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农民出身的皇帝朱元璋为了确保明王朝千秋万代地统治下去，一方面加强君主专制统治，把军政大权牢牢地掌握在皇帝一人手中；另一方面，他想方设法加强皇室本身的力量，其具体的办法就是分封诸王。他把自己的24个儿子和1个重孙封为亲王，分驻全国各战略要地，想通过他们来屏藩王室。朱元璋是这样说的：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。”
从全国来看，这些封藩主要有两类，一是腹里，二是边塞要地。受封诸王在自己的封地建立王府，设置官属，地位相当高，公侯大臣见亲王都得伏而拜谒，无敢钧礼。每一个藩王食粮万石，并有军事指挥权，于王府设亲王护卫指挥使司，辖军三护卫，护卫甲士少者3000人，多者两万人。边塞诸王因有防御蒙古贵族侵扰的重任，所以护卫甲士尤多。北平的燕王朱棣拥兵10万，大宁的宁王朱权“带甲八万，革车六千”。他们在边塞负责筑城屯田、训练将兵、巡视要害、督造军器。晋王、燕王多次出塞征战，打败元朝残余势力的军队，尤被重视，军中大将皆受其节制，甚至特诏二王军中小事自断，大事才向朝廷报告。尤其是燕王，由于功绩卓著，朱元璋令其“节制沿边士马”，地位独尊。
藩王势力的膨胀，势必构成对中央政权的威胁。在朱元璋大封诸王的时候，有个叫叶伯巨的人指出，藩王势力过重，数代之后尾大不掉，到那时再削夺诸藩，恐怕会酿成汉代“七国之叛”、西晋“八王之乱”的悲剧，提醒朱元璋“节其都邑之制，减其卫兵，限其疆土”。朱元璋不但不听其劝告，反而把叶氏抓进监牢，囚死狱中。事态的发展，远远超出了叶伯巨的预料，中央政权与藩王之间的矛盾，未及数世而在朱元璋死后就立即强烈地爆发了。
燕王朱棣是朱元璋的第四子，生于元末战乱时期。那时群雄并起，互相征伐。朱棣出生时，朱元璋与陈友谅正打得不可开交，没有时间给儿子起名字的。
公元1367年，朱元璋准备转过年头就要正式登基做皇帝了，看到自己已经有了7个儿子。这时形势已经初安，他决心要为儿子们正式取名了。这时朱棣已经7周岁，他这才和众兄弟一样有了自己的名字。洪武三年（1370），朱棣十岁，受封燕王。曾居凤阳，对民情颇有所知。
洪武九年（1376），朱棣已是17岁青年，朱元璋准备让他们到外地去当藩王。就在这一年，朱棣兄弟们一起来到安徽凤阳老家，那时被称为“中都”。这里埋葬着他们的祖父母，也是朱元璋小时候为大户人们放牛放羊的地方，老百姓的生活都很困苦。朱棣在这里住了三四年，民间生活对他的思想意识产生了深刻的影响。朱棣是个有心人，“民间细事，无不究知”。他当皇帝以后，还经常对儿子们说起他这段生活。认为自己能南北征战，不畏塞外风寒，就得益于这段经历。朱棣在凤阳的这段生活可看作是宫廷教育的实习阶段，他回去就要准备到外地去当藩王了。
朱元璋同时对朱棣和其他的几个子女们加强了教育，朱棣兄弟们除了接受师傅们的教育外，还要随时接受朱元璋的训诫。朱棣从朱元璋那里接受的完全是封建正统教育。对此，朱元璋曾有一段明确的自白：朕于诸子常切谕之：一、举动戒其轻；二、言笑厌其妄；三、饮食教之节；四、服用教之俭。怨其不知民之饥寒也，尝使之少忍饥寒；怨其不知民之勤劳也，尝使之少服劳事。
洪武十三年（1380），朱棣就藩燕京北平，之后多次受命参与北方军事活动，两次率师北征，曾招降蒙古乃儿不花，并曾生擒北元大将索林帖木儿，加强了他在北方军队中的影响。朱元璋晚年，长子太子朱标、次子秦王朱樉、三子晋王朱枫先后去世，故朱元璋四子朱棣不仅在军事实力上，而且在家族尊序上都成为诸王之首。
