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【12】在第一沉思中，我提出了我们可以怀疑一切——尤其是物质性的东西（materialibus）——的理由：那就是，对于各门科学只要我们没有别的基础，除了目前已有的那些之外。尽管如此广泛的怀疑的各种好处乍看并不明显，但它的最大益处在于使我们摆脱了所有偏见，并且开辟了一条非常轻松的道路使得心灵可以远离感官。最终，它意味着，我们再不必进一步怀疑我们随后发现为真的一切东西了。
在第二沉思中，心灵运用自己的自由，假设其实存哪怕受到最轻微怀疑的所有事物都是不实存的，并且心灵意识到，这件事情不可能发生除非与此同时它自己实存。这样做也是极为有益的，既然借此心灵可以很容易区别，什么东西属于其自身也即属于理智的本性，什么东西属于形体（corpus）。
但是，因为有些人也许期望在此有一些灵魂不朽（animœ immortalitate）的论证，我认为我应该立刻提醒他们，【13】在这本书中我努力不写下我没有确切证明的东西。因此我只遵守几何学家通常采用的次序：在得出有关命题本身的任何结论之前，我先处理我们正在探讨的命题（propositio）必须依赖的每一个前提。而发现灵魂之不朽的第一个也是最重要的前提就是，我们必须形成一个关于灵魂的概念（conceptum），这个概念要尽可能清楚，而且完全不同于关于形体的任何概念；这就是这一部分所做的工作。进一步，我们还必须知道，我们清楚明晰地理解（clare & distincte intelligimus）到的一切就是按照我们所理解的那样是真实的；但是在第四沉思之前不可能证明这一点。此外，我们还必须拥有一个关于形体的本质的清楚的概念，这一点部分地形成于第二沉思中，部分地形成于第五及第六沉思中。由这些要点可以得出结论，我们清楚明白地领会（concipiumtur）为不同的实体（substantiœ）——正如我们在心灵与形体那里所做的那样——的所有东西实在地（realiter）都是彼此真正相互不同的实体；我在第六沉思中得出这个结论。在那里同样的要点还可以由这个事实得到证实，即我们只能将一个形体理解为可分的，相反我们只能将一个心灵理解为不可分的：因为我们不能领会半个心灵，但我们可以领会半个形体，不管它多么小。这一点的结果就是心灵与形体的本性不仅被认为是不同的，而且在某种意义上是完全相反的。但是在这本书中我没有深究这个主题。首先，因为这些论证已经足以表明，身体的腐朽并不引起心灵的毁灭，这样有死者就可以拥有来世的期盼。其次，因为推演出灵魂不朽的那些前提还依赖对于整个物理学的阐述，这个阐述揭示出，第一，【14】所有实体——即事物，也就是那些必须由上帝创造才会实存的东西——就其本性而言都是不可毁灭的，并且不能终止其存在，除非上帝否认对它们的支持从而将它们变为虚无（nihilum）；第二，一般意义上的形体就是一个实体，永不毁灭；但是人的身体，就其不同于其他形体而言，仅仅由肢体之排列以及这一类其他偶性组合而成；相反人的心灵则不是以这种方式由任何偶性组成，而是一个纯粹的实体。因为，即使心灵的所有偶性改变了，比如说，它理解、意欲、感知不同的事物，它仍然还是同一个心灵；相反一个人的身体仅仅由于它的某些部分的形状的改变，就会使得它失去其同一性。由此可以推出，身体可能很容易毁灭，但是心灵
就其本性而言是不朽的。
在第三沉思中我已经解释了我关于上帝实存的主要论证，我以为这个解释已经相当长了。但是，因为想要读者的心灵尽可能地远离感官，我不愿意使用任何取自形体事物（rebus corporeis）的类比，许多模糊之处也许还保留着。我希望在随后我答复这些反驳的过程中它们会被完全排除：比如说，我们拥有的那个至上完满存在者的观念是如何拥有如此多的客观的实在性（realitatis objectivae），以至于它仅仅来自一个至上完满的原因？在答复中，这一点是由一个完满的机器的类比得到说明的，关于机器的观念在某个工匠的心灵中。因为，正如属于这个观念的客观构思（artificium objectivum）必须有某个原因，也即工匠的科学知识，或者把这个观念传递给他的其他人的知识，【15】同样我们里面的上帝的观念不能不以上帝自身作为它的原因。
在第四沉思中，我证明了凡是我们清楚明晰地知觉到的都是真实的，同时还解释了虚假性在于什么。所有这些要点都是必须知道的，既是为了证实之前的内容，也是为了之后的内容能够被理解。（但是，我必须在此指出，在这个过程中我根本没有处理罪［peccato］，即在追求善［boni］恶［mali］过程中所犯的错误，仅仅处理了在分辨真［veri］假［falsi］的时候出现的错误。而且那里根本没有讨论信仰或生活行动，仅仅讨论了思辨性且仅凭自然光明之助而被认识到的真理。）
在第五沉思中，除了解释一般意义上形体的本性之外，还用一个新的论证证明了上帝实存。这里又出现了几个困难，不过都在答复反驳的过程中予以解决了。最后还展示了，“甚至几何学证明的确定性都取决于对上帝的知识”这话是如何为真的。
最后在第六沉思中，我区别了理智活动（intellectio）与想象活动（imaginatione），还规定了各自的特征；我证明了心灵实在地有别于身体，但又表明，尽管如此，心灵却如此紧密地联系到身体之上以至于两者构成了一个整体；我详细列出了通常来自感官的所有错误，并且解释了避免这些错误的方法；最后，我提出了所有能够推出物质性的东西实存的理由：并非我以为，当这些论证证明了它们要证明的东西的时候有相当大的益处，【16】它们要证明的是世界真的存在、人拥有身体等等，这些东西没有一个心灵健全的人曾经严肃地怀疑过；这些论证之所以有益，只是因为，在考察它们的过程中，我们认识到，它们并不像我们由以认识自己的心灵及上帝的那些论证一样稳固清楚；确实，后者才是能够被人类理智把握到的所有推理中最为确定明确的。这就是我在这些沉思中打算证明的所有内容。这也是为何在此我没有提及这本书中还顺便讨论过的几个问题。