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在众位专家学者的努力之下，今一部分霞浦抄本已有较为完备的录文，《摩尼光佛》有笔者与包朗录校本，另有林悟殊录文本；《兴福祖庆诞科》有计佳辰录文本和笔者与盖佳择校录本；《点灯七层科册》有笔者与包朗、薛文静校录本；《请神科仪书合抄》中《乐山堂神记》有笔者、黄佳欣两家录文；《明门初传请本师》有黄佳欣录文；诸科仪书中的《四寂赞》《送佛赞》《明使赞》等胡语科仪有林悟殊、马小鹤等录文；《吉祥道场门书》《摩尼施食秘法》有陈进国部分录文；《奏申牒疏科册》有笔者与杨琛、包朗录校本；《冥福请佛文》有笔者与史亚军、包朗录校本；《祷雨疏》有笔者与包朗、刘拉毛卓玛录校本，另外，屏南发现的《贞明开正文科》，同属霞浦摩尼教系统，有笔者、宋建霞、盖佳择、包朗录校本。
在霞浦发现的摩尼教抄本中，《摩尼光佛》内容最为重要，研究成果也最为丰硕。
《摩尼光佛》为法师陈培生新近存修，其外形破损严重，抄写当已有岁月。无疑是霞浦摩尼教文献中最重要的写本，共有内文82页，659行（林悟殊统计为665行，有误），可录8372个字，另据省文可补101字，其中音译字13块77行共936字。第37页中有《请福科终》，据此原文献可能并不以《摩尼光佛》为名，今题或乃据文内意臆补。林悟殊以为上半册称《请福科》，下半册则似当称《荐亡科》，因其《五雷子》等曲主旨乃荐亡也，然上半册亦含荐亡内容，下半册亦含请福内容，划分并不严谨。全册包括《三皈依》（两首）《赞天王》《第二时》《天女咒》《四寂赞》《忏悔玄文》《送佛》《（摩尼）下生赞》《吉思咒》《天王赞》《开坛赞》《拔香偈》《大赞香》《土地赞》《五雷子》《歇时做信礼》等偈及多处“奉请”“上请”“称赞”“皈命礼”摩尼教诸神文字。两种校录皆苦心而成，各有千秋，林录
以正体字行文，优长之处在于较符合文献原始面貌，俗字、讹字照录，然几处分行明显存在问题，点读亦不乏误断者（典型如《三皈依》三段长短不一，《下生赞》未注意韵脚等）。笔者录文
悉用现代简化字，俗字多径改之，由于包朗博士一直从事古代汉语研究、教学，故录文更为精准，分行亦较符合原貌。如其70—73行，原图版文字绕来绕去，如不辨清规律，极易错录，笔者录文如下：
70（5）戒香定惠香，皈命虔诚伸供养，十方常住光明佛；
71（6）解脱知见香，皈命虔诚伸供养，十方常住微妙法；
72（7）洞真法性香，皈命虔诚伸供养，十方常住清净僧佛宝；
73（8）道德灵宝香，皈命虔诚伸供养，十方常住再苏活。
而林氏将此一段文字录得支离破碎，不堪卒读。后尚有两行录作一行，一行分成两行者。
围绕《摩尼光佛》，笔者与包朗合力展开研究。《从霞浦本〈摩尼光佛〉看摩尼教对佛教的依托》
探究了摩尼教“五佛”（那罗延、苏路支、释迦文、夷数与摩尼光）之来龙去脉，揭示佛教对五大教主崇拜形成的巨大影响，《摩尼光佛》中的很多明教术语亦借鉴自佛教，通过对佛教术语和思想的借用，长期处于地下状态的摩尼教，藉由依托佛教重新融入民间。这正是摩尼教在遭受打击后能够在民间长期隐秘流传的一个重要原因。在《霞浦摩尼教文献〈摩尼光佛〉与敦煌文献之关系》
中摘出《摩尼光佛》与敦煌本《下部赞》相似的文句凡28处，并指出其中二首《三皈依》与敦煌写卷佛曲《三皈依》格式相同。其中几处“梵字”即中古波斯文，多亦秉承《下部赞》而略有出入，故可知两者实为同源文献，而《摩尼光佛》之初写本亦当去《下部赞》抄写时间不远，或在晚唐五代呼禄之法初传时，而定型则或已晚到了宋元之际。故而得出结论：霞浦摩尼教研究可以说是敦煌学的一个新延展。在《摩尼教对佛道降诞传说的比附与改造》
中重点比较了《摩尼光佛教法仪略》《闽书》《摩尼下生赞》中关于摩尼诞生的文字与佛道二教描述其教主佛陀或老君诞生的文字描述，认为摩尼诞生方式、部位、地方，出生后“地涌金莲”之情形，皆合于二教经典，无疑是有意模仿，模糊界限。摩尼之母，《摩尼光佛教法仪略》称满艳，《摩尼光佛》称末艳，乃为佛母摩耶夫人名之转，而又与汉文景教文献中基督之母末艳名同。“满艳”“末艳”在西文中为Maryam，为伊朗“母亲满艳”之意，而恰与古兰经中尔萨（耶稣）之母麦尔彦之英译Maryam相同，则圣母玛利亚（Mary）之变成末艳（Maryam），恐是在东方传教时受伊斯兰教影响所致。在包氏新作《〈摩尼光佛〉的学术价值》