洪武二十五年（1392）太子朱标病死，朱元璋立太子的嫡子朱允炆为皇太孙。洪武三十一年（1398），朱元璋病逝，朱允炆即皇帝位。燕王“自北平奔丧”，朱允炆称太祖有遗诏，令诸王不得来京奔丧。诸王认为哪里有父死遗令子孙不得奔丧之理，对遗诏的真伪颇有怀疑，一时之间流言四起，朱允炆与众多叔父之间的关系骤然紧张起来。
朱允炆起用齐泰为兵部尚书，黄子澄为太常卿兼翰林院学士，同参军国事。齐黄二人坚决主张削藩，于是朱允炆与他们密谋削藩之事。
对于如何着手削藩，齐泰和黄子澄有不同的看法。齐泰想先削燕王，黄子澄说：“不然，周、齐、湘、代、岷诸王在先帝时多不法，削之有名。今欲问罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也。”他认为削藩应先从有不法行为的藩王开始，这样才能名正言顺。周王朱橚是燕王朱棣的同母兄弟，又有不法行为，应先削周王。
恰逢周王次子告其父谋不轨，并牵连到燕王、齐王、湘王。朱允炆便命曹国公李景隆到开封把朱橚抓回京师。没过多久，朝廷又逮捕齐王朱榑、代王朱桂、岷王朱梗等，对朝廷早有戒心的朱棣更加“疑惧”。
这个时候，户部侍郎卓敬也在思考朝廷应如何解决藩王拥兵自重的问题，他秘密上疏朱允炆：“燕王智虑绝伦，雄才大略，酷类高帝。北平，形胜地，士马精强，金元所由兴。今宜徙封南昌，万一有变，亦易控制。”建议把燕王改封为南昌王，把他调离北平。第二天，朱允炆召见卓敬，说：“燕王，朕骨肉至亲，卿何得及此！”卓敬叩头说：“臣所言天下至计，愿陛下察之。”但朱允炆不采纳他的意见。
吏部官员高巍对朝廷削藩持不同意见，他上书朱允炆，称：“高皇帝分封诸王，比之古制，既皆过当。诸王又率不法，违犯朝制，不削则朝廷纪纲不立，削之则伤亲亲之恩。贾谊曰：‘欲天下治安，莫如众建诸侯而少其力。’今盖师其意，勿行晁错削夺之谋，而效主父偃推恩之策。在北诸王子弟分封于南，在南子弟分封于北。如此，则不削之削也。”
高巍提到的贾谊、晁错、主父偃均为西汉人。汉初同姓王势力强大，贾谊建议汉文帝把大国分为小国，晁错屡次向汉文帝建议削夺诸王的封地。汉景帝时，吴王跋扈，晁错又上“削藩策”，景帝用晁错之策，引起“七国之乱”。汉武帝时期，诸王虽不像以前那样强大难制，但有的王国仍然“连城数十，地方千里”，威胁着中央政权。汉武帝并未采用削藩措施，而是采纳主父偃的建议，允许诸侯王推“私恩”把王国土地的一部分分给子弟，并封其子弟为列侯。推恩诏下后，诸侯王纷纷请求把土地分给子弟，西汉王朝“不行黜陟而藩国自析”。武帝以后，王国辖地不过数县，诸侯王强大难制的问题就这样基本解决了。
高巍劝朱允炆“勿行晁错削夺之谋，而效主父偃推恩之策”，与卓敬的建议有异曲同工之妙，应是解决明初藩王强大难制问题的良策。但朱允炆优柔寡断，“嘉之而不能用”。他坚决推行削藩，很快就把火烧到了燕王朱棣身上。
朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在《皇明祖训》中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”朱棣以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意。因此，历史上称这场朱明皇室内部的争夺战争为“靖难之役”。
朱棣起兵不久，即攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和蓟州、遵化、永平（今河北卢龙）等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朝廷的问罪之师。
