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丘处机对于成吉思汗的诏请，也表现出了与往常大不相同的态度。在此之前，他曾多次拒绝了金和南宋对他的聘请，而在72岁高龄时却不惧艰辛，接受了远在中亚的成吉思汗之诏。察其缘由，当为以下几方面的考虑。
第一，希望此行能够劝诫以成吉思汗为首的蒙古贵族集团，使他们不至于杀戮太过。我们知道，当时的蒙古军队非常残暴，经常屠杀人民、毁灭城镇。根据史籍如《蒙鞑备录》（南宋·赵珙）记载，当时蒙古军队，“凡攻大城，先击小郡，掠其人民以供驱使。乃下令曰：每一骑兵必欲掠十人。人足备，则每名需草或柴薪或土石若干。昼夜迫逐，缓者杀之。迫逐填塞，壕堑立平，或供鹅洞炮座等用，不惜数万人，以此攻城壁，无不破者。城破，不问老幼妍丑、贫富逆顺，皆诛之，略不少恕”。下令每一个骑兵要抓十个人，然后要这十个人中的每个人去筹粮草、筹柴薪，或者是抬着土石若干，然后把这些人“昼夜逐迫”，就是推着他们走，如果慢怎么办？“缓者杀之”。推着他们去干什么呢？就是让他们担着土石或者柴薪或者草去填沟壑，赶着这些人往前面走，所填的沟壑马上就平了。不惜让数万人跟着军队走，以此攻城，无不破者。就是带着这么一大批被驱赶的民众为他运石搬柴，因此很快这个城就被破了。然后城破以后，不问老幼贫富逆顺妍丑，所有的人，只要是这城里的人，统统杀光，无一幸免。
丘处机是希望能对成吉思汗进行一定的道德劝诫，解除人民所受的兵祸之苦。在他赴召北上途中寄友人的诗中，就充分表现出了这种抱负。诗中说：“十年兵火万民愁，千万中无一二留。去岁幸逢慈诏下，今春须合冒寒游。不辞岭北三千里，仍念山东二百州。穷急漏诛残喘在，早教身命得消忧。”（《长春子磻溪集·复寄燕京道友》
）“吴越楼台歌吹满，燕秦部曲酒肴盈。我之帝所临河上，欲罢干戈致太平。”（《中秋以诗赠三太子医官郑公》
）千万人当中没有一二人留下来，人民为战争付出了惨重的代价。“去岁幸逢慈诏下”，指的是成吉思汗对他的召请。“今春须合冒寒游。”于是今春就出发了。“不辞岭北三千里，但念山东二百州。”虽然是三千里远，但是我是想着山东（太行山以东）这些老百姓。为什么呢？因为他们“穷急漏诛残喘在”，因为他们在生死线上苦苦地挣扎，我希望“早教身命得消忧”，能够让他们早早地脱离命悬一线的残窘。“我之帝所临河上，欲罢干戈致太平。”都是讲到我为什么到成吉思汗的府上去，到那么远的地方去呢？我是希望罢干戈而致太平。
第二，希望通过此行影响蒙古上层统治集团接受中原地区原有的统治方式，稳定这一地区的社会秩序，保护此地区的经济发展。蒙古是游牧民族，丘处机希望影响蒙古统治集团接受中原地区原有的统治方式，而放弃游牧民族的方式。所以丘处机的应诏很大程度上出于，希望能把汉族地区的经济和社会秩序好好地保护下来，免遭铁蹄的践踏。
第三，希望为全真教的进一步发展奠定基础。这个时候，全真道在山东需要一个进一步发展的空间，而丘处机此时也认识到，教团要发展，不能靠当时的金或南宋政权，因为这两个政权已是落日将至，靠他们是没有什么希望了；而他也看到了成吉思汗的勃勃生机，看到了其政权的生命力。而且成吉思汗的诏书表现出相当的坦诚和谦恭，这就更加强了他对蒙古统治集团的信心。所以丘处机寄希望于成吉思汗支持教团的发展。他在一首诗中讲自己“良朋出塞同归雁，破帽经霜更续貂，一自玄元西去后，到今无似北庭召。”就是把自己比喻成为老子西行去化胡，“续貂”，就是重新教化胡人，教化汉族以外的人。他谦称自己是续貂。
正是出于以上考虑，丘处机才不顾72岁的高龄，毅然应召，带领十八名弟子——赵道坚、尹志平、李志常（《长春真人西游记》的作者）等，不远万里，历尽艰辛，来到成吉思汗的帐前。
丘处机西行路线为：从山东莱州出发，经潍阳（潍县）、青州（益都）、常山（今河北正定）至燕京（今北京城西南）；然后又出居庸关北上，经宣德州（今宣化）、野狐岭（在今河北张家口外万全县）、翠屏口（今张家口西30里）、抚州（今内蒙古乌兰察布市兴和县）、盖里泊（今内蒙古锡林郭勒盟太仆寺旗巴彦查干诺尔）、渔儿泺（今内蒙古赤峰市的达里诺湖，又称达儿海子）到达内蒙古北部的贝尔湖北；又西行经呼伦湖，翻越库伦（今蒙古乌兰巴托）以南的高山、长松岭（今杭爱山），翻越阿尔泰山，来到准噶尔盆地东侧的博尔腾戈壁（今古尔班通古特大沙漠）；又翻天山的五个大山顶，经古代高昌国的故土进入吐鲁番盆地之北到达天池海；又经过大石林牙（今吉尔吉斯斯坦比会凯克），西行至赛兰城（今哈萨克斯坦南部一带），经过沙漠绿洲碣石城，经过千仞耸立、石壁如铁的铁门关（今阿富汗库尔勒城北），来到雪海茫茫的大雪山（今阿富汗兴都库什山），踏着深五尺的积雪前行，到达今阿富汗东北巴达克山西南成吉思汗的行宫。
这段路程异常艰辛，从1220年2月出发，1224年春回到燕京，历时四年，丘处机门徒李志常所撰《长春真人西游记》对此行作了详细记录。书中记载他们途中遇到过盗贼，经过非常危险的城邦，路过尸横遍野的战场，走过没有水草的死域……门徒赵道坚（又叫赵九古）病死于途中，丘处机自己也生过病，曾经七天不食，靠喝开水和道家的养生术来延缓生命，最后康复了。所以说他真是有道之人——那样艰苦的征程，而且生病了七天，七天不食，居然被他挺过来了，还是在70多岁的高龄——说他真是有道之士，此言不虚。正如西溪居士孙锡在该书的《序言》中说：“崎岖数万里之远，际版图之所不载，雨露之所弗濡。虽其所以礼遇之者不为不厚，然劳惫亦甚矣。”