中以为《摩尼光佛》有补《下部赞》阙误之用，并认为《摩尼光佛》等抄本皆将那罗延佛奉为第一佛，源于《下部赞》“一者明尊那罗延”，而那罗延在印度教中的“原人”地位与在中土佛教中的显赫地位是其所以为中国摩尼教吸收为五佛之一的重要原因。《摩尼光佛》对《摩尼教残经》亦有匡谬作用，《残经》云“净法风者即是惠明”，然而从《下部赞》中明显看出，净风与惠明非为一（《残经》“慈父明子净法风”与《景教三威蒙度赞》“慈父明子净风王”之相似使很多学者认为二“风”同一）。今《摩尼光佛·开坛赞》赞三智：“稽首广大智，微妙善心王，万法本根源，圆明常寂照。稽首圆镜智，微妙大惠明，警觉诸群迷，随缘有感应。稽首净法智，微妙净法风，妙意变化间，分身千佰亿。三隐净法身，圆明一性智。亦现体不同，一性元无二。”包以为三智对应三位不同神祇，故惠明与净法风非一。其对“贞明”概念亦不乏新说。包文积极肯定了《摩尼光佛》的巨大价值，驳议了《摩尼光佛》产生于明朝的说法，然亦存在武断处，如对惠明与净法风之认识上。笔者以为《开坛赞》所赞三智当皆为惠明。惠明在《下部赞》中被称为“广大心”（据马小鹤，为中古波斯语whmn wzrg的意译），故“广大智”抑或是惠明（广大心）之别译，而“净法风”“分身千佰亿”是不是对惠明是所有使徒之父，体现在人间为一个个完人的描述？或可再商榷。马小鹤亦倾向三者为一：“三隐”“一性”无二也
。笔者曾撰文对《摩尼光佛》中所改的《三皈依赞》进行了探讨。《三皈依》是否为唐代法曲之词牌，一度是学界争议的问题。此文通过分析敦煌、霞浦等文献中的五首《三皈依》平仄、韵脚，发现其具有一致性，故知其确属格式固定之曲子词，《三皈依》即其词牌
。
马小鹤则注意到了《三皈依》中提到的摩尼僧侣“七时礼忏”，即每日祈祷七次。这是符合宋人《夷坚志》相关记载的：“正午一食，死则裸葬，以七时作礼”，而明教信徒之不根经文中即有《七时偈》。值得一提的是《景教碑》也提及景教僧侣的“七时礼赞”，关于后者究竟所指为何，确是众说纷纭，或云指一天十二时之七时，即正午，或云一年之七时令。马小鹤据571年的《亚伯拉罕教规》和9世纪《修道院司事长之书》等得出结论，景教修士需每日七次祈祷，其时间与摩尼教大体相同，两教的普通信徒一般只需四次，然时间并不相同，至19世纪，景教（天主教）僧侣亦只需四次就足够，而摩尼教的七时礼忏则似乎保持到了明代或更晚
。
马小鹤与汪娟合力复原霞浦文书《摩尼光佛》科册的仪文，而且以之为据研究佛教之礼忏。汪娟博士历来关注佛教礼忏仪文，她敏锐地发现《摩尼光佛》实际上与后期的道化科仪文书并不相同，乃借用唐代的佛教礼忏文体，与敦煌同类文书十分相像，而且很可能为呼禄法师及其弟子制作，用于平日礼拜。文中试将仪文逐偈复原，显露其结构，呈现仪式之完整面貌，以为日后研究《摩尼光佛》成册时间及探究其与佛教礼忏关系提供便利。
林悟殊亦有多篇论文分析《摩尼光佛》，如《霞浦科仪本〈下部赞〉诗文辨异》《福建霞浦抄本元代天主教赞诗辨释》《霞浦钞本诗偈〈下生赞〉再解读——兼说〈摩尼光佛〉非唐宋摩尼经》
等。其中，《霞浦科仪本〈下部赞〉诗文辨异》比较了敦煌《下部赞》与霞浦《摩尼光佛》《兴福祖庆诞科》《点灯七层科册》部分相关文句之同异并附图版，指出霞浦本与敦煌同源，然从其多以“摩尼”代“忙你”可知明显晚于敦煌本，而霞浦本特别是《摩尼光佛》或多或少存在一些不谙教理之删改，部分明显为迁就斋醮科仪之改窜，如“坛界”“净口”之类，林氏以为这些改笔当在明或明以后，福建明教开始大规模斋醮活动之后，《摩尼光佛》当为《兴福祖庆诞科》《点灯七层科册》之祖本。《福建霞浦抄本元代天主教赞诗辨释》乃辨释《摩尼光佛》中《五雷子》《吉思咒》等关于夷数和佛的相关唱词，罗列夷数的几种不同称呼“夷数”“夷数佛”“夷数王”“夷数和”等，以为最后者近似希伯来语耶稣之音译，或得于元代天主教之传入。夷数的另一种称呼“末尸诃”亦更近似希伯来语原音。唱词中“圣无过”将耶稣推向至高无上地位，此不当源于摩尼教，亦恐不来自景教，盖景教尊圣上第一也，其唯能来自天主教。《五雷子·夷数和》整首历数耶稣生平，故林以为其前身当为一首天主教赞美诗。而《吉思咒》赞“移活吉思大圣”与景教“宜和吉思法王”名同，故当为景教圣乔治赞美诗之遗存。按：笔者揣测“末尸诃”或非来自希伯来语，“末”为“弥”之音转，乃有意对应“末摩尼”之“末”，即伟大之意也。《霞浦钞本诗偈〈下生赞〉再解读——兼说〈摩尼光佛〉非唐宋摩尼经》秉承其旧文，从《下生赞》入手，欲证明《摩尼光佛》上限为明代。林氏以为《下生赞》仅言摩尼曾寄形石榴，不言其与老君关系，不同于《摩尼光佛教法仪略》称老子西入苏邻化为摩尼佛，亦非同《闽书》云老子寄形㮈晕，可知其既非唐本亦非宋本，甚至晚于何乔远所在之明代，乃剥离道教、剥离老子之产物。且《下生赞》演绎摩尼诞生，颇多小说笔法，类晚明人笔。故此本或为霞浦当地民间某另立新宗之法师所制，并非明教传经，本名亦非为《摩尼光佛》。按：林说硬伤较多，前揭包文与笔者等近期将刊于《宗教学研究》之论文《宋元以来霞浦世俗化之摩尼教非灵源教论》已列出《摩尼光佛》制于明前之铁证多处。包文指出，《下部赞》中已多次提及“大明”，与《摩尼光佛》同类词语语境相同，然而《下部赞》书写时间自不能晚至明朝。包氏言：“就霞浦文献，学者一方面大量加以引用，证明新的命题，一方面又大肆怀疑甚至否定它的摩尼教性质
