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朱元璋出身贫苦，完全凭着个人的聪明才智闯荡江湖，经过艰苦卓绝的奋斗才平定天下并做上皇帝的。一个由贫苦农民出身的皇帝，最怕别人瞧不起他，怕那些投降过来的文臣武将对他不服，又怕那些跟他南征北战的战友们对他不忠，还怕那些有知识的儒士们不肯为他所用，这种自卑的心理始终伴随着他。而且朱元璋又是个权欲极重的人，他绝不允许任何人染指皇权，尤其是在抗元时期自己亲外甥的反叛和暴元对其幼时的心灵伤害直接影响了明朝洪武年间的政治。这种时代背景和他复杂的心理及亲人的背叛不仅激化了他与丞相、功臣之间的矛盾，而且也导致了明初的文化专制和明后期的思想启蒙人性解放出现在一个朝代。
据说，明代文字狱的出现源于洪武朝的文武之争。自立国初，朱元璋秉承“可以马上得天下，不可马上治天下”的名言，开始大量起用文人，制定朝仪、典章、刑法、军制、户籍、学校等规程，使得明初气象具备，行政清明，而文人在太祖心中的地位亦因此而提高。这些手无缚鸡之力的白面书生对皇权自然是不敢有任何的僭越之念，然而，其地位的提高却引起了行伍出身的勋臣们强烈不满。他们便寻找各种借口加以反对，文士喜好讪谤就成为他们攻讦的借口之一。
洪武初年，因不满朱元璋的重文轻武，一位武臣对朱元璋大讲知识分子的坏处。他说，这些人心胸狭窄，嘴巴又刻薄，经常变着法地骂人：“读书人用心歹毒，特擅讥讪，如不警觉，即受其愚弄。”还说张九四（张士诚）原为优礼文人，请他们给自己改名，哪承想他们竟给他取名“士诚”。
朱元璋说，这名字很好啊，有什么毛病？
武臣说，毛病大了去了。我的幕僚跟我讲，《孟子》上说了，士，诚小人也。这是骂张士诚小人啊！朱元璋听后，立即找《孟子》来查，发现果然有这句话。他不禁竦然而惊：张士诚也算半个君王，给人叫了半辈子小人，到死都不知道，真是可怜。无非是读书人欺负他盐贩子出身，瞧不起他，才敢这样捉弄他。而他朱元璋出身和尚乞丐，肯定更被他们瞧不起。从此朱元璋就开始对文臣们大起疑心，阅读奏章也多了个心眼儿。
朱元璋口口声声称自己是“淮右布衣”“江左布衣”“起自田亩”“出身寒微”，显得十分豪爽坦率。但这些话只能他自己说，别人可千万不能说。实际上，做过乞丐与和尚一直是朱内心深处最大的一块伤疤，万万触碰不得。大明臣民其实谁也没有胆子也没有兴趣当着朱元璋提这壶水，但朱元璋却成天疑神疑鬼，防范过度，自己暗暗制定了一系列奏章“敏感词”。但凡“光”“秃”“僧”等与和尚沾边的字眼儿，都会犯他禁忌。因为是起义起家，所以也讨厌人提“贼”和“寇”。大臣们慢慢知道了他的忌讳，就不再用这些字，朱元璋却更不放心，总怀疑别人会更加拐弯抹角地骂他，遂将防区无限扩大，到了极为可笑的程度。比如“生”字，因为音近乎“僧”，在他看来就不怀好意；“则”字也很危险，因为“则”在淮西方言中发音与“贼”同。因为这些秘密的敏感词，无数人人头落地。
僧人一初作诗：“见说炎州进翠衣，罗网一日遍东西”、“新筑西园小草堂，热时无处可乘凉”被怀疑抨击明太祖刑法太苛，斩。
僧人来复作诗：“金盘苏合来殊域……自惭无德颂陶唐”，“殊”字被视为“歹朱”并骂太祖“无德”，斩。根据明初二高僧史记辨析，二人均“示寂于寺”。
朱元璋私游一寺，见壁上有诗“毕竟有收还有散，放宽些子也何妨？”大怒，将全寺僧人都杀了。这个是上文误传的升级。
浙江府学教授林元亮作《谢增俸表》中有“作则垂宪”，“则”与“贼”同，被视为骂太祖起兵当过贼，斩。
北平府学训导赵伯宁作《长寿表》中有“垂子孙而作则”，斩。
福州府学训导林伯璟作《贺冬表》中有“仪则天下”，斩。
桂林府学训导蒋质作《正旦贺表》中有“建中作则”，斩。
常州府学训导蒋镇作《正旦贺表》中有“睿性生智”，“生”与“僧”同，被视为骂太祖当过和尚，斩。
澧州学正孟清作《贺冬表》中有“圣德作则”，斩。
怀庆府学训导吕睿作《谢赐马表》中有“遥瞻帝扉”，被视为“帝非”，斩。
祥符县教谕贾翥作《正旦贺表》中有“取法象魏”，斩。
德安府学训导吴宪作《贺立太孙表》中有“天下有道”，“道”与“盗”同，斩。
处州府学教授苏伯衡，作表笺误，下吏死。
