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内丹术的形成，由钟离权、吕洞宾、陈抟、张无梦等人（钟吕陈抟张无梦学派）作为开端，到张伯端写《悟真篇》，标志着内丹术的完整形成。内丹术的发展，从张伯端之后，开创了金丹派南宗，一脉单传到陈楠、白玉蟾等人，白玉蟾改单传为普传，正式建立该宗派。金丹派南宗丹法强调先命后性，重命轻性，这是从性、命关系上来讲的；根据对阴阳关系的理解不同，又区分出清修、双修两个支系。上面提到的陈楠、白玉蟾等人属于清修一系，即一个人修炼，在古代社会以男性为主，这一系将阴阳理解为一个人体内的阴气和阳气；双修一系则把阴阳理解为男人和女人，宋代以后，随着伦理关系的日趋保守，双修被污名化，其实双修并不一定意味着男女之间的性关系，而是重在阴阳二气的交汇，可以不需要肉体接触，将社会公共的伦理标准和内丹修炼的标准搅在一起会把问题搞得很复杂。
全真派的形成与发展从王重阳开始，他到胶东半岛收了马钰（丹阳子）、孙不二（清静散人）、谭处端（长真子）、王处一（玉阳子）、郝大通（太古子）、刘处玄（长生子）和丘处机（长春子）这七大弟子，开创了全真派，又称北派。全真派的丹法与金丹派南宗较为近似，都强调性命双修，但在路数上有所不同，全真派强调先性后命，重性轻命。相较而言，全真派和禅宗的关系更紧密一些，金丹派南宗和禅宗的联系要少一些。全真派强调先性后命，对修行人的心性素质要求较高，悟性较好；金丹派南宗强调先命后性，先把身体的基础打扎实，把身体调好再去修炼，这样比较符合绝大多数人的情况，所以一般来说，南宗适用的面更广，要安全一些。
明代出现了内丹的东派，清代又出现了西派，东派和西派其实是双修在新的时代条件下的发展。东派和西派本来是一家，但因为李西月对东派陆西星丹法不满意，在一些基本问题的理解上有差异，所以他自己标榜的一套丹法又形成了西派。这两派之中，传承较广的是西派，直到今天西派还在传承，东派则很少听闻，但不代表已失传。清代中期出现了黄元吉的中派丹法，其思想主要起源于元代李道纯的中和思想，受印度瑜伽和婆罗门教的影响，讲究左右脉、中脉的修为。前面提到的全真派和南宗，强调小周天的修为，把人体前面的任脉和后面的督脉打通，让气周流运转，即为打通小周天。中派不讲任督二脉，而讲中脉，即从头顶百会穴到会阴穴的直上直下的一条线，黄元吉一派的修法让气走中脉，不走任督二脉，是为中派丹法。这样就形成了内丹的东南西北中五大派。
我们再来看内丹丹法的分类，从人数来说有清修、双修、群修三大类。清修即是一个人单独修炼，包括男性、女性各自的修炼。女性内丹修炼从马钰之妻孙不二开始创立，出现了女丹功，更早可追溯到晋代的魏华存，她的《黄庭经》在某种意义上可以看作女丹功的最早的源头。清修分男丹、女丹，因为男女两性在生理和心理上有比较大的差别，所以内丹功法上也有比较大的差别——比如男丹修炼一般从下丹田开始修，以精的不漏作为核心，而女丹的修炼从中丹田开始，其主要任务是“斩赤龙”，就是把每个月的月经断了——按照丹功的理论，男性的精、女性的经血都是身体中的宝贝，精为精华之意，把它们保住，进一步就可以炼精化气、还精补脑，使修炼可以往下进行。因为内丹修炼以炼精化气、还精补脑作为基础，所以得有精的不漏作为前提，要是漏了，还得补亏。双修有两类，一类称为泥水丹法，男女性之间有肉体交合，另一种称为隔体神交，男女性之间没有肉体的接触。关于群修，全真派在胶东半岛传道时经常搞“坐团”或称“坐蒲”的群修活动，由若干人集中在一起来集体进行内丹的修炼，各人的气场可以相互起到叠加放大效应，达到更好的修炼效果。1980年代时髦的带功报告，经常性的很多人集中在一起练，其实就是由群修发展而来的一种形式。