（且往往寄希望于更新的田野发现，期望找到他们心目中货真价实的摩尼教写本，即所谓呼禄真传。但可能真的要让其失望了，最新发现的福清文献虽然原始性较之霞浦强一点，但仍属民间科仪，坛口焰口之书，所谓呼禄亲传或林瞪潜修时所用，如不在目前几批文献中，即早已失传）。究其原因，是没有认真思量摩尼教的民间化。笔者这样说并不是否定专家对摩尼教民间化的肯定，而是说，有些学者在认同摩尼教民间化的同时，对已经民间化了的摩尼教进行了否定，判定时采取了双重标准。盖其胸中早已存了个敦煌“纯净版”摩尼教，见到“含摩量”稍显不足的民间科仪本，就会犯嘀咕。此病当早克服。
《摩尼光佛》外，《兴福祖庆诞科》无疑是霞浦摩尼教最重要、宋元摩尼教原始面貌保存最完好的科典之一，在笔者指导下，西北民族大学硕士研究生计佳辰对其做了校录。
顾名思义，此科文乃特为“兴福祖”庆生用。兴福祖即敕封兴福都雷使林廿五公林瞪，科文有清抄本（34页）和新抄本（30页）两种，为陈培生法师传用。清抄本页7行，共236行，其中33—34页缺损，乃用新抄补配。《兴福祖庆诞科》本中很多夷偈与《摩尼光佛》相同，当为承《摩尼光佛》而来，部分语句如“土地诸灵相，加动（勤）相保扶（护）”同于《摩尼光佛》及草庵诗签，唯讹“勤”为“动”，以“扶”替换“护”字，兼通。其“五明大供”供奉五明佛，明教色彩较为浓郁，让人想起陆游对吃菜事魔崇奉“骨佛血佛”的描述。论文征引地方文献对兴福祖林瞪公生平加以梳理，更注意到新抄本6页背及7页中由陈法师加入了与明教毫无干系的10行吉祥话，体现了其近一步的民间化。
“五明大供”乃《兴福祖庆诞科》中的关键，马小鹤对其供祀仪式进行了探讨
。“大供”内容见下篇第十八章《兴福祖庆诞科》录文第161—189行。五明大供首供毗卢佛，此为瑜伽教所拜教主，毗卢佛，亦称毗卢舍那佛，白玉蟾眼中明教将大地、山河、草木、水火都视同毗卢舍那之法身，不敢履践。在摩尼教中，卢舍那即光耀柱，又称窣路沙罗夷，犹如断事王，五明身犹如监狱，将五类魔囚禁起来。据《残经》：“其新人日者，即像广大窣路沙罗夷，［其］十二时者，即像先意及以净风各五明子，并呼嚧瑟德、哱喽嚄德，合为十三光明净体，以成一日。”可见光耀柱卢舍那身与五明子关系之密切。故《大供》归结五明“依卢舍那之所生化”正循其教义，即引迷途的灵魂脱离尘世而归明界是也。然而贪魔造作肉身，反而将想心念思意这五明分囚在骨筋脉肉皮五城之中，又以怨嗔淫忿痴为狱官，仿净风五子；以馋毒猛火像光耀柱。净风造二大明船，惠明化成一个个光明使者禁五暗于五城，如金师炼金拔擢五明，拯救灵魂。
宋代文献记载了北宋末年民间明教信徒对五明的崇拜，以致绘形流通，《兴福祖庆诞科》的《五明大供》则说明此教义已演变成了妙气佛等五明，以毗卢舍那为领头，仍保持了五城的教义，五佛结合四寂，加上真如，分属五方，进而又披上道教外衣，吸收《太上老君说五厨经》长生等内容，与施食仪结合在一起成为五明大供，使信徒相信妙气佛能让人长生；妙明佛使人不饥；妙火佛使人不寒；妙水佛使人不渴等。
马小鹤认为《兴福祖庆诞科》祖本只是林氏家族与林瞪门徒纪念林瞪诞辰的科文，套用了道教科文形式，不宜径直视为明教经文，虽然其蕴含明教信息极为丰富
。随着时间的推移，明教势衰，教义渐失，何乔远后，教外人士对明教已难作正确描述。霞浦法师与林氏族人恐怕也不再理解这些音译文字，难免抄漏、抄错，并增添一些他们能理解的民间宗教汉文文书的套语，这就使整个科文越来越像普通民间宗教文书了。
《点灯七层科册》的综合性录文研究亦只有一篇，即笔者与包朗、薛文静合撰之《霞浦本摩尼教文献〈点灯七层科册〉录校研究》
。是册又名《功德奏明奏牒》，为明人所制，残毁较为严重。分两部分，第1—26页为谢道琏法师抄录，27页以后为陈宝华所录，叙述筹建道场诸事，并杂记谢氏名人如谢枋得等事迹。前面部分有179行，行14、155字，共约2500字，27页后无法再计行数。其27页以前部分更可分为四部分，第1—84行为无名请神专用科仪，主旨为礼赞佛、道、摩教诸神，是全篇摩尼教色彩最强部分，第二部分是第85—132行，为《佛说善灶文》，类同于《太上灵宝补谢灶王经》，可见摩尼教与灵宝派的联系，第三部分是第133—177行，为无名科文，亦同祭灶相关，有一定明教色彩，第四部分为第178、179行，《佛说日光经》，内容缺失，或亦属民间科仪。第一部分很多语句、夷偈与《下部赞》《摩尼光佛》《兴福祖庆诞科》相同，当有同祖。其中除佛道摩神外，或有福建民间俗神，如“飞腾玉铃使者”“终户群支使者”“坎母造化将军”，未知为何。“点灯七层”本源佛教药师佛信仰，常与“悬五色幡”相配，为寻求续命而做之法事，然全文并无提及药师佛，所请多为摩尼教神祇、灶君和当地俗神等，亦反映了其民一定的海洋信仰。
