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在当代中国，学术界和政策界经常将新制度经济学（NIE）作为分析框架。新制度经济学是一种经济学视角，试图通过关注经济活动背后的社会和法律规范与规则来扩展经济学，其分析超越了早期的制度经济学和新古典主义经济学。
从学术角度来说，新制度经济学来源于罗纳德·科斯（Ronald Coase）的两篇文章：《企业的性质》（1937年）和《社会成本问题》（1960年）。 [55] 在后一篇论文里，科斯认为，如果我们生活在一个没有交易成本的世界里，人们就会相互讨价还价，以产生最有效的资源配置，而不考虑最初的分配。这种方式优于通过诉讼进行分配。然而，许多福利最大化的重新分配方案往往会被放弃，这是由于讨价还价中所涉及的交易成本。由于交易成本可能很高，法律应当促成一种消除了交易成本的结果。科斯定理的核心是，在没有交易成本的情况下，替代性产权转让同样可以将冲突和外部性进行内部化。因此，必须对这些产权转让进行比较制度分析，以便就外部性的有效内部化，以及包括法律和经济学在内的理论设计提出建议。
新制度经济学建立在一套复杂的方法论原则和标准之上。新制度经济学的经济学家在研究效率和分配问题的时候，采用了一种修正后的新古典主义框架。新制度经济学的分析涵盖了广泛的主题，包括组织安排、产权、交易成本、可信承诺、治理模式、说服能力、社会规范、意识形态价值、决定性认知、获得控制、执行机制、资产特性、人力资产、社会资本、信息不对称、战略行为、有限理性、机会主义、逆向选择、道德风险、契约保障、环境不确定性、监控成本、勾结动机、层级结构、谈判实力，等等。
虽然还没有一套单一的、公认的定义，但大多数根据新制度经济学方法论原则和标准进行研究的学者，都遵循道格拉斯·诺斯（Douglass North）对制度和组织的划分。制度是“游戏规则”，包括规范个人行为和构建社会互动结构的正式法律规则与非正式社会规范（制度框架）。相比之下，组织是一群人及其创建的治理安排，以协调他们的团体行动来抗衡其他团体，其他团体也同样作为组织来行动。公司、大学、俱乐部、医疗协会、工会等都是例子。然而，由于一些制度框架实际上总是“嵌套”在其他更广泛的制度框架内，因此在实际情况中，这种界限总是模糊不清的。
新制度经济学在当代中国产生了巨大的影响。其影响力不断增强的背后有几个原因。第一，与其他主流经济学理论相比，新制度经济学更接近中国经济的现实。虽然主流经济学理论在课堂上很受欢迎，但中国的经济学家们发现，这些理论往往与中国的经济现实不太相关，无法支持对中国经济现状的理解。第二，它的影响也与“制度”这一概念有关。改革年代的经济改革被定义为制度改革。当代中国经济学家们诉诸新制度经济学，不仅是因为它能够在方法论上解释中国的经济现象，而且更重要的是，他们希望从中找到一些线索，以便在改革旧经济体制和建立新体制时，帮助我们探索中国应该发展什么样的制度。第三，我们可以理解，新制度经济学在自由派经济学家中最受欢迎，就像在西方一样。在新制度经济学所探究的众多主题中，在中国最受欢迎的是组织安排、产权、交易成本和可信承诺。私有产权的概念具有特殊的意义。第四，这些学者一致认为，市场化的制度改革不应盲从新制度经济学的规定，而应当创新，并适应中国的初始条件。对新制度经济学来说，正是由于重要的法律和制度改革进行了因地制宜的本土化策略，比如具有法律效力的合同和对私有财产的保护，才促成了中国显著的经济增长和结构转变。 [56]
和其他经济学学派一样，新制度经济学对中国经济增长的解释，仍然是一套基于西方“普世”的市场概念的后见之明。虽然中国的经济转型确实带来了新制度经济学所预测的许多市场化的体制变革，但新制度经济学可能并不能很好地预测中国的现代经济转型。从使用可强制执行的契约，到明确界定的产权和有限责任，在不同时期和不同地点，前现代的中国经济已经体现了现代市场经济的许多制度特征，但它从未带来持续的工业发展，更不用说产生现代资本主义制度。在许多失败的工业项目案例中，国家未能有效运作，往往是失败的一个关键因素。 [57] 同样，研究法律和契约在当代经济转型中的作用的学者也证明，中国近几十年的经济转型，主要不是法律改革的产物；相反，是经济变革带来了法律变革。 [58] 这并不是对新制度经济学的一种拒绝，而是对其缺陷的一种提醒：它对国家在中国经济生活中所扮演的角色，采取了过于简单化的看法。正如我们将要讨论的，中国在帝制晚期与毛泽东时代的国家建设和市场—国家关系的历史经验，对中国当代的政治经济产生了塑造性的影响。
在本书中，我们对新制度经济学能否解释中国当代的经济改革和发展并不太感兴趣。作为一种政治经济学研究方法，新制度经济学可以解释中国经济的某些部分，但不能解释其他部分。与其他西方经济思想流派一样，新制度经济学也是建立在西方的经济经验基础之上的。新制度经济学理论的各个方面都是西方经济发展的产物。从这个意义上说，新制度经济学与从古典主义到当代新自由主义这些其他经济学流派之间，并没有太大的区别。当新制度经济学的经济学家们将这一理论扩展到非西方世界的经济体时，其解释力往往趋于有限和弱化。我们的观点认为，和其他经济学理论一样，新制度经济学没有告诉我们中国的政治经济体制是如何运作的。