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初平三年（公元 192 年）春，曹操在顿丘屯军（今河南清丰）。黑山军首领于毒趁机攻打东武阳。曹操得知后，并没有急于回军援救东武阳，而是率军直指黑山军的基地——西山。这一决定遭到了大部分人的反对，就连手下的将领们都纷纷要求应该先救东武阳，曹操此时就显示出了他独具慧眼的军事家智慧。
他说：“于毒听说我攻击他的基地，一定会回军迎战，东武阳的包围自然解除。如果他不回军，我们就攻取他的基地。于毒的军士知道后，必将军心大乱，就更没法动摇东武阳了。”
果不其然，于毒得知情报后，立即舍弃东武阳，回救西山，结果途中遭到曹操的伏击，大败而归。曹操趁机进抵内黄（今属河南），破了黑山军眭固部众以及南匈奴汗国流亡单于栾提于扶罗一部，这样一来，东郡的地盘算是保住了。
夏天来临，青州的黄巾军再次渡过黄河北上，在东光附近遭到公孙瓒主力的伏击，损失十余万兵士，而后又浩浩荡荡地向兖州推进。
话说，兖州刺史刘岱刚要准备迎战，济北国相鲍信前来劝阻，并分析道：“如今，黄巾军人多势众，咱们硬拼的话不占上风，而且，黄巾军向来不带粮草，完全依靠战胜敌军或者抢夺民粮。这样一来，我们不如固守城池，黄巾军求战不能战，攻城又没有器械，时间久了自然无功而返。待时机成熟，我们便出动精锐之兵，在关卡险要的地方攻击黄巾军，便可以大获全胜。”
然而，谋略虽好，刘岱却不以为然，非要亲自率兵出战，结果大败而逃，途中还被黄巾军生擒，枭首示众。
此时，兖州无主，群龙无首。曹操的属下陈宫对曹操说道：“当下，天子的诏令断绝，不如由我去说服州府高级官员，推举您出任州牧，用来当作资本，再向外发展，夺取天下，这样可以成就霸王大业。”曹操自然很高兴。陈宫遂去游说，向别驾、治中等建议：“而今天下四分五裂，如果迎接曹操来任州牧，定可造福百姓。”鲍信本也早有此意，就跟州治中万潜等前往东郡，迎接曹操来担任兖州牧。
但是，天下霸业岂是那么容易就能取得的？黄巾军骁勇精悍，人数众多，而曹操的兖州部队，人少且疏于训练，难成大事。曹操急起补救，加强训练，严格赏罚，不断施用奇兵诡计，昼夜进攻，每次都有斩获。但，曹操的局势仍然不容乐观。
有一次，曹操带兵外出巡视，结果误入青州军的营地，被青州军打了个落花流水，不经意间的疏忽就导致曹操损失了几百人的兵力。而后，又在寿张（今山东阳谷）与青州军交战，结果也是大败而归。他的忠诚追随者鲍信也不幸在一场战斗中阵亡。曹操得知了这样的噩耗后，失声痛哭，还曾高价悬赏，一定要找到鲍信的尸体，结果还是没能找到。曹操只好让工匠用木头雕刻成鲍信的模样，穿上衣服去安葬，曹操亲自祭奠，失声动容。
这样的苦战一直持续了半年多的时间，曹操才迎来扭转失败局面的机会。当时，青州军虽屡次胜利，但也伤亡惨重，又正好遇到了饥荒，大大减弱了战斗力。曹操正是看准这样的时机，趁机劝其投降，还提出了丰厚的条件。在曹操的软硬兼施之下，加上青州军的士兵叫苦连连，终于全部投降。曹操正式收编了青州军，挑选身壮力强的士兵编入了自己的部下，而且命名为“青州兵”，这次他收编了三十余万士兵以及一百多万百姓。
同年冬天，曹操刚收编青州军不久，袁术和公孙瓒联手，开始攻打曹操和袁绍。龙凑（今山东平原）一役，袁绍击溃了公孙瓒的主力。
次年正月，袁术进军陈留，与曹操正面作战。正在双方相持之际，荆州牧刘表趁机从后方偷袭袁术的根据地南阳，并切断了袁术的粮道。袁术的部队不战而溃，向襄邑（今河南睢县）、宁陵（属河南）一带退却。曹操趁胜追击，连战连胜。袁术退到淮北，攻下寿春（今安徽寿县），并自任扬州牧。
然而，袁术西面受到荆州刘表的威胁，东面也不可能在徐州取得发展，于是想利用江东籍的将领孙策来经略大江以南作为根据地，此举直接导致了后来孙策的渡江南下。却没想到，孙策此举并没有帮袁术建立根据地，反而给东吴政权奠定了基础。