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室町幕府时期，上有皇室，天皇君临天下。然而，这只是表面现象，实权掌握在足利氏手中。从皇位的继承到一切要务，都由征夷大将军决定，如果违背征夷大将军的意愿，什么事情都做不成。也就是说，征夷大将军掌握着天下大权。从形式上来看，征夷大将军是在天皇的领导下处理政务。然而，实际上征夷大将军才是专制的君主。管领的职责是辅佐征夷大将军，斯波、畠山、细川三个家族交替担任管领一职。此外，还有征夷大将军的咨询机构，称作评定众。担任评定众职务的有山名氏、一色氏、细川氏、畠山氏、上杉氏、赤松氏、大内氏、佐佐木氏、土岐氏、武田氏等。每当遇到大事，征夷大将军就会和管领、评定众开会，做出决定。此外，还有专门处理诉讼的机构，称作引付众。同时，与镰仓幕府时期一样，室町幕府设有政所、侍所、问注所，但与镰仓时期相比，所管业务不同，权限也大大缩小。室町幕府还设有各种“奉行”，分为一段时期的和临时的两种。
《建武式目之始》中对室町幕府的组织结构做了规定，对足利氏实施善政并走向全盛时期起了重大作用。室町幕府的组织结构是对镰仓幕府的组织结构的继承和发展。可以从中央和地方两个层面说明室町幕府的组织结构。