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1999年7月1日正式实施的《中华人民共和国证券法》确立了核准制的法律地位。1999年9月16日，证监会推出了股票发行核准制实施细则。随后，证监会又陆续制定了一系列与《证券法》配套的法律法规和部门规章，例如《中国证券监督管理委员会股票发行审核委员会条例》《中国证监会股票发行核准程序》《股票发行上市辅导工作暂行办法》等，构建了股票发行核准制的基本框架。由此，额度管理和指标管理等计划经济色彩浓厚的审批制正式过渡到了核准制阶段。与审批制不同，核准制下的上市公司推荐权由各地方政府和部委转向具备资质的中介机构。按照推荐权的分配方式不同，核准制又可以分为两个阶段：“通道制”和“保荐制”。
在核准制的初期，为提高证券公司推荐的公司的质量，避免各证券公司为争抢业务而盲目推荐，证监会试行通道制，对每个证券公司每年申报企业的数量进行额度管理。在核准制初期的实际操作中，证监会根据中国证券业协会公布的2000年度主承销商信誉积分排序确立了每家证券公司所拥有的通道数量。在核准制下，每家证券公司根据其资质及过往执业情况，可被授予数量为2至9条不等的若干通道，这一数量决定了该证券公司可以同时推荐发行人的家数，也就是这家证券公司同一时间在证监会处于审核状态的企业家数。在实践中，证券公司往往将拟推荐企业进行排队，按照证监会的要求，“过会一家，递增一家”，即每核准一家才能再申报另一家，后来调整为“发行一家，递增一家”，即核准后并且完成发行才能再申报另一家。据统计，2001年通道制推出时，各家证券公司拥有的通道数量合计有270多条，到2005年“通道制”废除时，全国83家证券公司共拥有318条通道。
“保荐制”这一概念最早源于英国，全称为“保荐代表人制度”，是指有资质的保荐人（证券公司）推荐符合条件的企业上市，通过辅导，协助发行人建立完善的信息披露制度，并对所推荐上市的企业提供持续督导和担保责任的制度。其主要内容包括保荐人的注册管理制度、保荐人职责、保荐人工作内容和程序、信用监管措施和失信惩戒措施四方面。保荐制的重点是通过明确保荐机构和保荐代表人的责任强化规则意识和专业精神，并配以责任追究和失信惩罚机制。与“通道制”相比，保荐制强化了保荐代表人的责任意识，建立了责任追究机制，通过市场化手段调动了其积极性。
2003年12月，在先后面向证券公司和社会公众征求意见的基础上，我国发布了《证券发行上市保荐制度暂行办法》。根据该文件，自2004年2月1日起我国发行审核制度正式进入保荐制阶段，保荐制正式登上中国证券市场舞台。中国证监会要求企业上市必须有保荐机构承担保荐工作，要求保荐机构勤勉尽责履行推荐职责，对发行人持续督导，保荐工作由保荐代表人来具体执行。2004年5月10日，我国首批保荐人和保荐代表人注册登记，67家证券公司注册登记为保荐人，609个证券从业人员注册登记为保荐代表人。