从渐与顿的角度来看，内丹可分为渐法和顿法两大类体系，前者是慢慢地进展，后者是一下子就有跳跃性的进步。上述东南西北中五大派系都属于渐法。渐法之外还有顿法，即以清净修炼，在一瞬间如禅宗开悟般的顿悟并达到很高境界，但顿法在理论上有，具体的操作方法并没有传播，而且此法的成功应用在历史上也极为罕见。修炼者在一瞬间能结丹成道，要么有外力相助，要么先天的身体素质非常棒，才有可能做到。下面还会讨论到，渐法属于少阳丹法，顿法属于元始丹法。
后世出现了三元丹法的区分，包括天元、地元、人元三种，这三种分别对应灵丹、神丹、金丹。其实天元和地元都属于外丹，人元包括上面提到的东南西北中五派和顿法。天元和地元有什么差别呢？简单地说，地元是用硫黄、铅、汞等药物进行传统的外丹烧炼所得的神丹。一般人认为传统的外丹有毒性，并举例说唐代有十个皇帝吃外丹中毒而死，但这是表象上的认识。确实有人吃了外丹中毒而死，历史上案例还不少，但不足以说明所有人吃了金丹都必然要死。比如武则天也是唐代的皇帝，她也吃了外丹，而能高寿，活到85岁，中国历史上的皇帝能活到85岁的当属凤毛麟角，很多皇帝活到五六十岁就呜呼哀哉了，武则天的例子说明不是所有人服食外丹都会死。天元的灵丹，是在内丹修为达到高级阶段之后，用人本身的力量来改变普通的物质成分所得，可以用它来辅助修炼。灵丹之法现在还有传承，一些派系强调三元丹法可以同时并用，所以不要认为——内丹兴起之后外丹就没落乃至没有了——这是不对的。我们要看到，在文化的传承当中，后来兴起的东西可能会占据主流地位，但不等于说它前面的东西就从此完全消失了。比如我们搞《东方道藏》，从民间找到了很多过去道教学术著作当中认为某个宗派中已经消失了的东西。实际上这些东西直到今天还在传承，而且我们在福建还看到原始社会的巫术跟道教的神仙信仰怎么进行结合，比如福鼎地区的马仙信仰就是把青蛙神这种巫术信仰跟马仙这样的道教信仰杂交在一起，还在鲜活地存在于人间。西方社会那种把巫术斩断以后才能进入文明社会的理念，可能对欧洲社会是适用的，但是对中国是不适用的，这点大家务必要记牢。同样，在三元丹法的传承中也是一样。
按胡孚琛的观点，人元大丹分为文始派（顿法）和少阳派（渐法），少阳派至钟离权、吕洞宾大开法门，后又有南宗、北宗、中派、东派、西派之传。人元大丹（渐法）从修炼实践上讲，可分为炼养自身阴阳、同类阴阳、虚空阴阳三种途径。修炼自身阴阳者，俗称清净派丹法；修炼同类阴阳者，俗称阴阳派丹法；修炼虚空阴阳者，俗称虚无派丹法。同类阴阳的丹法中，有借彼家为鼎、男女双修的同类阴阳丹法，为双修法门，称作彼家丹法；还有以乾坤为鼎器、灵父圣母、生龙活虎、三家相见的同类阴阳丹法，为栽接法门，称作龙虎丹法。三元丹法本自相通，地元可上接天元，外丹亦赖内丹。三家四派人元大丹亦相互承接。自身阴阳可上接虚空阴阳，同类阴阳须清净筑基，虚无丹法也盗取龙虎二弦之气，各自手段不同，原理则相通。
三元丹法分类体系如表1所示。
表1 三元丹法分类体系
上述丹法分类基于目前可见的文献资料，但据我们了解，民间还有很多内丹丹法密不外传。比如清代出现的九宫道，当时以丹法传承为主，至今仍有传承，属于将法术与内丹杂交的一派，近似于藏传佛教，由师父给徒弟布功——相当于灌顶，把徒弟的天目打开，这样在徒弟身体中丹母已经形成。还有玉虚派，该派比较奇怪，好几个地方都打着玉虚派的旗子，但他们向我们描述的丹法又各不相同，有江苏的、浙江的、四川的，都不一样。这两个例子说明民间还有很多仍在传承的丹法是我们还没有发现的，所以前述丹法分类体系也只是初步的、不完备的。