独立后,乌拉圭白党和红党之间的争夺使国家陷入了长期的内战。
1830年7月18日,乌拉圭颁布了第一部宪法。然而,这部宪法没有使乌拉圭走上稳定发展的道路。考迪罗(意思是首领、头目,它是拉美国家特有的一种政治现象,指有权势的政治、军事头目)之间的权力之争与外国的干涉,使乌拉圭陷入了长期的内战和混乱之中。
拉瓦列哈、里韦拉和曼努埃尔·奥里韦是独立战争中涌现出的三位军事强人(或称考迪罗)。独立后,他们在外国势力的操纵下,展开了激烈的权力之争。拉瓦列哈是1830年宪法颁布以前管理东岸地区的第一任地方长官。里韦拉将军是1830年宪法颁布后就任的第一任制宪总统(1830~1835)。在里韦拉任总统期间,拉瓦列哈组织了3次不成功的叛乱。奥里韦担任第二届总统(他也是33人中的一个)后,允许拉瓦列哈及其追随者从巴西返回国内,引起里韦拉的不满。1836年里韦拉将军起兵试图推翻奥里韦政权。9月19日,在卡品特里亚战役中,奥里韦总统一方的军队,头戴的帽子上饰有一条白色的带子。里韦拉一方的军队起初想戴蓝色的帽带,但由于在太阳照射下蓝色常常褪色发白,于是战斗前,里韦拉命令士兵从他们的披巾上撕下一条红色的带子扎在帽子上。此后,奥里韦和里韦拉两派力量根据本派士兵帽子上的帽带颜色,分别将自己一派的力量称作白党和红党。奥里韦得到了阿根廷的支持,里韦拉得到了当时与阿根廷独裁者罗萨斯有矛盾的法国人的支持。1838年,里韦拉取得了胜利,并于同年3月再次当选共和国总统。奥里韦被流放到阿根廷。
1839年,里韦拉在法国和阿根廷移民的支持下,向阿根廷独裁者曼努埃尔·罗萨斯(Juan Manuel de Rosas,1793~1877)宣战,并把罗萨斯的军队赶出乌拉圭。1840年法国与罗萨斯达成协定,将法国的军队撤出拉普拉塔地区,里韦拉的力量受到削弱。随后的3年,里韦拉与奥里韦之间的战争主要是在阿根廷的领土上进行的。1842年,奥里韦在阿根廷独裁者罗萨斯的支持下打败了里韦拉。
1843年2月16日,奥里韦及罗萨斯的部队开始对蒙得维的亚进行包围。他们对蒙得维的亚进行了长达9年的包围。历史学家亚历山大·杜马斯(Alexandre Dumas)将这次包围称作“新特洛伊战争”。除里韦拉将军及其领导的部队外,阿根廷不满罗萨斯独裁统治的三个省的部队以及由法国、意大利和西班牙籍居民组成的兵团也参加了保卫蒙得维的亚的战斗。其中,包括意大利政治流亡者加里波第和他领导的“红衫党”。因此,在今天乌拉圭的教科书中仍把他视为乌拉圭的民族英雄。
为了阻止阿根廷吞并乌拉圭,确保乌拉圭河及巴拉那河的自由航行,英国和法国通过海上舰队向蒙得维的亚城内的守军提供补给。1845年12月英国军队还与法国海军一道封锁了布宜诺斯艾利斯港。1850年法国和英国由于对战争感到厌倦,先后撤出了乌拉圭。就在蒙得维的亚眼看要陷落的时候,阿根廷恩特雷里奥斯省省长乌尔基萨(Justo José de Urquiza)起兵反对罗萨斯,使形势发生了转机。1851年他在一些乌拉圭人的帮助下打败了奥里韦,并结束了乌拉圭境内的武装冲突。1851年5月,巴西也向被包围在蒙得维的亚的守军提供资金和海军力量。由于红党和白党都对外国干涉感到幻灭,当年10月8日,在乌尔基萨的推动下,奥里韦与里韦拉握手言和,双方一致认为谁也不是胜利者,谁也不是失败者,并一道参加了反对罗萨斯的战斗。1852年2月,乌尔基萨的部队在3000名巴西人和2000名乌拉圭人的支持下,在卡塞罗斯山打败了罗萨斯。随着罗萨斯在阿根廷的倒台,支持红党的乌尔基萨率部队解除了对蒙得维的亚的包围。