《请神科仪书合抄》共12篇，其中的两份霞浦摩尼教神灵与宗祖谱系《乐山堂神记》（共10页）与《明门初传请本师》（18页）刊布较早，影响较大，在整个霞浦文书体系中占据重要地位。这两谱主要由明教诸神、灵源宗祖和诸师公、先祖、杂神诸部构成，此类谱书在闽地傀儡科、瑜伽科等师巫教中多见之。其中一、二部分是研究重点。第二部分《乐山堂神记》共记灵源传教宗祖50位，《明门初传请本师》共36位，其中只有11位是二者相同的。它们大体反映了霞浦摩尼教乐山堂法系唐末以来之传承，其中“法”字辈的为闾山系（道教）法名，“道”字辈一般为瑜伽教（释教）之法名。在闽地，闾山法教专做荐福等阳事生科，瑜伽教（释教）则以荐亡科阴事为主，今霞浦科仪书兼具二科，乃并受二教影响。法谱传承依时代顺序大体可分祖师、尊者、师公、师伯四等，早在考察初期，陈进国与林鋆、吴春明分别合撰的《明教的新发现——福建霞浦县摩尼教史迹辨析》与《论摩尼教的脱夷化与地方化》已有录文，其中后者完整录下《乐山堂神记》，两文对《明门初传请本师》都只录了前半部。由于二者皆为第一时间（2009年）誊录，故未免有不尽人意之处，突出点在于，二者所录《乐山堂神记》都忽略了抄本的省略号，“玉林尊者”后之“陈平山”承上，省略“尊者”二字，录文应点出。这也使得陈进国初录文错将“玉林尊者”与“陈平山”合录为“玉林尊者陈平山”一人，另，“高佛日”涉上误为“高胡日”，导致得出错误结论，亦大不该也。
拙撰《乐山堂神记与福建摩尼教——霞浦与敦煌吐鲁番等摩尼教文献的比较研究》对《乐山堂神记》录文并研究，质量较高。文中探讨了摩尼、电光王佛、夷数、净风、先意、卢舍那、法相惠明、观音势至二大菩萨、四梵天王、俱孚元帅等与敦煌本共见之摩尼教神灵之身份事迹，并普庵祖师、真武、贞明、三官、张角、灵宝天尊、马赵二大元帅、贞明法院三十六员天将和七十二大吏兵等佛道神祇以及闾山俗神如顺懿夫人等。
无论《乐山堂神记》抑或《明门初传请本师》目今看来都是一份错漏百出的谱系，特别是《明门初传请本师》。《乐山堂神记》中玉林尊者之前的祖师分别为胡天尊、胡古月、高佛日、孙绵，而《明门初传请本师》则仅有胡天尊和高佛日，复次《孙氏宗谱》中《摘抄孙绵大师来历志》的传法次序则为西爽大师→陈诚庵→孙绵→林瞪（玉林？）。据黄佳欣考证，《明门初传请本师》当是《乐山堂神记》增补版，则胡古月、孙绵或为新增。然西爽大师在《乐山堂神记》的谱系中又相当于谁呢？胡天尊、胡古月这二胡是一是二？陈进国等错将高佛日录为高胡日，继而将“高胡日”和西爽大师、呼禄法师联系在一起，认为三人名字有相关性（“胡”姓），这批先师名中皆有“天尊”“日”“月”，或是来自中亚的摩尼教团——这一从中亚下霞浦的传教师胡天尊、胡古月、高佛日、西爽大师等一系法脉对霞浦摩尼教的形成起到很大作用。此说法过于想当然，毫无根据。笔者以为，胡天尊或即“授侣三山”之呼禄，至于“胡古月”，古月即胡也，疑衍。则高佛日直承呼禄（胡天尊？），西爽大师为佛日弟子，传陈诚庵，再传孙绵，从843年摩尼被禁，呼禄南奔，到孙绵966年建寺，120年五代人，差合事理。故我们可以得出结论，霞浦为呼禄传之回鹘摩尼教，而非通过海路传入之波斯摩尼教。当然，目前笔者所梳理之谱系亦未必即为历史真相，霞浦文献记载之传教法系就如同禅宗二十八祖一般，难禁推敲，《林氏宗谱》不记林瞪从师孙绵，《乐山堂神记》供祀林瞪不供孙绵，林瞪、孙绵年龄差距过大：从孙氏966年开寺至林瞪1027年入明教门，中隔60余年，玉林尊者之后之两谱法系不断有删改，不断加入新“尊者”“师公”，极为混乱。故不仅林瞪之后的乐山堂明门宗师法系几不可信，即林瞪与孙绵及孙氏早期门徒的关系亦当重新考虑。其中必有虚造谱系，为自己家族或宗门脸上贴金者
。其“明门初传”亦让人费解，此息绝已久而得复振邪？林悟殊以为姑且可称之“新明门”：为以摩尼佛为教主，拜林瞪为明门祖师、都统的闽地新教门。
今考两谱，就其中帝王年号、地名沿革等可大体断定为明末清初或清末之产物。
关于《冥福请佛文》有两篇论文，为《霞浦摩尼教新文献〈冥福请佛文〉校录研究》
与《摩尼教〈冥福请佛文〉所见佛教地狱十王》