经过朱元璋大肆杀戮功臣宿将之后，朝廷也无将可用，朱允炆只好起用年近古稀的幸存老将耿炳文为大将军，率军十三万伐燕。建文元年八月，师至河北滹沱河地区。燕王在中秋夜乘南军不备，突破雄县，尽克南军的先头部队。继而又于滹沱河北岸大败南军的主力部队。建文帝听到耿炳文军败，根据黄子澄的推荐，任李景隆为大将军，代替耿炳文对燕军作战。
李景隆本是纨绔子弟，素不知兵，“寡谋而骄，色厉而馁”。九月，李景隆至德州，收集耿炳文的溃散兵将，并调各路军马，共计50万，进抵河涧驻扎。当朱棣侦知李景隆军中的部署后，笑着说，兵法有五败，李氏全犯了，其兵必败无疑，这就是政令不修，上下离心；兵将不适北平霜雪气候，粮草不足；不计险易，深入趋利；求胜心切，刚愎自用，但智信不足，仁勇俱无；所部尽是乌合之众，且不团结。为了引诱南军深入，朱棣决计姚广孝协助世子朱高炽留守北平，自己亲率大军去援救被辽东军进攻的永平，并告诫朱高炽说：“李景隆来，只宜坚守，不能出战。”朱棣还撤去了卢沟桥的守兵。
朱棣这一招果然灵验，李景隆听说朱棣率军赴援永平，就率师于十月直趋北平城下。经过卢沟桥时见无守兵，禁不住欢喜，说：“不守此桥，我看朱棣是无能为力了。”这时朱高炽在北平城内严密部署，拼死守卫。李景隆则号令不严，指挥失当，几次攻城，皆被击退。南军都督瞿能曾率千余精骑，杀入张掖门，但后援不至，只好停止进攻。又因李景隆贪功，要瞿能等待大部队一起进攻，错过了时机。燕军则因此得到喘息，连夜往城墙上泼水，天冷结冰，待到次日，南军再也无法攀城进攻了。
朱棣解救永平之后，率师直趋大宁（今内蒙古自治区宁城西）。大宁为宁王朱权的封藩，所属朵颜诸卫，多为蒙古骑兵，骁勇善战。朱棣攻破大宁后，挟持宁王回北平，合并了宁王的部属及朵颜三卫的军队。朱棣带着这些精兵强将于十一月回师至北平郊外，进逼李景隆军营。燕军内外夹攻，南军不敌，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵听说主帅已逃，“乃弃兵粮，晨夜南奔”。
建文帝为大臣所蒙蔽，反而奖励打了败仗的李景隆。建文二年（1400）四月，李景隆会同郭英、吴杰等集合兵将60万众，号称百万，进抵白沟河（今河北雄县北）。朱棣命令张玉、朱能、陈亨、丘福等率军十余万迎战于白沟河。战斗打得十分激烈，燕军一度受挫。但南军政令不一，不能乘机扩大战果。燕军利用有利时机，力挫南军主将，南军兵败如山倒，李景隆再次退走德州。燕军跟踪追至德州。五月，李景隆又从德州逃到济南。朱棣率燕军尾追不舍，于济南打败李景隆率领的立足未稳的十余万众。济南在都督盛庸和山东布政使铁铉的死守下得以保住。朱棣围攻济南三月未下，遂回撤北平。李景隆一败再败，建文帝撤免了他的大将军职务，代之以盛庸。
建文二年九月，盛庸率兵北伐，十月，至沧州，为燕军所败。十二月，燕军进至山东临清、馆陶、大名、汶上、济宁一带。盛庸率南军于东昌（今山东聊城），严阵以待。燕军屡胜轻敌，被南军大败，朱棣亲信将领张玉死于战阵，朱棣自己也被包围，借朱能援军的接应才得以突围。东昌战役是双方交战以来，南军取得的第一次大胜利。兵败后，朱棣总结说：“东昌之役，接战即退，前功尽弃，今后不能轻敌，不能退却，要奋不顾身，不惧生死，打败敌手。”
建文三年（1401）2月，朱棣率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地打败南军。接着，又攻下了顺德、广平、大名等地。燕军夺得的城池虽多，但往往得而复失，不能巩固。正在朱棣为此而苦恼之际，南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城空虚宜直取的情报。朱棣据此决定举兵南下，直指京城。
