據，況其所存者又皆殘闕不具之説乎？！然學術之真必存於事物，後世解剖之學既已絶跡， 偶有其事，不得云學，見後。 形下之學又日湮晦，欲明醫理，果何所據以資推求哉？於是冥心探索，而其説轉遁入於虚無，而五運六氣之説興矣。
五運六氣之説非後世醫家所臆造也，而繆仲湻 字希雍。 極攻之。其言曰：“五運六氣之説，其起於漢魏之後乎。張仲景漢末人，其書不載也；華元化三國人，其書亦不載也。前之則越人無其文，後之則叔和鮮其説。今之醫者，學無原本，侈口而談，動云五運六氣，將以施之治病，譬猶指算法之精微，謂事物之實，豈有不誤哉！”其言卓然不惑，可謂豪傑之士。然以五行配五藏，今、古文家皆有之。 今文家説同《素問》，古文家則曰：脾木也，肺火也，心土也，肝金也，腎水也。 六氣之説，亦明見《左氏》，安得盡指爲虚誣？蓋中國自西周以前，本爲陰陽五行之世界，東周以後，其説漸破，至漢遂成强弩之末。魏晉而降，玄學大興，其説摧陷廓清殆盡矣。夫在古代，禮樂兵刑，政教之形質也，陰陽五行，政教之魂神也，然後世儒者，多言禮樂兵刑而罕談陰陽五行者何也？以人心變動，恒先乎事物， 歐人新婚之後，夫婦相偕出游，乃野蠻之世，掠奪得婦，以備女黨之反攻。今掠奪得婦之風俗久變，而新婚後夫婦相偕出游之風仍在，其一例也。 陰陽五行之説不復足以範圍後世之人心故也。醫家則何以異此？張仲景之《傷寒》，自言撰用五行大論。 見《論集》。 而《素問》一書，魏晉後醫家亦皆誦習勿替，然卒不言五運六氣之説者，明堂之圖，鍼灸之法，本草之經，脈學之訣，猶儒家之有禮樂兵刑；五運六氣之論，猶儒家之有陰陽五行也，然當解剖之學既已廢絶，形下之學又日湮晦之時，而欲求一説焉，足以包括一切，則舍五運六氣之論固莫屬矣。
醫家新説，盛於金、元而實起於北宋。有劉温舒者，始撰《素問入式運氣論奥》三卷，而以《内經素問遺篇》附刊其後，是爲言運氣者之始。沈括之徒深信之。又有寇宗奭者，撰《本草衍義》二十卷，始論及運氣，前此所未有也。及劉河間出， 劉完素，字守真，河間人，事蹟具《金史·方技傳》。 而新説大盛。河間撰《素問玄機原病式》一卷，闡明六氣皆從火化之理；又撰《宣明論方》三卷，其用藥多主寒涼，始與《局方》立異。 案今本《河間六書》，乃明吴勉學所輯，凡《原病式》一卷、《宣明論方》十五卷、《病機氣宜保命集》三卷、《傷寒醫鑑》一卷、《傷寒直格方》三卷、《傷寒標本心法類萃》二卷、《傷寒心要》一卷、《傷寒心鏡》一卷。去《保命集》爲張元素所撰，《醫鑑》馬宗素撰，《心要》錙洪撰，《心鏡》常德撰，實止四種，而《宣明論方》自序云三卷，今乃得十五卷，《標本》、《直格》亦多竄亂，《四庫書目》謂其竟出依托，勉學謬不至此。疑後來坊賈所爲。又《三消論》一卷，相傳爲河間書，周澂之有評注本。 自是以後，《宣明論方》行於北，《局方》行於南，儼然成對峙之勢焉。河間之學再傳而爲羅知悌，由知悌傳諸丹溪， 朱震亨，字彦修，元婺州義烏丹溪人，人稱丹溪翁。 大倡古方不可治今病之論，謂欲起度量，立規矩，稱權衡，必於素、難諸經。 見戴良《九靈山房集丹溪翁傳》。 其所撰《局方發揮》，力闢温燥之弊，始明目張膽以與《局方》爲難。