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MRI 与CT 最大的不同，在于它不需要X 线，只利用人体自身原子核内的质子来成像就可以了。
另一个很大的不同，是MRI 与人体组织的密度无关，故在观察MRI 图像时不再用 “密度” 这个概念，代之以 “信号”，即MRI 图像上的黑白灰度只与组织器官的MRI 信号强度相关，信号越高则越明亮，反之亦然。而决定信号强度的因素（或参数）则有很多，既有组织器官自身的因素，如所含质子数的多少、含水量及其结合状态、细胞的形态特征、血液的流动快慢等，也有设备的扫描参数设定因素等等。
正因为MRI 与CT 的原理不同，它们的适用范围也有不同。如高密度的骨骼和低密度含气的肺在CT 图像上由于密度对比好就显示得非常清晰，但由于它们的质子密度很低，MRI 信号也就不高，反而难以显示。对于软组织病变，由于密度差异不大，CT的显示有些无能为力，而MRI 则可以通过设置不同的扫描参数，形成非常丰富的信号差异，从而得到良好显示（图1-14）。
图1-14 MRI与CT图像的区别
a.CT 图像，对骨的细节显示清晰，但周围软组织显示不良；b.MRI 图像，各种性质的软组织有明显信号差异，但骨的细节显示不如CT。
对比了MRI 与CT 的不同以后，MRI 的优势也就明朗了。这就是没有辐射危害，软组织分辨力特别高。所以，对于孕妇和婴幼儿这些对射线敏感的人群，就应该优选MRI 检查；而对于观察脑、脊髓、肌腱、韧带、软骨及关节内结构等软组织来说，选用MRI 也有极大的优势。
质子便是信号源，没有辐射心坦然。