长达9年的“大战争”使乌拉圭经济遭到沉重打击。城市和乡村人口大幅减少,大批牲畜死亡。牛的存栏数从1843年的600万头减少到1852年的200万头。此外,红党政府在战争期间(1851)同巴西签署的5个条约使乌拉圭沦为巴西的卫星国。为酬谢巴西提供的财政和军事支持,这些条约给予巴西很多特权,如干涉乌拉圭内部事务、引渡逃跑奴隶和罪犯(在内战期间,红党和白党为鼓励以前的奴隶参军,都宣布废除奴隶制)、在乌拉圭河及其支流航行、免税向巴西出口牛和腌肉、将巴西给予红党的援助变为欠巴西的债务。此外,巴西同意向乌拉圭提供更多的贷款,这是乌拉圭国库当时可以得到的唯一收入。双方的边界也得到承认,乌拉圭放弃了对夸雷姆河北部的领土要求,承认了巴西在两国间的天然界河米林和亚瓜龙河上的专属航行权。这个时期,大批巴西拓荒者乘机涌入乌拉圭,买下了很多庄园。当时登记在册的巴西拓荒者一度达到2万人,占乌拉圭人口的10%~15%,所买土地占领土的30%。
1852年内战结束后,考迪罗之间实现了部分和解。1855年11月11日,奥里韦同红党开明派贝南西奥·弗洛雷斯签订了“联合公约”。这给乌拉圭带来了一段相对和平的时期,社会生产活动逐步得到恢复。1852~1858年,牛的存栏数增长了一倍,从200万头增加到400万头,1862年达到800万头。引进的德拉种牛(1858)和赫里福德种牛(1864)大大改善了牛群的质量。1863年,德国人基培特(G.C.Giebert)在乌拉圭建立了第一座现代化的屠宰厂,从此牛肉生产和出口成为乌拉圭最重要的财富来源。与此同时,养羊业也出现了快速增长。羊的存栏数从1860年的100万只增加到1862年的300万只。在经济增长的推动下,各种公用设施逐步发展起来。1853年建立了煤气公司,1857年建立了第一家银行,1860年建立了污水处理厂,1866年开展了电报业务,1869年修建了通往内地的铁路,1871年建立了自来水厂。
然而,在考迪罗和外国力量操纵下,乌拉圭政局极不稳定。1853年,白党总统胡安·弗朗西斯科·希罗(Juan Francisco Giró,1792~1866)被红党掌控的军队推翻。加夫列尔·佩雷拉总统(Gabriel Pereira,1794~1861)在其任期内挫败了6次政变企图。1860年执政的白党总统贝尔纳多·贝罗(Bernardo Berro,1799~1868),为遏制巴西的扩张,采取了一些维护民族主权的措施:一是鼓励乌拉圭人移民到边界地区;二是限制居住在乌拉圭的巴西庄园主使用奴隶;三是拒绝更新1851年“大战争”时期与巴西签署的贸易条约,对出口巴西的牛征税;四是对乌拉圭的土地和牛群征收较高的直接税,使巴西庄园主承担税赋责任。这些措施引起巴西庄园主及巴西政府的不满。1863年4月19日,红党的贝南西奥·弗洛雷斯(Venancio Flores,1808~1868)在阿根廷支持下发动叛乱。1864年9月,巴西根据1851年的条约派军队进入乌拉圭,支持贝南西奥·弗洛雷斯的叛乱。1865年2月,弗洛雷斯掌握政权。阿根廷和巴西对乌拉圭的干涉引起了支持白党的巴拉圭独裁者弗朗西斯科·索拉诺·洛佩斯(Francisco Solano López)的不满,乌拉圭与巴西和阿根廷组成了三方联盟,同巴拉圭进行了巴拉圭战争(1864~1870)。
1868年2月,贝南西奥·弗洛雷斯被暗杀。随后上台的制宪总统洛伦索·巴特列(Lorenzo Batlle,1810~1887)首先面对的是白党考迪罗蒂莫泰奥·阿帕里西奥(Timoteo Aparicio)的叛乱。此次“长矛叛乱”持续了2年多,对国家经济的破坏作用仅次于“大战争”。1872年,红党与白党达成了《1872年4月和平协议》。该协议允许白党在全国13个省中控制4个省。这种合作参与制是两大对立政党之间寻求妥协的一种方式。