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新王国时期最后的一个王朝是第二十王朝（公元前一二〇〇—公元前一〇九〇年）。这是一个在亚门神教士统治下的王朝，其首都仍在塔庇，这个王朝统治时期的埃及虽有统一之名已无统一之实。到第二十一王朝时（公元前一〇九〇—公元前九四五年）埃及便正式分裂了。此时实际上是塔庇地方的教士与另外一个地方势力争夺全国统治权之时，而并非是一个统一的王朝时期。
到第二十二王朝至第二十四王朝时（公元前九四五—公元前七一二年），埃及即处在外族统治之下。第二十二王朝（公元前九四五—公元前七四八年）是利比亚人所建立的王朝。利比亚人以三角洲地方为其势力重心，并曾南进占领了塔庇城。塔庇地方之亚门神教士被迫南退，在埃及南部，包括努比亚地方又建立起另一王朝。故此时实是一个外族王朝与一个埃及本国的王朝两个势力对峙之时。但在马尼陀的《埃及通史》中反承认利比亚人的王朝为正统。
第二十三、二十四王朝时（公元前七四八—公元前七一二年），是埃及内部大分裂与混乱之时。
第二十五王朝（公元前七一二—公元前六六三年）是伊提欧匹亚人建立的王朝。伊提欧匹亚过去一向是埃及侵略的对象，但在埃及的文化影响之下，其内部的发展加速起来，而组成了国家。到此时乃开始强大，乘埃及内部混乱之际侵入了埃及，建立起第二十五王朝。伊提欧匹亚王朝建立后不久，又有亚述势力侵入了埃及。公元前六六八年亚述攻占了塔庇以北的地区，将其划为亚述帝国之一省。伊提欧匹亚王朝在此打击之下开始衰落。公元前六六三年亚述再度进攻埃及，打下了埃及首都塔庇城，并将塔庇城彻底破坏。埃及的统治者，不论是伊提欧匹亚人或是本地人，不是被杀死就是被俘往亚述。第二十五王朝至此被灭亡。
亚述派总督来治理埃及。总督撒穆提克（Psamtik，公元前六六三—公元前六〇九年）原为埃及人，在就任总督的当年（公元前六六三年）就推翻了亚述的统治，宣布独立，建立了第二十六王朝（公元前六六三—公元前五二五年），并开始与埃及境内之亚述驻军及投降亚述之埃及势力进行战争。至公元前六二五年始控制了整个的埃及。
此时埃及已与希腊发生了密切的商业关系，希腊人且成为了埃及雇佣军的骨干。撒穆提克统一埃及之时主要即依仗希腊雇佣军的力量，因此撒穆提克不得不给予了希腊人许多特权。当时希腊商人遍布于埃及北部的各个地区，并曾在尼罗河口附近地方建立起来了一些城市。从此时起，希腊人在埃及的经济生活中曾居于重要的支配的地位，尤其是在商业上。到了第二十六王朝涅库（Necho，公元前六〇九—公元前五九三年）法老时，希腊人几乎操纵了埃及的全部商业。涅库法老时代的一些突出的行动，在某种程度上不能不说是企图摆脱希腊人的控制，以谋求自己在商业上独立发展的行动。
涅库法老在位时曾挖掘从三角洲尖端至红海的运河，后因财力不逮，中途而废。后涅库又曾雇用腓尼基人出海航行，企图寻求一条沟通大海的新航路，结果腓尼基水手们费时三年环绕了非洲一周后回到埃及。但因限于当时的社会生产条件，这次古代航海史上的伟大结果并未能为当时人所利用，甚至并不为当时人所注意。此事仅见于希腊人之记载，而希腊人之所以记它也是因为据说这些腓尼基水手绕行非洲时，一日在中午时分忽然发现太阳悬于其正北面。当时人认为太阳在正北面是不可能的事，故希腊人把它作为荒诞不经之事记载了下来。而这点却正足以告诉后人腓尼基人的确曾成功地绕航了非洲。涅库又曾想收复为埃及帝国全盛时期所有而现在已丧失了的亚洲属土。在其即位的第一年（公元前六〇九年），即向东北发展，征服了犹太，控制犹太地方约四年；并继续向北发展，企图夺取在新巴比伦帝国势力控制下的叙利亚。公元前六〇五年埃及与新巴比伦帝国在叙利亚境内大战了一场，结果埃及大败，涅库的恢复埃及帝国的梦想破灭了。
由涅库在位时的这三项突出的行动上来看，这些行动显然是由于商业要求所引起的。开运河和绕航非洲自不待言，向外扩充也是为了要控制更广阔的商业市场，但因缺乏国内雄厚的生产上的基础，仅仅由于商业上的企图是不可能成功的。由于这些行动的失败，也就意味着涅库法老想摆脱希腊人的控制的斗争失败了。
因此，到第二十六王朝末王亚米斯（Aahmes，或亚马西Amasis，公元前五六九—公元前五二五年）在位时开始直接限制希腊商人势力的发展，并减少埃及军队中的希腊雇佣军。可是这种限制希腊人势力的政策也未能成功，希腊人的势力并未因此而稍衰。当时在三角洲南部的挪克拉提城（Naukratis）等于是希腊的城，城中几乎没有埃及人，而此城却是当时埃及的商业中心。
第二十七王朝（公元前五二五—公元前四〇四年）时是波斯统治埃及的时期。公元前四百年以后波斯势力开始衰败，埃及人纷起反抗波斯之统治，此时在各地出现了许多埃及人建立的小王朝。它们对外反对波斯，但对内又彼此混战。它们对波斯的反抗皆未成功。第二十八、二十九和三十王朝不过是这些地方性的王朝中的一个而已。
公元前三二三年马其顿王亚历山大侵入了埃及，他利用当时埃及人与波斯人之间的矛盾，很快的就控制了埃及全国。在亚历山大在位时，埃及成为了亚历山大帝国的一部分。
亚历山大死后，帝国分裂，其部将托勒密（Ptolemaeus）占据了埃及。这个希腊的托勒密王朝（公元前三二三—公元前三〇年）被今日史家称为第三十一王朝。在这个希腊王朝统治埃及的三百年期间，希腊人的商业势力凭借政治势力之支持，在埃及更加顺利的发展下去，因而在埃及北部沿海地方及尼罗河沿岸的各个城市中希腊移民日益增加起来，城市乃渐希腊化，城市的埃及人逐渐接受了希腊的风习和语言。故到此王朝末期时候，城市中的埃及人实际已变为希腊人—— 希腊化的埃及人了。但这种希腊化的情况仅限于城市之内，在农村中则始终未曾希腊化，而仍保留着三千年来埃及固有的生活习俗和语言。
公元前三〇年希腊王朝为罗马所灭，埃及乃又沦为罗马帝国之一行省。罗马统治埃及的时间前后约七百年，在此期间埃及内部情况大致仍与以前相似。因罗马帝国东部之统治者多为希腊人，故埃及之希腊化仍然继续并逐渐侵入农村，但农村仍始终未全部希腊化。直到公元七世纪的中期，阿拉伯人征服了埃及后，埃及始完全丧失了古代文化的独立性，而完全成为了回教及阿拉伯世界的一部分。