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抗战爆发后，陈寅恪来到昆明的西南联大，由于兼职的关系，住进了中央研究院史语所在昆明租赁的靛花巷青园学舍——这是他自北平与史语所同人分别四年多来的首次相聚。陈寅恪居住的靛花巷青园学舍临近昆明城北门，联大教室则位于文林街，每逢上课，陈寅恪都需步行一里多路到校。此时他的右眼视网膜剥离，仅剩左眼视力能勉强看书授课，但他仍像当年在清华园一样，每次上课都用一块花布或黑布，包着一大包书向教室匆匆走去，至时满头是汗，却从不迟到。有学生不忍见一只眼睛已盲的史学大师如此辛苦劳累，主动提议每到上课时前去迎接，并帮助拿书，遭到婉拒。据一位学生回忆：“陈先生上课一丝不苟，多数时候先抄了满满两黑板资料，然后再闭上眼睛讲。他讲课总是进入自我营造的学术语境或历史语境，似乎把世事都忘得一干二净。某日，第一只脚甫踏入门，距离黑板尚远，陈师即开始讲述，谓‘上次讲的……’随即走近桌旁，放下书，就坐于面对黑板、背朝学生之扶手椅上。讲述久之，似发觉座位方向不对，始站起身搬转坐椅，而做微笑状。有时瞑目闭眼而谈，滔滔不绝。”
此时在北大文科研究所任助教的邓广铭仰慕陈寅恪的才学与声名，经常跑到联大教室旁听，获益颇丰。对此，邓氏回忆说：“虽然因为我的根底太差，对陈先生所讲授的未必能有深切的体会，但反思在那一年多的时间之内，我在治学的方法方面所受到的教益，较之在北大读书的四年所得，或许可以说是有过之而无不及。”