其論治以補陰爲宗，雖曰自創一家，實則承河間而漸變者也。 丹溪之書，凡《格致餘論》一卷，《局方發揮》一卷，《金匱鉤玄》三卷，皆有通行本。其《治法心要》八卷，《醫要》一卷，《脈因證治》四卷，傳本較少，周澂之與《金匱鉤玄》同刻入《醫學叢書》中。又《脈訣指掌病式圖説》一卷，《醫學發明》一卷，《活法機要》一卷，惟《古今醫統》中有之。 與丹溪同宗河間者，有張子和， 張子和，名從正，號戴人，金睢州考城人。 所著《儒門事親》，多以攻伐爲宗。傳丹溪之學者，有明戴原禮，嘗著《推求師意》二卷，以闡丹溪之學。原禮之學傳諸祁門汪機，所著《石山醫案》，亦皆以丹溪爲宗。 機，字省之。此書凡三卷，實機弟子陳桷所編。桷字惟宜，亦祁門人，坊刻石山八種，於此書外，又有《素門鈔》三卷、《運氣易覽》三卷、《外科理例》六卷、《痘治理辨》一卷、《鍼灸問對》三卷，皆機作。其《脈訣刊誤》二卷，實戴啟宗之書，《推求師意》二卷，則機所輯戴原禮之書也。 而浙中之同時景從者，又有虞摶，有王綸，亦丹溪一派之學也。 綸所撰《明醫襍著》，主寒涼最甚。
少後於河間而崛起於北方者有張潔古， 張元素，字潔古，金易州人。 李濂《醫史》載潔古嘗爲河間療傷寒，然其學非出自河間者也。所著《珍珠囊》三卷，始創引經報使之説，而用藥之法一變。 又有《藏府標本藥式》一卷，在醫學指歸及周澂之《醫學叢書》中。 其學傳諸東垣， 李杲，字明之，自號東垣老人，金真定人。 倡土爲萬物母之説，獨重脾胃，著《内外傷辨惑論》、《脾胃論》、《蘭室祕藏》各三卷， 俗傳《東垣十書》，又此三書外，又增入崔真人《脈訣》一卷，云杲所評。崔真人即道士崔嘉彦，號紫虚真人。此外則爲朱震亨《格致餘論》、《局方發揮》、王履之《醫經溯洄集》、齊德之之《外科精義》、王好古之《湯液本草》、《此事難知》。王好古，字進之，號海藏，元趙州人。 極論寒涼峻利之害，實於河間、丹溪外别樹一幟。其所著用藥法象，亦主陰陽升降浮沈之説，與潔古同。自製諸方，動至一二十味，而古來經方之面目亦大變矣。東垣入室弟子曰王海藏， 亦嘗受業潔古。 著《湯液本草》三卷，大倡東垣、潔古之緒論，又著《醫壘元戎》十二卷，《此事難知》三卷、《陰證略例》一卷。東垣治傷寒之書已不可見， 書名《傷寒會要》，《元遺山集》中有其序。 其法實當於此書求之。其晚年高弟爲羅天益，嘗承師命作《内經類編》一書， 書不傳，序見劉因《静修集》中。 實居張景岳《類經》之先，蓋舉一切治病用藥之法，而悉歸本於《内經》，實至東垣而大成其説也。
繼東垣而起者爲景岳。 張介賓，字會卿，號景岳，明山陰人。 景岳之學，既攻河間、丹溪，亦攻東垣。東垣曰：相火爲元氣之賊，景岳則云相火爲元氣之本，一以補陽爲主。後來醫家不分内傷外感，動云補正即所以去邪，實景岳有以開之。又時引《易》理以言醫，校之但言運氣者尤爲誕謾，然所著《景岳全書》，網羅各科，僭稱謨典，幾有包括一切之概，醫家之崇奉其説者頗多。 《景岳全書》曰《傳忠録》，曰《脈神章》，曰《傷寒典》，曰《雜證謨》，曰《婦人規》，曰《小兒則》，曰《痘證詮》，曰《外科鈐》，曰《本草正》，曰《新方八陳》，曰《古方八陳》，曰《婦人小兒痘疹外科方》，凡六十四卷。