建文四年（1402）正月，燕军进入山东，绕过守卫严密的济南，破东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州。四月，燕军进抵宿州，与跟踪追击的南军大战于齐眉山（今安徽灵璧县境），燕军大败。双方相持于淝河。在这次决战的关键时刻，建文帝受一些臣僚建议的影响，把徐辉祖所率领的军队调回南京，削弱了前线的军事力量，南军粮运又为燕军所阻截，燕军抓住时机，大败南军于灵璧，仅俘获南军将领即几百人。自此，燕军士气大振，南军益弱。朱棣率军渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等要地，准备强渡长江。
建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被拒绝。六月初三，燕军自瓜洲渡江，十三日进抵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王朱橞开门迎降。燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。
建文帝朱允炆的失败，与他所谓的“仁孝”有很大的关系。
当年朱棣起兵造反的消息传到京师后，朱允炆决定出兵伐燕，在部队出发前，朱允炆告诫将士：“一门之内自极兵威，不祥之甚。今尔将士与燕王对垒，务体此意，毋使朕有杀叔父名。”
朱允炆天性仁孝，他明令诸将不得伤害燕王，相信是真心之言。但他没想到这句圣旨直接关系到这场战争的胜败。俗语说，擒贼先擒王，只有消灭了敌人的首领，才能彻底战胜敌人。燕王以逆犯顺，全靠他个人的威信，如果他一死，“靖难之师”便失去了灵魂，燕军便会不战自溃。朱允炆在将士出征前说出这样的话，给朱棣提供了保护伞，使将士面对朱棣时不敢放手一搏。
在长达数年的战争中，朱棣每每身先士卒，虽然“濒于危者数”，但明军诸将“莫敢加刃”。在东昌（今山东聊城）之战中，燕师大败，主将张玉战死。燕师败退时朱棣独自一人殿后，追者数百人不敢逼。在滹沱河之战中，朱棣竟然在对方阵地中野宿，被明军发现后又穿营而过，而官军将士“莫敢一矢相加遗”，眼睁睁地看着朱棣扬长而去。
春秋时期，宋襄公用仁义道德指导战争，在泓水（今河南柘城西北）之战中坐失战机，被楚军打得大败，宋襄公自己也做了“仁义”的牺牲品。朱允炆不懂得战争的规律，在关键时刻讲仁义，重蹈宋襄公的覆辙，最终被朱棣打败，给后人留下深刻的教训。
燕王进京后，宫中起火，建文帝下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下，传说他于正统朝入居宫中，寿年而终。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。而当上皇帝的朱棣，大肆杀戮曾为建文帝出谋划策及不肯迎附的文臣武将。齐泰、黄子澄、景清等被整族整族地杀掉。“命赤其族，籍其乡，转相扳染，谓之瓜蔓抄，村里为墟。”有“读书种子”之谓的方孝孺，因不肯为朱棣撰写即位诏书，九族全诛，这还没有完，又将其朋友门生作为一族全部杀掉，十族共诛873人。这次清洗极为残酷，共有数万人惨死于朱棣的屠刀之下。四年的“靖难之役”，给明初刚刚有所恢复的社会经济以较大的破坏，而直接遭到战争践踏的地区，破坏更为严重，史书上称“淮以北鞠为茂草”，当为真言。
明成祖朱棣不承认建文年号，以即位当年为洪武三十五年，次年改元永乐元年。虽然朱棣因为反对惠帝削藩而起兵，但他即位后却跟惠帝一样推行削藩。
因为在这场战争中，京中宦官提供的情报帮助朱棣击败了惠帝朱允炆，朱棣即位后便改变太祖朱元璋以来禁止宦官干政的政策，开始重用宦官，埋下日后宦官祸国的种子。