，皆为笔者与包朗合作之文。《冥福请佛文》共计7纸14页，每纸6行，计83行，行12—14字，于《请神科仪书合抄》中位列第二，所请神较杂，且以“法身、报身、化身”三佛居首，次方为“默罗胜境无上尊佛”（或即大明尊）、夷数、电光、摩尼、弥勒、贞明、日月光王、净风、先意、法相惠明等本教神明。之后为一班道教大神、十殿阎君、儒家先圣先贤等，“一切吉凶神君，普同拜请，请降道场”。这篇科仪可谓摩尼教融汇传统儒释道三教之典范，摩尼教神被夹杂在内，较不显眼。《冥福请佛文》中较具特色的是其地狱十王信仰崇拜。文中奉请的“冥府阎罗天子十殿尊王”，皆加“大明”二字，如“秦广大明王”等，与《奏申牒疏科册》中之“阎罗天子十殿明王”相同，可见其突出的明教特色。笔者以为其不可等同于《摩尼光佛》中之十天大王，即梵名阿萨漫沙，摩尼教净风五子之一，相当于昊天玉皇大帝者，他住在第七层天上，管十天善恶事，亦为幽府主宰。然其形象为一非十，职能亦并不同于地狱十王，二者非能画等号，故地狱十大明王，形象依然来自传统宗教。二氏以为，其源于《地藏十王经》当是无疑问的。摩尼教十王信仰并非霞浦特有，早在9世纪的回鹘地区已有《十王图》《地狱图》，有学者甚至怀疑中土佛教十王信仰本即源于摩尼教，至少，夹杂着部分摩尼教因素当可以想见。
《奏申牒疏科册》是一大部头科仪文献，清抄本，主要乃济度亡灵之用，分两人抄写，头人抄写悉为济度文献，次者尚抄了部分祈雨文献。马小鹤将之分为65页，共87小节，610行
。是部文献合集主要有奏、申、牒、疏及关、状、杂件、意、表、榜等十种。一般根据神灵的地位使用不同的文种。其中奏乃呈帝尊，如奏三清、教主、昊天；申则申于一般神祇，如申地府、十王、东岳、水府；关牒是道教仪式中给神司的文书，如牒功德司、库官、亡人案、孤魂案；疏则有荐祖先疏、祭将疏、天师疏、玄坛疏；状有进状、献状、甲状等；表则有通天救苦朱表、血湖表、十方表等；榜文则是斋醮坛场前告贴文书，如开经榜、功德榜。根据马小鹤的发现，奏、申二种文体，摩尼教色彩较为浓郁。
《奏申牒疏科册》第1节为《奏申衔额》，乃著录目录，领起全疏之用。首提“圆明宝阙宫”，顾名思义，当与明教信仰有着密切关系。瑜伽教抄本称明教主即为“圆明宝阙明门教主宫大圣明门教主太上摩尼光佛”。神名主要有三清、玉皇、地藏、目连、唤应、地府灵尊公、酆都元天大帝、水府扶桑大帝、东岳四府帝君、御前四帝（四御？）、冥府十三宫十殿大明王等。第2节《开牒宫额》则是所启俗神名录，如本州城隍司等。第4节按照类别分为奏申牒疏关状杂七类，大体符合本册内容。正文第一篇为《奏教主》，奏告教主摩尼、夷数、电光三位，荐亡之用也，其内核形成当在唐宋时。第72节《奏三清》，乃祈谷之用，三清即上述明教三佛。按：道教黄箓大斋科仪中本有奏告三清之传统，此处完全仿之，内容却迥异。第15节《奏昊天》亦与道教科仪书同，然其所奏告者实为摩尼教中统御十天八地之十天大王，诡托为玉皇大帝。申文多与明教关涉不大，如第16节《申目连》等，第18节的《申唤应》则是巧妙将摩尼教神明信仰与民间之菩萨崇拜叠合之产物。唤应（说听、唤应），即呼神与应神，乃活灵（净风）与因败陷于黑暗王国的初人（先意）答问唤应所产生的二位明神。二位被拟定为佛教的观音大势至，他们被安置在唤应明宫中，起到改正法师文检错误，代为传达的作用。第19节为《申东岳》，第20节为《申地府》，后所申为地府平等大帝，此平等大帝非中国传统之平等王，乃明教之平等王。明教中平等王乃掌管亡灵审判，恶人被判重受轮回生死苦，善人则可往生明界。这里借鉴道教酆都大帝和佛教平等王形象，构造出“地府灵尊平等大帝”，与酆都大帝同掌地府。在日藏摩尼教《冥王圣帧》中第四层右亭中判官当即此平等王或大帝。第22节为《申十王》，内容类似《冥福请佛文》。牒文是《奏申牒疏科册》最多的一种文体，且牒告对象以道教神为主。其中与明教相关的有第38页的《牒官将》中的明将、明徒、四梵天王和（大护法）明使等；第61页的引魂明使；第39页《牒传教宗师》之“明门传教历代宗师”；《牒伽蓝》之“明界亡魂”；第41页的“明宗摄召幡”；第51页“牒江河湖海水府一切真宰”之“正（贞）明内院”等。《奏申牒疏科册》的疏多为祈雨祈谷之用，其疏告对象往往有“太上摩尼如来”。《三宝榜》、各类状、意之类亦常出现“太上清真摩尼如来”等字样。另外《道家圆寂牒缴本坛》一节（第59页）乃呈请“本坛灵相度师”林瞪及贞明法院官将吏兵，护送灵魂，拔擢仙阶。