惨烈浩大的洪武文字狱，一方面反映了朱元璋的残酷，另一方面也反映了他在知识分子面前无法消除的深刻的自卑心理。明人徐桢卿在《翦胜野闻》中记述了这样一个故事，故事大意为：太祖朱元璋多疑，常常担心受到臣下的讥讪。杭州府学教授徐一夔为本府做《万寿贺表》之中有“光天之下，天生圣人，为世作则”句，“光”、“生”和“则”都犯了太祖大忌，这一连读，本来一句老生常谈式的颂圣句子就变成了“当着和尚骂秃子”，外带讽刺太祖入红巾为贼的过去。朱元璋览后震怒道：“腐儒胆敢如此污辱朕吗？‘生’者僧也，以我曾经出家为僧也。‘光’者秃头也，‘则’字近贼也！如此猖狂，罪在不赦。”即命锦衣卫士将徐一夔斩首。在旁礼部群臣见此情形瞠目结舌，体似筛糠，一齐跪倒请罪：“臣等愚懵不知忌讳，乞皇上亲降表式，令臣等永为遵守。”闻听此言，朱元璋的脸色才有所好转，毫不客气地答应了臣下的请求。此后，朱元璋先后颁发了《建言格式》《繁文鉴戒》《表笺定式》等书，详细规定了官民上奏的各种文体的格式，令天下以此为标准，不得以私意妄行撰拟。
更奇怪的是，朱元璋连死人孟子也不放过。明太祖曾说：“使此老在今日宁得免耶！”（全祖望《鲒埼亭集》卷35）洪武二年他下令将孟子牌位撤出孔庙，后来因为文星暗了，朱元璋做贼心虚，才恢复孟子牌位。但是朱元璋实行八股取士，孟子的“对君不逊”难以让他容忍，洪武二十七年，朱元璋下令删节《孟子》，书中被认为言论荒谬的共85章，一律删去，占了全书的三分之一，删定后定名为《孟子节文》，被删的主要是以下几类：
一、不许说统治者及其阶级的坏话——“庖有肥肉，厩有肥马，民有饥色，野有饿莩，此率兽而食人也。兽相食，且人恶之。为民父母，行政不免于率兽而食人。”
二、不许说统治者要负转移风气之责——“君仁莫不仁，君义莫不义。一正君而国定矣。”
三、不许说统治者应该实行仁政——“得百里之地而君之，皆能以朝诸侯有天下。行一不义、杀一不辜而得天下，皆不为也。”
四、不许说反对征兵征税和发动战争的话——“有布缕之征，粟米之征，力役之征。君子用其一，缓其二。用其二而民有殍，用其三而父子离。”“古之为关也，将以御暴。今之为关也，将以为暴。”“争地以战，杀人盈野；争城以战，杀人盈城。此所谓率土地而食人肉，罪不容于死。”
五、不许说人民可以反抗暴君、可以对暴君进行报复的话——“贼仁者谓之贼，贼义者谓之残，残贼之人谓之一夫。闻诛一夫纣矣，未闻弑君也。”“君之视臣如手足；则臣视君如腹心；君之视臣如犬马，则臣视君如国人；君之视臣如土芥，则臣视君如寇仇。”
六、不许说人民应该丰衣足食的话——“是故明君制民之产，必使仰足以事父母，俯足以畜妻子，乐岁终身饱，凶年免于死亡。然后驱而之善，故民之从之也轻。今也制民之产，仰不足以事父母，俯不足以畜妻子，乐岁终身苦，凶年不免于死亡。此惟救死而恐不赡，奚暇治礼义哉？”
七、不许说人民应该有地位有权利的话——“民为贵，社稷次之，君为轻。”
此外，还有很多著名文人因种种莫名其妙的原因死于非命。“淹贯经史百家言”的文人王行，因为给蓝玉当过家庭教师，蓝玉案发，“父子亦坐死”；大诗人孙蒉，因为曾给蓝玉题画，“遂论死”；“工画山水、兼善人物”的画家王蒙，仅仅因为曾到胡惟庸家里看过画，胡案发后，“坐事被逮，瘐死狱中”；宫廷画家赵原奉命画历史上的圣贤像，“应对失旨，坐法”；画家盛著奉命画天界寺影壁，结果画出了毛病，他竟然在龙背上画了一只水母，惹得朱元璋大怒：“以水母乘龙背，不称旨，弃市。”
类似事例不胜枚举，一时才能之士“幸存者百无一二”。洪武十九年，方孝孺在致好友的信中曾这样写道：“近时海内知名之士，非贫困即死，不死即病。”
不但这些文人小臣没几个有好下场，就是那些一直追随朱元璋、功成名遂的大知识分子，也鲜有善终者。朱元璋起兵后，第一批追随他的知识分子中最有名的是李善长、陶凯、陶安三人。除陶安因死得早得了个善终外，李善长被满门抄斩，陶凯因致仕后起了个号叫“耐久道人”，朱元璋“闻而恶之”，找了个借口抓来杀掉了。第二批追随朱元璋功劳最大的文士是刘伯温、宋濂，刘伯温因不被朱信任，罢官回乡，后被胡惟庸（一说朱元璋自己）毒死。宋濂则因其孙宋慎的事，被株连胡惟庸案中流放外地，途中自缢于夔州。洪武一朝著名文臣，善终者寥寥无几。以热情延请开始，以摧残屠戮告终，这种专制君王与知识分子之间的游戏，在中国历史上不止上演过一次。