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儿科疾病的发病原因与成人并不完全相同，这是由小儿生长发育的特点决定的。小儿疾病发病原因大致有四类：
怀孕期妇女营养不良或妊娠期服用药物、接触放射线均可导致胎儿体重轻、抵抗力差，甚至出现畸形、残疾等。
胎儿分娩不当，也会导致特定的儿科疾病，如产钳等工具操作不当可导致头部血肿、新生儿斜颈；分娩时间过长可导致胎儿缺氧，出现惊厥、抽搐、夜啼等；胎儿早产可因禀赋不足导致发育过程中出现五迟、五软等表现；脐带结扎不当可引发脐风。
另外，某些时行疾病（如水痘）和与遗传有关的疾病（如哮喘、癫痫等）可以直接遗传给胎儿。
小儿不知饥饱亦无法用语言表达感觉，喂养过程中不注意观察可能会导致过饥或过饱，造成脾胃损伤。过度喂养可导致脾胃运化无力，产生腹胀、腹痛、食积、呕吐；婴儿过早断乳会导致营养不良，诱发疳证。
小儿挑食、偏食会导致食谱单一，营养不均衡，影响脾胃功能的正常运转，使气血化源不足，出现形体消瘦、面色无光等脾胃虚弱的表现。小儿营养不良可影响小儿发育。
小儿稚阴稚阳之体，脏腑娇嫩，容易受到外邪侵袭。外感病是儿科的常见病，可由风、寒、暑、湿、燥、火六淫致病。
小儿腠理疏松，易受风邪侵袭，引发感冒、咳嗽、肺炎等肺系疾病。另外，风邪善行数变，病理改变迅速。外感风邪在初期属于表证，病位在卫分，如不能及时疏散风邪，则易于从外传内，化热化火。风邪与寒、湿之邪夹杂可引起痹证；与食积夹杂可引起发热、恶风、鼻塞流涕等肺系病与腹胀、呕吐等脾胃病一同出现的情况。
小儿稚阴稚阳之体，外感阴寒之邪或饮食生冷易导致寒邪犯肺、痰饮内停引发恶寒发热、咳嗽、鼻塞、流清涕、喘咳等症；寒邪直中脾胃可导致脾阳受损，引发腹痛、泄泻、小便清长、大便稀薄、四肢凉等症。寒性凝滞，还可导致血流不畅，不能温煦皮肤，出现体温低、皮肤僵硬、发冷等表现。寒邪日久可引发肾阳虚衰，出现精神恍惚、面白无华、小便清长、肢冷等表象。
小儿形体娇嫩，暑邪可引发高热、神昏；热极生风，可引动惊悸、抽搐等症。
暑多夹湿，小儿生理特性为脾常不足，湿邪易侵犯脾脏，导致脾阳不振，无以运化水湿，故暑季最易引起小儿腹泻。湿邪阻滞脾胃气机可导致食欲不振；湿热相合，流注经络，可引发痿证。
燥气应秋，与肺有关，肺为娇脏，易于受燥邪侵扰。燥邪多从口鼻侵入，容易损耗津液，使肺失润泽出现燥咳，临床上以干咳、口舌干燥、苔黄为表象。
温热之邪可直接侵犯人体，而外感风、寒、暑、湿、燥邪日久也可化火。小儿感受火邪可生风动血，引发高热、神昏、抽搐、紫斑、出血等。
小儿抵抗力低，容易感染时行疾病如麻疹、水痘、痄腮等，且具有很强的传染性。