《奏申牒疏科册》第23节《缴凭请职表》（第200—223行）及第25节《皈真牒头》（第232—245行）是仅有的两件涉及真实人物的科仪文书。整部《奏申牒疏科册》为谢道琏法师传用，故此两件表文中所涉及人物亦多为谢家法师。两件涉及的谢法如、谢法昭、谢法行三位为《乐山堂神记》名录最后几名——由于谢法如师公的名字已列诸《乐山堂神记》正文，可知《乐山堂神记》必于其身后始就，又因已补谢法行之名，故必成于法行入明门后。又，从文书可知，明清霞浦明门法师传承并非悉为父传子，亦有祖孙相传、叔侄相传等。马小鹤认为，同为明门贞明内院主事，精进意部显然较之勇猛思部低，按照摩尼教“想心念思意”明性五种净体的次序，其当分别为末级及第二级：摩尼教主事詹法扬请为精进意部主事谢法行授勇猛思部主事之职
。按：在《祷雨疏》中曾提及此二职：
太上清真摩尼正教明内院法灵性威
部主行
保苗祈
熟法事
臣（第77行）
精进意部对应渝沙，勇猛思部对应睍达。按：据王丁
，渝沙即《摩尼光佛教法仪略》“耨沙彦”也，亦即听者；而睍达则即指信者，所谓清净师僧。元至正年间《庄惠龙墓志铭》云庄氏曾托苏邻法，构摩萨坛，而其第三子庄天德即曾为“睍达”，即出家入了明教内院，到了勇猛思这一级。如此，则其上之“想、心、念”部（如果存在）是不是对应着“默奚悉德”“萨波塞”乃至“慕阇”呢？这一授职体系并非明教特有，在当地闾山派中亦有奏（请）职、转职、升职诸事。
由科册可知，霞浦摩尼教对部分三教神祇进行了偷梁换柱，堪称异端，然其确实在渐渐走向大众化，依附道教，以荐亡祈雨等为主要活计，社会危险性已近消泯。
马小鹤在《摩尼教“地狱”考》
一文中，结合日藏《冥王圣帧》及《奏申牒疏科册》关涉地狱部分，如《三宝榜》《奏教主》《奏昊天》《申地府》以及地藏、目连、东岳、十王、唤应诸“申”，传达了亡灵被囚地狱中，只有通过亲友的荐亡祈祷，才能脱离地狱还归明界的信息。地狱观念亦为霞浦摩尼教之核心理念。按：从《下部赞·赞夷数文》中可看出，摩尼教将人之肉身视为“毒火海”“五重坑”“五毒院”等，又称是“一切地狱之门户”“竟被焚烧囚永狱”等。不过，肉身之所以被视同地狱，乃贪魔、暗魔之故，是以，在地之南面之暗界，则为更大的地狱。很多摩尼教文书都记录了这一点。如《残经》亦云贪魔造立人身，囚五明性，净风造二大明船，运渡善子，贪魔则造暗船，将明性送入地狱。堕落地狱，亦为恶人之最终归宿。而在摩尼教东传入中亚，受佛教影响，出现了“阿鼻地狱”等借词，至元《冥王圣帧》，已与佛教地狱无别。民间宗教之东岳、道教之酆都及佛教之地藏（按：摩尼教中荣耀之王在《残经》中被称为地藏明使，负责转动三轮，下地狱拯救光明分子，但霞浦地藏则明显是幽冥教主的形象，似不同于《残经》），为中国传统信仰中地狱三大主宰，皆为霞浦摩尼教吸收，以为其用，并本教之“平等大帝”同治地狱。在闾山派多件法事文书中体现了对“幽冥教主”太乙救苦天尊的格外崇拜，是为闾山主神之一，然霞浦摩尼教虽多有借鉴闾山道法处，却只有宗教杂烩《冥福请佛文》提及太乙一次。
关于《奏申牒疏科册》之《奏教主》一篇，林悟殊亦曾撰文考证其形成年代
。据其“福宁州”，无疑为清初之物，晚不过雍正。林氏以为“电光王佛”与敦煌“电光佛”非为一佛，而两者皆非此前认定的光明少女。按：在《敦煌摩尼教〈下部赞〉“电光佛”非“光明处女”辩》
中，林氏以为中国古代主流社会信仰中不特崇女神，难以想象一位异域女神能够成为民间宗教的最高神（三佛三清之一），况且这是一位以色诱雄魔著称的童女神，西方学者揭橥吐鲁番文献，指出其诱魔时乃以“十二童女”形象同时在天空中展露身体：
［诸神］为了将光明与他们分离开来，使用了一种新的方式，将楚尔凡的光明［与邪魔］区分出来。他们在雄性马赞面前显现了楚尔凡的十二显赫女儿［的状貌］，从而诱发出雄马赞们的色欲，遂从其体内射出了精液。精液所含的光明便流到地上，植物、树木、谷物也就从那里而生长，马赞诸魔体内的光明就这样通过其精液的射出而被分离出来，同时，地土中所含的光明则通过植物而被分离出来。 [3]
这与色诱世尊的天魔女何异？如何能为中国社会所接受？摩尼教被称魔教，岂不宜乎？林氏认为摩尼教这种独特的两性观是无法代入唐人世界的。于是他提出“电光佛”实乃清净师僧“电那勿”的佛化翻译，盖《残经》《摩尼光佛教法仪略》皆无电光佛，而《下部赞》独有之而无电那勿也。《下部赞》一处描写“夷数与彼电光明”，说明电光佛乃是跟从夷数的，而拯救光明分子，将之灵魂净化而归明界，无疑是夷数的职责，故电光佛当即这些清净灵魂，被合为一佛。西方学者对“电光佛”亦多有误读，竟以为因雄魔看到少女裸体后发出呻吟声犹如打雷，故称电光佛。这种解读简直匪夷所思。林氏并以为在《下部赞》中诱魔角色已由夷数兼演，故光明少女别无存在必要。P. 3049回鹘文书有类似《收食单偈》的神明赞，其第十一位，马小鹤翻译为“电光神（卡尼罗香神）”，即《下部赞》“谨你嚧诜”，意译即光明女神。然林氏认为这并不能证明此神即曾诱魔之神，因为中土难以接受。笔者以为，即观音亦曾有锁骨菩萨之传说，光明少女现“微妙端严身”，亦不过是一种方便示现，色诱者乃其法相而非本体，且是藉此达成除魔之正义目的，故事亦非如所谓莲华色尼故事般违逆伦理，更何况光明少女本是以贞节与完美而著称的，何足以妨碍其进入华化摩尼教之万神殿？而在此考释《奏教主》年代之文中，林氏复因《下部赞》中电光佛排位末等，故疑其与三清之一的电光王佛非一，且宋代所有教外数据皆无电光王佛之名，可见绝非主神，若是，则为明尊之避嫌称呼也，《摩尼光佛》云电光王佛为大天真宰，是明尊也。按：屏南文书《贞明开正文科》中同时出现“电光佛”与“电光王佛”，明确说其为明尊之子，又以变化闻名，除光明少女尚何指？电光王佛、摩尼光佛与夷数和佛是为三位教主，林氏考证明教重新启用“摩尼光佛”之称当不早于元代，而摩尼教本身并无数字“三”之崇拜，其神圣数字为五、七，不过《摩尼光佛教法仪略》中确然提及“三圣”，即老子、释迦、摩尼光，笔者以为或即三清、三佛之雏形。但奉“三”为神圣数字，确然当如林氏所云，至少到了明清。林氏列与《奏教主》相似文本《奏三清》在《奏申牒疏科册》中有二，在《祷雨疏》中有三，详考方志，知嘉靖、隆庆、万历间，霞浦地方旱灾严重，《祷雨疏》中《奏三清》恐即形成于其时，而《奏教主》则模仿而作。林文有说服力者有之，异想天开者同样有之，其在结论中认为霞浦文检多已为少数乡间法师谋生之用，不能说明当时仍存在像样的明教组织，文检中写到的某院某部某教某主事等，不过为法师们自娱自乐耳，当不得真。此说极武断，法师断不是诳惑黎民之神汉，林先生自言年迈力衰，无能亲往考察，故无从度知实情，若亲往见霞浦、屏南之活态摩尼教，必当改其说矣！
《祷雨疏奏申牒状式》尚未公刊图版与录文，其为霞浦陈宝华法师所用，凡72页，页10行，满行30字，共719行
，第1—2页为目录，第3—7页为牒尾封皮式样，第8—72页为《祷雨疏》的具体样本。疏文中有“大明国福建”等字样，知为明代所传。包含《牒皮圣眼》1篇，《牒皮式》18篇，《奏申额式》《奏三清》（3种）《奏昊天》（2种）《奏贞明》《取龙佛安座牒式》《安座请雨疏式》《申水府》《申地府》《申东岳》《申唤应》《申三界》《申三元》《申五海龙王》《牒雷公电母》《牒当境》《牒五谷》《牒夫人》《牒城隍》《牒龙井》《祈雨安座三界疏》《符使状》《祈雨安座完满疏》《请龙佛祈雨谢恩词意式》《祈雨谢恩牒式》《谢雨完满疏》《谢雨申唤应》《谢雨献状》《作保苗奏昊天》《保苗请圣疏式》《又式州官龙请用》《祈雨疏》等共60篇，是一套完整的祈雨仪式，参照道教章函制定，对文书的封函式样、封函及书写内容做了详细说明、示范。尤小羽以为其是按仪式目标的心愿不同区分：祈雨、感雨谢恩、保苗。针对此三个目标，形成系列奏告神佛程序，其中部分奏申与《奏申牒疏科册》相似。疏文外为纸封皮，书神名，其奏申类须封两层，外函皮书“重封”，13种封皮对应60篇文疏，第7页规定“奏申额式”，额为奏祈者身份之程序话语。祈雨法事参与者称“明流”，当仿“缁流”“道流”而造，可见明门从未真正与佛道巫之徒相混，亦并未创新教门，明门是其自始至终认定的身份。另外，文疏中还出现“明令”“明敕”“明宫”等语，显示明门有一整套以“明”为意义核心的制度化系统术语，区别于他教法师，至少在《祷雨疏》书写的下限即清雍正年间仍在应用。尤小羽以为其在书写时空格或顶格，表明其具有神圣性质，受到尊崇，这一作法乃为强调“光明正教”的主体地位。合整部《祷雨疏》，所请摩尼教神祇有三清、贞明、唤应、夷活吉思、林瞪共七尊，明教色彩并不浓重，全似道教文检，其对摩尼教神名等亦不乏望文生义之嫌，故尤小羽以为“应客观看待摩尼教神明在神谱中的主导地位及部分神明职能地方化并存的事实”。然而“通过祈雨等仪式，表现出的是民众的一种宇宙论。摩尼教内容不仅仅是简单地叠加到闽地宗教里，而是参与到信仰和仪轨这两方面，既顺应了当地民众对自然的态度，又提供了一种可实践的与自然力量沟通的方式”
。
笔者与彭晓静合撰《摩尼教祈雨——从波斯到福建》
录《取龙佛安座牒式》，其虽云“光明正教”下，然实请诸龙佛祈雨，全篇摩尼教色彩并不很浓，唯末尾“修礼电光，祈雨济禾”与道坛异尔。本篇及《牒皮圣眼》等篇皆将求雨与瑞山堂联系在一起，瑞山堂即林瞪之乐山堂，林氏曾素服福州灭火，故民间奉为雨神亦当为情理之中。在《求雨秘诀》中所启诸神中即有林瞪。《牒皮圣眼》中祈雨司额写“大云祈雨坛”，盖大云光明寺之摩尼僧极善祈雨，闽地本无寺，其术或由呼禄等传至闽地也。《求雨秘诀》亦堪称霞浦明教之万神谱，举凡以教主摩尼为代表的本教神祇、以灵山教主释迦文佛为代表的佛教神祇、以三衙教主灵宝天尊为代表的道教神祇以及龙王、土地、三官等俗神，以临水陈氏夫人为代表的闽地众神等皆在奏启之列也。按摩尼教之祈雨术，其多源于伊朗，颇受祆教影响。在华则兼受佛道之影响。《福建摩尼教祈雨与丝路沿线祈雨传统之关联》一文则提到了回鹘、粟特术士对摩尼教祈雨的影响，而霞浦祈雨文献中亦体现出鲜明的民间宗教色彩
。
福建屏南在第二次摩尼教考察中发现的200多部科仪书中《贞明开正文科》等与摩尼教有着密切关系，新发现的三尊佛像“摩尼光佛灵相尊公”被确认为教主像，当地的摩尼信仰与摩尼教习俗亦一度引起大家重视，虽然，其与真正的摩尼教似乎距离有些远。福建艺术研究院张帆撰文揭橥当地的一些与摩尼佛有关的民俗活动。屏南摩尼教信仰最集中的是韩姓聚居地降龙村，当地人相信每年正月初五为摩尼光佛亦即闽清佛（又称白眉佛，不知与源于祆教的白眉神有何瓜葛）的生日（按：草庵、福州和屏南，摩尼诞辰日各不相同），是日将迎三身摩尼佛入韩氏宗祠神龛，《贞明开正奏》中如《乐山堂神记》般所记的大量先祖法师中韩姓占据绝大多数
。根据《贞明开正文科》的记载，仪式为洒净、请神、颂经咒、拜忏、申愿（宣状、祈杯、礼塔）、送神（赞叹、忏悔、送神），“申愿”环节要以《贞明开正奏》为补充，忏悔仪式在摩尼教中则具有特定意义。摩尼教日常祭祀皆为素供，供物或可于庆诞后带回食用，冀获神佑。在降龙村及其周边地区，皆流行着摩尼佛信仰，而其俗名则不尽相同，事迹亦颇多样。在其《福建屏南摩尼教文书考探》中进而指出当地韩姓道坛摩尼教科仪书只有祈福科，并无如霞浦大量的荐亡科，盖因荐亡一科已由释教包揽。值得一提的是释教亦即瑜伽教自唐宋以来便与摩尼教有着密切关系，在闽地亦常用一个道坛，互用对方仪典。虽然其主拜的神是毗卢佛，然其中亦常出现摩尼佛等明教神祇。在其教乾隆年间科仪《地主庆诞疏式》中即拜请惠明、先意、净风、林瞪、夷活吉思等神祇及明门祖师，此疏制于崇明堂
，此堂当关合明教
[4]
。实际上乾隆年间温州就曾有一所“明教瑜伽寺”，值得思索。另外同在闽北的三明，土堡镇宅牌上或刻有“本师教主牟尼光佛”“灵相吉师、俱孚元帅”等名，为镇宅驱邪之用，或能证明其地亦有摩尼教信仰流传
。
《贞明开正文科》为道光十二年法师韩法真抄写，不含封面封底共24页，面大多书文字6行，共260行；另一本《贞明开正文科》已残，存19页294行，多有缺漏。其称“文科”，当与瑜伽教相关，文内亦有如下文字：“我等瑜伽深蒙广庇，愿以体护想念惟㖇”，而在《贞明开正奏》中复有请瑜伽教的龙树祖师和张萧刘连四法神，不过其形式则为闾山之荐福科而非荐亡科，故知其融汇了瑜伽、闾山文武二科的成分。张帆考证为韩法真侄辈韩占伦抄撮；《贞明开正奏》（14页133行）为韩法真抄。《贞明开正文科》包含《明尊科》与《第二时科》，其抄写虽然很多与《下部赞》《摩尼光佛》类同，然错误多到离谱，特别是涉及摩尼教义部分，甚至有掺入当地民间信仰者，如“三帝三宝各五人，五显庄严具微尘”，将摩尼教“三常五大（五庄严）”概念窜改为“三帝五显（五庄严）”，再如讹“明家”为“民家”等。其中十段夷偈亦重了一则，可知抄录者并不明了偈义。其摩尼降生故事亦未有《摩尼光佛教法仪略》的老君色彩，而与《摩尼光佛》相近。当然，《贞明开正文科》仍然保留了早期摩尼教的一些余屑，诸如“七部经”“最后光明使”“五大光明佛”等，而福建当地俗神不见于霞浦本的则有平鹿（麓）祖师。祖师为宁德人，七岁出家，佛法深广，曾于周宁县马坑乡建方广寺，香火极盛，师亦号称“南方华严”，以善祈梦祈雨而闻名。周宁与屏南隔溪相望，多有往来，与霞浦则间隔福安，故平麓信仰不见霞浦而仅见屏南。由于明教坛与傀儡坛、梨园坛常在一处操演科仪，韩姓道师多有担纲多项者，故傀儡坛道书《剧担》中亦出现“太上本师魔（摩）尼光佛”，《梨园戏筵》出现“家祖明尊公”等。屏南摩尼教亦崇拜教主林瞪，称其为“通天三教林五尊公、济南法主四九真人”，可知两地明教的密切联系
。
摩尼教研究学者王丁曾三赴屏南考察，认识到屏南文书虽错漏较多（涉及佛教、摩尼教），然较之霞浦文书，其原始性或更强。诸如其“摩尼”，摩字一有口旁为“嚤”；愍字“民”部件一缺笔，或避唐讳（按：唐前愍字已有少笔之俗字型）；净风、地藏皆称“夷萨”，中古波斯语“yazad”即神之音译也。另《贞明开正文科》中有段“惠明座前、七部经前、清净僧前”云云，佛法僧三宝合一，表现对佛教的熟练模拟。摩尼七经经名亦偶有逗漏，同书云“明尊赐名号、香空赐舍过、宝地赠应论”，“应论”即《摩尼光佛》之“《应轮》《宝藏》、密妙玄文”。王丁、尤小羽对《贞明开正文科》及其残本首次作了对录，附于其文后
，笔者与宋建霞、包朗对《贞明开正文科》亦有录文与详细校注，也于近期刊出
。